Jose Bento Sterman Ferraz.

A bovinocultura de corte nacional, além de ser um dos principais destaques do agronegócio, têm grande importância no mercado mundial, pois o Brasil possui um dos maiores rebanhos efetivos do mundo, com cerca de 190 milhões de cabeças, sendo predominantemente de animais de origem Bos indicus, na qual a raça Nelore compõe aproximadamente 90% do rebanho. Os dados efetivos de produção de carne bovina confirmados em 2011, indicam que 16,5% foi exportado e o grande montante (83,5%) abasteceu o mercado interno. Com aumento da demanda de alimentos em escala mundial, a quantidade e qualidade da produção de proteína de origem animal é um importante alvo de pesquisas. Para os programas de melhoramento genético, características como as de qualidade de carne, geralmente de baixa herdabilidade, influenciada por fatores ambientais possuem ganho genético lento. Com os avanços da biotecnologia, o uso de chips de alta densidade de polimorfismos de nucleotídeo único (SNP - Single Nucleotideos Polymorphisms), permite traçar estratégias para identificação de genes ou regiões genômicas responsáveis pelas características de interesse, tornando mais eficiente o processo de seleção. A metodologia de GWAS (Genome Wide Association Study), compara os resultados de chips de alta densidade de milhares de marcadores polimórficos disponíveis em indivíduos não relacionados, que possuam uma condição fenotípica de interesse, para identificar marcadores associados a tal fenótipo. O objetivo do estudo é fazer uma análise de associação genômica ampla com características de carcaça e qualidade de carne de bovinos da raça Nelore.

Este é um projeto essencialmente multidisciplinar e que requer cooperação entre várias instituições. Os avanços nas últimas décadas da genética e biologia molecular possibilitaram o sequenciamento completo do genoma bovino, bem como abriu um largo leque de novas possibilidades de estudo nesse genoma. A ferramenta mais utilizada na avaliação de dados genômicos associados à produção de bovinos é a identificação de polimorfismos de nucleotídeo único (SNP). Muitos SNP já foram identificados em Bos taurus, em diversos genes relacionados com desempenho ponderal, qualidade de carcaça, eficiência alimentar e outras características produtivas. Em zebuínos ainda são raros os estudos com milhares de SNP associados com características de interesse zootécnico, principalmente os que consideram as importantes características ligadas à eficiência e ingestão alimentar. O objetivo desse projeto é caracterizar e associar alguns SNP com ingestão e eficiência alimentar além de estimar o valor genético molecular para essas características em bovinos da raça Nelore, a mais expressiva e importante na pecuária brasileira. Serão utilizados dados de ingestão de matéria seca e eficiência alimentar de cerca de 1200 bovinos dessa raça. A partir dessa amostra, o DNA genômico individual será extraído e posteriormente essas amostras de DNA serão genotipadas por meio de chips comerciais (BovineHD e BovineSNP50 Beadchip®, Illumina Inc). Esses dados genômicos serão utilizados, em conjunto com os dados fenotípicos, para caracterização dos SNP e cálculo de frequências gênicas e genotípicas, efeitos aditivos, de substituição alélica e dominância. Adicionalmente, serão incluídos dados de pedigree para estimar o valor genético molecular de cada animal por meio de metodologia GBLUP e métodos Bayesianos (Bayes A, B, C, Cπ e Lasso). O projeto encontra-se em fase adiantada, necessitando de recursos adicionais para genotipar a segunda metade dos animais.

