Perfil do docente · FCFRP

Fernando Luís Barroso da Silva.

Livre · Departamento de Ciências Biomoleculares

Unidade: Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto
Departamento: Departamento de Ciências Biomoleculares

Currículo atualizado em 01/12/2025

Mecanica Estatistica de Biomoleculas e Sistemas ColoidaisFisica BiologicaQuímica TeóricaEstrutura de Solidos Liquidos e SolucoesConformacao de MacromoleculasVirologia Computacional

Cita-se como: Da SILVA, F. L. B.;daSilva, F.L.B.;da Silva, F.L.B.;Barroso da Silva, Fernando Luís;da Silva, Fernando Luis Barroso;da Silva, Fernando Lui?s Barroso;da Silva, Fernando Luís Barroso;barroso da silva, f l;SILVA, FLB;SILVA, FERNANDO L. B. DA;Barroso da Silva, Fernando L.;SILVA, FERNANDO LUIS BARROSO

17 seções

Resumo biográfico

Fernando Luís Barroso da Silva é Professor Associado da Universidade de São Paulo (USP), físico e líder do Laboratório de Biofísico-Química Computacional (BPC), onde a Bioinformática, a Biofísica Molecular, a Físico-Química, a Física da Matéria Condensada Mácia, a Medicina e a Farmácia se encontram. Graduado em Física pela Unesp/Bauru (1994), concluiu seu Ph.D. em Theoretical/Physical Chemistry pela Lunds Universitet (Suécia, 2000), sob orientação de Bo Jönsson, com foco em estudos mecânico-estatísticos de soluções aquosas e sistemas biomoleculares. Desde então, desenvolve sua carreira na interseção entre Biofísica Molecular, Virologia Computacional, Bioinformática Estrutural, Físico-Química, Física da matéria condensada macia e Engenharia de Biomoléculas. Desenvolve e aplica métodos originais de simulação molecular a pH constante e Inteligência Artificial para o estudo de sistemas biomoleculares de relevância biológica, farmacêutica e médica, com especial ênfase na virologia computacional. Entre suas contribuições destacam-se estudos pioneiros sobre interações eletrostáticas que elucidaram a associação paradoxal entre macromoléculas de mesma carga, unificando hipóteses divergentes e estabelecendo novos paradigmas em Biofísica Molecular. Suas pesquisas abrangem vírus de alto impacto global, como SARS-CoV-2, flavivírus (Dengue e Zika) e norovírus, visando compreender a física fundamental de suas proteínas e utilizar esse conhecimento para elucidar mecanismos de patogênese, polimorfismos genéticos, prever mutações, mapear rotas de escape viral e projetar anticorpos monoclonais, vacinas e terapias inovadoras. Sua atuação internacional inclui períodos como professor visitante na Lunds Universitet (Suécia, 2013/14), KTH (Suécia, 2013), University College Dublin (Irlanda, 2016) e Sorbonne Université/Université Paris Cité (França, 2015/16, 2017/18, 2018/19, 2023/24, 2024/25) além de visitas de curta duração em outros centros. É Visiting Scholar da NCSU (EUA) desde 2013 e membro da Global One Health Academy (EUA). Mantém colaborações ativas com diversas universidades de excelência, integrando redes científicas que conectam modelagem molecular, fundamentos físicos e validação experimental na fronteira do conhecimento. Possui 54 artigos publicados em periódicos especializados de alto impacto, 1 livro e 3 capítulos de livro, além de inúmeros convites para palestras e centenas de apresentações em eventos nacionais e internacionais. Organizou conferências no Brasil, Irlanda e Suécia, e atua como revisor para dezenas de periódicos e agências de fomento nacionais e internacionais. Formou 5 mestres, 2 doutores, 1 pós-doutor e mais de 13 estudantes de iniciação científica, supervisionando atualmente doutorandos (incluindo co-tutela com a França) e mestrando, e coordenando 3 projetos de pesquisa. Seu trabalho combina rigor metodológico, inovação computacional e impacto translacional, gerando resultados que extrapolam a academia, com potencial para patentes, novos biofármacos, vacinas e biomateriais. Seu trabalho combina rigor metodológico, inovação computacional e impacto translacional, gerando resultados que extrapolam a academia, com potencial para patentes, novos biofármacos, vacinas e biomateriais. Ao integrar o avanço fundamental no entendimento das forças moleculares com aplicações estratégicas nas ciências farmacêuticas e médicas, afirma sua posição como referência na interseção das áreas em que atua. Em seu currículo Lattes, os termos mais frequentes na contextualização de sua produção são: interações eletrostáticas em e entre proteínas, Monte Carlo, Energia Livre, simulação computacional, Poisson-Boltzmann, forças fundamentais Biofísica, pH, Tanford-Kirkwood.Gerado pelo Sistema Interlattes CV-Resumé

Indicadores

Áreas de atuação

06 registros

Ciencias Biologicas
Biofísica
Biofísica Molecular › Mecanica Estatistica de Biomoleculas e Sistemas Coloidais
Ciencias Exatas E Da Terra
Física
Fisica Biologica
Ciencias Exatas E Da Terra
Química
Físico-Química › Química Teórica
Ciencias Exatas E Da Terra
Física
Física da Matéria Condensada › Estrutura de Solidos Liquidos e Solucoes
Ciencias Biologicas
Bioquímica
Biologia Molecular › Conformacao de Macromoleculas
Ciencias Biologicas
Microbiologia
Virologia Computacional

Formação acadêmica

06 registros

2013 – 2014Pós-DoutoradoConcluído
Pós-Doutorado · Lund University
Bolsa Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior
2000 – 2001Pós-DoutoradoConcluído
Pós-Doutorado · Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho
Bolsa Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico
1996 – 2000DoutoradoConcluído
Ph D In Theoretical Chemistry Physical Chemistry · Lund University
“Statistical Mechanical Studies of Aqueous Solutions and Biomolecular Systems”
Orientação: Bo JönssonBolsa Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico
1991 – 1994GraduaçãoConcluído
Física · Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho
Orientação: Aguinaldo R. de SouzaBolsa Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico
1990 – 1994GraduaçãoConcluído
Engenharia Elétrica · Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho
Livre-docênciaConcluído
Livre-docência · Universidade de São Paulo

Idiomas

03 registros

Idioma	Leitura	Fala	Escrita	Compreensão
Inglês	Bem	Bem	Bem	Bem
Espanhol	Razoável	Pouco	Pouco	Razoável
Sueco	Pouco	Pouco	Pouco	Pouco

