# Alexandre Ferreira Ramos - Cargo: Livre - Unidade: Escola de Artes, Ciências e Humanidades (Universidade de São Paulo) - Departamento: Curso de Sistemas de Informação - Currículo Lattes: http://lattes.cnpq.br/1216871665198656 - Currículo atualizado em: 15/10/2025 - Perfil completo: https://uspaberta.ime.usp.br/docentes/1216871665198656 Cita-se como: RAMOS, A. F.;Ramos, Alexandre F.;RAMOS, ALEXANDRE FERREIRA;F. RAMOS, ALEXANDRE;RAMOS, ALEXANDRE F;Alexandre Ramos;Ferreira Ramos, Alexandre;Ramos, Alexandre ## Resumo Atualmente sou Professor Associado na Escola de Artes, Ciências e Humanidades da Universidade de São Paulo onde coordeno o Lab AMFiBio (Laboratório de Matemática Aplicada e Física Biológica). Entre Set. 2018 e Abr. 2019 fui "Tinker Visiting Professor" na Universidade de Chicago. Realizei pós-doutorado (CNPq, 2009) no Reinitz Fly Lab sediado nos Dept. de Matemática Aplicada e Estatística e Centro de Medicina Molecular, da Stony Brook University, NY, EUA. Possuo doutoramento (CNPq, 2008) e mestrado (CAPES, 2004) em Física Teórica, ambos pelo Grupo de Métodos Matemáticos em Ciências Moleculares do Instituto de Fisica de Sao Carlos, Universidade de São Paulo. Graduei-me em Licenciatura em Física pela Universidade Federal de São Carlos em 2001. Tenho experiência em Física Matemática, Teoria dos Grupos, Métodos Estocásticos,Teoria do Controle, Simulação Computacional e Visão Computacional aplicados à Biologia Molecular, em particular à Regulação da Expressão Gênica durante a Segmentação dos Embriões de D. melanogaster e Biologia do Câncer. Tenho realizado aplicações dos métodos de Aprendizagem com Estatística (ou aprendizagem de máquinas) para análisar dados de de pesquisa em Saúde, Biomedicina e Biologia Molecular. Também atuo em Computação de Alto Desempenho, investigando aplicações dos Grupos de Lie e teoria dos Grafos ao desenho de Topologias e Arquiteturas de Supercomputadores e desenvolvimento de algoritmos paralelos de otimização. Recentemente me interessei pela pesquisa em tecnologias quânticas e tenho desenvolvido uma interface de acesso ao computador quântico brasileiro baseado em ressonância magnética nuclear, desenvolvido no LEAR/IFSC/USP. Tenho experiência em extensão de serviços à comunidade realizando divulgação científica sobre energia nuclear. ## Áreas de atuação - Ciencias Exatas E Da Terra › Física › Física Biológica - Ciencias Exatas E Da Terra › Matemática › Matemática Aplicada - Ciencias Biologicas › Genética › Biologia do desenvolvimento - Ciencias Biologicas › Genética › Genética Molecular e de Microorganismos ## Formação - Pós-Doutorado · University of Chicago · 2019 - Pós-Doutorado · State University of New York -- Stony Brook · 2008–2009 - Doutorado · Física · Universidade de São Paulo · 2004–2008 - Mestrado · Física · Universidade de São Paulo · 2002–2004 - Livre-docência · Universidade de São Paulo ## Vínculos profissionais (10 mais recentes de 15) - Critical Reviews in Oncogenesis · 2019–atual - The Austrian Science Fund · 2016–atual - National Center of Science and Technology Evaluation · 2012–atual - Universidade de São Paulo · Professor Doutor · 2010–atual - University of Chicago · Professor visitante · 2018 - Journal of Optimization · 2017–2018 - Princeton University · N/A · 2013 - University of Wisconsin - Madison · Cientista visitante · 2011 - University of Chicago · Cientista visitante · 2011 - McGill University · Cientista visitante · 2011 ## Produção acadêmica Total: 69 itens. - Artigos publicados: 35 - Apresentações: 9 - Trabalhos técnicos: 8 - Trabalhos em eventos: 6 - Organização de eventos: 6 - Jornais & revistas: 3 - Livros: 2 ### Produção bibliográfica (12 mais recentes de 46) - 2025 · **Cachexia Alters Central Nervous System Morphology and Functionality in Cancer Patients** · Journal of Cachexia Sarcopenia and Muscle · Artigos publicados · SIMOES, ESTEFANIA; OTOCH, JOSE P.; ALCANTARA, PAULO et al. · DOI: 10.1002/jcsm.13742 - 2025 · **Development and validation of a machine learning approach for screening new leprosy cases based on the leprosy suspicion questionnaire** · Scientific Reports · Artigos publicados · MENDONÇA RAMOS SIMÕES, MATEUS; ROCHA LIMA, FILIPE; BARBOSA LUGÃO, HELENA et al. · DOI: 10.1038/s41598-025-91462-6 - 2025 · **Development of a health-tracking tool for the Brazilian population: a pilot study with Brazilian women** · BMC PUBLIC HEALTH · Artigos publicados · VIEIRA DE MELLO BARROS PIMENTEL, CAROLINA; ANDRADE, MÁRCIA FÁBIA; DE CASTRO COÊLHO, MARINA et al. · DOI: 10.1186/s12889-025-22102-x - 2025 · **Two-state stochastic model of in vivo observations of transcriptional bursts** · Brazilian Journal of Physics · Artigos publicados · Luis Guilherme Soares da Silva; Romain Yvinec; Guilherme Nery Prata et al. · DOI: 10.1007/s13538-025-01785-y - 2025 · **Characterizing the regulatory logic of transcriptional control at the DNA sequence level by ensembles of thermodynamic models** · BIOINFORMATICS (OXFORD. ONLINE) · Artigos publicados · Alan U Sabino; Drielly de Moraes Guerreiro; Ah-Ram Kim et al. · DOI: 10.1093/bioinformatics/btaf534 - 2024 · **Global repression by tailless during segmentation** · DEVELOPMENTAL BIOLOGY · Artigos publicados · MASUDA, LAURO HIROSHI PIMENTEL; SABINO, ALAN UTSUNI; REINITZ, JOHN et al. · DOI: 10.1016/j.ydbio.2023.09.014 - 2024 · **Post-COVID-19 condition: systemic inflammation and low functional exercise capacity** · FRONTIERS IN NUTRITION · Artigos publicados · SALIM DE CASTRO, GABRIELA; veronica coelho; adriana l de araujo et al. · DOI: 10.3389/fnut.2024.1295026 - 2024 · **Machine Learning-Based Prediction of Responsiveness to Neoadjuvant Chemoradiotheapy in Locally Advanced Rectal Cancer Patients from Endomicroscopy** · CRITICAL REVIEWS IN ONCOGENESIS · Artigos publicados · Alan Utsuni Sabino; SAFATLE-RIBEIRO, ADRIANA V.; LIMA, SUZYLAINE S. et al. · DOI: 10.1615/critrevoncog.2023050075 - 2023 · **Insights from a Computational-Based Approach for Analyzing Autophagy Genes across Human Cancers** · Genes · Artigos publicados · MURILLO CARRASCO, ALEXIS GERMÁN; GIOVANINI, GUILHERME; Alexandre Ferreira Ramos et al. · DOI: 10.3390/genes14081550 - 2022 · **A Stochastic Binary Model for the Regulation of Gene Expression to Investigate Responses to Gene Therapy** · Cancers · Artigos publicados · GIOVANINI, GUILHERME; R. C. BARROS, LUCIANA; Leonardo dos Reis Gama et al. · DOI: 10.3390/cancers14030633 - 2022 · **The rate of thermodynamic cost against adiabatic and nonadiabatic fluctuations of a single gene circuit in embryos** · Journal Of Chemical Physics · Artigos publicados · ZHANG, KUN; Alexandre Ferreira Ramos; WANG, ERKANG et al. · DOI: 10.1063/5.0091710 - 2022 · **Optimal circulant graphs as low-latency network topologies** · JOURNAL OF SUPERCOMPUTING · Artigos publicados · HUANG, XIAOLONG; Alexandre Ferreira Ramos; DENG, YUEFAN · DOI: 10.1007/s11227-022-04396-5 ### Produção técnica (12 mais recentes de 23) - 2018 · **O Programa Nuclear Brasileiro: um fio de luz nos caminhos da nação** · Discussão sobre a importância da comunicação científica para um entendimento e incorporação do programa nuclear pela so… · Trabalhos técnicos · Alexandre Ferreira Ramos; Michael Jaillet - 2017 · **II Workshop em Energia Nuclear e Proteção Ambiental** · Escola de Artes, Ciências e Humanidades -- Universidade de São Paulo · Organização de eventos · Alexandre Ferreira Ramos; Sophia Moura de Campos Vergueiro; Suzylaine da Silva Lima et al. - 2016 · **Relatório 3 ? Fusão 2** · ?Estudo dos novos processos de fissão-fusão para geração de eletricidade, insumos estratégicos e reutilização do combus… · Trabalhos técnicos · Alexandre Ferreira Ramos - 2016 · **Relatório 4 ? Chernobyl 2** · ?Estudo dos novos processos de fissão-fusão para geração de eletricidade, insumos estratégicos e reutilização do combus… · Trabalhos técnicos · Alexandre Ferreira Ramos - 2016 · **I Workshop em Energia Nuclear e Proteção Ambiental** · Escola de Artes Ciências e Humanidades -- Universidade de São Paulo · Organização de eventos · Alexandre Ferreira Ramos; Sophia Moura de Campos Vergueiro; Suzylaine da Silva Lima et al. - 2015 · **Chernobyl: mitologia contemporânea?** · Debater as consequências do acidente de Chernobyl à luz da teoria dos efeitos de radiação ionizante em organismos vivos. · Trabalhos técnicos · Alexandre Ferreira Ramos - 2015 · **Chernobyl: mitologia contemporânea? 1. Consequências ambientais.** · Divulgação científica sobre os efeitos ambientais do acidente de Chernobyl: apresentação. · Trabalhos técnicos · Alexandre Ferreira Ramos - 2014 · **Relatório 2 ? Chernobyl 1** · ?Estudo dos novos processos de fissão-fusão para geração de eletricidade, insumos estratégicos e reutilização do combus… · Trabalhos técnicos · Reginaldo de Jesus Napolitano; Alexandre Ferreira Ramos; Esmerindo de Sousa Bernardes et al. - 2014 · **Symmetry insights for supercomputer network topologies: roots and weights lattices** · Apresentações · Alexandre Ferreira Ramos - 2014 · **Symmetry insights for supercomputer network topologies: roots and weights lattices** · Apresentações · Alexandre Ferreira Ramos - 2013 · **Relatório 1 ? Fusão 1** · ?Estudo dos novos processos de fissão-fusão para geração de eletricidade, insumos estratégicos e reutilização do combus… · Trabalhos técnicos · Alexandre Ferreira Ramos; Reginaldo de Jesus Napolitano; Esmerindo de Sousa Bernardes et al. - 2013 · **III Encontro sobre Energia Nuclear e Proteção Ambiental** · IFSC-USP; EACH-USP; Poli-USP; PRP-USP; IPEN; Eletronuclear; CNEN; · Organização de eventos · Alexandre Ferreira Ramos; HORNOS, J. E. M.; Orlando João Agostinho Gonçalves Filho et al. ## Projetos (6) - **AI-based characterization of inflammatory profile of long covid patients** · 2023–atual · PESQUISA · Financiamento: Fundação de Apoio à Universidade de São Paulo · We aim to characterize the inflammatory profile of patientspresenting post-acute sequelae of SARS-CoV-2 infection (PASC, orlong covid) by means of artificial i… - **Physiological model of gene regulation in Drosophila** · 2021–atual · PESQUISA · Financiamento: National Institutes of Health · The project is dedicated to elucidating gene transcription bursts that