En las últimas décadas se ha presentado una creciente pérdida de razas criollas en todo el mundo, por la introducción de razas ?mejoradas de alto rendimiento?, unque en realidad deben llamarse ?razas de alta respuesta? a los requerimientos del mercado, puesto que responden bien a cantidades elevadas de insumos y a condiciones reguladas. La producción pecuaria intensiva totalmente dependiente de tecnologías importadas, no es asequible ni sostenible para la mayoría de los agricultores de comunidades indígenas, negras y campesinas; debido a que tienen ecosistemas y condiciones muy limitadas. La FAO(2003) estima que más del 30% de las razas criollas en todo el mundo presenta un proceso crítico de erosión (cada mes se pierden seis razas). En Latinoamerica esta situación es igualmente crítica, y no existen programas gubernamentales que busquen la recuperación y conservación de razas criollas, orientados hacia el mejoramiento y manejo de sistemas agroecológicos sustentables. La introducción paulatina en forma legal (importaciones) o ilegal (contrabando) al Ecuador y por consiguiente a la RSE, de nuevo y diverso material zoogenético, sobre todo en estas cuatro últimas décadas por parte de los grandes grupos económicos, con la anuencia y complacencia de 
los Gobiernos de turno, ha traído más problemas que beneficios, así:
?Perdida y/o desaparición paulatina del material genético criollo (adaptado al medio), a causa de un manejo genético de tipo absorbente, lo que ha conllevado a la disminución e inclusive perdida de la frecuencia de genes deseables que poseen tales animales.
?La introducción de nuevos problemas sanitarios no existentes en estas ecoregiones.
?La destrucción más agresiva del medio ambiente, debido a la creación de nuevos 
pastizales (destrucción del bosque nativo), introducción de nuevo germoplasma (forrajes mas precoces), erosión del suelo (practicas de manejo inadecuadas).
?Mayor uso y abuso de químicos y productos residuales con perjuicio para la salud del hombre y del medio ambiente, pues esto ha traído como consecuencia la disminución e inclusive desaparición de flora, fauna silvestre y microfauna (insectos) beneficiosa para el equilibrio ecológico del medio.
?Uso indiscriminado de fármacos y hormonas sintéticas, debido a que estos nuevos 
animales son más susceptibles, requieren de mayor cuidado, tienen mas problemas 
productivos y reproductivos, por tanto los costos de producción de los mismos también suben.
?Al ser animales de mayor productividad, requieren de ingentes cantidad y calidad de alimentos, lo que para las condiciones económicas, de infraestructura y ambientales de la gran mayoría de pequeños y medianos productores, se convierte en un problema.
Para estos nuevos sistemas de producción intensivos, se han introducido paquetes tecnológicos, los cuales han ido desplazando a conocimientos y tecnologías ancestrales, que permitían una producción más sana y ecológica.Nuestros valiosos recursos genéticos locales o criollos están siendo amenazados por la extinción ante el auge de los recursos genéticos mejorados (o desmejorados porque se estrecha su base genética); que si bien son potencialmente más productivos que sus parientes criollos, no poseen las características de resistencia a enfermedades, rusticidad, adaptabilidad y de nutrición con pastos de baja calidad o del rebusque 
de alimentos que han adquirido los criollos en su proceso coevolutivo en el transcurso de 500 años de permanencia en estas tierras con condiciones adversas de clima, suelo y manejo que por lo general son las realidades en las que viven cientos de campesinos de la RSE.

A pecuária de corte é um dos principais destaques do agronegócio nacional, e tem grande importância no mercado mundial, pois o Brasil possui um dos maiores rebanhos de bovinos do mundo, com mais de 200 milhões de cabeças. Esse rebanho é composto, predominantemente por animais de origem Bos indicus, sendo que a raça Nelore e seus cruzamentos compõe aproximadamente 90% do total. Os dados efetivos de produção de carne bovina em 2012 indicam que 16,5% foram exportadas e a maior parte da produção (83,5%) abasteceu o mercado interno. Adicionalmente, o rebanho ovino brasileiro é de aproximadamente 17,6 milhões de cabeças, e essa atividade tem apresentado crescimento no país com destaque para as regiões Nordeste e Sul, que possuem os maiores rebanhos e têm grande destaque socioeconômico nessa atividade, incluindo a agricultura familiar. Devido à importância, interesse econômico e aumento da produção de alimentos, melhorias são necessárias para maior eficiência de produção, como, por exemplo, a seleção de animais geneticamente superiores e resistentes ao ambiente adverso dos trópicos. O uso de painéis contendo centenas de milhares de polimorfismos de nucleotídeo único (SNP - Single Nucleotide Polymorphisms) tem possibilitado aos programas de melhoramento genético animal traçar estratégias para identificação de genes ou regiões genômicas responsáveis pelas características de interesse, tornando mais eficiente o processo de seleção. A metodologia de Genome-wide Association Study (GWAS) compara os resultados dos painéis de alta densidade disponíveis em indivíduos não relacionados, que possuam uma condição fenotípica de interesse, para identificar marcadores associados a tal fenótipo, e pode apontar regiões de interesse no genoma que possam influenciar em características quantitativas. O objetivo deste projeto é realizar um estudo de genética de sistemas, abordando análises de associação genômica, desequilíbrio de ligação, variações do número de cópias de regiões genômicas (CNVs) e enriquecimento funcional em medidas de crescimento, reprodução, qualidade de carne e eficiência alimentar em bovinos da raça Nelore, bem como, resistência a endoparasitas e prolificidade em ovinos da raça Santa Inês. Adicionalmente, realizar um estudo de expressão gênica global (sequenciamento do RNA mensageiro total ? RNA-Seq) e dos mecanismos epigenéticos de controle da expressão da eficiência alimentar em bovinos da raça Nelore. Com o expertize gerado, as metodologias poderão, ainda dentro da abrangência deste projeto temático, ser aplicadas a outras espécies animais.