Atuação profissional

59 registros

2024 – presenteVínculo atual
North Caroline State University
Affiliate Member1h/sem
2023 – 2023
City University of New York
Guest ProfessorProfessor Visitante
2023 – presenteVínculo atual
Universidade Federal do Espírito Santo
Colaborador
2023 – 2023
ENSEMBLE3 FOR NANOPHOTONICS, ADVANCED MATERIALS AND NOVEL CRYSTAL GROWTH-BA
Consultation Expert40h/sem
2023 – presenteVínculo atual
Université Paris-Cité
Visiting ProfessorProfessor Visitante40h/sem
2022 – presenteVínculo atual
COVID
Membro de corpo editorial
2022 – presenteVínculo atual
Frontiers in Molecular Biosciences
Membro de corpo editorial
2022 – presenteVínculo atual
Dutch Research Council
Revisor de projeto de fomento
2021 – presenteVínculo atual
Fundació La Marató de TV3
Revisor de projeto de fomento
2020 – presenteVínculo atual
European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases
Revisor de projeto de fomento
2019 – 2019
Université Paris Diderot
Professor Visitante40h/sem
2019 – presenteVínculo atual
Kidscan Children's Cancer Research
Revisor de projeto de fomento
2019 – presenteVínculo atual
Comisión Nacional de Investigación Científica y Tecnológica
Revisor de projeto de fomento
2019 – presenteVínculo atual
Frontiers in Medical Technology
Membro de corpo editorial
2018 – 2018
North Caroline State University
Professor Visitante40h/sem
2018 – 2018
Université Paris Diderot
Professor Visitante40h/sem
2018 – 2019
Universidade Sorbonne Paris Cité
Professor Visitante40h/sem
2018 – presenteVínculo atual
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior
Revisor de projeto de fomento
2018 – 2020
Institute of Physico-Chemical Biology
Colaborador
2018 – 2018
Institute of Physico-Chemical Biology
Professor Visitante40h/sem
2017 – 2017
North Caroline State University
Professor Visitante40h/sem
2017 – 2017
Université Paris Diderot
Professor Visitante40h/sem
2017 – 2018
Universidade Sorbonne Paris Cité
Professor Visitante40h/sem
2017 – presenteVínculo atual
European Research Council
Revisor de projeto de fomento
2016 – 2016
University College Dublin
Visiting ProfessorProfessor Visitante40h/sem
2016 – presenteVínculo atual
Stockholm University
Colaborador5h/sem
2015 – 2016
Université Paris Diderot
Professor Visitante40h/sem
2015 – presenteVínculo atual
American Chemical Society Petroleum Research Fund
Revisor de projeto de fomento
2015 – 2016
Universidade Sorbonne Paris Cité
Professor Visitante40h/sem
2014 – presenteVínculo atual
North Caroline State University
Visiting Scholar1h/sem
2014 – presenteVínculo atual
Centro Europeu de cálculo atômico e molecular
Revisor de projeto de fomento
2013 – 2014Dedicação exclusiva
Lund University
Professor Visitante40h/sem
2013 – 2013
Royal Institute of Technology
PesquisadorProfessor Visitante40h/sem
2013 – 2013
North Caroline State University
Professor Visitante40h/sem
2011 – 2011
Lund University
Pesquisador VisitanteProfessor vistante40h/sem
2011 – presenteVínculo atual
International Scholarly Research Notices
Membro de corpo editorial
2010 – 2013
Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto
Orientador externo junto a Casa da CiênciaColaborador4h/sem
2009 – 2009
Technical University of Denmark
Pesquisador VisitanteProfessor vistante20h/sem
2009 – presenteVínculo atual
FUNDACAO AMAZONIA DE AMPARO A ESTUDOS E PESQUISAS - FAPESPA
Revisor de projeto de fomento
2008 – presenteVínculo atualDedicação exclusiva
Universidade de São Paulo
Professor Associado (MS5)
2008 – 2009
Lund University
Pesquisador Visitante40h/sem
2006 – 2006
Lund University
Pesquisador Visitante40h/sem
2006 – 2006
Technical University of Denmark
Pesquisador Visitante20h/sem
2005 – 2005
Lund University
Pesquisador Visitante40h/sem
2005 – 2005
Technical University of Denmark
Pesquisador Visitante
2004 – 2004
Lund University
Pesquisador Visitante40h/sem
2004 – 2004
Universidade Nova de Lisboa
Pesquisador Visitante40h/sem
2004 – 2004
Technical University of Denmark
Pesquisador Visitante
2003 – presenteVínculo atual
Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo
Revisor de projeto de fomento
2002 – 2008
Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho
Orientador externo credenciado ao Programa deColaborador - Orientador Pós-G
2001 – 2008Dedicação exclusiva
Universidade de São Paulo
Professor Doutor (MS3)Servidor Publico
2000 – 2001Dedicação exclusiva
Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho
Pesquisador associadoBolsista recém-doutor40h/sem
2000 – 2000Dedicação exclusiva
Lund University
Bolsista FapespPesquisador Visitante
2000 – presenteVínculo atual
Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico
Revisor de projeto de fomento
2000 – presenteVínculo atual
The National Science Foundation
Revisor de projeto de fomento
1996 – 2000Dedicação exclusiva
Lund University
Bolsista CNPqBolsista de doutoramento
1993 – 1994Dedicação exclusiva
Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho
Bolsista de Iniciacao CientificaBolsista de IC20h/sem
1992 – 1994
Universidade de São Paulo
Iniciação CientíficaOutro20h/sem
1992 – 1993
Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho
Monitor de QuimicaMonitoria20h/sem

Produção bibliográfica

164 registros

100 de 100 itens

Por página

2025
From Validation To Prediction: A Biophysical Tool For Mapping SARS-CoV-2 Variant Evolution
Fernando Luis Barroso da Silva · 2025 EMBO/FEBS Lecture Course Physical Virology: across length scales · EMBO · Sant Feliu de Guixols
2021
Molecular aspects of the SARS-CoV-2 variants and their virulence
GIRON, CAROLINA CORRÊA; LAAKSONEN, AATTO; Fernando Luis Barroso da Silva · 20th Congress of the International Union for Pure and Applied Biophysics (IUPAB) · SBBq · São Paulo, SP (online)
2018
Análise de diferentes propriedades fisico-quimicas em variantes da proteína NS1 do vírus Zika
Sergio Alejandro Poveda Cuevas; Fernando Luis Barroso da Silva · Curso de Verão em Bioinformática 2018 · AB3C · Sao Paulo
2018
A FAST CONSTANT-PH MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION FOR THE COARSE-GRAINED HIRE-RNA MODEL
Fernando Luis Barroso da Silva; Samuela Pasquali · 47a Reunião Anual da SBBq · Joinville, SC
2018
Computational Analysis of the Main Physical-chemistry Properties on NS1 Protein in Zika Virus Strains
Sergio Alejandro Poveda Cuevas; Catherine Etchebest; Fernando Luis Barroso da Silva · 47a Reunião Anual da SBBq · Joinville, SC
2018
Developing and applying fast constant-pH simulation methods for RNA systems - From pKa benchmarks to protein-RNA interactions
Fernando Luis Barroso da Silva; Samuela Pasquali; Philippe Derreumaux · Regulatory & Non-Coding RNA?s Meeting, CSHL · CSHL · Cold Spring Harbor, EUA
2017
INTERACCIÓN ENTRE LAS PROTEÍNAS DE LA SEMILLA DE QUINOA Y QUITOSANO. ESTUDIOS EXPERIMENTALES Y COMPUTACIONALES
Natalia Montellano Duran; Jorge Ibarra; Dario Spelzini; Fernando Luis Barroso da Silva; Valeria Boeris · XX CONGRESO ARGENTINO DE FISICOQUIMICA Y QUIMICA INORGÁNICA · UniRío editora. Universidad Nacional de Río Cuarto · ISBN 978-987-688-2 · Río Cuarto
2017
pKa shifts due to the presence of a polyelectrolyte chain around milk proteins
Deepti Srivastava; Fernando Luis Barroso da Silva; Keith E. Gubbins; Erik E. Santiso · Symposium on Molecular Theory and Modeling · NCSU · Raleigh, NC
2017
On the chain length effects on the complexation of a polyelectrolyte with milk proteins
Katie Acken; Erik E. Santiso; Fernando Luis Barroso da Silva · Symposium on Molecular Theory and Modeling · Symposium on Molecular Theory and Modeling · Raleigh
2017
Protein-RNA complexation driven by the charge regulation mechanism
Fernando Luis Barroso da Silva; Samuela Pasquali; Philippe Derreumaux · Symposium on Molecular Theory and Modeling · NCSU · Raleigh, NC
2017
Constant-pH Coarse-grained Modelling of the S100 Proteins Self-association
Sergio Alejandro Poveda Cuevas; Fernando Luis Barroso da Silva · SBBq 2017 · Águas de Lindóia
2017
Fast coarse-grained model for RNA titration
Fernando Luis Barroso da Silva; Philippe Derreumaux; Samuela Pasquali · Reuniao Anual da SBBq 2017 · Aguas de Lindoia
2016
Algoritmos Genéticos Com Função De Avaliação Dinâmica Para O Problema De Predição De Estruturas De Proteínas
Luis Henrique U. Ishivatari; OLIVEIRA, LARIZA L. DE; Fernando Luis Barroso da Silva; TINÓS, RENATO · 10. Congresso Brasileiro de Inteligência Computacional · SBIC · Fortaleza
2016
Refining the calibration of a coarse-grained force field for protein complexation
Sergio Alejandro Poveda Cuevas; Fernando Luis Barroso da Silva · XMeeting 2016 - 12th International Conference of the Brazilian Association of Bioinformatics and Computational Biology (AB3C) · Belo Horizonte - MG
2016
Interaction of quinoa protein and carrageenan. Experiment and computational simulation
Natalia Montellano Duran; Dario Spelzini; Valeria Boeris; Fernando Luis Barroso da Silva · FRONTIERS IN PHYSICAL SCIENCES, HUMBOLDT KOLLEG · Buenos Aires, Argentina
2015
Investigating the pH and ionic strength effects on the affinity of a cationic peptide to anionic bilayer
Taisa G. Viegas; Fernando Luis Barroso da Silva; Joao Ruggiero Neto · I Congresso Regional da Sociedade Brasileira de Biofísica · Natal
2012
Multi and many objectives approaches in evolutionary algorithms for the protein structure prediction problem
CHRISTIANE R. S. BRASIL; Alexandre Cláudio Botazzo Delbem; Daniel R. F. Bonetti; Fernando Luis Barroso da Silva · XLI Reunião Anual da SBBq · Foz do Iguaçu, RP
2012
Ab initio Protein Structure Prediction with Estimation of Distribution Algorithm and full-atom model
Daniel R. F. Bonetti; Felipe Brunelli de Andrade; Alexandre Cláudio Botazzo Delbem; CHRISTIANE R. S. BRASIL; Fernando Luis Barroso da Silva · XLI Reunião Anual da SBBq · Foz do Iguaçu, RP
2012
On the complexation of protein-peptides and protein-nanoparticle
Fernando Luis Barroso da Silva · XLI Reunião Anual da SBBq · Foz do Iguaçu, RP
2011
Electrostatic Correlations in Proteins
Lariani Aparecida Delboni; Bo Jönsson; Fernando Luis Barroso da Silva · XL Annual Meeting of the Brazilian Biochemistry and Molecular · Foz do Iguaçu, RP
2011
ALGORITMOS GENÉTICOS COM FUNÇÃO DE AVALIAÇÃO DINÂMICA PARA O PROBLEMA DE PREDIÇÃO DE ESTRUTURAS DE PROTEÍNAS
Luis Henrique U. Ishivatari; Lariza Laura de Oliveira; Fernando Luis Barroso da Silva; Renato Tinós · 10th Brazilian Congress on Computational Intelligence (CBIC?2011) · Brazilian Society on Computational Intelligence (SBIC) · Fortaleza, CE
2010
ANÁLISE DO EMPREGO DO MÉTODO ABP EM DISCIPLINAS DE FÍSICO-QUÍMICA DO CURSO DE FARMÁCIA-BIOQUÍMICA
Fernando Luis Barroso da Silva; Márcia Mendes Ruiz Cantano · Congresso Internacional PBL2010 · Pan-American Network of Problem Based Learned · São Paulo, SP
2010
Análise do efeito de diferentes protocolos para cálculos de propriedades, eletrostáticas de biomoléculas através de soluções numéricas de Poisson":Boltzmann
Eliamar Francelino do Prado; Fernando Luis Barroso da Silva · V Escola de Modelagem Molecular em Sistemas Biológicos, V EMMSB-2010 · Petropolis, RJ
2010
Algoritmos genéticos com função de avaliação baseada em modelo coarse-grained para a predição de estruturas de proteínas
Lariza Laura de Oliveira; Luis Henrique U. Ishivatari; Fernando Luis Barroso da Silva; Renato Tinós · V Escola de Modelagem Molecular em Sistemas Biológicos, V EMMSB-2010 · Petropolis, RJ
2009
MONTE CARLO SIMULATIONS OF THE INTERACTION BETWEEN WHEY PROTEINS
Lariani Aparecida Delboni; Bo Jönsson; Björn Persson; Fernando Luis Barroso da Silva · 7th INTERNATIONAL CONGRESS OF PHARMACEUTICAL SCIENCES · Ribeirão Preto, SP

