Joao Carlos Setubal.

Trata-se de um Centro de Pesquisa, Inovação e Difusão (CEPID) financiado pela FAPESP

Neste projeto pretendemos desenvolver oito ferramentas de bioinformática com diversas aplicações, sendo as principais biotecnologia e saúde humana. A filosofia geral do projeto é dada pelas seguintes diretrizes:1. Iremos produzir ferramentas para uso público (de livre acesso, sem custo para usuários, código aberto), a serem disponibilizadas em repositórios como GitHub e CRAN, e associadas a publicações como BMC Bioinformatics, Bioinformatics, entre outras.2. Em cada ferramenta, teremos a parceria de pelo menos um pesquisador bioinformata com um pesquisador de ciências da vida, tal que este último seja um especialista na área de aplicação da ferramenta.3. Os implementadores das ferramentas serão predominantemente alunos de pós-graduação dos pesquisadores participantes, em sua maioria alunos do programa de pós-graduação interunidades em Bioinformática da Universidade de São Paulo. Esperamos também contar com a participação de um bolsista DTI e um bolsista de Iniciação Tecnológica e Industrial.4. Para cada ferramenta, os pesquisadores e os implementadores formarão uma equipe. As diversas equipes manterão contato constante ao longo do projeto, para garantir sinergia de trabalho entre os diversos sub-projetos.

Levantamento do microbioma por meio de sequenciamento do gene rRNA de 16S de amostras de solos, rizosfera, e plantas de soja e milho em regiões de plantio dessas culturas

O objetivo deste projeto é realizar avanços no estado da arte em biologia computacional1 por meio de
trabalho interdisciplinar em projetos biológicos motivadores. Esses projetos têm em comum entre si
necessidades sofisticadas de bioinformática; além disso, vários dos temas importantes da biologia
computacional aparecem de forma recorrente em muitos desses projetos, permitindo assim uma
sinergia na análise dos dados e no desenvolvimento de novas ferramentas.

A área científica geral que permeia os projetos motivadores é a área de Ciências Genômicas. Usamos
este termo para designar todas as investigações biológicas que dependem direta ou indiretamente do
conhecimento do genoma dos organismos de interesse. Recaem portanto nesta definição várias das
técnicas conhecidas como ?ômicas?, tais como a genômica, a transcritômica e a proteômica. O advento
das tecnologias de sequenciamento de nova geração (NGS) barateou extraordinariamente os custos de
sequenciamento, tanto para DNA quanto RNA. Isso abriu novos horizontes de pesquisa em variadas
áreas, mas ao mesmo tempo trouxe demandas novas e intensas de processamento computacional,
exigindo a adaptação de antigas técnicas e a formulação de novas. É neste contexto que se insere este projeto.

The goal of the project is to develop a network modeling tool, PlantSimLab, that enables plant biologists to build, validate, and use intuitive computer models, with a user interface that does not require mathematical or modeling expertise. No such tool is currently available.

Este projeto tem por objetivo geral coletar, analisar e prospectar dados moleculares de três microbiomas existentes no Parque Zoológico do Estado de São Paulo: compostagem vegetal da mata atlântica, lago, e fezes de macacos bugio. O projeto fará uso de diversas metodologias, sendo as principais a metagenômica por pirossequenciamento, a identificação dos isolados microbianos por espectrofotometria de massa, e bioinformática. O projeto inclui pesquisadores da USP (campi Butantan e Zona Leste), da UNIFESP (campi Vila Clementino e Diadema), e da Fundação Parque Zoológico de São Paulo. O projeto trará novos resultados sobre a biodiversidade de microorganismos e de biomas específicos, com prospecção e o estabelecimento de coleções de linhagens microbianas; desenvolvimento de estratégias para a rápida identificação e transferência de linhagens com potencial de aplicação biotecnológica e industrial; e bioprospecção de produtos microbianos.

Criação de modelos ocultos de Markov que representem famílias de proteinas de processos microbianos relevantes para aplicações biotecnológicas em bioenergia

The Oomycete-Soybean Coordinated Agricultural Project (CAP) is a community, transdisciplinary effort of 28 co-project directors at 17 institutions. The Virginia Bioinformatics Institute at Virginia Tech is the lead institution. Brett Tyler is the lead PD. The project is funded by the the Agriculture and Food Research Initiative (AFRI) of the National Institute of Food and Agriculture (NIFA), an agency within the U.S. Department of Agriculture (USDA).

Criação de infra-estrutura de sofware para utilização da Cloud Azure da Microsoft para problemas de larga escala em genômica

Novos termos da Gene Ontology sao criados para processos de bioenergia em micro-organismos. Esses termos sao usados na anotacao de genomas microbianos relevantes para bioenergia.

Banco de dados, ferramentas computacionais de construcao e analise, e interface web para familias de proteinas em microorganismos

Sequenciamento e anotacao/analise do genoma da bacteria A. vinelandii

Geracao de novos termos da Gene Ontology para funcoes, processos e componentes relacionados com interacao microbio-plantas (e animais), e aplicacao desses novos termos na anotacao de genomas especificos

sequenciamento e analise de a. vitis s4 e a. radiobacter k84

Banco de dados genomicos e correlatos para bacterias e virus constantes da lista de prioridades do NIAID/NIH

Projeto objetivou sequenciamento e analise de 180.000 sequencias de ESTs do parasita humano Schistosoma mansoni. O projeto é liderado pelo Prof. Sergio Verjovski-Almeida, do IQ-USP. Minha participacao se deu realizando a bioinformatica, em colaboracao com o grupo do prof. Verjovski-Almeida. Participa tambem meu aluno de mestrado Joao Paulo Piazza. O projeto já conseguiu uma publicação importante (Nature Genetics), mas há intenção de se prosseguir com as análises.

Projeto financiado pela FAPESP e CNPq. Coube ao LBI/IC o valor de R$ 80 mil (FAPESP) e US$12500 (CNPq).

O projeto objetivou o sequenciamento completo e análise do genoma da bactéria Leptospira interrogans serovar Copenhageni, causadora da leptospirose. O LBI/IC realizou toda a bioinformática desse projeto. O projeto já tem um manuscrito aceito para publicação, a qual deve ocorrer em 2004.

O projeto objetiva o sequenciamento completo e analise do genoma da bacteria Leifsonia xyli, que causa doencas em cana de açúcar. É um projeto realizado pela rede AEG/ONSA do estado de São Paulo. O Laboratório de Bioinformática do IC/Unicamp coordenado por mim realiza toda a bioinformática desse projeto.

Sequenciamento, anotacao e analise dos genomas das bacterias Xanthomonas citri e campestris

Sequenciamento, anotaco e analise do genoma da bacteria Xylella fastidiosa