Objetivos principais: Fornecer aos docentes e alunos de graduação e pós graduação do Campus da USP animais homogêneos e que representem o patrimônio genético da pecuária de corte nacional, em especial de animais que possam receber o certificado especial de identificação e produção, CEIP, autorizados pelo MAPA, para os projetos de ensino, pesquisa e extensão da Universidade.
Adicionalmente, proporcionar à comunidade da USP, acesso aos melhores materiais genéticos disponíveis, com o uso de biotécnicas reprodutivas atualizadas, como IATF, FIV e TETF e manter o nível genético do rebanho da Prefeitura do Campus da USP em Pirassununga dentro de padrões semelhantes aos melhores do mercado de gado de corte do Sudeste e Centro Oeste.
Sugerir animais a serem usados como reprodutores no rebanho do Campus.

A pecuária de corte é um dos principais destaques do agronegócio nacional, e tem grande importância no mercado mundial, pois o Brasil possui um dos maiores rebanhos de bovinos do mundo, com cerca de 200 milhões de cabeças. Esse rebanho é composto, predominantemente por animais de origem Bos indicus, cuja raça Nelore e seus cruzamentos compõe aproximadamente 90%. Devido à importância, interesse econômico e aumento da produção de alimentos, melhorias são necessárias para maior eficiência de produção, como por exemplo a seleção de animais geneticamente superiores e a utilização de estratégias de manejo como o confinamento para terminação dos bovinos. O uso de painéis contendo centenas de milhares de polimorfismos de nucleotídeo único (SNP) tem possibilitado traçar estratégias para identificação de genes ou regiões genômicas responsáveis pelos fenótipos de interesse, tais como características de carcaça, crescimento e eficiência alimentar. Os estudos de associação de amplo genoma (GWAS) comparam os resultados dos painéis de alta densidade disponíveis em indivíduos não relacionados, que possuam uma condição fenotípica de interesse, para identificar marcadores associados a tal fenótipo, e pode apontar regiões de interesse no genoma que possam influenciar em características quantitativas. O objetivo é realizar GWAS para características de carcaça, crescimento, ingestão e eficiência alimentar usando um painel superdenso com cerca de 1,2 milhões de SNPs, explorando as regiões genômicas, abordando desequilíbrio de ligação e variações do número de cópias de regiões genômicas (CNVs) em bovinos da raça Nelore.

O projeto prevê o estudo de populações de Tambaqui cultivados pré aclimatizadas a diferentes regimes térmicos e extremos de temperatura sob o ponto de vista da plasticidade fenotípica por meio de técnicas de Next Generation Sequencing e expressão gênica em tempo real.