Produção técnica

306 registros

136 de 136 itens

Por página

2025
Parecer de 1 projeto para a Fapesp
Fernando Luis Barroso da Silva · Assessoria
2025
Parecer de 1 artigo científico - Journal of Receptors and Signal Transduction
Fernando Luis Barroso da Silva · Revisão de artigo para publicação
2025
Comitê de Programa do Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB)
Fernando Luis Barroso da Silva · Avaliação de trabalhos do evento
2025
Avaliação de trabalhos SBBq 2025
Fernando Luis Barroso da Silva · Avaliação de trabalhos do evento e durante o evento
2024
Program Committee member of 2024 IEEE Interntaional Conference on Bioinformatics and Biomedicine
Fernando Luis Barroso da Silva · Avaliação de trabalhos
2024
Comite de avaliação de trabalhos '35th European Congress of Clinical Microbiology and Infectious diseases'
Fernando Luis Barroso da Silva · Abstract review
2024
Parecer de 5 projetos para a Fapesp
Fernando Luis Barroso da Silva · Assessoria
2024
Parecer de 4 projetos para o CNPq
Fernando Luis Barroso da Silva · Assessoria
2024
Parecer de artigo científico - Biochemistry Research International
Fernando Luis Barroso da Silva · Revisão de artigo para publicação
2024
Parecer de artigo científico - Briefings in Bioinformatics
Fernando Luis Barroso da Silva · Revisão de artigo para publicação
2023
Program Committee member of 2023 IEEE Interntaional Conference on Bioinformatics and Biomedicine
Fernando Luis Barroso da Silva · Avaliação de trabalhos
2023
Comite de avaliação de trabalhos '34th European Congress of Clinical Microbiology and Infectious diseases'
Fernando Luis Barroso da Silva · Abstract Review
2023
Parecer de artigo científico - Phys Chem Chem Phys
Fernando Luis Barroso da Silva · Revisão de artigo para publicação
2023
Parecer de artigo científico - Journal of Biomolecular Structure & Dynamics
Fernando Luis Barroso da Silva · Revisão de artigo para publicação
2023
Parecer de 3 projetos para o CNPq
Fernando Luis Barroso da Silva · Assessoria
2023
Parecer de artigo científico - Applied and Environmental Microbiology
Fernando Luis Barroso da Silva · Revisão de artigo para publicação
2023
Parecer de artigo científico - Protein Science
Fernando Luis Barroso da Silva · Revisão de artigo para publicação
2022
Comite de avaliação de trabalhos '33rd European Congress of Clinical Microbiology and Infectious diseases'
Fernando Luis Barroso da Silva · Abstract Review
2022
Avaliador do Seminário de Iniciação Científica do ciclo 2021/2022 do Programa de Iniciação Científica da PRPI-UFJ
Fernando Luis Barroso da Silva · Avaliação de trabalhos
2022
Parecer de artigo científico - Frontiers in Immunology [3 pareceres]
Fernando Luis Barroso da Silva · Avaliação de trabalhos
2022
Parecer de artigo científico - Scientific Reports
Fernando Luis Barroso da Silva · Avaliação de trabalhos
2022
Parecer de 6 processos para o CNPq
Fernando Luis Barroso da Silva · Avaliação de trabalhos
2021
Comite de avaliação de trabalhos '31st European Congress of Clinical Microbiology and Infectious diseases'
Fernando Luis Barroso da Silva · Avaliação de trabalhos
2021
Comite de avaliação de trabalhos '32nd European Congress of Clinical Microbiology and Infectious diseases'
Fernando Luis Barroso da Silva · Avaliação de trabalhos
2021
Elsevier Advisory Panel
Fernando Luis Barroso da Silva · Sugestões para melhorar os serviços da Elsevier para os autores

Produção artística

01 registro

1 de 1 item

Por página

2009
Projeto Toque de Ciência - UNESP/Bauru
Fernando Luis Barroso da Silva · Bauru - SP

Projetos de extensão

07 registros

Projetos de extensão universitária registrados no Currículo Lattes — a categoria de produção acadêmica própria, ao lado das produções bibliográfica, técnica e artística.

