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Perfil do docente · EACH

Alexandre Ferreira Ramos.

Curso de Sistemas de Informação

Currículo atualizado em 15/10/2025

Física BiológicaMatemática AplicadaBiologia do desenvolvimentoGenética Molecular e de Microorganismos

Cita-se como: RAMOS, A. F.;Ramos, Alexandre F.;RAMOS, ALEXANDRE FERREIRA;F. RAMOS, ALEXANDRE;RAMOS, ALEXANDRE F;Alexandre Ramos;Ferreira Ramos, Alexandre;Ramos, Alexandre

13 seções

Resumo biográfico

Atualmente sou Professor Associado na Escola de Artes, Ciências e Humanidades da Universidade de São Paulo onde coordeno o Lab AMFiBio (Laboratório de Matemática Aplicada e Física Biológica). Entre Set. 2018 e Abr. 2019 fui "Tinker Visiting Professor" na Universidade de Chicago. Realizei pós-doutorado (CNPq, 2009) no Reinitz Fly Lab sediado nos Dept. de Matemática Aplicada e Estatística e Centro de Medicina Molecular, da Stony Brook University, NY, EUA. Possuo doutoramento (CNPq, 2008) e mestrado (CAPES, 2004) em Física Teórica, ambos pelo Grupo de Métodos Matemáticos em Ciências Moleculares do Instituto de Fisica de Sao Carlos, Universidade de São Paulo. Graduei-me em Licenciatura em Física pela Universidade Federal de São Carlos em 2001. Tenho experiência em Física Matemática, Teoria dos Grupos, Métodos Estocásticos,Teoria do Controle, Simulação Computacional e Visão Computacional aplicados à Biologia Molecular, em particular à Regulação da Expressão Gênica durante a Segmentação dos Embriões de D. melanogaster e Biologia do Câncer. Tenho realizado aplicações dos métodos de Aprendizagem com Estatística (ou aprendizagem de máquinas) para análisar dados de de pesquisa em Saúde, Biomedicina e Biologia Molecular. Também atuo em Computação de Alto Desempenho, investigando aplicações dos Grupos de Lie e teoria dos Grafos ao desenho de Topologias e Arquiteturas de Supercomputadores e desenvolvimento de algoritmos paralelos de otimização. Recentemente me interessei pela pesquisa em tecnologias quânticas e tenho desenvolvido uma interface de acesso ao computador quântico brasileiro baseado em ressonância magnética nuclear, desenvolvido no LEAR/IFSC/USP. Tenho experiência em extensão de serviços à comunidade realizando divulgação científica sobre energia nuclear.

Indicadores

Áreas de atuação

04 registros
  • Ciencias Exatas E Da Terra
    Física
    Física Biológica
  • Ciencias Exatas E Da Terra
    Matemática
    Matemática Aplicada
  • Ciencias Biologicas
    Genética
    Biologia do desenvolvimento
  • Ciencias Biologicas
    Genética
    Genética Molecular e de Microorganismos

Formação acadêmica

05 registros
  1. 2019 – 2019Pós-DoutoradoConcluído
    Pós-Doutorado · University of Chicago
  2. 2008 – 2009Pós-DoutoradoConcluído
    Pós-Doutorado · State University of New York -- Stony Brook
    Bolsa Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico
  3. 2004 – 2008DoutoradoConcluído
    Física · Universidade de São Paulo
    “Simetrias de Lie e modelagem estocástica da regulação gênica”
    Orientação: José Eduardo Martinho HornosBolsa Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico
  4. 2002 – 2004MestradoConcluído
    Física · Universidade de São Paulo
    “O grupo unitário simplético, propriedades gerais e estados coerentes”
    Orientação: José Eduardo Martinho HornosBolsa Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior
  5. Livre-docênciaConcluído
    Livre-docência · Universidade de São Paulo

Idiomas

02 registros
IdiomaLeituraFalaEscritaCompreensão
EspanholRazoávelRazoávelPoucoRazoável
InglêsBemBemBemBem