Os custos de produção são de extrema importância dentro da pecuária bovina, dentre os maiores gastos, se destacam os custos com alimentação dos animais. E ofato do Brasil ser destaque nesse cadeia produtiva, com cerca de 200 milhões de bovinos, principalmente animais Bos primigenius indicus, em sua maioria da raça
Nelore, eleva ainda mais a relevância de estudos voltados para melhorar a produtividade e redução do impacto ambiental dos sistemas de produção. A ingestão e eficiência alimentar tem sido alvo de muitos estudos nas últimas décadas, sua notoriedade tem sido relatada vastamente em animais taurinos (Bos primigenius taurus), no entanto os estudos com animais da raça Nelore começaram a menos de uma década. Aliado a isso, a evolução acelerada das biotecnologias, voltadas para a genética e biologia molecular, propiciaram o sequenciamento
completo do genoma bovino e, com isso, a prospecçãode centenas de milhares de marcadores moleculares do tipo polimorfismos de base única (SNPs). Adicionalmente, a incorporação de milhares de SNPs, deram origem a estudos de associação de amplo genoma (GWAS), que permitiram a identificação rápida e eficiente das regiões e marcadores que influenciam determinado fenótipos. Complementarmente, apontando as localizações dos genes que podem explicar fisiologicamente alguma medida de interesse econômico. O objetivo do estudo é realizar o GWAS, em diferentes painéis de SNPs, para ingestão e eficiência alimentar, em bovinos Nelore, para identificar os SNPs associados com esses fenótipos; combinar as informações desses diferentes painéis por meio de estudo de imputação; verificar as regiões ao redor desses marcadores, identificando os genes envolvidos; e ainda, caracterizar os genes identificados quanto à sua expressão gênica hepática.

Estudo de características ligadas à precocidade sexual e fertilidade, bem como população folicular e eficiência de produção in vitro de embriões, relacionando-os com marcadores moleculares

A bovinocultura de corte nacional, além de ser um dos principais destaques do agronegócio, têm grande importância no mercado mundial, pois o Brasil possui um dos maiores rebanhos efetivos do mundo, com cerca de 190 milhões de cabeças, sendo predominantemente de animais de origem Bos indicus, na qual a raça Nelore compõe aproximadamente 90% do rebanho. Os dados efetivos de produção de carne bovina confirmados em 2011, indicam que 16,5% foi exportado e o grande montante (83,5%) abasteceu o mercado interno. Com aumento da demanda de alimentos em escala mundial, a quantidade e qualidade da produção de proteína de origem animal é um importante alvo de pesquisas. Para os programas de melhoramento genético, características como as de qualidade de carne, geralmente de baixa herdabilidade, influenciada por fatores ambientais possuem ganho genético lento. Com os avanços da biotecnologia, o uso de chips de alta densidade de polimorfismos de nucleotídeo único (SNP - Single Nucleotideos Polymorphisms), permite traçar estratégias para identificação de genes ou regiões genômicas responsáveis pelas características de interesse, tornando mais eficiente o processo de seleção. A metodologia de GWAS (Genome Wide Association Study), compara os resultados de chips de alta densidade de milhares de marcadores polimórficos disponíveis em indivíduos não relacionados, que possuam uma condição fenotípica de interesse, para identificar marcadores associados a tal fenótipo. O objetivo do estudo é fazer uma análise genômica em bovinos de corte, da raça Nelore, para identificar SNP e genes associados as características de qualidade de carne e carcaça.

Projeto destinado a verificar os efeitos de associação de marcadores moleculares do tipo SNP com características ligadas à precocidade de fêmeas da raça Nelore, especialmente a probabilidade de prenhez de novilhas expostas aos touros ao redor dos 14 meses de idade. Cerca de 1.500 novilhas serão expostas a touros e terão o diagnóstico de gestação realizado por ultrassom. Essas fêmeas serão genotipadas em chips específicos para Bos indicus, de alta densidade.