7 de 7 projetos

Por página

2019 – 2019Extensão
Bioinfo2019: Introdução à Bioinformática Estrutural para farmacêuticos
Concluído
Cod CCEX 60.04.00205 - Proc. USP 19.1.01053.60.4
Equipe
Fernando Luis Barroso da Silva (Responsável), Catherine Etchebest
2018 – 2018Extensão
Projeto Rigole ? Atividades para compreensão e divulgação da área de Bioinformática Estrutural
Concluído
Cod CCEX 60.04.00194 - Proc. USP 18.1.00144.60.5
Financiadores
- Universidade Sorbonne Paris Cité · COOPERACAO
- Universidade de São Paulo · AUXILIO_FINANCEIRO
Equipe
Fernando Luis Barroso da Silva (Responsável), PASQUALI, SAMUELA, Catherine Etchebest, Antony Taly
2012 – 2014Extensão
Introdução a simulação computacional de complexos proteína-proteína
Concluído
Programa do Adote/Pequeno Cientista da Casa da Ciência, do Hemocentro de Ribeirão Preto.
Equipe
Fernando Luis Barroso da Silva (Responsável)
2012 – 2012Extensão
Simulação Computacional de Biomoléculas
Concluído
Nesse curso forão apresentados os conceitos fundamentais para o estudo,
via simulação computacional, de moléculas de interesse biológico ? Biomoléculas - como, por exemplo, proteínas, enzimas e aminoácidos. Também foram apresentados as principais
técnicas computacionais para a determinação de propriedades químicas e físicas de
biomoléculas, como Monte Carlo e Teoria do Funcional de Densidade.
Os participantes do curso tiveram acesso ao GridUNESP para a realização das atividades
computacionais.
Equipe
Fernando Luis Barroso da Silva, Aguinaldo Robinso de Souza (Responsável)
2010 – 2011Extensão
Descobrindo a área de Modelagem Molecular e como se formam os complexos proteína-proteína
Concluído
Um aspecto essencial no entendimento, engenharia e desenho de
proteínas é a correta predição de suas propriedades físico-químicas. A
modelagem molecular envolve visualizações dos átomos e moléculas
em computador e simulações computacionais, o que permite
descrever, controlar e quantificar mecanismos moleculares em termos
de uma visão microscópica dos sistemas. Neste projeto, propomos
apresentar ao estudante do ensino médio algumas ferramentas
computacionais para sistemas moleculares existentes com o intuito
que o mesmo possa, em um primeiro momento, participar do
ambiente acadêmico, vivenciar as várias etapas das atividades de
pesquisa e conhecer as abordagens computacionais em
complementação ao tradicional binômio teoria-experimento. Mais
especificamente, pretendemos que ele possa descobrir e ?ver? o
mundo microscópico em si, aprender a manipulá-lo, e iniciar alguns
ensaios com sistemas reais. Especial ênfase será dada ao tema
complexação de proteínas por sua importância na Biologia e
Tecnologia. Tanto programas desenvolvidos por outros grupos, como
?caseiros? serão utilizados (p.ex. Pymol, SPDBV, rasmol, Bio, Titrapro,
MEAD, etc). Para os cálculos das interações proteína-proteína,
utilizaremos o portal web ?Prometheus? (Protein-Protein Complexes by
Macroscopic Electrostatic Theories and User-Friendly Simulations)
[http://glu.fcfrp.usp.br] desenvolvido em nosso laboratório.
Trabalharemos os conceitos de átomos, moléculas, interações
intermoleculares, carga elétrica, pH, proteínas.
Financiadores
- Universidade de São Paulo · BOLSA
Equipe
Fernando Luis Barroso da Silva (Responsável)
2007 – 2007Extensão
Propriedades eletrostáticas de proteinas
Concluído
Cod CCEX 60.04.00011 - Proc. USP 07.1.00865.60.3
Equipe
Fernando Luis Barroso da Silva (Responsável)
2006 – 2006Extensão
Auxílio Organização de evento - 14th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology - ISMB/2006 (Proj. Fapesp 06/54815-1)
Em andamento
Recursos financeiros para suporte a pesquisadores doutores do Estado de São Paulo.
Financiadores
- Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo · AUXILIO_FINANCEIRO
Equipe
Fernando Luis Barroso da Silva, Goran Neshich (Responsável), Junior Barrera

Projetos

63 registros

Projetos de pesquisa e de desenvolvimento tecnológico registrados no Currículo Lattes.

