Ana Lúcia da Costa Darini.

FAPESP 2023/17113-4 PAIP Programa de Apoio à Infraestrutura

A disseminação de genes de resistência é questão crítica, especialmente no contexto da abordagem Saúde Única (Do inglês,One Health). nos últimos tempos, já que a disseminação de genes de resistência e/ou bactérias resistentes constituem um risco potencial para a saúde pública. O objetivo do projeto é identificar e caracterizar fenótipo e genótipo de bacilos gram-negativos (BGN) resistentes a antibióticos isolados de suabes retais de gatos e cães saudáveis, a fim de amplificar o conhecimento sobre o potencial zoonótico de bactérias resistentes que podem afetar a saúde humana e animal. e FAPESP 2024/16604-7 e CHAMADA INCT . MCTI/CNPq/CAPES/FAPs n 16/2014.

Investigação da genética da resistência à polimixina e da virulência em Enterobacterales isolados de diferentes sítios de infecção de pacientes hospitalizados do Estado de São Paulo. Foi realizada a pesquisa de genes cromossômicos e plasmidiais assim como os grupos de plasmídeos(Inc) circulantes entre os isolados do estudo. Plasmídeos detectados carreando genes de interesse foram caracterizados por hibridação. Além disso, a expressão gênica de determinados genes encontrados foi realizada por RT-PCR; a caracterização do lipídeoA avaliada por MALDI-TOF e o perfil virulento antes e depois da exposição a diferentes concentrações do antimicrobiano foi avaliado utilizando o modelo Galleria mellonella. Este conhecimento torna-se fundamental para que a epidemiologia de genes mcr assim como plasmídeos envolvidos na disseminação dos mesmos, mutaçõesresponsáveis pelo fenótipo apresentado e o impacto no perfil virulento possam serconhecidos em isolados do Brasil. Com esses resultados, esperamos contribuir com a comunidade científica mostrando detalhes da genética da resistência à polimixina nos isolados do estudo assim como possíveis mudanças no perfil virulento ocasionadas por mutações em genes cromossômicos e, contribuindo com a melhor optimização da antibioticoterapia para infecções causadas por organismos multidroga resistentes.

Considerando que o Brasil está no ranking como um dos três países com maior número de animais de estimação, novos estudos são necessários para expandir o conhecimento sobre a microbiota de cães e gatos saudáveis e caracterizar o perfil de resistência dos isolados bacterianos presentes na microbiota. O projeto contribuirá com dados novos e importantes sobre resistência bacteriana adquirida a diferentes antimicrobianos em cães e gatos clinicamente saudáveis no Brasil para reflexões sobre a disseminação de bactérias potencialmente patogênicas por animais de companhia, podendo ainda ser possível prever o surgimento de novas combinações de genes plasmideais a partir destes isolados de vigilância animal. FAPESP 2024/16604-7

A resistência bacteriana a antimicrobianos é um problema atual de saúde pública que afeta seres humanos e animais. O objetivo do estudo foi identificar bacilos gram-negativos (BNG) resistentes a antimicrobianos presentes em fezes recém-emitidas de aves silvestres e exóticas saudáveis de um zoológico no Brasil, e de aves silvestres saudáveis de vida livre recebidas pelo mesmo zoológico. Cinquenta e duas aves do plantel do zoológico e 28 aves de vida livre de dezesseis ordens diferentes foram investigadas. O fato de 55 das aves estudadas apresentarem BGN resistentes a antimicrobianos e a presença de genes de resistência na maioria dos isolados é preocupante de acordo com o conceito de One Health. A disseminação do BGN pode estar relacionada a vetores humanos, animais, aquisição de clones ambientais ou veiculados por plasmídeos. INCT-INPRA - MCT/CAPES/FAPs n 16/2014

Conhecer a distribuição epidemiológica e correlação entre genes de resistência a antibióticos, tolerância a biocidas e metais pesados assim como o avaliar o fenótipo de tolerância a biocidas e metais pesados em bacilos gram-negativos isolados de hemocultura provenientes de hospital universitário. Para tal propósito, serão realizadas as investigações fenotípica e molecular da tolerância aos biocidas digluconato de clorexidina, cloreto de benzalcônio, triclosan e hipoclorito de sódio e aos metais pesados prata e cobre como também a investigação genes de resistência aos antibióticos beta-lactâmicos de amplo espectro, quinolonas e aminoglicosídeos. Serão estudadas cerca de 150 enterobactérias e bacilos gram-negativos não-fermentadores resistentes e sensíveis a antibióticos. Também será determinada a localização cromossômica ou plasmideal de genes de interesse e a similaridade genômica dos isolados envolvidos. Com os dados obtidos neste estudo pretende-se conhecer e compreender melhor a epidemiologia da tolerância aos metais pesados e biocidas, e a pressão seletiva que antibióticos, biocidas e metais pesados podem exercer nas espécies estudadas, sendo assim possível contribuir para medidas de controle de IRAS.

