Junior Barrera.

The astonishing fast rate of technology evolution has given rise to a new era of scientific knowledge discovery. This new age of science, known as e-Science, is described as the new great computational and multidisciplinary team science requiring novel methodologies for data storage, modeling and analysis. In particular, the development of transactional and analytical software systems for e-Science applications when viewed from a dynamic systems perspective, presents a number of new computational challenges. Among them are the scientific knowledge discovery processes, which involve frequent changes of requirements for data storage, modeling and analysis. The need to address scientific dynamic systems in order to cope with complex applications of e-Science has woken up the scientific community for the development of robust and evolutionary software systems to meet these new challenges. Dynamical system is the classical mathematical formalism to represent phenomena that evolute with time, which are of great interest in science. In this project, our main goal is to develop computational models and methodologies to support e-Science applications viewed as dynamic systems. Our fundamental research covers three key research areas, namely storage, modeling, and analysis of dynamic systems. These research areas are significant and relevant to the FAPESP e-Science Program since many of the present e-Science challenges are related to the proper treatment of dynamic systems. Hence, we plan to develop and apply computational methodologies that will ease the development of e-Science applications, thereby contributing to the improvement of worldwide scientific knowledge, while respecting legal and ethical restrictions in data management..

bjetivo: Desenvolvimento de modelos, técnicas, métodos e sistemas de software visando à melhoria da vida da população urbana por meio da utilização da tecnologia da informação e da comunicação. Essa pesquisa envolve técnicas avançadas de Computação em Nuvem, Internet das Coisas, Computação de Alto Desempenho, Engenharia de Software, Big Data e Aprendizado de Máquina..

Rede de pesquisa, extensão e ensino financiada pela Capes. Para maiores detalhes, ver http://neuro.ufrn.br/bsc. 
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.

No Instituto Butantan toxinologia e regulação da resposta imune são, tradicionalmente, áreas conexas de pesquisa científica e desenvolvimento biotecnológico, através das quais o Instituto, historicamente, construiu sua reputação internacional de excelência. Na cultura do Instituto, venenos são misturas complexas de toxinas, selecionadas ao longo da evolução para sinergicamente exercerem efeitos biológicos sistêmicos, através de mecanismos bioquímicos, moleculares e celulares altamente específicos. Portanto, a análise química de venenos tem boas chances de levar à descoberta de novas moléculas de toxinas com potencial terapêutico. Essas premissas foram seguidas com sucesso por pesquisadores do Centro de Toxinologia Aplicada (CAT CEPID-FAPESP), projeto iniciado há 10 anos, que isolaram, caracterizaram quimicamente e patentearam diversas toxinas de natureza proteica, que se tornaram pontos de partida para desenvolvimento de inovação farmacêutica em parceria com indústrias locais. A ênfase em proteínas e peptídeos levou o CAT CEPID a instalar laboratórios no estado da arte para transcriptômica, proteômica, biologia molecular do DNA recombinante e síntese de peptídeos. Mais recentemente, estudos dos mecanismos de ação, bioquímicas, moleculares e celulares, dessas promissoras moléculas foram iniciados com o objetivo de estabelecer provas de conceito. Assim, o CAT estabeleceu, no Instituto Butantan, as condições iniciais para a criação de um centro de toxinas e resposta imune fundamentado nas abordagens atuais da biologia sistêmica. Por conseguinte, 10 pesquisadores, entre os mais competitivos do Instituto Butantan, propõem a criação do novo Centro de Toxinas, Resposta-imune e Sinalização Celular, com aspirações a centro de excelência de classe mundial, aproveitando a histórica reputação internacional do Butantan e o sucesso recente do CAT CEPID. O Plano de pesquisa do Centro Integra subprojetos voltados para a pesquisa científica com subprojetos de vocação para a inovação tecnológica. Um grande grupo de cientistas seniores do Instituto Butantan, de outras instituições brasileiras e de renomadas instituições estrangeiras serão colaboradores do Centro proposto. (AU)

Análise e nodelagem de fenômenos naturais mensuráveis por técnicas matemático computacionais.

Este projeto visa construir modelos quantitativos que permitam prever fenõmenos relacionados com o ciclo celular.

Dentre os desafios enfrentados atualmente pela pesquisa em reconhecimento de padrões, cabe ressaltar três linhas fundamentais: (a) problemas em que elementos devem ser descritos estruturalmente através de uma rede indicando conexões entre tais elementos; (b) problemas envolvendo a evolução da informação ao longo de alguma variável independente (e.g. tempo, no caso de sequências de vídeo); (c) problemas envolvendo ambos aspectos, i.e. uma rede de elementos cuja dinâmica evolui ao longo de alguma variável independente. O presente projeto temático, unindo os grupos de visão do IME-USP e IFSC-USP, além de pesquisadores colaboradores de outras instituições, prevê o estudo, desenvolvimento e aplicação de técnicas de reconhecimento de padrões com esses três ítens formando o tema de integração da pesquisa. Além da área de reconhecimento de padrões, o projeto inclui técnicas e problemas de visão computacional, processamento de imagens e de sinais e bioinformática, todas sendo áreas de trabalho dos pesquisadores proponentes.

Projeto conjunto com o IME-USP, MIT e Harvard Medical School, no qual aplicaremos técnicas de análise de imagens por nós desenvolvidas para resolução de problemas em expressão gênica e bioinformática.

Organização de cursos de Bioinformática de curta duração para alunos latino-americanos.

Análise de dados de biologia molecular, particularmente de expressão gênica, para pesquisar melhorias vegetais e animais.

Análise de dados de biologia molecular, particularmente de expressão gênica, para entender mecanismos biológicos presentes no parasita da malária.

Desenvolver técnicas de análise de expressão gênica e aplica-las ao entendimento de
Problemas biológicos, como o controle do ciclo celular.