O objetivo dessa pesquisa foi avaliar os parâmetros genéticos e correlações das medidas de ingestão e eficiência alimentar com desempenho e características de carcaça, além de realizar o estudo de associação de amplo genoma (GWAS) para ingestão de matéria seca (IMS), consumo alimentar residual (CAR) e ganho de peso (GMD) em bovinos da raça Nelore (Bos indicus). Foram utilizados dados de 1.058 animais com fenótipo para IMS, taxa de conversão alimentar (CA), CAR, ganho de peso residual (GPR), consumo e ganho residuais (CGR), ganho de peso diário (GMD) e características de carcaça. Os parâmetros genéticos da IMS, CA, CAR, GPR e CGR e suas as correlações com GMD e características de carcaça foram estimados utilizando abordagem bayesiana. Quatro marcadores do tipo SNP (Single Nucleotide Polymorphism), localizados em genes relacionados ao controle de apetite (NPY e PDE3B) e transporte iônico (TRPM3 e ITPR1), foram associados com o desempenho, ingestão e medidas de eficiência alimentar. Adicionalmente, os animais foram genotipados em dois chips distintos (Illumina Bovine HD e Illumina BovineSNP50) e as informações genotípicas foram combinadas por meio de estudo de imputação. As centenas de milhares de SNPs foram utilizadas para o GWAS da IMS, CAR e GMD pelo teste de associação GRAMMAR-Gamma. A herdabilidade da IMS, CAR e CGR foi de 0,40, 0,38 e 0,54, respectivamente. Não foram encontradas associações nos SNPs localizados nos genes TRPM3, NPY e ITPR1, no entanto, o SNP no gene PDE3B foi associados significativamente (P≤0,05) com IMS, CAR e CGR. Os SNPs mais associados com a IMS e CAR, no GWAS, estão localizados nos cromossomos 4, 8, 14 e 21 em regiões genômicas relacionadas com transporte iônico e regulação da ingestão. O GWAS para o GMD apontou os cromossomos 3, 6 e 10 como os que continham os marcadores com maior associação. A ingestão e eficiência alimentar são passíveis de seleção genética, principalmente o CGR. O gene PDE3B deve ser melhor estudado pois, aparenta ter relação com esses fenótipos. Por fim, esse trabalho apontou regiões genômicas, por meio de associação de amplo genoma, relacionadas com a IMS, CAR e GMD, acredita-se ser o primeiro estudo desse tipo para esses fenótipos em animais da raça Nelore.

Devido o aparecimento da resistência múltipla de algumas cepas de helmintos dos ovinos às drogas anti-helmínticas e aos baixos índices de desempenho reprodutivo nessa espécie, essa pesquisa teve como objetivo estabelecer uma alternativa mais eficaz de seleção de indivíduos resistentes aos parasitas gastrintestinais de maior relevância e com maiores índices de prolificidade. 
Com este intuito, as associações entre resistências aos endoparasitas, em especial ao Haemonchus contortus e polimorfismos presentes no gene do Complexo Maior de Histocompatibilidade (MHC) de classe III, já descritos na literatura e que influenciam no sistema imune dos ovinos, assim como as associações entre o comportamento da característica prolificidade e polimorfismos nos genes BMP-15, BMP-1B e GDF-9 serão avaliadas. 
Para isso serão observados os níveis de infecção dos animais por meio do método Famacha, o número de ovos por grama de fezes (OPG), o hematócrito completo e a quantificação de anticorpos específicos de aproximadamente 400 indivíduos. As fêmeas que participaram deste estudo serão também separadas em grupos de acordo com o número de produto (1, 2 ou 3) por parto. Além disso, a extração do DNA dos animais será feita por meio de amostras de sangue para a determinação dos genótipos e avaliação dos polimorfismos de interesse por meio de PCR em tempo real e sistema TaqManTM. Serão estimadas as freqüências gênicas e genotípicas, o nível de heterozigose, a freqüência alélica, as médias de quadrados mínimos para cada genótipo, os efeitos aditivos e de desvio de dominância e o efeito médio de substituição alélica para cada polimorfismo, bem como sua associação com os fenótipos observados.

O rápido avanço da genética e biologia molecular, verificados na última década, possibilitaram o desenvolvimento de estudos de polimorfismos de nucleotídeos únicos (SNPs) em genes relacionados com características de interesse econômico. Porém, são raras as pesquisas que aliam esses polimorfismos com a eficiência alimentar, em especial em zebuínos e ainda mais raros na raça Nelore, a raça mais importante da pecuária brasileira. Vários polimorfismos do tipo SNPs já foram identificados em bovinos de corte, a maioria em animais Bos taurus, nos genes relacionados com a síntese e degradação protéica intracelular, regulação do apetite e o transporte iônico que podem estar relacionados com a eficiência na utilização dos nutrientes. O objetivo desse projeto é verificar a freqüência dos polimorfismos nos genes relacionados com essas vias metabólicas e verificar a possível associação destes com a eficiência alimentar de bovinos da raça Nelore. O estudo será realizado na Faculdade de Zootecnia e Engenharia de Alimentos, da Universidade de São Paulo. Serão colhidos dados de consumo de matéria seca, conversão alimentar, eficiência alimentar e consumo alimentar residual (CAR), além de dados de crescimento de cerca de 500 bovinos da raça Nelore que serão genotipados para diferentes SNPs. Será utilizada a discriminação alélica por PCR em tempo real e sistema de detecção TaqManTM. Desta maneira, serão estimadas, para cada SNP, as freqüências alélicas e genotípicas, nível de heterozigose, efeitos de substituição alélica, efeitos aditivos, desvio de dominância, para cada marcador polimórfico, estimados isoladamente ou em conjunto. Metodologias freqüentistas e bayesianas serão utilizadas na estimação desses efeitos.