A formação de uma rede efetivamente integrada de pesquisadores envolvidos na questão de resistência bacteriana no Brasil é uma ideia tão importante quanto antiga. A criação do INPRA deverá atender essa demanda e se justifica para que se estabeleça um padrão de atuação dos diferentes laboratórios no Brasil. Cabe mencionar que a grande maioria dos laboratórios que trabalha com o tema de resistência são laboratórios de pesquisa e como tais tem uma grande importância na produção de dados. Estes dados, no entanto, tendem a segmentação representado regiões específicas. Por outro lado, os órgãos governamentais também não conseguem produzir dados, de forma sistemática, que representem todas as regiões brasileiras. A ANVISA tem demonstrado uma preocupação com resistência bacteriana no Brasil e criou a Comissão de Assessoria Técnica em Resistência Microbiana em Serviços de Saúde (CATREM) - da qual o coordenador e alguns pesquisadores dessa proposta são membros. No entanto, os dados e relatórios produzidos pelo CATREM são nitidamente insuficientes para produzir impacto na pesquisa sobre resistência. Nos anos de 2013 e 2014, grandes instituições de pesquisa e saúde mundiais, como o Centers for Disease Control and Prevention (CDC) e a organização Mundial da Saúde, produziram relatórios sobre a resistência no mundo. Todos os patógenos apontados como ameaça à saúde são graves problemas no Brasil; porém, nenhum deles conta com um sistema de vigilância coordenado no nosso país. Enquanto sistemas eficazes não são estabelecidos, a pesquisa apoiada pelo INPRA produzirá dados confiáveis para nortear recomendações que farão a diferença para o País. Dentre os três patógenos considerados como ameaça de nível ?urgente?, dois serão prioridade na presente proposta: Enterobactérias resistentes a carbapenemas e Neisseria gonorrhoeae resistente. Diante desse contexto essa proposta compreende um conjunto de ações de impacto nos seguintes planos: da pesquisa em resistência à antimicrobianos, da capacitação através do ensino e da produção de conhecimento, da transferência irrestrita de conhecimento à sociedade pela difusão dos resultados, da integração entre as múltiplas instituições das quais os pesquisadores do INPRA já são lideranças acadêmicas e do fortalecimento das relações com grupos internacionais. Metas de Curto Prazo: - Estabelecer a rede integrada do INPRA no cenário brasileiro; - Prestação de serviço na identificação e caracterização molecular de mecanismos de resistência em amostras bacterianas de origem clínica (hospitalar e comunitária) e ambiental; - Estabelecer um banco de amostras bacterianas representativo do território nacional; - Criação do website do INPRA. Metas de Médio Prazo: - Firmar cooperação entre o INPRA e ANIVSA para difusão de dados e metodologias referentes a detecção de resistência bacteriana; - Equipar os laboratórios associados com tecnologia de ponta e inovadora; - Desenvolvimento de software gerenciador de dados; - Avaliar atividade antimicrobiana de moléculas bioativas de diversas fontes da biodiversidade brasileira; - Estabelecer critérios nacionais de padronização do teste de suscetibilidade atuando em conjunto com o BrCAST; - Determinar a importância dos reservatórios ambientais na disseminação de genes de resistência; - Desenvolver e aplicar as ferramentas de bioinformática em genômica e proteômica bacteriana. Metas de Longo Prazo: - Formação de recursos humanos especializados; - Transferência de tecnologia para laboratórios de médio e pequeno porte; - Estabelecer metodologias de inovação na detecção rápida de mecanismos de resistência. CHAMADA INCT . MCTI/CNPq/CAPES/FAPs n 16/2014