Atuação profissional

15 registros
  1. 2019 – presenteVínculo atual
    Critical Reviews in Oncogenesis
    Membro de corpo editorial
  2. 2018 – 2018Dedicação exclusiva
    University of Chicago
    Professor visitante
  3. 2017 – 2018
    Journal of Optimization
    Membro de corpo editorial
  4. 2016 – presenteVínculo atual
    The Austrian Science Fund
    Revisor de projeto de fomento
  5. 2013 – 2013
    Princeton University
    N/aPesquisador visitante
  6. 2012 – presenteVínculo atual
    National Center of Science and Technology Evaluation
    Revisor de projeto de fomento
  7. 2011 – 2011
    University of Wisconsin - Madison
    Cientista visitanteColaborador40h/sem
  8. 2011 – 2011
    University of Chicago
    Cientista visitanteColaborador40h/sem
  9. 2011 – 2011
    McGill University
    Cientista visitanteColaborador40h/sem
  10. 2010 – presenteVínculo atualDedicação exclusiva
    Universidade de São Paulo
    Professor DoutorServidor Publico
  11. 2008 – 2009Dedicação exclusiva
    State University of New York at Stony Brook
    ResearcherPostdoctoral Associate40h/sem
  12. 2005 – 2005
    Instituto de Física de São Carlos
    Monitor -- Mecânica Quântica 1Bolsista PAE12h/sem
  13. 2005 – 2005
    Instituto de Física de São Carlos
    Monitor -- Mecânica Quântica 2Bolsista PAE12h/sem
  14. 2004 – 2004
    Instituto de Física de São Carlos
    Monitor - Física Básica 1Bolsista PAE12h/sem
  15. 2003 – 2003
    Instituto de Física de São Carlos
    Monitor - Física Básica 1Bolsista PAE12h/sem

Produção bibliográfica

46 registros
6 de 6 itens
Por página
  • 2019
    A simulation of laser energy absorption by a nanowired surface
    VASCONCELOS, MIGUEL F. S.; Alexandre Ferreira Ramos · 2019 SBFoton International Optics and Photonics Conference (SBFoton IOPC) · IEEE · ISBN 9781728130927 · Sao Paulo
  • 2017
    SOLUÇÕES NUMÉRICAS DE UM SISTEMA DE EDO?s PARA NEUTRÔNICA
    Alexandre Ferreira Ramos; Suzylaine da Silva Lima · International Nuclear Atlantic Conference · Belo Horizonte
  • 2017
    DEMYSTIFYING NUCLEAR POWER: THE LINEAR NON-THRESHOLD MODEL AND ITS USE FOR EVALUATING RADIATION EFFECTS ON LIVING ORGANISMS
    Alexandre Ferreira Ramos; Miguel Felipe da Silva Vasconcelos; Sophia Moura de Campos Vergueiro; Suzylaine da Silva Lima · International Nuclear Atlantic Conference · Belo Horizonte
  • 2017
    AN ANALYSIS OF THE PROPERTIES OF LEVELIZED COST ANALYSIS OF STORAGE OR RECYCLING OF SPENT NUCLEAR FUEL
    Sophia Moura de Campos Vergueiro; Alexandre Ferreira Ramos · International Nuclear Atlantic Conference · Belo Horizonte
  • 2017
    A SIMULATION OF LASER ENERGY ABSORPTION BY NANOWIRED SURFACE
    Miguel Felipe da Silva Vasconcelos; Alexandre Ferreira Ramos · International Nuclear Atlantic Conference · Belo Horizonte
  • 2017
    NUCLEAR POWER AND NON-SPECIALISTS EDUCATION: AN APPROACH PROPOSAL
    Alexandre Ferreira Ramos; Sophia Moura de Campos Vergueiro; Suzylaine da Silva Lima; Caroline Lucchi; Miguel Felipe da Silva Vasconcelos · Congresso de Energias Renováveis · Sorocaba

