João Eduardo Ferreira.

With hundreds of millions of video cameras in several cities around the world, human operators remain the main users of video data whose volume is growing explosively. This situation must change so that automated monitoring of live video in open spaces can become a cornerstone of operational planning for public security, intelligent transport and epidemiological surveillance. Despite the success in closed environments, such as airports and shopping malls (for example, in face recognition), the automated recognition of events in open spaces remains a major, important and urgent research and technological development challenge. The technical and fundamental difficulty arises in view of the occurrence of unprecedented events in open environments, exceeding the knowledge of the Machine Learning (ML) classifiers, trained and tested in fixed data sets, such as CIFAR (Canadian Institute for Advanced Research). Specifically, new entities and events, which appear as outliers, are generally considered noise by these classifiers. A tragic example of this limitation was the accident caused by Uber's automatic driving system (Arizona, 2018), when a pedestrian walking with a bicycle was fatally run over. The press described the cause of the accident as: "Uber software does not recognize human beings outside pedestrian crossings". This proposal describes the project called Automated Intelligent Monitoring System (AIMS), which aims to develop research, effective technologies and human resources training for real-time monitoring of live video, based on the premise of Evidence Based Knowledge Acquisition (EBKA).

Infraestrutura de Conectividade de 100 Gbps para as universidades do Estado de São Paulo.

Infraestrutura de Conectividade de 100 Gbps para as universidades do Estado de São Paulo.

Infraestrutura de Conectividade para Pesquisa no Estado de São Paulo.

Este projeto busca fomentar as atividades de pesquisa e desenvolvimento tecnológico em inteligência artificial aplicada à ciência de dados da área jurídica, utilizando-se algoritmos de aprendizagem de máquinas com vistas ao desenvolvimento de ferramentas computacionais piloto para a análise de documentos ou dados processuais, conforme Convênio de Cooperação para Desenvolvimento Científico e Tecnológico em Ciência e Engenharia Dados, celebrado entre o Tribunal de Justiça do Estado de São Paulo (TJSP) e a Universidade de São Paulo (USP).

Infraestrutura de conectividade para as atividades acadêmicas da Universidade de São Paulo.

The astonishing fast rate of technology evolution has given rise to a new era of scientific knowledge discovery. This new age of science, known as e-Science, is described as the new great computational and multidisciplinary team science requiring novel methodologies for data storage, modeling and analysis. In particular, the development of transactional and analytical software systems for e-Science applications when viewed from a dynamic systems perspective, presents a number of new computational challenges. Among them are the scientific knowledge discovery processes, which involve frequent changes of requirements for data storage, modeling and analysis. The need to address scientific dynamic systems in order to cope with complex applications of e-Science has woken up the scientific community for the development of robust and evolutionary software systems to meet these new challenges. Dynamical system is the classical mathematical formalism to represent phenomena that evolute with time, which are of great interest in science. In this project, our main goal is to develop computational models and methodologies to support e-Science applications viewed as dynamic systems. Our fundamental research covers three key research areas, namely storage, modeling, and analysis of dynamic systems. These research areas are significant and relevant to the FAPESP e-Science Program since many of the present e-Science challenges are related to the proper treatment of dynamic systems. Hence, we plan to develop and apply computational methodologies that will ease the development of e-Science applications, thereby contributing to the improvement of worldwide scientific knowledge, while respecting legal and ethical restrictions in data management.

O objetivo principal é a evolução tecnológica da rede de telecomunicações da USP (USPnet) para que a mesma disponibilize ao usuário final uma estrutura de comunicação ubíqua e pervasiva. Mais concretamente pretende-se assegurar à USPnet um desempenho de qualidade boa e equiparável em qualquer localização ou campi da USP, independente do ponto de provimento.

Ao longo de toda a história, desde os primeiros estudos anatômicos conhecidos na Idade Média até o uso de modernas técnicas moleculares para o estudo de processos fisiopatológicos, a autópsia mostrou ser um processo importante e fonte de muito material para o avanço do conhecimento científico. Apesar do surgimento de um amplo conjunto de técnicas de imagem vários estudos têm demonstrado que a autópsia continua a ser crucial para a avaliação integrada do processo de doença, a avaliação de novas patologias e controle de qualidade do serviço médico. Neste projeto objetiva-se empregar novas técnicas apoiada pelos serviços computacionais tanto para controle operacional como análise de dados.