Este Projeto Temático abrange estudos altamente especializados e inovadores no Brasil em genética da resistência bacteriana a antibióticos, investigação de virulência associada à resistência e epidemiologia em infecções bacterianas no Brasil. Os quatro primeiros subprojetos e os subprojetos 7 e 8 visam explorar diretamente a disseminação de genes de resistência e/ou virulência que podem contribuir para o sucesso da colonização/infecção da bactéria e/ou agravamento de infecções bacterianas: (1) Caracterização fenotípica e molecular de enterobactérias resistentes a antibióticos isoladas de aves comerciais de granjas do interior do Estado de São Paulo e Goiás e avaliação de fatores de virulência em E.coli, (2) Estudo molecular de bactérias produtoras de beta-lactamases isoladas de pacientes com suspeita de meningite na região de Ribeirão Preto, (3) Tipagem de plasmídeos carreando genes blaOXA em Acinetobacter spp. utilizando Acinetobacter baumannii ?PCR Based Replicon Typing, (4) Sequenciamento completo de plasmídeos carreando genes de resistência a antibióticos em bactérias de interesse, (7) Investigação da virulência, resistência, e estrutura populacional do Complexo Enterobacter cloacae e (8) Análise do genoma de linhagens de Pseudomonas aeruginosa produtoras de SPM-1 e de KPC-2 por sequenciamento em larga escala. Por fim, o quinto e sexto subprojetos visam o estudo molecular de bactérias complicadoras do estado clínico de pacientes com fibrose cística: (5) Caracterização fenotípica e molecular de Pseudomonas aeruginosa isoladas de pacientes com fibrose cística e evolução clínica dos pacientes e (6) Epidemiologia das infecções bacterianas em pacientes com fibrose cística envolvendo Achromobacter spp. e bactérias do complexo Burkholderia cepacia. Este Projeto Temático engloba equipe multidisciplinar, multi-institucional e multinacional, com competências comprovadas nas diferentes áreas dos subprojetos interligados por temas em comum

Microrganismos como Pseudomonas aeruginosa, complexo Burkholderia cepacia (CBC), Stenotrophomonas maltophilia, Pandoraea, entre outros, podem estar presentes nas infecções pulmonares de pacientes com FC. São patógenos oportunistas gram-negativos não fermentadores, os quais em sua maioria apresentam fatores de virulência responsáveis pelo declínio pulmonar. Muitos deles também são multirresistentes o que gera uma dificuldade na seleção de antimicrobianos adequados. Uma preocupação atual é o fato de que a maioria dos sistemas utilizados em laboratórios clínicos para identificação dos microrganismos não fornece identificação precisa e confiável. Torna-se necessário, portanto, meios de cultura seletivos mais propícios para a identificação fenotípica e o uso de metodologias moleculares como reação da polimerase em cadeia (PCR). O presente estudo tem como objetivo padronizar o isolamento e identificação fenotípica e molecular dessas bactérias emergentes, investigar genótipos de virulência e se possível investigar relações genéticas entre isolados da mesma espécie. Também serão fornecidos subsídios à prática clínica sobre a presença dessas bactérias em amostras de pacientes com fibrose cística atendidos no Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto e no Hospital das Clínicas da Universidade de Campinas com o intuito de proporcionar melhora na qualidade de vida destes pacientes. CNPq 473053/2012-8

A proposta deste projeto é investigar linhagens de Klebsiella pneumoniae e plasmídeos carreando genes codificadores de beta-lactamases na região nordeste do estado de São Paulo. Para tal, serão investigados isolados de K. pneumoniae resistentes aos antibióticos beta-lactâmicos de amplo espectro. Será realizada a pesquisa de genes codificadores de beta-lactamases, principalmente os comumente carreados por plasmídeos. As linhagens bacterianas serão caracterizadas considerando o perfil de macrorestrição, por eletroforese em campo pulsado e, de acordo com o tipo de sequência, utilizando tipagem por sequenciamento de multilocus. A caracterização dos plasmídeos será realizada por tipagem dos grupos de incompatibilidade e hibridação. Este conhecimento torna-se fundamental para que, em futuro próximo, novas estratégias possam ser formuladas a fim de controlar a resistência aos antibióticos, de modo mais contundente e eficaz, diretamente na cadeia de disseminação de genes de resistência. FAPESP 2012/14740-3

Este projeto teve por objetivo investigar os tipos clonais de A. baumannii resistentes aos carbanêmicos (CRAB) isolados no período de abril de 2008 a novembro de 2010 no Hospital Universitário da Universidade Federal de Juiz de Fora. Após digestão do DNA genômico dos isolados pela enzima de restrição SmaI, os fragmentos serão submetidos á eletroforese em campo pulsado e o perfil de migração dos fragmentos apresentados pelas linhagens serão analisados para a definição dos clones. Os tipos clonais estudados serão comparados ao perfil de sensibilidade apresentado por eles. Uma amostra de cada clone será selecionada para ser tipada por MLST (Multilocus Sequence Typing), possibilitando a comparação dos isolados estudados com isolados do mundo todo, através de banco de dados específicos. Os resultados deste trabalho ajudarão a determinar o tipo de disseminação de CRAB, definindo se o fenótipo de resistência é encontrado em linhagens bacterianas relacionadas entre si ou não, além de determinar a relação genética das linhagens estudadas com outras linhagens do cenário mundial.