Produção técnica

23 registros
8 de 8 itens
Por página
  • 2018
    O Programa Nuclear Brasileiro: um fio de luz nos caminhos da nação
    Alexandre Ferreira Ramos; Michael Jaillet · Discussão sobre a importância da comunicação científica para um entendimento e incorporação do programa nuclear pela sociedade brasileira
  • 2016
    Relatório 3 ? Fusão 2
    Alexandre Ferreira Ramos · ?Estudo dos novos processos de fissão-fusão para geração de eletricidade, insumos estratégicos e reutilização do combustível irradiado? -- Estudos estratégicos
  • 2016
    Relatório 4 ? Chernobyl 2
    Alexandre Ferreira Ramos · ?Estudo dos novos processos de fissão-fusão para geração de eletricidade, insumos estratégicos e reutilização do combustível irradiado? -- Estudos estratégicos
  • 2015
    Chernobyl: mitologia contemporânea?
    Alexandre Ferreira Ramos · Debater as consequências do acidente de Chernobyl à luz da teoria dos efeitos de radiação ionizante em organismos vivos.
  • 2015
    Chernobyl: mitologia contemporânea? 1. Consequências ambientais.
    Alexandre Ferreira Ramos · Divulgação científica sobre os efeitos ambientais do acidente de Chernobyl: apresentação.
  • 2014
    Relatório 2 ? Chernobyl 1
    Reginaldo de Jesus Napolitano; Alexandre Ferreira Ramos; Esmerindo de Sousa Bernardes; HORNOS, JOSÉ EDUARDO MARTINHO · ?Estudo dos novos processos de fissão-fusão para geração de eletricidade, insumos estratégicos e reutilização do combustível irradiado? -- Estudos estratégicos
  • 2013
    Relatório 1 ? Fusão 1
    Alexandre Ferreira Ramos; Reginaldo de Jesus Napolitano; Esmerindo de Sousa Bernardes; HORNOS, JOSÉ EDUARDO MARTINHO · ?Estudo dos novos processos de fissão-fusão para geração de eletricidade, insumos estratégicos e reutilização do combustível irradiado? -- Estudos estratégicos
  • 2012
    Relatório Preliminar sobre Fusão Nuclear Inercial
    Alexandre Ferreira Ramos; Reginaldo de Jesus Napolitano; Esmerindo de Sousa Bernardes; HORNOS, JOSÉ EDUARDO MARTINHO

Projetos de extensão

01 registro

Projetos de extensão universitária registrados no Currículo Lattes — a categoria de produção acadêmica própria, ao lado das produções bibliográfica, técnica e artística.

1 de 1 projeto
Por página
  • 2012 – 2015Extensão

    Convênio USP - Eletrobrás Eletronuclear

    Concluído

    ESTUDO DOS NOVOS PROCESSOS DE FISSÃO-FUSÃO PARA GERAÇÃO DE ELETRICIDADE, INSUMOS ESTRATÉGICOS E REUTILIZAÇÃO DO COMBUSTÍVEL IRRADIADO.

    Equipe

    Alexandre Ferreira Ramos, HORNOS, J. E. M. (Responsável), Esmerindo de Sousa Bernardes, Reginaldo de Jesus Napolitano, Ruy Carvalho Mattosinho de Castro Ferraz

Projetos

05 registros

Projetos de pesquisa e de desenvolvimento tecnológico registrados no Currículo Lattes.

