Resumo biográfico
Atualmente sou Professor Associado na Escola de Artes, Ciências e Humanidades da Universidade de São Paulo onde coordeno o Lab AMFiBio (Laboratório de Matemática Aplicada e Física Biológica). Entre Set. 2018 e Abr. 2019 fui "Tinker Visiting Professor" na Universidade de Chicago. Realizei pós-doutorado (CNPq, 2009) no Reinitz Fly Lab sediado nos Dept. de Matemática Aplicada e Estatística e Centro de Medicina Molecular, da Stony Brook University, NY, EUA. Possuo doutoramento (CNPq, 2008) e mestrado (CAPES, 2004) em Física Teórica, ambos pelo Grupo de Métodos Matemáticos em Ciências Moleculares do Instituto de Fisica de Sao Carlos, Universidade de São Paulo. Graduei-me em Licenciatura em Física pela Universidade Federal de São Carlos em 2001. Tenho experiência em Física Matemática, Teoria dos Grupos, Métodos Estocásticos,Teoria do Controle, Simulação Computacional e Visão Computacional aplicados à Biologia Molecular, em particular à Regulação da Expressão Gênica durante a Segmentação dos Embriões de D. melanogaster e Biologia do Câncer. Tenho realizado aplicações dos métodos de Aprendizagem com Estatística (ou aprendizagem de máquinas) para análisar dados de de pesquisa em Saúde, Biomedicina e Biologia Molecular. Também atuo em Computação de Alto Desempenho, investigando aplicações dos Grupos de Lie e teoria dos Grafos ao desenho de Topologias e Arquiteturas de Supercomputadores e desenvolvimento de algoritmos paralelos de otimização. Recentemente me interessei pela pesquisa em tecnologias quânticas e tenho desenvolvido uma interface de acesso ao computador quântico brasileiro baseado em ressonância magnética nuclear, desenvolvido no LEAR/IFSC/USP. Tenho experiência em extensão de serviços à comunidade realizando divulgação científica sobre energia nuclear.
Indicadores
Áreas de atuação
04 registros- Ciencias Exatas E Da TerraFísicaFísica Biológica
- Ciencias Exatas E Da TerraMatemáticaMatemática Aplicada
- Ciencias BiologicasGenéticaBiologia do desenvolvimento
- Ciencias BiologicasGenéticaGenética Molecular e de Microorganismos
Formação acadêmica
05 registros- 2019 – 2019Pós-DoutoradoConcluídoPós-Doutorado · University of Chicago
- 2008 – 2009Pós-DoutoradoConcluídoPós-Doutorado · State University of New York -- Stony BrookBolsa Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico
- 2004 – 2008DoutoradoConcluídoFísica · Universidade de São Paulo“Simetrias de Lie e modelagem estocástica da regulação gênica”Bolsa Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico
- 2002 – 2004MestradoConcluídoFísica · Universidade de São Paulo“O grupo unitário simplético, propriedades gerais e estados coerentes”Bolsa Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior
- Livre-docênciaConcluídoLivre-docência · Universidade de São Paulo
Idiomas
02 registros| Idioma | Leitura | Fala | Escrita | Compreensão |
|---|---|---|---|---|
| Espanhol | Razoável | Razoável | Pouco | Razoável |
| Inglês | Bem | Bem | Bem | Bem |
Atuação profissional
26 registros- 2021 – presenteVínculo atualScientific ReportsLivreLivre
- 2019 – presenteVínculo atualCritical Reviews in OncogenesisLivreLivre
- 2019 – presenteVínculo atualJournal of SupercomputingLivreLivre
- 2018 – 2018Dedicação exclusivaUniversity of ChicagoLivreProfessor Visitante
- 2018 – presenteVínculo atualACTA BIOTHEORETICALivreLivre
- 2018 – presenteVínculo atualBioinformaticsLivreLivre
- 2017 – presenteVínculo atualJOURNAL OF MATHEMATICAL BIOLOGYLivreLivre
- 2017 – 2018Journal of OptimizationLivreLivre
- 2016 – presenteVínculo atualScientific ProgrammingLivreLivre
- 2016 – presenteVínculo atualBrazilian Journal of Medical and Biological Research (Impresso)LivreLivre
- 2016 – presenteVínculo atualThe Austrian Science FundLivreLivre
- 2016 – presenteVínculo atualPLoS OneLivreLivre
- 2014 – presenteVínculo atualInternational Journal of BiomathematicsLivreLivre
- 2013 – 2013Princeton UniversityLivreLivre
- 2013 – presenteVínculo atualThe Journal of Chemical PhysicsLivreLivre
- 2012 – presenteVínculo atualNational Center of Science and Technology EvaluationLivreLivre
- 2011 – 2011University of Wisconsin - MadisonLivreColaborador40h/sem
- 2011 – 2011University of ChicagoLivreColaborador40h/sem
- 2011 – 2011McGill UniversityLivreColaborador40h/sem
- 2010 – presenteVínculo atualDedicação exclusivaUniversidade de São PauloLivreServidor Publico
- 2009 – presenteVínculo atualJournal of Theoretical BiologyLivreLivre
- 2008 – 2009Dedicação exclusivaState University of New York at Stony BrookLivreLivre40h/sem
- 2005 – 2005Instituto de Física de São CarlosLivreLivre12h/sem
- 2005 – 2005Instituto de Física de São CarlosLivreLivre12h/sem
