Resumo biográfico
Atualmente sou Professor Associado na Escola de Artes, Ciências e Humanidades da Universidade de São Paulo onde coordeno o Lab AMFiBio (Laboratório de Matemática Aplicada e Física Biológica). Entre Set. 2018 e Abr. 2019 fui "Tinker Visiting Professor" na Universidade de Chicago. Realizei pós-doutorado (CNPq, 2009) no Reinitz Fly Lab sediado nos Dept. de Matemática Aplicada e Estatística e Centro de Medicina Molecular, da Stony Brook University, NY, EUA. Possuo doutoramento (CNPq, 2008) e mestrado (CAPES, 2004) em Física Teórica, ambos pelo Grupo de Métodos Matemáticos em Ciências Moleculares do Instituto de Fisica de Sao Carlos, Universidade de São Paulo. Graduei-me em Licenciatura em Física pela Universidade Federal de São Carlos em 2001. Tenho experiência em Física Matemática, Teoria dos Grupos, Métodos Estocásticos,Teoria do Controle, Simulação Computacional e Visão Computacional aplicados à Biologia Molecular, em particular à Regulação da Expressão Gênica durante a Segmentação dos Embriões de D. melanogaster e Biologia do Câncer. Tenho realizado aplicações dos métodos de Aprendizagem com Estatística (ou aprendizagem de máquinas) para análisar dados de de pesquisa em Saúde, Biomedicina e Biologia Molecular. Também atuo em Computação de Alto Desempenho, investigando aplicações dos Grupos de Lie e teoria dos Grafos ao desenho de Topologias e Arquiteturas de Supercomputadores e desenvolvimento de algoritmos paralelos de otimização. Recentemente me interessei pela pesquisa em tecnologias quânticas e tenho desenvolvido uma interface de acesso ao computador quântico brasileiro baseado em ressonância magnética nuclear, desenvolvido no LEAR/IFSC/USP. Tenho experiência em extensão de serviços à comunidade realizando divulgação científica sobre energia nuclear.
Indicadores
Áreas de atuação
04 registros- Ciencias Exatas E Da TerraFísicaFísica Biológica
- Ciencias Exatas E Da TerraMatemáticaMatemática Aplicada
- Ciencias BiologicasGenéticaBiologia do desenvolvimento
- Ciencias BiologicasGenéticaGenética Molecular e de Microorganismos
Formação acadêmica
05 registros- 2019 – 2019Pós-DoutoradoConcluídoPós-Doutorado · University of Chicago
- 2008 – 2009Pós-DoutoradoConcluídoPós-Doutorado · State University of New York -- Stony BrookBolsa Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico
- 2004 – 2008DoutoradoConcluídoFísica · Universidade de São Paulo“Simetrias de Lie e modelagem estocástica da regulação gênica”Orientação: José Eduardo Martinho HornosBolsa Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico
- 2002 – 2004MestradoConcluídoFísica · Universidade de São Paulo“O grupo unitário simplético, propriedades gerais e estados coerentes”Orientação: José Eduardo Martinho HornosBolsa Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior
- Livre-docênciaConcluídoLivre-docência · Universidade de São Paulo
Idiomas
02 registros| Idioma | Leitura | Fala | Escrita | Compreensão |
|---|---|---|---|---|
| Espanhol | Razoável | Razoável | Pouco | Razoável |
| Inglês | Bem | Bem | Bem | Bem |
Atuação profissional
15 registros- 2019 – presenteVínculo atualCritical Reviews in OncogenesisMembro de corpo editorial
- 2018 – 2018Dedicação exclusivaUniversity of ChicagoProfessor visitante
- 2017 – 2018Journal of OptimizationMembro de corpo editorial
- 2016 – presenteVínculo atualThe Austrian Science FundRevisor de projeto de fomento
- 2013 – 2013Princeton UniversityN/aPesquisador visitante
- 2012 – presenteVínculo atualNational Center of Science and Technology EvaluationRevisor de projeto de fomento
- 2011 – 2011University of Wisconsin - MadisonCientista visitanteColaborador40h/sem
- 2011 – 2011University of ChicagoCientista visitanteColaborador40h/sem
- 2011 – 2011McGill UniversityCientista visitanteColaborador40h/sem
- 2010 – presenteVínculo atualDedicação exclusivaUniversidade de São PauloProfessor DoutorServidor Publico