O objetivo deste trabalho foi estudar a genética e epidemiologia molecular de enterobactérias resistentes aos carbapenêmicos isoladas no Brasil. Sessenta e quatro enterobactérias resistentes aos carbapenêmicos foram analisadas: 57 Klebsiella pneumoniae (Kp), 5 Enterobacter cloacae (Ecl), 1 Serratia marcescens (Sm) e 1 Citrobacter freundii (Cf), de diferentes pacientes, em seis hospitais e em duas distintas regiões do Brasil. Identificação e testes de sensibilidade antimicrobiana foram realizados por sistemas semi-automáticos e métodos padronizados. A relação clonal foi estabelecido por Pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) e também por MLST para K. pneumoniae. Os isolados Kp corresponderam a 5 pulsotipos, por PFGE, ligados a 6 tipos de sequência (ST): KPA-ST258 (n = 51 com 6 subtipos), KpA6-ST11 (n = 1), KPB-ST327 (n = 1), KPC-ST44 (n = 2), KPD-ST437 (n = 1) e KPE-ST48 (n = 1). Ecl foram agrupados em clones α e β e, Sm e Cf representam um clone cada. Todos os isolados foram resistentes aos β-lactâmicos, sensíveis à colistina e tigeciclina e mostraram fenótipos variáveis contra aminoglicosídeos, quinolonas, nitrofurantoína e sulfametoxazol-trimetoprim. Heterorresistência a carbapenêmicos foi observada para isolados de Kp e Cf, conforme relatado anteriormente com produtores de KPC-2 e VIM. Esse estudo relata a disseminação do gene blaKPC-2 nos estados de SP e RJ facilitada por clones de K. pneumoniae pertencentes ao globalmente disseminado CC258 (ST258, ST437 e ST11) e uma diversidade de plasmídeos (IncFII-KpA, IncN-Kp e Eclβ, IncL/M-Sm e Cf e, dois plasmídeos não-tipáveis carreando Tn4401a ou Tn4401b) disseminados com sucesso entre as enterobactérias. É a primeira descrição do ST258 no Brasil associada a um surto em um hospital universitário da cidade de Ribeirao Preto. Este trabalho apontou a alta diversidade de elementos genéticos disponíveis abrigando blaKPC-2. Isso poderia ampliar enormemente a disseminação desse gene no Brasil e no mundo FAPESP 2010/10926-1

Todos E. faecium isolados apresentaram CIM para vancomicina >256µg/mL pelo Etest®, já daptomicina mostrou valores de CIM dentro do limite de sensibilidade para todos os enterococos analisados. Houve predominio dos genes acm e esp nos E. faecium estudados. Os primeiros VREfm (vancomycin-resistant E. faecium) isolados em meados de 2005/2006 de pacientes do HCFMRP-USP apresentaram o transposon Tn1546 intacto, já todos os E. faecium isolados do HCFMRP-USP e da SCMRP, no período de setembro de 2008 a setembro de 2010, apresentaram produto de amplificação maior do que os 4,4kb esperados para grupamento gênico vanRSHAX. Resultados de overlapping PCR e sequenciamento da região do transposon que amplificou fragmento de DNA com tamanho maior que o esperado, mostraram que 81% (43 VREfm) isolados nos dois hospitais em estudo, no período de setembro de 2008 a setembro de 2010, apresentaram deleção da extremidade esquerda do Tn1546 e insersão (IS1251), entre genes vanS e vanH. A análise da PFGE dos VREfm em estudo mostrou que havia ocorrido disseminações clonais com determinados perfis de PFGE em períodos específicos. O fato dos primeiros VREfm terem apresentado perfil de PFGE diferente da maioria dos isolados, não permitiu que se determinasse o ancestral comum por PFGE, mas resultados de MLST mostraram que VREfm isolados, no período de 2008-2010, podem ser descendentes diretos destes cinco primeiros VREfm ou podem ter evoluído de um mesmo ancestral comum. MLST de 31 linhagens de VREfm selecionadas a partir dos resultados de PFGE, mostrou que havia 9 STs diferentes, dentre estes, sendo 5 STs novos (656, 657, 658, 659 e 660). STs predominantes foram STs 412 e 478. Todos STs pertenciam ao CC17, exceção ST658 (singleton). O ST78 que vem se disseminando mundialmente, foi identificado pela primeira vez no Brasil em linhagens do presente estudo. MLST comprovou o que já havia sido determinado pelos resultados de PFGE, que existe relação clonal entre linhagens isoladas nos dois hospitais. FAPESP 2011/18574-8

Observação das linhagens presentes na amostragem em estudo. Colaboração voluntária. Financiador da pesquisa Laboratórios Pfizer; contrato pela Fundação Para o Incremento da Pesquisa e do Aperfeiçoamento Industrial - FIPAI.