- 2004 – 2004Instituto de Física de São CarlosLivreLivre12h/sem
- 2003 – 2003Instituto de Física de São CarlosLivreLivre12h/sem
Projetos
06 registros- Em andamento2023 – presentePesquisaPesquisa
AI-based characterization of inflammatory profile of long covid patients
We aim to characterize the inflammatory profile of patientspresenting post-acute sequelae of SARS-CoV-2 infection (PASC, orlong covid) by means of artificial intelligence (AI). Themechanisms causing the most frequent self reported symptoms ofPASC patients, e.g. fatigue, remains elusive. The complexity ofPASC is manifested by a plethora of symptoms resulting fromaction of multiple subsystems of the organism, includinginflammatory response. Understanding how imbalanced inflammatoryresponse affects PASC symptoms is a major challenge. Because ofthe complexity of the inflammatory system, its data-drivenanalysis demands AI tools. We use data generated in across-sectional study performed by the consortium COVIDHC fromthe *Faculdade de Medicina da USP*. Data was collected from 228participants hospitalized with acute COVID-19 in 2020 whoreturned for a follow-up assessment. Clinical data was combinedwith serum cytokine quantification as a measure of theirinflammatory profile. We expect to conclude two preliminaryanalyses in which we established: a) clusters uniting patientshaving similar cytokines profiles; b) differences on inflammatoryresponse by male and female patients. Aim a) requires determiningthe association between the clusters and clinical symptoms. Aimb) requires establishing whether differential inflammatoryresponse has hormonal or genetic causes. Our results will enableimproved diagnostics, treatment designs, and prognostics for longcovid patients.
Financiadores- Fundação de Apoio à Universidade de São Paulo · OUTRO
EquipeAlexandre Ferreira Ramos (Responsável), SALIM DE CASTRO, GABRIELA, SEELAENDER, MARILIA, Geraldo Busatto
- Em andamento2021 – presentePesquisaPesquisa
Physiological model of gene regulation in Drosophila
The project is dedicated to elucidating gene transcription bursts that occur during the development of Drosophila melanogaster embryos. These bursts, occurring at random times, imply the transcription of a random (and large) amount of mRNAs during brief intervals of time. Despite this randomness, it is remarkable that Drosophila embryos develop according to precisely space-time regulated gene expression patterns that ensure their viability into adulthood. Therefore, we will investigate the hypothesis of these transcriptional bursts being regulated by the presence of transcription factors (proteins that bind to the regulatory regions of a gene and modulate its transcription).
Financiadores- National Institutes of Health · COOPERACAO
EquipeAlexandre Ferreira Ramos, John Reinitz (Responsável), Alan U Sabino
- Em andamento2019 – presentePesquisaPesquisa
Desenvolvimento de um sistema automatizado de inferência de regulação da expressão gênica
Financiadores- Universidade de São Paulo · AUXILIO_FINANCEIRO
EquipeAlexandre Ferreira Ramos (Responsável), Leonardo dos Reis Gama, André Penteado Gomes
- Em andamento2014 – presentePesquisaPesquisa
Dinâmica estocástica aplicada à proliferação celular
Durante a última década a pesquisa em câncer recebeu uma nova ferramenta: os modelos matemáticos dedicados à análise de vários aspectos sobre o crescimento e a proliferação celular. Os modelos atualmente disponíveis na literatura dedicam-se à descrição e análise do regime estacionário do processo ocupação do espaço por uma população celulas tumorais. Neste projeto propomos o uso de uma versão generalizada do modelo de Widom-Rowlinson para o estudo dos processos de proliferação celular estocásticos. Esperamos que esse projeto possa contribuir para o entendimento e estabelecimento de ao menos uma recomendação prática a ser utilizada no tratamento do câncer.
Financiadores- Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior · COOPERACAO
EquipeAlexandre Ferreira Ramos (Responsável), Yuri Suhov, Roger Chammas, Willian Lautenschlager
- Concluído2012 – 2015PesquisaExtensao
Convênio USP - Eletrobrás Eletronuclear
ESTUDO DOS NOVOS PROCESSOS DE FISSÃO-FUSÃO PARA GERAÇÃO DE ELETRICIDADE, INSUMOS ESTRATÉGICOS E REUTILIZAÇÃO DO COMBUSTÍVEL IRRADIADO.
EquipeAlexandre Ferreira Ramos, HORNOS, J. E. M. (Responsável), Esmerindo de Sousa Bernardes, Reginaldo de Jesus Napolitano, Ruy Carvalho Mattosinho de Castro Ferraz
- Em andamento2009 – presentePesquisaPesquisa
Classificação da função e dos mecanismos de supressão de flutuações aleatórias em regulação da expressão gênica.