- 2008 – 2009Dedicação exclusivaState University of New York at Stony BrookResearcherPostdoctoral Associate40h/sem
- 2005 – 2005Instituto de Física de São CarlosMonitor -- Mecânica Quântica 1Bolsista PAE12h/sem
- 2005 – 2005Instituto de Física de São CarlosMonitor -- Mecânica Quântica 2Bolsista PAE12h/sem
- 2004 – 2004Instituto de Física de São CarlosMonitor - Física Básica 1Bolsista PAE12h/sem
- 2003 – 2003Instituto de Física de São CarlosMonitor - Física Básica 1Bolsista PAE12h/sem
Produção bibliográfica
46 registros- 2019A simulation of laser energy absorption by a nanowired surfaceVASCONCELOS, MIGUEL F. S.; Alexandre Ferreira Ramos · 2019 SBFoton International Optics and Photonics Conference (SBFoton IOPC) · IEEE · ISBN 9781728130927 · Sao Paulo
- 2017SOLUÇÕES NUMÉRICAS DE UM SISTEMA DE EDO?s PARA NEUTRÔNICAAlexandre Ferreira Ramos; Suzylaine da Silva Lima · International Nuclear Atlantic Conference · Belo Horizonte
- 2017DEMYSTIFYING NUCLEAR POWER: THE LINEAR NON-THRESHOLD MODEL AND ITS USE FOR EVALUATING RADIATION EFFECTS ON LIVING ORGANISMSAlexandre Ferreira Ramos; Miguel Felipe da Silva Vasconcelos; Sophia Moura de Campos Vergueiro; Suzylaine da Silva Lima · International Nuclear Atlantic Conference · Belo Horizonte
- 2017AN ANALYSIS OF THE PROPERTIES OF LEVELIZED COST ANALYSIS OF STORAGE OR RECYCLING OF SPENT NUCLEAR FUELSophia Moura de Campos Vergueiro; Alexandre Ferreira Ramos · International Nuclear Atlantic Conference · Belo Horizonte
- 2017A SIMULATION OF LASER ENERGY ABSORPTION BY NANOWIRED SURFACEMiguel Felipe da Silva Vasconcelos; Alexandre Ferreira Ramos · International Nuclear Atlantic Conference · Belo Horizonte
- 2017NUCLEAR POWER AND NON-SPECIALISTS EDUCATION: AN APPROACH PROPOSALAlexandre Ferreira Ramos; Sophia Moura de Campos Vergueiro; Suzylaine da Silva Lima; Caroline Lucchi; Miguel Felipe da Silva Vasconcelos · Congresso de Energias Renováveis · Sorocaba
Produção técnica
23 registros- 2018O Programa Nuclear Brasileiro: um fio de luz nos caminhos da naçãoAlexandre Ferreira Ramos; Michael Jaillet · Discussão sobre a importância da comunicação científica para um entendimento e incorporação do programa nuclear pela sociedade brasileira
- 2016Relatório 3 ? Fusão 2Alexandre Ferreira Ramos · ?Estudo dos novos processos de fissão-fusão para geração de eletricidade, insumos estratégicos e reutilização do combustível irradiado? -- Estudos estratégicos
- 2016Relatório 4 ? Chernobyl 2Alexandre Ferreira Ramos · ?Estudo dos novos processos de fissão-fusão para geração de eletricidade, insumos estratégicos e reutilização do combustível irradiado? -- Estudos estratégicos
- 2015Chernobyl: mitologia contemporânea?Alexandre Ferreira Ramos · Debater as consequências do acidente de Chernobyl à luz da teoria dos efeitos de radiação ionizante em organismos vivos.
- 2015Chernobyl: mitologia contemporânea? 1. Consequências ambientais.Alexandre Ferreira Ramos · Divulgação científica sobre os efeitos ambientais do acidente de Chernobyl: apresentação.
- 2014Relatório 2 ? Chernobyl 1Reginaldo de Jesus Napolitano; Alexandre Ferreira Ramos; Esmerindo de Sousa Bernardes; HORNOS, JOSÉ EDUARDO MARTINHO · ?Estudo dos novos processos de fissão-fusão para geração de eletricidade, insumos estratégicos e reutilização do combustível irradiado? -- Estudos estratégicos
- 2013Relatório 1 ? Fusão 1Alexandre Ferreira Ramos; Reginaldo de Jesus Napolitano; Esmerindo de Sousa Bernardes; HORNOS, JOSÉ EDUARDO MARTINHO · ?Estudo dos novos processos de fissão-fusão para geração de eletricidade, insumos estratégicos e reutilização do combustível irradiado? -- Estudos estratégicos
- 2012Relatório Preliminar sobre Fusão Nuclear InercialAlexandre Ferreira Ramos; Reginaldo de Jesus Napolitano; Esmerindo de Sousa Bernardes; HORNOS, JOSÉ EDUARDO MARTINHO
Projetos de extensão
01 registroProjetos de extensão universitária registrados no Currículo Lattes — a categoria de produção acadêmica própria, ao lado das produções bibliográfica, técnica e artística.