occur during the development of Drosophila melanogaster embryos. These bursts, occurring… - **Desenvolvimento de um sistema automatizado de inferência de regulação da expressão gênica** · 2019–atual · PESQUISA · Financiamento: Universidade de São Paulo - **Dinâmica estocástica aplicada à proliferação celular** · 2014–atual · PESQUISA · Financiamento: Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior · Durante a última década a pesquisa em câncer recebeu uma nova ferramenta: os modelos matemáticos dedicados à análise de vários aspectos sobre o crescimento e a… - **Convênio USP - Eletrobrás Eletronuclear** · 2012–2015 · EXTENSAO · 0 · ESTUDO DOS NOVOS PROCESSOS DE FISSÃO-FUSÃO PARA GERAÇÃO DE ELETRICIDADE, INSUMOS ESTRATÉGICOS E REUTILIZAÇÃO DO COMBUSTÍVEL IRRADIADO. - **Classificação da função e dos mecanismos de supressão de flutuações aleatórias em regulação da expressão gênica.** · 2009–atual · PESQUISA · 0 · Este projeto é dedicado à investigação das estratégias de regulação da expressão do gene estocástico. Visamos classificar as diferentes formas de ruído originá… ## Orientações ### Em andamento (2) - DOUTORADO · Guilherme Giovanini · **Modelos estocásticos de regulação da expressão gênica para auxiliar desenhos de experimentos em laboratório e terapias direcionadas a genes** · 2022 - INICIACAO CIENTIFICA · Leonardo dos Reis Gama · **Modelamento estocástico da expressão gênica** · 2019 ### Concluídas (12 mais recentes de 28) - 2021 · MESTRADO · Suzylaine da Silva Lima · **Técnicas de análise de dados moleculares em sistemas biológicos** - 2021 · OUTRO · Cauê Augusto Boneto Gonçalves · **Aplicações do algoritmo genético para compreender a determinação da regulação da expressão gênica** - 2019 · MESTRADO · Guilherme Giovanini · **Modelos binários estocásticos para a expressão gênica: uma análise comparativa das propriedades de ruído e uma investigação de respostas a terapias gênicas** - 2019 · DOUTORADO · Alan Utsuni Sabino · **Métodos computacionais para interpretação de dados biológicos** - 2019 · OUTRO · André Luiz Penteado Gomes · **Inferência estatística e estocasticidade em expressão gênica** - 2016 · MESTRADO · Misaki Yamada Sittoni · **Modelamento estocástico dos efeitos biológicos de radiação ionizante de baixa intensidade** - 2015 · OUTRO · Miguel Felipe Silva Vasconcelos · **Simulações da interação laser-matéria** - 2015 · OUTRO · Alan Utsuni Sabino · **Análise do regimo de equilíbrio do modelo de Widom-Rowlinson aplicada à proliferação celular e tumorigênese** - 2015 · OUTRO · Marcus Vinicius Campos Rodrigues da Silva · **Métodos matemáticos aplicados a sistemas complexos - dinâmica de competição** - 2015 · OUTRO · Sophia Moura de Campos Vergueiro · **ESTUDO DOS NOVOS PROCESSOS DE FISSÃO-FUSÃO PARA GERAÇÃO DE ELETRICIDADE, INSUMOS ESTRATÉGICOS E REUTILIZAÇÃO DO COMBUSTÍVEL IRRADIADO** - 2015 · OUTRO · Suzylaine da Silva Lima · **ESTUDO DOS NOVOS PROCESSOS DE FISSÃO-FUSÃO PARA GERAÇÃO DE ELETRICIDADE, INSUMOS ESTRATÉGICOS E REUTILIZAÇÃO DO COMBUSTÍVEL IRRADIADO** - 2015 · OUTRO · Caroline Lucchi · **ESTUDO DOS NOVOS PROCESSOS DE FISSÃO-FUSÃO PARA GERAÇÃO DE ELETRICIDADE, INSUMOS ESTRATÉGICOS E REUTILIZAÇÃO DO COMBUSTÍVEL IRRADIADO** --- Fonte: Plataforma Lattes (CNPq), organizado por USP Aberta — https://uspaberta.ime.usp.br/docentes/1216871665198656 Ao citar, referencie USP Aberta e o currículo Lattes do docente.