A Internet tem tratado várias fontes de dados ativas e altamente heterogêneas permitindo novas aplicações e acesso a informações valiosas. Duas dimensões da heterogeneidade têm dificultado o acesso pleno e crescente de novas informações. A primeira dimensão é a enorme variedade de fontes de dados e conteúdo incluindo seu formato e estrutura. A segunda dimensão é o crescimento exponencial das fontes de dados ativas e inteligentes, como smartphones, que geram muitos tipos de dados com mais de 20 sensores físicos e com enorme variedade nas mídias sociais. Assim, propomos uma pesquisa para a integração de fontes de dados ativas e altamente heterogêneas para detectar multieventos. Multieventos são sequências de eventos que terminam em um evento principal. Exemplos de multieventos incluem desastres naturais, tais como desliza-mentos de terra e desastres nucleares. Primeiro, vamos construir ferramentas de software para apoiar dois tipos de alta heterogeneidade: fontes mutáveis e muitas fontes de multimídia não-estruturadas incluindo mídia social em línguas estrangeiras. Em seguida vamos utilizar esses conceitos e ferramentas em aplicações para mostrar sua viabilidade e avaliar a sua eficácia.

Descrição: Há 15 anos os National Institute of Health nos Estados Unidos financia um grupo de seis bancos de sangue nos EUA denominado REDS (Retrovirus Epidemiology Donor Study) que desenvolvem pesquisas relacionadas à segurança transfusional. Em 2005, uma concorrência para que outros países submetessem projetos de pesquisa para fazerem parte desta rede. Com base no mérito do trabalho, foram escolhidos o Brasil e a China para participarem desta nova etapa, que se chama REDS Internacional O projeto terá duração de 4 anos e serão aplicados cerca de US 3 milhões na proposta brasileira. Três hemocentro brasileiros (Fundação Pró-Sangue/ Hemocentro de São Paulo, Hemominas, e HEMOPE) submeteram um proposta juntamente com o Blood Systems Research Institute (BSRI) em São Francisco. Este projeto também terá a participação do Departamento de Ciência da Computação do IME/USP e do Depto. de Medicina Preventiva e Social da UFMG. O projeto será liderado pela Dra Ester C Sabino da Fundação Pró-Sangue e terá a participação dos seguintes pesquisadores do Brasil: Anna Barbara F. Carneiro-Proietti- Fundação Hemominas Divaldo Sampaio - HEMOPE Thelma Gonzalez - Fundação Pró-Sangue Hemocentro de São Paulo Fernando A Proietti - Depto. de Medicina Preventiva e Social da Universidade Federal de Minas Gerais João Eduardo Ferreira - Departamento de Ciência da Computação do Instituto de Matemática e Estatística da Universidade de São Paulo. O principal objetivo do estudo é obter informações que possam reverter na melhoria da segurança transfusional. O projeto prevê o desenvolvimento de um banco de dados que auxilie os hemocentros a analisar os dados guardados por seu sistema operacional. Serão desenvolvidos 3 projetos de pesquisa: a) Risco residual de transmissão de HIV b) Estudo epidemiológico epidemiológico relacionado à validade das perguntas usadas na triagem de doadores. c) Historia Natural da doença de Chagas, com História natural da doença de Chagas.

Projeto financiado pela Pró-Reitoria de Pesquisa da Universidade de Sáo Paulo. 
vigência 30/06/2012 a 30/05/2016. Coordenador Geral: Roberto Marcondes Cesar Jr.. Coordenador da área de Banco de Dados: João Eduardo Ferreira.

Este projeto visa a criação de uma rede colaborativa de eScience para acelerar pesquisa avançada em ciências da vida (biologia, medicina, oceanografia) e ciências agrárias. Está estruturado em tomo de cinco linhas de pesquisa - biologia de sistemas, planejamento de safras, computação visual, modelagem matemática e bancos de dados. Vigência: 01 de fevereiro de 2012 - 31 de janeiro de 2016. Coordenador Geral Roberto Marcondes Cesar Jr.. Coordenador da área de Banco de Dados: João Eduardo Ferreira.

In modern science and business process studies the main challenge is not anymore in data acquisition but mainly in data processing, analysis, storage and transfer. To treat these challenges, workow and business process systems have received increased attention from research and industry communities. Despite of the signicant eorts and software tools developed, the workows and business processes still oer a scenario with several research challenges, mainly related to the scalability and reliability of their execution in the new collaborative and high-performance computing platforms. In this pro ject, we are focusing in two important issues (called axes) belonging to this scenario: transaction processing and prediction of performance related to dierent phases of the workow life cycle. The rst axis is related to transaction processing aiming to grant a exible and reliable environment for the modeling and execution of workows. The second research axis is related to prediction of performance of workows by means of formal modeling, in order to support a better provisioning of resources and a better scheduling of tasks in such type of applications. To validate the results obtained in these two research axes, we will use two real-world case studies that are important examples of both workows and e-Science applications. In addition to the academic results provided in this project, we also hope to increase the research capability of the DATA group through two important research axes and also the validation of academic results based on two important case studies.

Chagas disease remains one of the most neglected diseases in the world, with recent estimates indicating
8-10 million infected people in Latin and Central America and only one marginally effective therapeutic. The
lack of good biomarkers for active infection or clinical end-points poses a problem both for individual patient
prognosis and for assessing the performance of new drugs or therapeutic interventions. In this project the main computer challenge is the development of database system in order to integrate data clinical and data tests from patients.