63 de 63 projetos

Por página

2025 – presentePesquisa
Projeto individual - Interações fundamentais em Biofísica Molecular. Desenvolvendo e aplicando métodos de simulação moleculares
Em andamento
Bolsa de produtividade CNPq - Proc. 307461/2025-4 - Modalidade/Nível: PQ-C
Equipe
Fernando Luis Barroso da Silva (Responsável)
2024 – 2024Pesquisa
Vinda de professor visitante do exterior - Edital Capes/USP PrInt 2023
Concluído
Vinda da Profa. Catherine Etchebest (Univ. Paris Cite)
Equipe
Fernando Luis Barroso da Silva (Responsável), Catherine Etchebest, Ilyas Grandguillaume
2023 – presentePesquisa
Projeto em colaboração Brasil e Coréia:Produção de anticorpos monoclonais contra antígenos dos vírus da Dengue, Zika e Chikungunya para o desenvolvimento de kits de diagnóstico multiplex
Em andamento
Chamada Pública MCTI/CNPq/NRF 13/2023 (Proc. 441007/2023-6)
Financiadores
- Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico · COOPERACAO
Equipe
Fernando Luis Barroso da Silva, Marco Cesar Cunegundes Guimarães (Responsável), Rafaela Spessemille Valotto, Fabiana Vasconcelos Campos, Hee jung Choi, Jae yong Han
2022 – presentePesquisa
Projeto individual - Biomolecular interactions
Em andamento
Biomolecular interactions have been core pillars of our research. We are involved in developing and applying new computational technologies and offering a rational computational-based approach to the study of protein systems and the discovery of novel therapeutic agents (e.g. antibodies), biomarkers, and proteins for specific applications including key disease-related protein mechanisms.
Financiadores
- Open Science Pool · OUTRO
Equipe
Fernando Luis Barroso da Silva (Responsável)
2021 – 2025Pesquisa
Projeto individual - Interações fundamentais em Biofísica Molecular. Desenvolvendo e aplicando métodos de simulação molecular a pH constante em sistemas biomoleculares relacionados com doenças infecciosas
Concluído
Produtividade CNPq - Proc. CNPq 305393/2020-0
Financiadores
- Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico · BOLSA
Equipe
Fernando Luis Barroso da Silva (Responsável)
2021 – presentePesquisa
Projeto internacional individual: "Electrostatic interactions in molecular biosystems: Applying constant-pH simulation schemes"
Em andamento
Proj C210400511 - EUSMI - European Soft Matter Infrastructure
Financiadores
- European Soft Matter Infrastructure · OUTRO
Equipe
Fernando Luis Barroso da Silva (Responsável)
2021 – 2021Pesquisa
Projeto internacional em colaboração (Prof. Visitante): Electrostatic interactions of flaviviruses
Concluído
Projeto com recursos financeiros da Universidade de Paris. Anfitriã: Profa. Catherine Etchebest. Realizado no formato online em função da pandemia.
Financiadores
- Universidad de Paris · AUXILIO_FINANCEIRO
Equipe
Fernando Luis Barroso da Silva (Responsável), Sergio Alejandro Poveda Cuevas, ETCHEBEST, CATHERINE, Ilyas Grandguillaume
2020 – presentePesquisa
Projeto Fapesp - Desenvolvendo e aplicando métodos de simulação computacional para melhorar a compreensão molecular para a engenharia de biomateriais funcionalizados
Em andamento
Acordos de cooperação FAPESP-ANR - Projeto de pesquisa regular Fapesp (Proc. Fapesp 2020/07158-2)
Financiadores
- Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo · AUXILIO_FINANCEIRO
Equipe
Fernando Luis Barroso da Silva (Responsável), Catherine Etchebest
2020 – 2021Outra
Catedra Franco-Brasileira 2019 - Computer simulation methods towards the development of new diagnosis and therapeutics strategies for flaviviruses
Concluído
Convidada: Profa. Catherine Etchebest (UP/França)
Equipe
Fernando Luis Barroso da Silva (Responsável), POVEDA CUEVAS, SERGIO ALEJANDRO, ETCHEBEST, CATHERINE
2020 – presentePesquisa
Orientação: Desenvolvimento in Silico de Anticorpos para Inibição de Proteínas do SARS-CoV-2
Em andamento
Projeto de iniciação científica - Estudante Carolina Giron - Proc FCFRP/Cpq 2020-1732
Financiadores
- Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico · BOLSA
Equipe
Fernando Luis Barroso da Silva (Responsável), Aatto Laaksonen, CORRÊA GIRON, CAROLINA
2020 – 2023Outra
Mobilidade acadêmica: Developing new computational methods to study macromolecular assemblies and design rational applications
Concluído
Editar 1145/2019 - Novas parcerias Internacionais - Mobilidade Docente Santander/AUCANI-USP
Equipe
Fernando Luis Barroso da Silva (Responsável), Themis Lazaridis
2019 – presentePesquisa
Projeto em colaboração internacional: USP-UP International Laboratory in Structural Bioinformatics
Em andamento
PROGRAMME DE CHAIRES FRANCO-BRESILIENNES DES UNIVERSITES DE L?ETAT DE SÃO PAULO
Equipe
Fernando Luis Barroso da Silva (Responsável), Catherine Etchebest
2019 – 2019Outra
Vinda de professor visitante do exterior - Edital Capes/USP PrInt 2019
Concluído
Convidada: Profa. Catherine Etchebest
Financiadores
- CAPES - Centro Anhanguera de Promoção e Educação Social · AUXILIO_FINANCEIRO
Equipe
Fernando Luis Barroso da Silva (Responsável), POVEDA CUEVAS, SERGIO ALEJANDRO, ETCHEBEST, CATHERINE
2019 – 2019Outra
Participação em evento:8th International Conference on Bioengineering and Nanotechnology
Concluído
Auxílio participação em evento - Proc. Fapesp 2019/06139-7
Financiadores
- Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo · AUXILIO_FINANCEIRO
Equipe
Fernando Luis Barroso da Silva (Responsável)
2019 – 2019Outra
Colaborador/Organização de evento: 12o Congresso Internacional de Ciências Farmacêuticas - CIFARP 2019
Concluído
Chamada ARC n 04/2019 - LINHA 2: EVENTOS NACIONAIS OU INTERNACIONAIS, coordenado por Renata Fonseca Vianna Lopez.
Financiadores
- Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico · AUXILIO_FINANCEIRO
Equipe
Fernando Luis Barroso da Silva, Renata F. Vianna Lopez (Responsável), Alessandra Vicenzi Jager, Flavio da Silva Emery, Marcelo Dias Baruffi, Maria Regina Torqueti, Paulo Cezar Vieira, Wanderley Pereira de Oliveira
2019 – 2019Pesquisa
Auxílio vinda de Pesquisador Visitante: Structural Bioinformatics training with a special focus on computationally mapping physical chemical properties of viral proteins
Concluído
Editais Prlnt 2019/PVE - Convidada: Profa. Catherine Etchebest (USPC/França) 
Programa 33002010188P9 - BIOIN FORMATICA
Processo Capes 88887.370314/2019-00
Financiadores
- Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior · AUXILIO_FINANCEIRO
Equipe
Fernando Luis Barroso da Silva (Responsável), Catherine Etchebest, POVEDA CUEVAS, SERGIO ALEJANDRO
2019 – 2019Pesquisa
Auxílio vinda de Pesquisador Visitante: Modeling food protein interactions
Concluído
Edital CAPES-PROAP PRPG 04/2019 - Programa Bioinformática/USP
Pesquisador visitante: Prof. Erik Santiso (NCSU)
Financiadores
- Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior · AUXILIO_FINANCEIRO
Equipe
Fernando Luis Barroso da Silva (Responsável), Lariani Aparecida Delboni, Erik E. Santiso, POVEDA CUEVAS, SERGIO ALEJANDRO
2019 – presentePesquisa
Projeto em colaboração internacional: Chaires Franco-Brésiliennes des Universités de l?Etat de São Paulo
Em andamento
Madame Catherine Etchebest, de l?Université de Paris, accueillie à la Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto (FCFRP) de l?USP par Prof. Dr. Fernando Luis Barroso da Silva
Equipe
Fernando Luis Barroso da Silva (Responsável), Catherine Etchebest, POVEDA CUEVAS, SERGIO ALEJANDRO
2019 – presentePesquisa
Projeto internacional em colaboração (Prof. Visitante): Developing new computational methods to study macromolecular assemblies and design rational applications
Em andamento
Edital 1146 / 2019 ? Incentivo à Promoção da Internacionalização no Ambiente USP
Mobilidade Santander Docente - Anfitrião: Prof. Themis Lazaridis (City College of New York, EUA)
Financiadores
- Universidade de São Paulo · AUXILIO_FINANCEIRO
Equipe
Fernando Luis Barroso da Silva (Responsável), Themis Lazaridis
2019 – 2020Outra
Organização de evento: ?Física Biológica: da escala molecular a macroscópica - BIO2020"
Concluído
Chamada ARC nº 04/2019 - LINHA 3: EVENTOS REGIONAIS OU EVENTOS QUE ESTEJAM EM SUAS
PRIMEIRAS EDIÇÕES
Proc. CNPq/402704/2019-3
Financiadores
- Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico · AUXILIO_FINANCEIRO
Equipe
Fernando Luis Barroso da Silva (Responsável), Ralf Eichhorn
2019 – 2021Outra
Organização de evento: Simulation of open systems in Chemistry, Pharma, Food Science and Immuno-diagnostics: Rare-event methods at constant chemical potentials including constant pH - an E-CAM Industry Scoping Work
Concluído
The thermodynamic constraints which best reflect the conditions of many experiments and industrial processing correspond to fixed chemical potentials, pressure and temperature where particle number can fluctuate (from a statistical perspective this is known as the Grand Canonical Ensemble), rather than fixed particle number, pressure and temperature, yet most simulation methods in the condensed phase enforce the latter. For instance, many activated processes of relevance to the chemical and pharmaceutical industries occur at constant concentration, e.g. crystallization usually happens at constant supersaturation (Liu et al. 2018, Perego et al. 2015); catalysis usually involves porous materials, where, if diffusion is fast compared to reaction, the appropriate ensemble is the grand canonical. Chemical reactions in solution usually happen at a given concentration of reactants, and many biological processes, to be understood properly, need to be modeled at constant-pH (CpH) (Barroso da Silva and Dias, 2017; Barroso Da Silva and Jönsson, 2009; de Vos et al., 2010; Jönsson et al., 2007; Kirkwood and Shumaker, 1952). The binding free energy of proteins onto nano surfaces such as titanium dioxide, can depend on the local charge on the surface due to the binding, for example, of hydroxyl ions, which in turn depends on the relative concentrations of hydroxyl ions in water and cannot be fully described in systems where particle number cannot fluctuate. Similarly, the binding of antibodies to antigens or nanocarriers (in the context of drug delivery systems) strongly depends on electrostatic effects (Gunner and Baker, 2016; Han et al., 2010; Ivanov et al., 2017; Li et al., 2015; Poveda-Cuevas et al., 2018). These sorts of effects are important for nano-toxicology, food processing, immuno-diagnostics, and drug delivery. Their study through simulation is further complicated when large free energy barriers exist between key metatable states corresponding, for example, to bound and unbound configurations of a ligand to a binding site; or a crystal phase and an amorphous phase; or folded and unfolded protein; or different charge configuration of titratable sites of pH-sensitive proteins in solution (Barroso da Silva and MacKernan, 2017; Barroso da Silva et al., 2019, p. 6; Barroso Da Silva and Jönsson, 2009; Jönsson et al., 2007).In recent years there have been many developments on methods to study rare events, but these methods usually rely on biasing molecular dynamics with fixed particle numbers and are difficult to adapt to ensembles where numbers of particles fluctuate.Recently, some emerging approaches have tackled the question of modeling rare events at constant chemical potential, for example using the String Method in Collective Variables in the osmotic ensemble to model crystal nucleation at constant supersaturation, but these approaches are still in their infancy. There is a clear need to further develop these approaches and come up with new ideas to study rare events in open systems. In a similar way, the modeling of pH-related processes has been attracting scientific interests, and nowadays a diversity of CpH methods and protocols are available from DFT molecular dynamics to coarse-grained Monte Carlo simulations (Baptista et al., 2002; Bennett et al., 2013; Srivastava et al., 2017). Indeed a key difficulty for many CpH methods of macromolecules with explicit solvents is the presence of very high free energy barriers existing between different charge configurations...Given the importance of open systems including CpH to industrial processing, and at the same time, the fundamental questions these pose to rare-event methods, the current proposal envisages a combined E-CAM industry scoping and research workshop.The objectives of this meeting are: (i) provide industry participants a summary of the state of the art simulation a
Financiadores
- Centre Européen de Calcul Atomique et Moléculaire (Irish node) · AUXILIO_FINANCEIRO
- Centro Europeu de cálculo atômico e molecular · AUXILIO_FINANCEIRO
Equipe
Fernando Luis Barroso da Silva, MACKERNAN, DONAL (Responsável), SANTISO, ERIK, Brian Glennon
2018 – 2021Pesquisa
Projeto individual - Interações fundamentais em Biofísica Molecular. Desenvolvendo e aplicando métodos de simulação molecular a pH constante em sistemas biomoleculares de relevância prática
Concluído
Produtividade CNPq - Proc. CNPq 310791/2017-0
Financiadores
- Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico · BOLSA
Equipe
Fernando Luis Barroso da Silva (Responsável)
2018 – 2019Pesquisa
Projeto internacional em colaboração (Prof. Visitante): Development of RNA-protein coarse-grained models
Concluído
Projeto de pesquisa em colaboração com o Prof. Philippe Derreumaux, do Laboratório de Bioquímica Teórica, do IBPC/França. Recursos do programa ?Initiative d?Excellence? do governo francês (Grant
?DYNAMO? ANR-11-LABX-0011-01)
Equipe
Fernando Luis Barroso da Silva (Responsável), DERREUMAUX, PHILIPPE, Fabio Sterpone
2017 – presentePesquisa
Projeto em colaboração internacional: Building up an international laboratory in Structural Bioinformatics: Developing and applying constant-pH methods in biomolecular systems
Em andamento
Financiadores
- Universidade de São Paulo · COOPERACAO
Equipe
Fernando Luis Barroso da Silva (Responsável), Samuela Pasquali, Catherine Etchebest
2017 – presentePesquisa
Projeto em colaboração internacional: Pedagogical activities to promote top-end science in Structural Bioinformatics: Toward a joint international master program in structural bioinformatics
Em andamento
Equipe
Fernando Luis Barroso da Silva (Responsável), Samuela Pasquali, Catherine Etchenest