5 de 5 projetos
Por página
  • 2023 – presentePesquisa

    AI-based characterization of inflammatory profile of long covid patients

    Em andamento

    We aim to characterize the inflammatory profile of patientspresenting post-acute sequelae of SARS-CoV-2 infection (PASC, orlong covid) by means of artificial intelligence (AI). Themechanisms causing the most frequent self reported symptoms ofPASC patients, e.g. fatigue, remains elusive. The complexity ofPASC is manifested by a plethora of symptoms resulting fromaction of multiple subsystems of the organism, includinginflammatory response. Understanding how imbalanced inflammatoryresponse affects PASC symptoms is a major challenge. Because ofthe complexity of the inflammatory system, its data-drivenanalysis demands AI tools. We use data generated in across-sectional study performed by the consortium COVIDHC fromthe *Faculdade de Medicina da USP*. Data was collected from 228participants hospitalized with acute COVID-19 in 2020 whoreturned for a follow-up assessment. Clinical data was combinedwith serum cytokine quantification as a measure of theirinflammatory profile. We expect to conclude two preliminaryanalyses in which we established: a) clusters uniting patientshaving similar cytokines profiles; b) differences on inflammatoryresponse by male and female patients. Aim a) requires determiningthe association between the clusters and clinical symptoms. Aimb) requires establishing whether differential inflammatoryresponse has hormonal or genetic causes. Our results will enableimproved diagnostics, treatment designs, and prognostics for longcovid patients.

    Financiadores
    • Fundação de Apoio à Universidade de São Paulo · OUTRO
    Equipe

    Alexandre Ferreira Ramos (Responsável), SALIM DE CASTRO, GABRIELA, SEELAENDER, MARILIA, Geraldo Busatto

  • 2021 – presentePesquisa

    Physiological model of gene regulation in Drosophila

    Em andamento

    The project is dedicated to elucidating gene transcription bursts that occur during the development of Drosophila melanogaster embryos. These bursts, occurring at random times, imply the transcription of a random (and large) amount of mRNAs during brief intervals of time. Despite this randomness, it is remarkable that Drosophila embryos develop according to precisely space-time regulated gene expression patterns that ensure their viability into adulthood. Therefore, we will investigate the hypothesis of these transcriptional bursts being regulated by the presence of transcription factors (proteins that bind to the regulatory regions of a gene and modulate its transcription).

    Financiadores
    • National Institutes of Health · COOPERACAO
    Equipe

    Alexandre Ferreira Ramos, John Reinitz (Responsável), Alan U Sabino

  • 2019 – presentePesquisa

    Desenvolvimento de um sistema automatizado de inferência de regulação da expressão gênica

    Em andamento
    Financiadores
    • Universidade de São Paulo · AUXILIO_FINANCEIRO
    Equipe

    Alexandre Ferreira Ramos (Responsável), Leonardo dos Reis Gama, André Penteado Gomes

  • 2014 – presentePesquisa

    Dinâmica estocástica aplicada à proliferação celular

    Em andamento

    Durante a última década a pesquisa em câncer recebeu uma nova ferramenta: os modelos matemáticos dedicados à análise de vários aspectos sobre o crescimento e a proliferação celular. Os modelos atualmente disponíveis na literatura dedicam-se à descrição e análise do regime estacionário do processo ocupação do espaço por uma população celulas tumorais. Neste projeto propomos o uso de uma versão generalizada do modelo de Widom-Rowlinson para o estudo dos processos de proliferação celular estocásticos. Esperamos que esse projeto possa contribuir para o entendimento e estabelecimento de ao menos uma recomendação prática a ser utilizada no tratamento do câncer.

    Financiadores
    • Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior · COOPERACAO
    Equipe

    Alexandre Ferreira Ramos (Responsável), Yuri Suhov, Roger Chammas, Willian Lautenschlager

  • 2009 – presentePesquisa

    Classificação da função e dos mecanismos de supressão de flutuações aleatórias em regulação da expressão gênica.

    Em andamento

    Este projeto é dedicado à investigação das estratégias de regulação da expressão do gene estocástico. Visamos classificar as diferentes formas de ruído originárias de cada forma de regulação gênica e, em seguida, estudar suas funções numa célula. Utilizaremos métodos analíticos da Teoria dos Processos Estocásticos, da Teoria dos Grupos de Lie e da Teoria das Funções Complexas. Também pretendemos desenvolver uma metodologia para compreendermos os mecanismos matemáticos que possam resultar em redução de variância a partir do acoplamento de processos estocásticos.

