Ricardo Vieira Ventura.

Reestruturacao do sistema de rastreabilidade BIOTRACK e BIOLINKS, ambos da empresa Beef Improvement Opportunities - Canada, objetivando-se a migracao de um sistema constituido de banco de dados relacional para um sistema hibrido que agrega funcionalidades como NOSQL technology, para buscas otimizadas na WEB.

Projeto destinado ao desenvolvimento de Banco de dados por meio de linguagem SQL, utilizando-se de duas ferramentas gratuitas: MySQL e PostgreSQL. Inicialmente, genotipos eram armazenados em arquivos texto ou em banco de dados por individuo. Este projeto propoe o desenvolvimento de um banco de dados para diferentes plataformas (Affymetrix, Illumina e dados de sequenciamento) e as mais diversas densidades (6K, 50K, HD, SNPs oriundos de sequenciamento).

Projeto destinado ao desenvolvimento e aperfeicoamento de ferramentas computacionais que otimize analises genomicas executadas por estudantes e pesquisadores durante o processo de selecao genomica de bovinos de corte e leite. Manipulacao, conversao e analises de dados genomicos com foco no processo de selecao de animais superiores requer alta demanda computacional e conhecimento de programacao dos usuarios. Este projeto propoe o desenvolvimento de um pipeline para otimizacao do processo e analise feita por grande parte dos pesquisadores que utilizam dados do tipo SNP, oriundos de plataformas comerciais (Affymetrix e Illumina), assim como SNPs obtidos por sequenciamento.

Accuracy of genomic selection has been shown to be proportional to the number of animals in the genotyped training population as well as the relationship between training and 
prediction populations. Adding extra training animals of breeds that are not closely related to the animals in the prediction population may lead to further inaccuracy in estimation of SNP effects, as SNP effects may not be consistent across populations. This project proposes a novel, unbiased method of creating clusters of animals to be evaluated together based on several metrics: Euclidean Distance Matrix (EDM), G Matrix and Hamming Distance

Genotypes (the pattern of important SNPs), from a wide range of beef and dairy breeds will be used to develop accurate genomic prediction equations to assess the genetic potential of an individual animal. This information will, in turn, be used to make genetic improvement in Canada?s cattle populations. Genotyping a large number of animals is necessary to attain acceptable levels of reliability, and can only be achieved through international collaboration. Low-cost tests will be developed that allow an animal?s entire genome to be inferred from a relatively small number of SNPs, thereby giving valuable information as to its breeding value. The project will work with scientists (and data) from across the world, as well as leading Canadian seed-stock organizations.

Contribuicao indireta ao projeto 1000 Bulls: Analise de imputacao nas primeiras sequencias oriundas do projeto 1000 Bulls, projeto parceiro do projeto Genome Canada

http://www.canadacow.ca/project/researchers

Development of breeding values (or EPDs) that incorporate genomic and performance information. Project involved the following institutions: Beef Improvement Opportunities /University of Alberta / University of Guelph / Neogen (Merial) / Canadian Simmental Association / Canadian Limousin Association / Beefbooster.
Main components: Imputation and Development of prediction equations for beef cattle

O projeto visa estabelecer a contribuição da herança citoplasmática sobre características ponderais de bovinos Nelore.