Laboratório Multiusuário de Sequenciamento de DNA: Estudos moleculares de novos alvos quimioterapêuticos em microrganismos e utilização da metagenômica para o isolamento e identificação de novos produtos microbianos antibioticos

Das 31 linhagens de enterococos enviadas ao LEBEM, 24 foram identificadas, por métodos genotípicos, como Enterococcus faecium, das quais 22 foram identificadas como resistentes à vancomicina (VRE) e 2 sensíveis a este antibiótico (VSE). As demais linhagens foram identificadas como Enterococcus faecalis (1 linhagem), 3 E. gallinarum e 3 não foram identificadas. As 22 linhagens de E. faecium apresentaram resistência à vancomicina e teicoplanina e abrigavam o elemento VanA. Foram detectadas duas alterações no elemento VanA das linhagens de E. faecium caracterizadas pela inserção de um fragmento de 1500 pb, correspondente à seqüência de inserção IS1251, entre os genes vanS e vanH. Também foi verificada deleção de parte da extremidade esquerda do Tn1546 nas linhagens de E. faecium do estudo. O estudo epidemiológico das linhagens de E. faecium, por PFGE e MLST, indicou uma estreita correlação genética entre as linhagens envolvidas, indicando também disseminação do clone do HC-UNICAMP para o Hospital Boldrini. As linhagens de E. faecium apresentaram genes de virulência responsáveis pela codificação de hialuronidase e proteína de superfície enterocócica. O estudo epidemiológico realizado, bem como a caracterização do elemento VanA permitiu concluir que as linhagens de enterococos envolvidas no surto, portadoras de importantes fatores de virulência, adquiriram o elemento VanA, passando a ter condições de invadir o organismo e sobreviver no ambiente hospitalar. Tal sobrevivência permitiu a possibilidade de disseminação para outro hospital por meios que necessitam de investigação. FAPESP 2008/511169-7.

Este projeto proporcionou o rastreamento de enterobactérias resistentes aos carbapenêmicos de pacientes internados no Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, assim como o de bactérias isoladas de alimentos variados. Algumas enterobactérias já foram identificadas e investigadas quanto à sensibilidade aos carbapenêmicos.

Este estudo foi elaborado com o objetivo de elucidar os mecanismos de resistência às quinolonas presentes em enterobactérias isoladas de pacientes de duas regiões metropolitanas brasileiras. Foram avaliadas possíveis alterações nas proteínas relacionadas com o sítio de ação das quinolonas, bem como a presença de plasmídeos e integrons que carregam determinantes gênicos que codificam resistência às quinolonas. A associação destes com mecanismos plasmideais de resistência aos antibióticos β-lactâmicos também foi analisada. Foram avaliadas 257 enterobactérias resistentes ao ácido nalidíxico isoladas de pacientes hospitalizados e da comunidade no período de 2000 a 2005. Por PCR e seqüenciamento, foram analisadas as mutações presentes nos genes cromossômicos gyrA e parC e as estruturas gênicas associadas com determinantes plasmideais de resistência às quinolonas, Qnr, e aos β-lactâmicos de amplo espectro. Foram determinados os perfis plasmideais e a transferabilidade dos plasmídeos que carrearam estes determinantes. A extração e a análise das proteínas de membrana externa foi realizada para avaliar uma possível perda ou diminuição da expressão de porinas, também relacionada com os mecanismos de resistência avaliados. Todas as amostras foram resistentes ao ácido nalidíxico, apresentando concentração inibitória mínima (CIM) superior a 16 μg/mL, e em média, 70% apresentaram diminuição de sensibilidade às fluoroquinolonas testadas. De 257 enterobactérias resistentes ao ácido nalidíxico, em seis enterobactérias (2,3%), incluindo 3 E. coli, 2 K. pneumoniae e 1 C. freundii foi encontrado o gene qnrB. Cinco linhagens apresentaram suas seqüências idênticas ao gene qnrB2, e uma linhagem, C. freundii JF79, apresentou uma seqüência idêntica ao gene qnrB8. Em uma linhagem de E. cloacae foi detectado o gene qnrA1 (0,37%). Os genes qnrA e qnrB apresentaram-se localizados em plasmídeos que apresentaram de 55 a 180 kilobases. A análise da estrutura gênica indicou que os g

Divulgar as pesquisas desenvolvidas nos três Programas de Pós-Graduação da FCFRP, trocar experiências científicas entre os pesquisadores brasiileiros e estrangeiros e proporcionar maior integração entre os alunos de iniciação científica, pós-graduandos e pesquisadores do Brasil e exterior.