Orientações

4 de 4 orientações

Por página

Mestrado
desde 2025
RAFAEL OLIVEIRA COSTA SAVINO · Orientação
ESTUDO DA FORMAÇÃO DE COACERVADOS: UMA ABORDAGEM COMPUTACIONAL UTILIZANDO ALBUMINA-ÁCIDO HIALURÔNICO · Bioinformática · Universidade de São Paulo · Bolsa Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior
Em andamento
Doutorado
desde 2021
Rauni Borges Marques · Orientação
Structural Bioinformatic Studies of Flaviviruses envelope proteins and their Molecular Interactions · Bioinformática · Universidade de São Paulo
Em andamento
Doutorado
desde 2021
Ilyas Grandguillaume · Co-orientação
Development of new bioinformatics approaches for designing antibodies adapted to different physico-chemical contexts in targeting viral molecules. Application to flavivirus family. · BioSpc · Université Paris Diderot · Bolsa Agence Nationale de la Recherche
Em andamento
Iniciação Científica
desde 2020
Carolina Correa Giron · Orientação
Desenvolvimento in Silico de Anticorpos para Inibição de Proteínas do SARS-CoV-2 · Medicina · Universidade Federal do Triângulo Mineiro · Bolsa Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico
Em andamento

Bancas julgadoras

74 registros

74 de 74 bancas

Por página

2025
Arthur Moriggi Pimenta
Sequence Design e Deep Reinforcement Learning: Uma nova perspectiva no tratamento da Hemofilia B · Computação Aplicada · Universidade de São PauloBanca: Roberto Hirata Junior, Fernando Luis Barroso da Silva, Helder Takashi Imoto Nakaya
Mestrado
2025
CARMEN REGINA DE SOUZA
Estudo experimental e computacional do complexo de Cumarina ? 343 com a Albumina de Soro Humano e de Soro Bovino. · Programa de Pós-Graduação em Ciência e Tecnologia de Materiais · Universidade Estadual PaulistaBanca: Aguinaldo Robinson de Souza, Fernando Luis Barroso da Silva, EDIJANE MATOS SALES, MARINONIO LOPES CORNELIO, DANIEL RINALDO
Doutorado
2024
Eduardo Menezes Gaieta
Desenvolvimento de um anticorpo não-competitivo para a proteína de morte celular programada 1 de Homo sapiens (HsPD-1) por meio de métodos computacionais · Biologia Computacional e Sistemas · Fundação Oswaldo CruzBanca: Fernando Luis Barroso da Silva, Ernesto Raúl Caffarena, Helder Veras Ribeiro Filho
Mestrado
2024
Ana Luísa Rodrigues de Avila
Análise do comportamento dinâmico na interface entre variantes do hospedeiro e do SARS-CoV-2 · Ciências Biológicas (Genética) · Universidade de São PauloBanca: Silvana GIULIATTI, Andrei Leitão, Fernando Luis Barroso da Silva
Mestrado
2024
GIULIA SANETI GRANDINI
Estudo da Interação entre a Proteína Albumina do Soro Humano e o Fármaco Sulfassalazina numa Abordagem Experimental e Teórica · Ciência e Tecnologia de Materiais · Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita FilhoBanca: Aguinaldo Robinso de Souza, Fernando Luis Barroso da Silva, AUGUSTO BATAGIN NETO
Mestrado
2024
Julia Bonesso Sabadini
MICELAS DE POLIELETROLITOS: CARACTERIZACAO, PROPRIEDADES E APLICACOES PARA ENCAPSULAMENTO DE ENZIMAS · Química · Universidade Estadual de CampinasBanca: Watson Loh, Leandro Ramos Souza Barbosa, Juliana da Silva Bernardes, Denise Freitas Siqueira Petri, Fernando Luis Barroso da Silva
Doutorado
2024
Concurso público para a contratação de um docente em Informática Biomédica (Dept Genética, FMRP/USP)
· Universidade de São PauloBanca: Ricardo Z.N. Vêncio, Fernando Luis Barroso da Silva, Victor Evangelista de Faria Ferraz, Silvana GIULIATTI, João Paulo Bianchi Ximenez
Concurso público
2023
GUSTAVO DE ANDRADE SILVA
EFEITOS DA EXPERIÊNCIA E DAS DEMANDAS COGNITIVAS SOBRE A CARGA DE TRABALHO MENTAL DURANTE A CONDUÇÃO DE AUTOMÓVEL: MÉTODOS DE PUPILOMETRIA · Design · Universidade Estadual PaulistaBanca: Fernando Luis Barroso da Silva, SERGIO TOSI RODRIGUES, JOSE ANGELO BARELA, PAULA FAVARO POLASTRI ZAGO, FAUSTO ORSI MEDOLA
Doutorado
2023
Thales Souza Freire
Estudos in silico de proteínas alostéricas e sua interação com ligantes · Física · Universidade Federal de São CarlosBanca: Ignez Caracelli, Aguinaldo Robinson de Souza, Stella Hernandez Maganhi, Lucas Souza Madureira, Fernando Luis Barroso da Silva
Doutorado
2022
Marcos Vinícius Aquino Queirós
COMPORTAMENTO DE FASES DE COMPLEXOS ELETROSTÁTICOS EM SISTEMAS CONTENDO POLÍMEROS E SURFACTANTES NA PRESENÇA DE SAIS INORGÂNICOS · Doutorado em Quimica - UNICAMP · Universidade Estadual de CampinasBanca: Fernando Luis Barroso da Silva, Watson Loh, Luis Henrique Mendes da Silva, Frank Herbert Quina, Edvaldo Sabadini
Doutorado
2022
Sergio Alejandro Poveda Cuevas
Structural Bioinformatics Studies of the Zika Virus Non-structural Protein 1 and its Molecular Interactions · Bioinformática · Universidade de São PauloBanca: Leandro Ramos Souza Barbosa, Marie Flamand, Fernando Luis Barroso da Silva, Eduardo Rocha de Almeida Lima
Doutorado
2022
Fernando Takeshi Tanouye
Analise de interaçõees proteicas via SAXS e simulações de Monte Carlo · Física · Universidade de São PauloBanca: Rosangela Itri, Leandro Ramos Souza Barbosa, Fernando Luis Barroso da Silva, Luiz Fernando Mercier Franco, Vitor Barbanti Pereira Leite
Doutorado
2022
Amin Bakhshandeh
Regulação de Carga de Partículas Coloidais · Física · Universidade Federal do Rio Grande do SulBanca: Fernando Luis Barroso da Silva, Yan Levin, Marcia Cristina Bernardes Barbosa, Rita Maria Cunha de Almeida
Exame de qualificação de doutorado
2022
Yamara Matos Oliveira
Pollution caused by nanoplastics: adverse effects and mechanisms of interaction via molecular simulation · Engenharia Química · Universidade Federal do Rio de JaneiroBanca: Nathalia Salles Vernin Barbosa, Fernando Luis Barroso da Silva, Frederico Wanderley Tavares, Luciano Tavares da Costa, Marcia Walquiria de Carvalho Dezotti
Exame de qualificação de doutorado
2022
Física Moderna
· Universidade Estadual PaulistaBanca: Fernando Luis Barroso da Silva, Valter Luiz Líbero, Paulo Noronha Lisboa Filho, Paulo Barbeitas Miranda, José Humberto Dias da Silva
Livre-docência
2021
Patrícia Pereira Duzi Carvalho
Caracterização da interação dos coronavírus SARS-CoV e SARS-CoV-2 como receptor ACE2 por meio de um padrão evolutivo conservado de aminoácidos · Física Aplicada à Medicina e Biologia · Universidade de São PauloBanca: Nelson Alves, Ronaldo Junio de Oliveira, Fernando Luis Barroso da Silva
Mestrado
2021
Phuong Thuy Vo
Development of Efficient Simulation Methods for the Study of Charged Fluids in Confined Geometries · The University of New South Wales - CanberraBanca: Fernando Luis Barroso da Silva, Stjepan Marcelja
Doutorado
2021
Física Geral
· Universidade de São PauloBanca: Fernando Luis Barroso da Silva, Joao Ruggiero Neto, Adriano Mesquita Alencar, Paulo Mascarello Bisch, Frederic Frezard
Livre-docência
2020
Ana Cristina Corrêa de Araujo
Theoretical Study of the electrostatic behavior of Saccharomyces cerevisiae yeast cell using Poisson-Boltzmann equation · Engenharia Química · Universidade do Estado do Rio de JaneiroBanca: Fernando Luis Barroso da Silva, Eduardo Rocha de Almeida Lima, Nathalia Salles Vernin Barbosa, Amaro Gomes Barreto Júnior, Pedro Henrique Rodrigues Alijó, Márcio Luis Lyra Paredes
Doutorado
2019
Thales Souza Freire
Inibição enzimática com a abordagem da Mecânica Estatística · Física · Universidade Federal de São CarlosBanca: Fernando Luis Barroso da Silva, Ignez Caracelli, Vivaldo Leiria Campos Junior
Mestrado
2019
Fredderico Camilo Machado
O efeito da regulação de cargas nos potenciais de interação proteína-proteína · Física · Universidade de São PauloBanca: Fernando Luis Barroso da Silva, Luiz Fernando Mercier Franco, Leandro Ramos Souza Barbosa
Mestrado
2019
Rui Filipe Nogueira Silva
Docking molecular e interações não-covalentes de compostos derivados de 2-aril-oxazolinas em enzimas de Candida spp · Biotecnologia · Universidade Federal de São CarlosBanca: Julio Zukerman Schpector, Fernando Luis Barroso da Silva, Lucas Sousa Madureira, Antonio Cesar Silva Sacco, Carlos Alberto de Simone
Doutorado
2018
José Geraldo de Carvalho Pereira
Redes Neurais Residuais Profundas e Autômatos Celulares Com o Modelo S Para Predição Q U E F O R N E C E M I N F O R M A Ç Ã O S O B R E A F O R M A Ç Ã O D E E S T R U T U R A S S E C U N D Á R I A S P R O T E I C A S · Bioinformática · Universidade de São PauloBanca: Paulo Sergio Lopes de Oliveira, Andre Luis Berteli Ambrosio, André Ponce de Leon Carvalho, Fernando Luis Barroso da Silva
Doutorado
2017
Lariani Aparecida Delboni
Estudo por simulação computacional em larga escala da complexação de proteínas do leite · Bioinformática · Universidade de São PauloBanca: Fernando Luis Barroso da Silva, Osvaldo de Freitas, Luciana Malavolta Quaglio
Mestrado
2017
Pablo Andrei Silva
Simulação computacional distribuída: aplicação a problemas de folding de heteropolímeros · Ciências Farmacêuticas · Universidade de São PauloBanca: Antonio Caliri, Fernando Luis Barroso da Silva, Alexandre Suman de Araujo
Mestrado