O Departamento de DST, Aids e Hepatites Virais precisa de ferramentas de Bioinformática para auxiliar a análise dos seus resultados. Esse projeto deseja alcançar: 1) capacitação técnica para entendimento do ambiente computacional e o código fonte dos sistemas: DBCollHIV, HIVdag e extração e análise de indicadores dos dados clínicos e moleculares; 2) domínio e aplicação 
das técnicas de classificação e análise de dados clínicos e moleculares bem como a identificação automatizada das associações entre mutações e resistência a drogas. 3) desenvolvimento do algoritmo para identificação de mutações tendo como ponto de partida arquivos de seqüências em formato FASTA; 4) Sistemas transacionais para inserção de dados clinicos e moleculares confiáveis e disponívieis na internet.

Desenvolvimento de ferramentas computacionais para criação e análise de indicadores dos dados clínicos e moleculares de
pacientes HIV para gestão e tomada de decisão do Departamento de DST, Aids e Hepatites Virais, bem como a Implementação
do Teste de Genotipagem para detecção de mutações que geram resistência ao Inibidor de Entrada ? Enfuvirtida ? em pacientes
submetidos ao HAART, mas sem tratamento prévio com esta classe de drogas.

Um dos desafios para aplicações E-Science é a análise em larga escala de séries temporais, originárias de grandes bancos de dados multidimensionais.
Este projeto propõe a integração de algoritmos de visualização e classificação não-supervisionada de séries temporais armazenadas em banco de dados multidimensionais. Essa integração será validada com a utilização de um banco de dados real de doadores de sangue de três grandes hemocentros do Brasil, de modo a melhor caracterizar o comportamento desses doadores tendo em vista a melhoria da segurança transfusional.

Processamento de requisição é uma aplicação importante no gerenciamento de processos de negócio. Dois dos principais desafios para projeto e implementação de sistemas de processamento de requisi-ções são: (1) inter-operação e integração de sistemas de informação autônomos e heterogêneos; (2) evolução flexível e composição de elementos de software que implementam o workflow de processa-mento de requisições. Nesse projeto de pesquisa propomos o conceito de Plano de Navegação como solução para vários desafios de processamento de requisições. A hipótese principal de nossa pesquisa é que os três estágios de processamento de requisições podem ser separados, implementados, integrados e executados através de interfaces que apóiam tanto a integração de sistemas autônomos e heterogêneos como também a evolução flexível de workflows. Os três estágios são: primeiro, um cli-ente (usuário ou outro programa) gera uma requisição, isto é, um pedido de informação, materiais ou serviços; segundo, a requisição é validada através de uma série de passos de negócio. Isso é impor-tante desde que as requisições validadas possam ser finalizadas apenas quando elas satisfaçam as exigências especificadas nos passos de negócio; terceiro, a requisição validada é submetida aos pro-cessos de execução apropriados para atender às exigências especificadas. A representação e execu-ção de passos de negocio em ambientes de workflows tem gerado vários desafios. Um deles é: Qual é a melhor fundamentação formal e linguagem para controlar padrões de workflow? Algumas das lin-guagens workflow advogam abordagem de Redes de Petri ou Álgebra de Processos, como fundamen-tação formal. Entretanto, a implementação de padrões de workflow descritas por Álgebra de Proces-sos ainda é um problema em aberto. Nessa pesquisa, Álgebra de Processos tem sido usada para representar uma descrição semi-formal da linguagem de definição de Plano de Navegação (NPDL). Seis atividades são propostas nesse projeto de pesquisa para aprofu

Este projeto pretende implementar um banco de dados através da integração de bancos do Programa de DST-AIDS já existentes (SICLOM, SISCEL e RENAGENO) de modo a viabilizar os elementos analíticos para cruzamento de informações vinculadas aos aspectos clínicos, epidemiológicos e de genotipagem dos pacientes com HIV positivo. Pretende-se também adequar ferramentas de bioinformática que permitam analisar sequências do HIV, gerando laudos de genotipagem e subtipagem.

Data Warehouse para análise de dados do banco de sangue do Hospital Israelita Albert Einstein.

Banco de dados de produtos e serviços para pessoas portadoras de deficiência, junto ao CECAE-USP

A finalização do genoma de P. falciparum, bem como avanços significativos no genoma de P. vivax foram anunciados recentemente na revista Nature [415:702-709 (2002)]. Este projeto propõe o uso de abordagens genômicas e pós-genômicas em três áreas principais de pesquisa em malária: fatores de virulência, genética de populações e quimioterapia. Além disso, através da integração com o Núcleo de Bioinformática da USP, propomos a criação de um banco de dados de seqüências e imagens de microarrays (MalDB) para explorar de modo completo toda essa nova informação biológica.

Indexação de resultados de classificadores em grandes volumes de dados.

otimização de técnicas de acesso a disco baseado em dois conceitos de projeto físico de bancos de dados: indexação e cache.