Este projeto é dedicado à investigação das estratégias de regulação da expressão do gene estocástico. Visamos classificar as diferentes formas de ruído originárias de cada forma de regulação gênica e, em seguida, estudar suas funções numa célula. Utilizaremos métodos analíticos da Teoria dos Processos Estocásticos, da Teoria dos Grupos de Lie e da Teoria das Funções Complexas. Também pretendemos desenvolver uma metodologia para compreendermos os mecanismos matemáticos que possam resultar em redução de variância a partir do acoplamento de processos estocásticos.
EquipeAlexandre Ferreira Ramos (Responsável), HORNOS, J. E. M., John Reinitz, Romain Yvinec, Yuri Suhov, Evelina Shamarova
Produção bibliográfica
46 registros- 2019A simulation of laser energy absorption by a nanowired surfaceVASCONCELOS, MIGUEL F. S.; Alexandre Ferreira Ramos · 2019 SBFoton International Optics and Photonics Conference (SBFoton IOPC) · IEEE · ISBN 9781728130927 · Sao Paulo
- 2017SOLUÇÕES NUMÉRICAS DE UM SISTEMA DE EDO?s PARA NEUTRÔNICAAlexandre Ferreira Ramos; Suzylaine da Silva Lima · International Nuclear Atlantic Conference · Belo Horizonte
- 2017DEMYSTIFYING NUCLEAR POWER: THE LINEAR NON-THRESHOLD MODEL AND ITS USE FOR EVALUATING RADIATION EFFECTS ON LIVING ORGANISMSAlexandre Ferreira Ramos; Miguel Felipe da Silva Vasconcelos; Sophia Moura de Campos Vergueiro; Suzylaine da Silva Lima · International Nuclear Atlantic Conference · Belo Horizonte
- 2017AN ANALYSIS OF THE PROPERTIES OF LEVELIZED COST ANALYSIS OF STORAGE OR RECYCLING OF SPENT NUCLEAR FUELSophia Moura de Campos Vergueiro; Alexandre Ferreira Ramos · International Nuclear Atlantic Conference · Belo Horizonte
- 2017A SIMULATION OF LASER ENERGY ABSORPTION BY NANOWIRED SURFACEMiguel Felipe da Silva Vasconcelos; Alexandre Ferreira Ramos · International Nuclear Atlantic Conference · Belo Horizonte
- 2017NUCLEAR POWER AND NON-SPECIALISTS EDUCATION: AN APPROACH PROPOSALAlexandre Ferreira Ramos; Sophia Moura de Campos Vergueiro; Suzylaine da Silva Lima; Caroline Lucchi; Miguel Felipe da Silva Vasconcelos · Congresso de Energias Renováveis · Sorocaba
Produção técnica
23 registros- 2018O Programa Nuclear Brasileiro: um fio de luz nos caminhos da naçãoAlexandre Ferreira Ramos; Michael Jaillet · Discussão sobre a importância da comunicação científica para um entendimento e incorporação do programa nuclear pela sociedade brasileira
- 2016Relatório 3 ? Fusão 2Alexandre Ferreira Ramos · ?Estudo dos novos processos de fissão-fusão para geração de eletricidade, insumos estratégicos e reutilização do combustível irradiado? -- Estudos estratégicos
- 2016Relatório 4 ? Chernobyl 2Alexandre Ferreira Ramos · ?Estudo dos novos processos de fissão-fusão para geração de eletricidade, insumos estratégicos e reutilização do combustível irradiado? -- Estudos estratégicos
- 2015Chernobyl: mitologia contemporânea?Alexandre Ferreira Ramos · Debater as consequências do acidente de Chernobyl à luz da teoria dos efeitos de radiação ionizante em organismos vivos.
- 2015Chernobyl: mitologia contemporânea? 1. Consequências ambientais.Alexandre Ferreira Ramos · Divulgação científica sobre os efeitos ambientais do acidente de Chernobyl: apresentação.
- 2014Relatório 2 ? Chernobyl 1Reginaldo de Jesus Napolitano; Alexandre Ferreira Ramos; Esmerindo de Sousa Bernardes; HORNOS, JOSÉ EDUARDO MARTINHO · ?Estudo dos novos processos de fissão-fusão para geração de eletricidade, insumos estratégicos e reutilização do combustível irradiado? -- Estudos estratégicos
- 2013Relatório 1 ? Fusão 1Alexandre Ferreira Ramos; Reginaldo de Jesus Napolitano; Esmerindo de Sousa Bernardes; HORNOS, JOSÉ EDUARDO MARTINHO · ?Estudo dos novos processos de fissão-fusão para geração de eletricidade, insumos estratégicos e reutilização do combustível irradiado? -- Estudos estratégicos
- 2012Relatório Preliminar sobre Fusão Nuclear InercialAlexandre Ferreira Ramos; Reginaldo de Jesus Napolitano; Esmerindo de Sousa Bernardes; HORNOS, JOSÉ EDUARDO MARTINHO