As características com caráter descontínuo têm especial interesse junto aos programas de melhoramento genético animal, primeiramente pela facilidade que algumas delas apresentam para serem mensuradas subjetivamente, segundo pela dificuldade que possuem para serem analisadas, sobretudo no processo de estimação dos componentes de variância. Para análise de características como estas, um modelo de limiar pode ser o mais apropriado, o qual assume uma distribuição contínua de fenótipos não observados, mas sim realizados, pois surgem por truncamento dos fenótipos adjacentes a partir de uma série de limites. Assim, os objetivos deste projeto são: obter as estimativas de componentes de variância e covariância para características categóricas, de origens produtivas e de sobrevivência em bovinos da raça Nelore, utilizando a inferência bayesiana e os modelos lineares generalizados sob modelos mistos; comparar os modelos alternativos para estimar os componentes de covariância para características contínuas e suas inter-relações com as características categóricas.

Bolsa de produtividade em pesquisa, nível 1C, desde 2010,CNPq, processo: 301857/2010-5
Associação de polimorfismos de nucleotídeo único (SN P) relacionados a genes envolvidos na regulação do apetite, no transporte de íons na síntese e na degradação protéica intracelular com eficiência alimentar em bovinos da raça Nelore

O objetivo desta pesquisa é avaliar as diferenças nos padrões de desenvolvimento ponderal, composição de carcaça e qualidade de carne entre linhagens e touros representativos da raça Nelore, com aplicação de tecnologias modernas para coleta de dados e estimação de parâmetros genéticos e fenotípicos das características em estudo. Serão utilizados dados de desenvolvimento ponderal, características de carcaça e qualidade de carne de 3.000 machos Nelore, terminados a pasto e confinamento e pertencentes a programas de avaliação genética. Serão coletadas informações individuais de características de carcaça avaliadas por ultrassom e medidas corporais para estimação do frame de cada animal. Após o abate, serão avaliadas características de carcaça e carne, diretamente na carcaça e também através de imagens digitais (AVI) do músculo Longissimus para determinação de atributos relacionados à qualidade, como cor, gordura intramuscular e pH. Avaliações por infravermelho com comprimentos de onda na faixa do visível e próximo (NIRS) serão realizadas para determinações de maciez e lipídios no músculo Longissimus. Serão realizadas análises laboratoriais de maciez, lipídios totais e colesterol para comparação com os valores obtidos por AVI e NIRS. Os valores genéticos, os coeficientes de herdabilidade e as correlações genéticas e fenotípicas serão estimados para todas as características avaliadas neste trabalho. Com esse estudo será possível a determinação de parâmetros genéticos e o desenvolvimento de ferramentas auxiliares para o melhoramento genético de características de desempenho e qualidade de carcaça e carne nos rebanhos dessa raça, bem como obterem-se importantes informações sobre a variabilidade e valor genético de genearcas e touros representativos da raça.