    Equipe

    Alexandre Ferreira Ramos (Responsável), HORNOS, J. E. M., John Reinitz, Romain Yvinec, Yuri Suhov, Evelina Shamarova

Orientações

2 de 2 orientações
Por página
  • Doutorado
    desde 2022
    Guilherme Giovanini · Orientação
    Modelos estocásticos de regulação da expressão gênica para auxiliar desenhos de experimentos em laboratório e terapias direcionadas a genes · Oncologia · Universidade de São Paulo · Bolsa Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior
    Em andamento
  • Iniciação Científica
    desde 2019
    Leonardo dos Reis Gama · Orientação
    Modelamento estocástico da expressão gênica · Escola de Artes, Ciências e Humanidades · Bolsa Fundação de Apoio à Universidade de São Paulo
    Em andamento

Revisor de periódico

11 registros
  1. 2021 – presenteVínculo atual
    Scientific Reports
    Revisor de periódico
  2. 2019 – presenteVínculo atual
    Journal of Supercomputing
    Revisor de periódico
  3. 2018 – presenteVínculo atual
    ACTA BIOTHEORETICA
    Revisor de periódico
  4. 2018 – presenteVínculo atual
    Bioinformatics
    Revisor de periódico
  5. 2017 – presenteVínculo atual
    JOURNAL OF MATHEMATICAL BIOLOGY
    Revisor de periódico
  6. 2016 – presenteVínculo atual
    Scientific Programming
    Revisor de periódico
  7. 2016 – presenteVínculo atual
    Brazilian Journal of Medical and Biological Research (Impresso)
    Revisor de periódico
  8. 2016 – presenteVínculo atual
    PLoS One
    Revisor de periódico
  9. 2014 – presenteVínculo atual
    International Journal of Biomathematics
    Revisor de periódico
  10. 2013 – presenteVínculo atual
    The Journal of Chemical Physics
    Revisor de periódico
  11. 2009 – presenteVínculo atual
    Journal of Theoretical Biology
    Revisor de periódico

Participação em eventos

14 registros
14 de 14 participações
Por página
  • 2014
    Supervisão da equipe Apuama
    International Supercomputing Conference -- Student Cluster Challenge · Conferencista · Convidado · Leipzig
  • 2014
    Supervisão da equipe Apuama
    Asia Supercomputing Conference -- Student Cluster Challenge · Conferencista · Convidado · Guanzhou
  • 2013
    Symmetries and stochastic gene regulation
    Mathematical Methods and Modeling of Biophysical Phenomena · Apresentação oral · Participante · Cabo Frio
  • 2013
    Noise reduction by coupling of stochastic processes and canalization in Biology
    First winter q-Bio · Poster / Painel · Participante · Waikiki
  • 2013
    Noise reduction by coupling of stochastic processes and canalization in Biology
    Two days in stochastic analysis · Conferencista · Convidado · Campinas
  • 2012
    1st Conference on Inertial Fusion Energy
    Ouvinte · Yokohama
  • 2012
    Noise reduction by coupling of stochastic processes and canalization in biology
    3rd Workshop on Stochastic Modeling · Apresentação oral · Participante · Campinas
  • 2010
    Lie symmetries and stochastic modeling of gene regulation
    Annual meeting of the Society for Mathematical Biolgoy · Apresentação Oral · Participante · Rio de Janeiro
  • 2008
    Exact solutions of the time-dependent self interactive gene
    Workshop on noise and gene regulation · Conferencista · Convidado · São Carlos
  • 2007
    Symmetry and stochastic gene regulation
    First q-bio conference on cellular information processing · Poster / Painel · Participante · Santa Fé
  • 2007
    Symmetry and stochastic gene regulation
    XI - Workshop da pos · Poster / Painel · Participante · Sao Carlos
  • 2006
    Dynamical symmetries of the stochastic model to gene transcription
    26th International Colloquium on Group Theoretical Methods on Physics · Apresentação Oral · Participante · New York
  • 2006
    40 anos da sociedade brasileira de física
    Ouvinte · São Paulo
  • 2005
    Ensino de física para um curso de arquitetura
    XVI Simpósio nacional de ensino de física · Poster / Painel · Participante · Rio de Janeiro
Fonte dos dadosCurrículo Lattes · CNPqCurrículo atualizado em 15/10/2025Ver no Lattes