Revisor de periódico

32 registros

2025 – presenteVínculo atual
Journal of Receptors and Signal Transduction
Revisor de periódico
2025 – presenteVínculo atual
Journal of Chemical Engineering of Japan
Revisor de periódico
2025 – presenteVínculo atual
Journal of Chemical Engineering of Japan
Revisor de periódico
2024 – presenteVínculo atual
Biochemistry research international
Revisor de periódico
2024 – presenteVínculo atual
Biochemistry research international
Revisor de periódico
2023 – presenteVínculo atual
Applied and Environmental Microbiology
Revisor de periódico
2022 – presenteVínculo atual
Frontiers Immunology
Revisor de periódico
2022 – presenteVínculo atual
Frontiers in Immunology
Revisor de periódico
2021 – presenteVínculo atual
Biophysical Chemistry
Revisor de periódico
2021 – presenteVínculo atual
Physical Chemistry Chemical Physics
Revisor de periódico
2020 – presenteVínculo atual
Briefings in Bioinformatics
Revisor de periódico
2020 – presenteVínculo atual
Theranostics
Revisor de periódico
2020 – presenteVínculo atual
GENE REPORTS
Revisor de periódico
2018 – presenteVínculo atual
ARCHIVES OF VIROLOGY
Revisor de periódico
2017 – presenteVínculo atual
BIOPHYSICAL JOURNAL
Revisor de periódico
2017 – presenteVínculo atual
BIOPHYSICAL REVIEWS
Revisor de periódico
2016 – presenteVínculo atual
Scientific Reports
Revisor de periódico
2015 – presenteVínculo atual
Colloids and Surfaces. B, Biointerfaces (Print)
Revisor de periódico
2015 – presenteVínculo atual
Colloids and Surfaces. B, Biointerfaces (Print)
Revisor de periódico
2015 – presenteVínculo atual
PLoS One
Revisor de periódico
2014 – presenteVínculo atual
Biochimica et Biophysica Acta. Proteins and Proteomics
Revisor de periódico
2011 – presenteVínculo atual
Biomacromolecules
Revisor de periódico
2010 – presenteVínculo atual
Journal of Chemical Theory and Computation
Revisor de periódico
2009 – presenteVínculo atual
Langmuir
Revisor de periódico
2009 – presenteVínculo atual
Physics Letters A
Revisor de periódico
2008 – presenteVínculo atual
Anais da Academia Brasileira de Ciências
Revisor de periódico
2007 – presenteVínculo atual
Chemical Physics Letters
Revisor de periódico
2006 – presenteVínculo atual
Química Nova
Revisor de periódico
2005 – presenteVínculo atual
Journal of Physical Chemistry B
Revisor de periódico
2002 – presenteVínculo atual
Journal of Chemical Physics
Revisor de periódico
2002 – presenteVínculo atual
Journal of the Brazilian Chemical Society (0103-5053)
Revisor de periódico
2001 – presenteVínculo atual
Journal of Physical Chemistry
Revisor de periódico