- Concluído2012 – 2015Extensão
Convênio USP - Eletrobrás Eletronuclear
ESTUDO DOS NOVOS PROCESSOS DE FISSÃO-FUSÃO PARA GERAÇÃO DE ELETRICIDADE, INSUMOS ESTRATÉGICOS E REUTILIZAÇÃO DO COMBUSTÍVEL IRRADIADO.
EquipeAlexandre Ferreira Ramos, HORNOS, J. E. M. (Responsável), Esmerindo de Sousa Bernardes, Reginaldo de Jesus Napolitano, Ruy Carvalho Mattosinho de Castro Ferraz
Projetos
05 registrosProjetos de pesquisa e de desenvolvimento tecnológico registrados no Currículo Lattes.
- Em andamento2023 – presentePesquisa
AI-based characterization of inflammatory profile of long covid patients
We aim to characterize the inflammatory profile of patientspresenting post-acute sequelae of SARS-CoV-2 infection (PASC, orlong covid) by means of artificial intelligence (AI). Themechanisms causing the most frequent self reported symptoms ofPASC patients, e.g. fatigue, remains elusive. The complexity ofPASC is manifested by a plethora of symptoms resulting fromaction of multiple subsystems of the organism, includinginflammatory response. Understanding how imbalanced inflammatoryresponse affects PASC symptoms is a major challenge. Because ofthe complexity of the inflammatory system, its data-drivenanalysis demands AI tools. We use data generated in across-sectional study performed by the consortium COVIDHC fromthe *Faculdade de Medicina da USP*. Data was collected from 228participants hospitalized with acute COVID-19 in 2020 whoreturned for a follow-up assessment. Clinical data was combinedwith serum cytokine quantification as a measure of theirinflammatory profile. We expect to conclude two preliminaryanalyses in which we established: a) clusters uniting patientshaving similar cytokines profiles; b) differences on inflammatoryresponse by male and female patients. Aim a) requires determiningthe association between the clusters and clinical symptoms. Aimb) requires establishing whether differential inflammatoryresponse has hormonal or genetic causes. Our results will enableimproved diagnostics, treatment designs, and prognostics for longcovid patients.
Financiadores- Fundação de Apoio à Universidade de São Paulo · OUTRO
EquipeAlexandre Ferreira Ramos (Responsável), SALIM DE CASTRO, GABRIELA, SEELAENDER, MARILIA, Geraldo Busatto
- Em andamento2021 – presentePesquisa
Physiological model of gene regulation in Drosophila
The project is dedicated to elucidating gene transcription bursts that occur during the development of Drosophila melanogaster embryos. These bursts, occurring at random times, imply the transcription of a random (and large) amount of mRNAs during brief intervals of time. Despite this randomness, it is remarkable that Drosophila embryos develop according to precisely space-time regulated gene expression patterns that ensure their viability into adulthood. Therefore, we will investigate the hypothesis of these transcriptional bursts being regulated by the presence of transcription factors (proteins that bind to the regulatory regions of a gene and modulate its transcription).
Financiadores- National Institutes of Health · COOPERACAO
EquipeAlexandre Ferreira Ramos, John Reinitz (Responsável), Alan U Sabino
- Em andamento2019 – presentePesquisa
Desenvolvimento de um sistema automatizado de inferência de regulação da expressão gênica
Financiadores- Universidade de São Paulo · AUXILIO_FINANCEIRO
EquipeAlexandre Ferreira Ramos (Responsável), Leonardo dos Reis Gama, André Penteado Gomes
- Em andamento2014 – presentePesquisa
Dinâmica estocástica aplicada à proliferação celular
Durante a última década a pesquisa em câncer recebeu uma nova ferramenta: os modelos matemáticos dedicados à análise de vários aspectos sobre o crescimento e a proliferação celular. Os modelos atualmente disponíveis na literatura dedicam-se à descrição e análise do regime estacionário do processo ocupação do espaço por uma população celulas tumorais. Neste projeto propomos o uso de uma versão generalizada do modelo de Widom-Rowlinson para o estudo dos processos de proliferação celular estocásticos. Esperamos que esse projeto possa contribuir para o entendimento e estabelecimento de ao menos uma recomendação prática a ser utilizada no tratamento do câncer.