. Os dados apresentados para os isolados do grupo MDR foram comparados àqueles do grupo n-MDR e a associação entre os determinantes de resistência e o fenótipo MDR foi calculada estatisticamente. Fenótipo de multiresistência foi observado em 42,2% e 84,2% das P. aeruginosa e Acinetobacter spp. estudadas. Nenhum isolado bacteriano apresentou fenótipo panresistente. Em 65 (44,2%) dos isolados de P. aeruginosa, foram detectados integrons de classe 1. Esses elementos apresentaram relação estatisticamente significativa com fenótipos MDR em P. aeruginosa. Entretanto, a maioria desses integrons não carreava nenhum cassete gênico (43/65) ou continham apenas cassetes gênicos de resistência a aminoglicosídeos (19/65). Entre os isolados de Acinetobacter spp., 11 (17,5%) apresentaram integrons de classe 1 e 30 (47,6%) integrons de classe 2. Apenas os últimos foram estatisticamente associados com fenótipos MDR. A pesquisa de metalo-β-lactamase (MBL) revelou a produção de enzimas SPM em 24 isolados de P. aeruginosa. Os estudos de expresão gênica demonstraram que, entre os sistemas de efluxo mais relatados para P. aeruginosa, MexXY-OprM foi o que mostrou maior diferença entre o nível de expressão dos grupos MDR e n-MDR, sugerindo que este sistema de efluxo desempenha importante papel no fenótipo MDR. Diminuição, em média de 66,4%, da produçãode OprD também foi um padrão encontrado nos isolados MDRem relação aos n-MDR. Dois grupos clonais de P. aeruginosa e dois de Acinetobacter spp. foram predominantes e tiveram relação com presença de integrons, produção de SPM-1 e com fenótipo MDR. Portanto, esse fenótipo pode ser consequência de acúmulo de determinantes de resistência em clones específicos. FAPESP 2008/56379-0

A proposta é classificar, por MLST, 37 linhagens de E. coli, previamente analisadas e classificadas por diferentes técnicas sorológicas e moleculares, sendo elas: 30 linhagens E. coli EPEC, isoladas de pacientes internados na Unidade de Emergência do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto da Universidade de São Paulo (HCFMRP-USP) e 07 linhagens E. coli isoladas de infecção do trato urinário de pacientes atendidos em laboratório de microbiologia de Juiz de Fora - MG¿, bem como analisar as possíveis relações filogenéticas destas, em relação a outras linhagens de Escherichia coli já estudadas. Com a realização desta técnica, será possível não só classificar e analisar as linhagens de Escherichia coli aqui propostas, mas também disponibilizar online, no banco de dados de MLST, os dados obtidos para uma análise mais ampla destes patógenos em relação aos já existentes, ampliando assim também a margem de estudos epidemiológicos mundiais de E. coli em relação ao Brasil.

Infecções provocadas por enterococos resistentes aos glicopeptídeos têm representado um sério problema em hospitais do mundo todo. Os fenótipos de resistência mais freqüentemente encontrados são os fenótipos VanA e VanB, com predomínio do primeiro em linhagens isoladas no Brasil. Este fenótipo é caracterizado por resistência à vancomicina e teicoplanina. Alterações no elemento de resistência responsável pela codificação de resistência em enterococos podem resultar em alterações fenotípicas quanto ao perfil de sensibilidade aos glicopeptídeos. Estas alterações têm sido detectadas em alguns países como Koréia, Japão e Taiwan. No Brasil, foram detectadas linhagens de enterococos com fenótipo VanB, entretanto, possuidoras do genótipo vanA. Esta característica é condizente com a encontrada nas linhagens isoladas nos países citados anteriormente. Este projeto de pesquisa têm como objetivos estudar o genótipo de linhagens de enterococos com fenótipo e genótipo conflitantes, bem como tentar elucidar a participação do gene vanZ no mecanismo de resistência à teicoplanina. 

FAPESP
Proc. nº 2005/50273-7 
Recurso R$ 45.965,00
Reserva Técnica R$ 11.491,00

PROCESSO Nº 475139/2004-6 - CNPq 

Recurso R$ 12.000,00

Estudo da incidência e prevalência de enterobactérias produtoras de ESBL e AmpC concomitantemente, de infecções do trato urinário de pacientes da comunidade, como também estudar fenotipica e geneticamente as beta-lactamases destas enterobactérias (pIs, Genes envolvidos, PFGE, etc).