O aumento da eficiência alimentar no rebanho de bovinos de corte tem sido apontada como uma importante ferramenta para diminuir os custos de produção, aumentar a lucratividade e diminuir o impacto ambiental da produção de carne bovina. Neste contexto, o consumo alimentar residual (CAR) tem sido apontado como a medida preferencial de eficiência alimentar por, ao ser usada como parâmetro de seleção, não implicar em prejuízos no peso adulto e nas exigências nutricionais. Entretanto, a mensuração do CAR e de outras medidas de eficiência alimentar envolve o monitoramento da ingestão de alimentos e do ganho de peso por um longo tempo, o que a torna uma característica cara de ser medida, com estimativas de aproximadamente R$ 600,00 por animal.
Por essa razão, a seleção assistida por marcadores possui evidente potencial em ser utilizada na identificação de indivíduos geneticamente superiores para eficiência alimentar. Estudos australianos, canadenses e americanos, datados dos últimos cinco anos, têm relatado marcadores tipo polimorfismos de nucleotídeo simples (SNP) relacionados com CAR. Em contraste, no Brasil, poucas eram as iniciativas de estudo semelhantes, principalmente na raça Nelore, grupo genético base do rebanho brasileiro. Por isso, dando continuidade aos esforços de nosso grupo de pesquisa na validação de marcadores para características de importância econômica em rebanhos nacionais, o presente projeto foi proposto. 
O principal propósito do projeto era avaliar polimorfismos que haviam sendo relatados na literatura e que haviam mostrado relações com eficiência alimentar em outras raças bovinas. A base de nossa investigação estava na avaliação de polimorfismos identificados pelo estudo de associação de todo o genoma, publicado por Barendse e colaboradores (Barendse et al., 2007; Genetics, 176:1893-1905) e também na escolha de genes candidatos. Considerando a importância da reciclagem de proteínas sobre o crescimento muscular e as exigências nutricionais em animais domésticos, decidimos avaliar polimorfismos descritos naquele estudo que estavam associados com CAR e localizavam-se em genes relacionados a processos de síntese e degradação protéica.
Desta forma, o objetivo inicial com este trabalho era o de avaliar as associações entre consumo alimentar residual e polimorfismos em genes relacionados à síntese e a degradação protéica intracelular, em bovinos da raça Nelore. Para isso, o projeto indicou o uso de dados de ingestão, ganho de peso, conversão alimentar, eficiência parcial de crescimento e consumo alimentar residual de cerca de 350 a 400 bovinos da raça Nelore, que seriam genotipados para 11 polimorfismos SNP, descritos no GenBank e no trabalho de Barendse et al. (2007). 
Parte do total de animais já havia sido avaliada quanto ao CAR e, sendo assim, foi proposta a avaliação do restante dos indivíduos ao longo dos dois anos do projeto. A determinação dos genótipos para os polimorfismos seria realizada por meio de PCR em tempo real e sistema de detecção TaqManTM, em laboratórios próprios da instituição sede. Os resultados obtidos consistiriam em: estimativas das freqüências gênicas e genotípicas, freqüência alélica, médias de quadrados mínimos para cada genótipo, efeitos aditivo e de desvio de dominância e efeito médio de substituição alélica para cada polimorfismo. O modelo utilizado para avaliar as associações dos marcadores contemplaria efeitos fixos de sexo e grupo contemporâneo e efeitos aleatórios de reprodutor e erro residual.
Um segundo objetivo do projeto, era indiretamente dar suporte para a criação de um banco de dados de eficiência alimentar e também de material genético de bovinos da raça Nelore. Este banco seria continuamente alimentado com informações e material de animais avaliados na própria instituição e em propriedades/instituições parceiras. Como planos de ação, recursos deste projeto fomentariam teste

O cenário favorável da pecuária brasileira atualmente ocupando o mais alto posto no mercado mundial de exportações de carne bovina e a tendência de bonificação para carcaças de qualidade, tem estimulado pesquisas que propiciam avanços no sistema produtivo como um todo. Características relacionadas à carcaça estão sendo pesquisadas constantemente, dentre elas a área de olho de lombo (AOL), e a espessura de gordura subcutânea (EGS), as quais são responsáveis por critérios qualitativos e quantitativos das carcaças. Para a mensuração destas características a metodologia mais freqüentemente utilizada tem sido a técnica de ultra-sonografia real-time, que proporciona eficiência e praticidade nas mensurações, além de ser não invasiva. A raça Pardo-Suíça, linhagem corte, apresenta características favoráveis à maioria dos sistemas pecuários adotados no país e vem sendo utilizada amplamente em cruzamentos com bos indicus, proporcionando a obtenção de animais com carcaças de qualidade para atender os mercados mais exigentes, trazendo assim retorno financeiro ao produtor. No entanto, o conhecimento dos parâmetros genéticos de características economicamente relevantes dessa raça em condições tropicais é muito escasso e, devido às particularidades inerentes a cada raça, torna-se necessária a estimação de parâmetros genéticos obtidos de populações criadas em nossas condições, com vistas a melhor orientar seus programas de seleção. O presente trabalho tem como objetivos estudar os componentes de variância e covariância de características ligadas ao crescimento; mensurar a área de olhos de lombo (AOL), a espessura de gordura subcutânea (EGS) e a gordura de marmoreio por meio de ultra-sonografia real time em animais dessa raça e seus descendentes cruzados com vacas Bos indicus e estudar os parâmetros genéticos das características de crescimento e carcaça, analisando a correlações entre elas, visando orientar programas de seleção.