Financiadores- Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior · COOPERACAO
EquipeAlexandre Ferreira Ramos (Responsável), Yuri Suhov, Roger Chammas, Willian Lautenschlager
- Em andamento2009 – presentePesquisa
Classificação da função e dos mecanismos de supressão de flutuações aleatórias em regulação da expressão gênica.
Este projeto é dedicado à investigação das estratégias de regulação da expressão do gene estocástico. Visamos classificar as diferentes formas de ruído originárias de cada forma de regulação gênica e, em seguida, estudar suas funções numa célula. Utilizaremos métodos analíticos da Teoria dos Processos Estocásticos, da Teoria dos Grupos de Lie e da Teoria das Funções Complexas. Também pretendemos desenvolver uma metodologia para compreendermos os mecanismos matemáticos que possam resultar em redução de variância a partir do acoplamento de processos estocásticos.
EquipeAlexandre Ferreira Ramos (Responsável), HORNOS, J. E. M., John Reinitz, Romain Yvinec, Yuri Suhov, Evelina Shamarova
Orientações
- Doutorado
desde 2022Guilherme Giovanini · OrientaçãoModelos estocásticos de regulação da expressão gênica para auxiliar desenhos de experimentos em laboratório e terapias direcionadas a genes · Oncologia · Universidade de São Paulo · Bolsa Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível SuperiorEm andamento - Iniciação Científica
desde 2019Leonardo dos Reis Gama · OrientaçãoModelamento estocástico da expressão gênica · Escola de Artes, Ciências e Humanidades · Bolsa Fundação de Apoio à Universidade de São PauloEm andamento
Revisor de periódico
11 registros- 2021 – presenteVínculo atualScientific ReportsRevisor de periódico
- 2019 – presenteVínculo atualJournal of SupercomputingRevisor de periódico
- 2018 – presenteVínculo atualACTA BIOTHEORETICARevisor de periódico
- 2018 – presenteVínculo atualBioinformaticsRevisor de periódico
- 2017 – presenteVínculo atualJOURNAL OF MATHEMATICAL BIOLOGYRevisor de periódico
- 2016 – presenteVínculo atualScientific ProgrammingRevisor de periódico
- 2016 – presenteVínculo atualBrazilian Journal of Medical and Biological Research (Impresso)Revisor de periódico
- 2016 – presenteVínculo atualPLoS OneRevisor de periódico
- 2014 – presenteVínculo atualInternational Journal of BiomathematicsRevisor de periódico
- 2013 – presenteVínculo atualThe Journal of Chemical PhysicsRevisor de periódico
- 2009 – presenteVínculo atualJournal of Theoretical BiologyRevisor de periódico
Participação em eventos
14 registros- 2014Supervisão da equipe ApuamaInternational Supercomputing Conference -- Student Cluster Challenge · Conferencista · Convidado · Leipzig
- 2014Supervisão da equipe ApuamaAsia Supercomputing Conference -- Student Cluster Challenge · Conferencista · Convidado · Guanzhou
- 2013Symmetries and stochastic gene regulationMathematical Methods and Modeling of Biophysical Phenomena · Apresentação oral · Participante · Cabo Frio
- 2013Noise reduction by coupling of stochastic processes and canalization in BiologyFirst winter q-Bio · Poster / Painel · Participante · Waikiki
- 2013Noise reduction by coupling of stochastic processes and canalization in BiologyTwo days in stochastic analysis · Conferencista · Convidado · Campinas
- 20121st Conference on Inertial Fusion EnergyOuvinte · Yokohama
- 2012Noise reduction by coupling of stochastic processes and canalization in biology3rd Workshop on Stochastic Modeling · Apresentação oral · Participante · Campinas
- 2010Lie symmetries and stochastic modeling of gene regulationAnnual meeting of the Society for Mathematical Biolgoy · Apresentação Oral · Participante · Rio de Janeiro
- 2008Exact solutions of the time-dependent self interactive geneWorkshop on noise and gene regulation · Conferencista · Convidado · São Carlos
- 2007Symmetry and stochastic gene regulationFirst q-bio conference on cellular information processing · Poster / Painel · Participante · Santa Fé
- 2007Symmetry and stochastic gene regulationXI - Workshop da pos · Poster / Painel · Participante · Sao Carlos
- 2006Dynamical symmetries of the stochastic model to gene transcription26th International Colloquium on Group Theoretical Methods on Physics · Apresentação Oral · Participante · New York
- 200640 anos da sociedade brasileira de físicaOuvinte · São Paulo
- 2005Ensino de física para um curso de arquiteturaXVI Simpósio nacional de ensino de física · Poster / Painel · Participante · Rio de Janeiro