Participação em eventos

184 registros

184 de 184 participações

Por página

2025
EXPLORING SARS-COV-2 AT THE MOLECULAR LEVEL: COMPUTATIONAL ADVANCES FOR UNDERSTANDING PATHOLOGY, VIRAL EVOLUTION, AND DESIGNING THERAPEUTIC BINDERS
54th Annual Meeting of the Brazilian Society of Biochemistry and Molecular Biology (S Sbbq) · Conferencista · Convidado · Águas de Lindóia
2025
Coacervation and Binding Affinity of Poly(glutamate)-Monoclonal Antibody Complexes: Insights from Experiments and Theoretical Modeling
14th International Symposium on Polyelectrolytes [autor/organizador/ouvinte] · Poster / Painel · Participante · Campinas, SP
2025
Combining physical-based simulation methods and machine learning approaches for antibody engineering
Symposium on Protein Design and Engineering: from Artificial Intelligence to High-Throughput Experimentation · Conferencista · Convidado · Campinas, SP
2025
From Validation To Prediction: A Biophysical Tool For Mapping SARS-CoV-2 Variant Evolution
2025 EMBO/FEBS Lecture Course Physical Virology: across length scales · Apresentação oral · Participante · Sant Feliu de Guixols, Espanha
2025
Curso: Constant-pH Methods in Biomolecular Simulations: Integrating Physics, Machine Learning, and Applications
School on Biological Physics and Biomolecular Simulations in the Machine Learning Era [palpalestrante/organizador/participante/ · Conferencista · Convidado · São Paulo, SP
Divulgação científica
2025
Bioinformática Estrutural na saúde: de interações biomoleculares a virologia computacional e medicina molecular
XXIV Curso de Verão: "Genoma, Proteoma e Universo Celular" [ouvinte/autor] · Conferencista · Convidado · Ribeirão Preto, SP
2025
Bioinformática Estrutural: Dos Aspectos Físicos ao AlphaFold e à Identificação de Alvos Vacinais
XVI Curso de Verão em Bioinformática - USP, 2025 [ouvinte/autor] · Conferencista · Convidado · São Paulo, SP
2024
Developing and applying bioinformatic methods with a biophysical approach: from food, biomaterials to virus and antibody design ? v.3.0
V Congreso Internacional de la Sociedade Peruana de Bioinformática y y Biologia Computacional [ouvinte/autor] · Conferencista · Convidado · online
2024
Computational Approaches, Pitfalls, and Strategies Towards an Optimal Monoclonal Antibody with Enhanced Binding Affinity
Gordon Research Conference on Antibody Biology and Engineering [ouvinte/autor] · Poster / Painel · Participante · Lucca (Barga), Toscana
2024
Computational Insights and New Strategies for Advanced Antibody Engineering
Keystone meeting on Antibodies as Drugs: The Art in Antibody Engineering [ouvinte/autor] · Apresentação Oral · Participante · Breckenridge, CO
2024
Advances in protein electrostatics and computational modeling of viruses and antibody development
MOLECULAR MODELLING OF CHARGED (BIO)MACROMOLECULAR SYSTEMS WORKSHOP [ouvinte/autor] · Conferencista · Convidado · Trondheim
2024
EMULATE Developing, Validating and applying computer simulation methods to Enhance the MolecULAr undersTandIng and To Engineer functionalized biomaterials
ANR-CE06 AAPG 2019; 2020 and 2021 [ouvinte/autor] · Conferencista · Convidado · Paris, França
2024
Combining physical-based simulation methods and machine learning approaches for antibody engineering
Rapidly Addressing Gaps and Solutions in AI Education for Bioprocessing and Smart Manufacturing in Biotech (RAGSAB) [ouvinte/autor] · Conferencista · Convidado · Los Angeles, CA, EUA
2023
Computational simulation studies of macromolecular complexes driven by peculiar electrostatic interactions
13th International symposium on polyelectrolytes [ouvinte/autor] · Conferencista · Convidado · Prague
2023
Advances in Protein Electrostatics and Computational Modeling of Viruses and Antibody Development
Mercosur Symposium on Physical and Computational Virology, MVD 2023 [ouvinte/autor] · Conferencista · Convidado · Montevideo, Uruguai
2023
Bioinformática Estrutural aplicada ao desenvolvimento otimizado de anticorpos e identificação de alvos vacinais
XXII Workshop do Programa Interunidades de Pós-Graduação em Bioinformática · Conferencista · Convidado · São Paulo, SP
2023
From Protein Electrostatics to the Computational Modeling of Viruses and Antibody Design
Graduate Schools Translational Bioinformatics [ouvinte/autor] · Conferencista · Convidado · Paris
2022
Differences between SARS-CoV-2 RBD and the variants in their ability to interact with ACE2 and monoclonal antibodies
#RSCPoster Twitter Conference [ouvinte/autor] · Poster / Painel · Participante · online
2022
2022 UGPN Annual Conference [ouvinte]
Ouvinte · online
2022
VII CONEPE ? Congresso de Ensino Pesquisa e Extensão [Avaliador]
Ouvinte · UFJ, Jataí (online)
2022
?Vaccine Research & Development" [ouvinte]
Ouvinte · Technology Networks (online)
2022
EIROforum conference: Grand challenges in AI and data science [ouvinte]
Ouvinte · Online
2022
4th NovAliX Virtual Conference ? Biophysics in Drug Discovery ? Developing the Synergy between Biophysics and Medicinal Chemistry to Deliver Better Drugs [Ouvinte]
Ouvinte · Online
2022
Physics meets biology [ouvinte]
Ouvinte · Online
2022
HTCondor Week 2022 [ouvinte]
Ouvinte · Online, the University of Wisconsin-Madison Campus

Formação complementar

27 registros

Coautorias

14 coautores

Na imprensa

beta

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As notícias são ligadas ao docente automaticamente, pelas etiquetas do Jornal ou pelo nome no texto (o nome abreviado só conta quando vem depois de um título como “professora”). Homônimos ficam de fora; ainda pode haver falsos positivos e omissões.

Fernando Luís Barroso da Silva.

Bioinfo2019: Introdução à Bioinformática Estrutural para farmacêuticos

Projeto Rigole ? Atividades para compreensão e divulgação da área de Bioinformática Estrutural

Introdução a simulação computacional de complexos proteína-proteína

Simulação Computacional de Biomoléculas

Descobrindo a área de Modelagem Molecular e como se formam os complexos proteína-proteína

Propriedades eletrostáticas de proteinas

Auxílio Organização de evento - 14th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology - ISMB/2006 (Proj. Fapesp 06/54815-1)

Projeto individual - Interações fundamentais em Biofísica Molecular. Desenvolvendo e aplicando métodos de simulação moleculares

Vinda de professor visitante do exterior - Edital Capes/USP PrInt 2023

Projeto em colaboração Brasil e Coréia:Produção de anticorpos monoclonais contra antígenos dos vírus da Dengue, Zika e Chikungunya para o desenvolvimento de kits de diagnóstico multiplex

Projeto individual - Biomolecular interactions

Projeto individual - Interações fundamentais em Biofísica Molecular. Desenvolvendo e aplicando métodos de simulação molecular a pH constante em sistemas biomoleculares relacionados com doenças infecciosas

Projeto internacional individual: &quot;Electrostatic interactions in molecular biosystems: Applying constant-pH simulation schemes&quot;

Projeto internacional em colaboração (Prof. Visitante): Electrostatic interactions of flaviviruses

Projeto Fapesp - Desenvolvendo e aplicando métodos de simulação computacional para melhorar a compreensão molecular para a engenharia de biomateriais funcionalizados

Catedra Franco-Brasileira 2019 - Computer simulation methods towards the development of new diagnosis and therapeutics strategies for flaviviruses

Orientação: Desenvolvimento in Silico de Anticorpos para Inibição de Proteínas do SARS-CoV-2

Mobilidade acadêmica: Developing new computational methods to study macromolecular assemblies and design rational applications

Projeto em colaboração internacional: USP-UP International Laboratory in Structural Bioinformatics

Vinda de professor visitante do exterior - Edital Capes/USP PrInt 2019

Participação em evento:8th International Conference on Bioengineering and Nanotechnology

Colaborador/Organização de evento: 12o Congresso Internacional de Ciências Farmacêuticas - CIFARP 2019

Auxílio vinda de Pesquisador Visitante: Structural Bioinformatics training with a special focus on computationally mapping physical chemical properties of viral proteins

Auxílio vinda de Pesquisador Visitante: Modeling food protein interactions

Projeto em colaboração internacional: Chaires Franco-Brésiliennes des Universités de l?Etat de São Paulo

Projeto internacional em colaboração (Prof. Visitante): Developing new computational methods to study macromolecular assemblies and design rational applications

Organização de evento: ?Física Biológica: da escala molecular a macroscópica - BIO2020&quot;

Organização de evento: Simulation of open systems in Chemistry, Pharma, Food Science and Immuno-diagnostics: Rare-event methods at constant chemical potentials including constant pH - an E-CAM Industry Scoping Work

Projeto individual - Interações fundamentais em Biofísica Molecular. Desenvolvendo e aplicando métodos de simulação molecular a pH constante em sistemas biomoleculares de relevância prática

Projeto internacional em colaboração (Prof. Visitante): Development of RNA-­protein coarse-­grained models

Projeto em colaboração internacional: Building up an international laboratory in Structural Bioinformatics: Developing and applying constant-pH methods in biomolecular systems

Projeto em colaboração internacional: Pedagogical activities to promote top-end science in Structural Bioinformatics: Toward a joint international master program in structural bioinformatics

Complementar Curso De Curta Duracao24

Outros3

Projeto internacional individual: "Electrostatic interactions in molecular biosystems: Applying constant-pH simulation schemes"

Organização de evento: ?Física Biológica: da escala molecular a macroscópica - BIO2020"

Projeto internacional em colaboração (Prof. Visitante): Development of RNA-protein coarse-grained models