Estudos de características produtivas para desenvolvimento e qualidade de carcaça por ultra-sonografia em bovinos da raça Pardo-Suíço Corte

Dados fenotípicos de desenvolvimento ponderal, rendimento e qualidade de carcaça e qualidade de carne de bovinos da raça Nelore, com especial ênfase em qualidade de carcaça e carne, serão analisados quanto à sua associação com marcadores moleculares. Esses marcadores, originalmente desenvolvidos para animais Bos taurus e incluídos em micro-arranjos comerciais, terão seu uso validado em bovinos de corte Bos indicus, da raça Nelore, os mais representativos na pecuária brasileira. As freqüências gênicas e genotípicas serão estudadas e sua associação com as características, avaliadas. Os principais marcadores a serem analisados serão Exon2FB, Exon2JW, UASMS1, 2 e 3, Promotores 1457 e 963, Receptor T945M, UASMS 1, 2 e 3, Diacylglycerol acyltransferase, Bovine Growth Hormone Receptor, Bovine beta-casein genetic variants (A/B), Bovine kappa-casein genetic variants (A/B), Bovine beta-lactoglobulin, Gene localizado em QTL ligado à composição do leite, CXCR2 609, CXCR2 777, CXCR2 858, Osteopontin Gene, Stearoyl-CoA desaturase (V/A), Bovine Fatty Acid Binding Protein 4 Gene, Mitochondrial Transcription Factor A 1&2, CAPN1 (316/530/4751), CAPN1 (316/530).

Desenvolvimento de sistemas de colheita de informações de pedigree, visando uso na validação do uso de marcadores moleculares na seleção de bovinos de corte

Este projeto de pesquisa é apresentado à FAPESP para obtenção de Auxílio à Pesquisa, em complementação à Bolsa de Mestrado da aluna Andrezza Maria Felício, processo Fapesp 05/57337-0. Informações de número e diâmetro das fibras do músculo Pectoralis major em uma linhagem macho de frangos de corte serão coletadas com o objetivo de estimar os componentes de variância e covariância e parâmetros genéticos destas características por meio do método MTDFREML (máxima verossimilhança restrita). O número e o diâmetro das fibras musculares terão suas correlações genéticas e fenotípicas com características de desempenho (peso vivo, medidas de ultra-sonografia de músculo peitoral), rendimentos de carcaça (peso eviscerado, de peito e de pernas) e qualidade industrial de carne (pH, cor, perdas de água por exsudação e cozimento, textura) estimadas, além de seus parâmetros genéticos diretos, verificando-se desta forma o impacto dos objetivos de seleção atuais nos aspectos quantitativos das fibras musculares e suas implicações na qualidade da carne.

Os programas de formação de compostos, técnica preconizada como alternativa a outros sistemas de cruzamento, de manejo difícil a médio e longo prazo nas propriedades rurais, têm-se tornado uma opção cada vez mais atraente para a pecuária de corte mundial e brasileira e que vem de encontro à expansão do uso de cruzamentos para a produção de bovinos de corte em nossa pecuária. Esse aumento de utilização de cruzamentos é uma das opções válidas, sob o ponto de vista técnico, de ganho de produtividade e competitividade, necessários à atual economia globalizada e dos mercados regionais. Nesses programas, a avaliação dos valores genéticos aditivos é essencial, pois esses programas utilizam-se não só da heterose e complementaridade das raças, mas ao realizarem seleção, utilizam-se dos valores genéticos aditivos, que podem ser estimados nas avaliações genéticas de reprodutores. Assim este projeto tem por finalidade desenvolver modelos animais adequados à análise de dados de projetos de desenvolvimento de bovinos de corte compostos, visando estimar componentes de variância e covariância e a parcela de variância aditiva e os valores genéticos aditivos envolvidos, permitindo assim desenvolver uma potente ferramenta de auxílio a projetos de cruzamentos e seleção no Brasil.