FAPESP
Processo nº 2003/13574-3
Concessão: R$27.820,00
Reserva Técnica R$ 6.955,00

Estafilococos multirresistentes tem provocado infecções em pacientes hospitaizados e na comunidade, com sérias dificuldades para tratamento. Resistência a antibióticos beta-lactâmicos representa um dos grandes desafios a serem resolvidos neste gênero bacteriano, pois frequentemente está associado a multirresistência. Este projeto de pesquisa tem como principal objetivo estudar a resistência à meticilina e penicilina em estafilococos, bem como o controle da expressão dos genes responsáveis pela resistência a estes antibióticos. O estudo detalhado do controle da expressão gênica poderá fornecer pistas para a síntese de novos antimicrobianos ou mesmo a utilização de antimicrobianos existentes.
FAPESP
Processo nº 2003/13800-3
Concessão: R$ 26.217,00
Reserva técnica: R$ 6.554,25

Sequenciamento de 2 fragmentos inseridos em elemento vanA de 2 VRE isolados no Brasil: (i) descrever o novo elemento ISEfa5 em E.faecium 172/98 (Genbank AY495588) na região intergênica VanX - Y do elemento VanA, (ii) E.faecium RJ-1 com a presença de IS1251 (GenBank AY560917), entre os genes vanRSHAX mostrando disseminação inter continental de VRE

PROJETO DE PESQUISA FINANCIADO PELA FAPESP

Processo nº 2002/08759-1

Concessão: R$5.860,00
Reserva Técnica:R$1.465,00

Correlacionar a presença de genes de vários fatores de virulência descritos em enterococos de origem hospitalar e não-hospitalar de diferentes regiões do Brasil, correlacionar a preseça destes genes de virulência com a sua expressão e também comparar a similaridade genética de linhagens de mesmo genótipo de virulência pelo perfil de macrorestrição do crDNA. Conhecer o potencial de patogenicidade das diversas linhagens e compará-las com a resistência a antibióticos de interesse clínico, tanto de infecção quanto de colonização.

PROJETO DE PESQUISA FINANCIADO PELA FAPESP

PROC. Nº 2002/11518-6

Concessão: R$ 42.551,00
Reserva Técnica: R$ 7.362,25

No período de maio de 2001 a junho de 2002, foi realizado, no Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto-USP, o rastreamento de 421 enterococos de interesse clínico-epidemiológico e a determinação do perfil de sensibilidade a vários antimicrobianos: vancomicina, cloranfenicol, penicilina, eritromicina e tetraciclina, aminoglicosídeos (níveis elevados). Foram colhidos 222 "swabs" retais e 78 amostras de fezes de 259 pacientes internados em várias enfermarias, independente de estarem ou não recebendo antibioticoterapia por vancomicina. A identificação das bactérias foi realizada por métodos bioquímicos clássicos e pelo método da reação da polimerase em cadeia. O fenótipo de resistência a vários antimicrobianos das amostras isoladas foi determinado pela CIM através do método de diluição em ágar (NCCLS, 2000) e pela pesquisa da enzima Beta-lactamase, utilizando-se nitrocefina. A determinação de genes de resistência à vancomiciana foi realizafda pela PC


FINANCIADO PELO CNPq
Processo nº 464789/2001
Concessão: R$11.780,00

FINANCIADO PELA PRÓ-REITORIA DE PESQUISA DA USP
Concessão R$ 1.780,00

Determinar a incidência de Klebsiella ssp. produtoras de ESBL no Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto-USP (HCFMRP-USP), no primeiro semestre de 2000, comparar os métodos fenotípicos de triagem e confirmatórios para detecção de amostras produtoras de ESBL. Foram comparados os polimorfismos do comprimento dos fragmentos de restrição (do inglês, restriction fragment lenghth polimorfism - RFLP) do DNA cromossômico (crDNA) gerados pela análise da amplificação aleatória do DNA (do inglês, randon amplyfied polymorphic DNA - RAPD) com os RFLPs obtidos pela macrorestrição do crDNA pela enzima XbaI após eletroforese em campos pulsados (do inglês, pulsed-field gel eletrophoresis - PFGE) das amostras produtoras de ESBL.
PROJETO DE PESQUISA FINANCIADO PELO CNPq

Processo nº 475482/2001-8

Concessão R$ 8.920,00

AUXÍLIO FINANCEIRO PARA A REALIZAÇÃO DE EVENTO CIENTÍFICO:

FINANCIADO PELA COMISSÃO DE COOPERAÇÃO INTERNACIONAL DA USP
Concessão R$ 1.500,00

FINANCIADO PELA PRÓ-REITORIA DE GRADUAÇÃO DA USP
Processo nº 2001.1.175.60.1
Co ncessão R$ 2.000,00

FINANCIADO PELA PRÓ-REITORIA DE CULTURA E EXTENSÃO UNIVERSITÁRIA DA USP
Processo nº 2001.1.173.60.9
Concessão R$ 2.000,00 

FINANCIADO PELO CNPq
Processo nº 453276/00-8
Concessão R$ 36.000,00
Coordenador: Profa.Dra. Irene Rosemir Pelá

FINANCIADO PELA FAPESP
Processo nº 2001/00102-0
Concessão R$ 20.000,00 (Auxílio para despesas de transporte e diárias)
Coordenador: Profa.Dra. Suely Vilela

FINANCIADO PELA CAPES
Processo nº 0385/00-0
Concessão de 3 passagens aéreas internacionais e 3 passagens aéreas nacionais

FINANCIADO PELA PRÓ-REITORIA DE PÓS-GRADUAÇÃO DA USP
Processo nº 2001.1.175.60.1
Concessão R$ 4.323,11 (Auxílio para vinda de professores ao evento)

FINANCIADO PELA PRÓ-REITORIA DE PESQUISA DA USP
Concessão R$ 3.000,00 (Auxílio para vinda de professores ao evento)

Epidemiologia genética e molecular de enterococos resistentes à vancomicina isoladsos no Brasil pelo estudo dos transposons e plasmídeos envolvidos nesta resistência. Identificar a presença e a estabilidade de elementos de inserção (IS), dando subsídeos para a prática clínica no rastreamento da infecção causadqa por VRE.

PROJETO DE PESQUISA FINANCIADO PELA FAPESP 

Processo nº 99/12233-0
R$ 30.817,00
US$ 46.846,74
RESERVA TÉCNICA R$ 28.656,50

Auxílio financeiro para a construção do Laboratório de Pesquisa "Laboratório Especial de Bacteriologia e Epidemiologia Molecular"

PROJETO DE PESQUISA FINANCIADO PELA FAPESP

Processo nº 96/11502-0 - R$ 45.202,00

Incidência de S.aureus em crianças atendidas no Centro de Convivência Infantil do Hospital das Clínicas de Ribeirão Preto e a relação epidemiológica destes microrganismos com S.aureus colhidos de atendentes deste centro e das mães ou responsáveis pelas crianças

PROJETO DE PESQUISA FINANCIADO PELO CNPq

Processo nº 52.3520-4

Laboratório multiusuário para pesquisadores da FCFRP-USP

PROJETO DE PESQUISA FINANCIADO PELA FAPESP
Processo nº 95/8785-7 - Recurso total R$ 74.113,35

O propósito deste estudo foi verificar o quadro de colonização pelo Staphylococcus aureus entre portadores sãos relacionados do Centro de Convivência Infantil do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto da Universidade de São Paulo (HCFMRP-USP) e conhecer algumas características bacteriológicas e moleculares das linhagens isoladas, com vistas ao estabelecimento de relações epidemiológicas entre as amostras da cavidade nasal, mão direita e mão esquerda de 37 mães ou reponsáveis que trebalham no Serviço de Enfermagem do HCFMRP-USP, há mais de 6 meses e que utilizam o CCI durante a jornada de trabalho, 39 filhos ou dependentes das mesmas e de 39 funcionários que prestam assistência às crianças durante a estada no centro. O estudo genotípico teve um papel importante no delineamento e comparação das amostras de S.aureus dos portadores, já que só o antibiograma não daria parâmetros suficientes para uma precisa relação epidemiológica entre as amostras dos portadores sãos deste estudo.


PROJETO DE PESQUISA FINANCIADO PELA FAPESP

Processo nº 96/09749-7 - R$ 5.000,00

Analisar as amostras de estafilococos coagulase-negativa, isolados de hemoculturas e culturas de líquidos estéreis, identificando-as ao nível de espécie e caracterizando-as, epidemiológicamente, por métodos clássicos de tipagem bacteriana e por métodos moleculares, entre eles, perfil plasmideal e análise do perfil de restrição dos DNA cromossômicos por eletroforeses em campo pulsado. Houve uma contribuição direta para a qualidade dos exames bacteriológicos e melhor conhecimento clínico-epidemiológico das linhagens envolvidas nas bacteriemias ou septicemias do Hospital, contribuindo para opções mais adequadas de conduta clínica e terapêutica.

PROJETO DE PESQUISA FINANCIADO PELA FAPESP

Processo nº 95/3715-0 - R$ 8.039,88 + US$ 27.427,00 
Reserva Técnica - R$ 3.546,00

PRÓ-REITORIA DE PESQUISA R$ 3.500,00

Palestras, Seminários e Projetos envolvendo Grupos Emergentes em Pesquisa

PROJETO DE PESQUISA FINANCIADO PELA Pró-Reitoria de Pesquisa da USP

Processo nº 95.1.28027.1.5 

R$ 2.500,00 por integrante

Estudo da resistência a aminoglicosídeos e metais pesados em S.aureus

PROJETO DE PESQUISA FINANCIADO PELO CNPq

Processo nº 50.4506/88-9
 50.0862/92-3
 52.2355/94-3