Luciano Antonio Digiampietri.

Este projeto visa a desenvolver uma abordagem de detecção de posicionamento contextual para redes sociais online, integrando aprendizado de máquina, processamento de linguagem natural e análise de redes sociais. Diferentemente dos métodos tradicionais, a solução proposta incorpora a análise de interação contextual para determinar os posicionamentos dos usuários sobre os tópicos discutidos, além de identificar a influência da desinformação e de bots no comportamento do usuário. Uma contribuição fundamental será a criação de um conjunto de dados rotulados de alta qualidade e disponível publicamente em português do Brasil, permitindo a validação do modelo e fomentando pesquisas futuras. O trabalho busca não apenas avançar o estado da arte, mas também fornecer estratégias práticas para combater a desinformação e incentivar o engajamento informado em ambientes digitais.

O conhecimento dos mecanismos moleculares responsáveis pela transcrição diferencial, especialmente pelo modo como os fatores de transcrição atuam, ainda é mínimo. Nosso grupo aborda essa questão investigando o sistema modelo da cascata de segmentação que especifica o eixo ântero-posterior do corpo da Drosophila melanogaster. Recentemente publicamos artigos focando níveis iniciais dessa rede reguladora, onde fatores de transcrição repressores operam de forma aditiva na delimitação das faixas de expressão dos genes pair-rule e impedem que os módulos reguladores destas faixas sejam ativados em regiões mais anteriores do embrião. Propomos dar continuidade a essa linha de pesquisa empregando diferentes abordagens: genética (remoção simultânea de vários repressores e análise dos padrões de expressão de genes da segmentação no embrião), bioquímica (experimentos de interação DNA-proteína in vitro) e in silico (predição de sítios de ligação para fatores de transcrição em genes alvo seguidas de análises de bioinformática, estatística e computacional). A integração de abordagens promoverá a detecção de propriedades dos fatores de transcrição investigados e dos mecanismos de regulação mediados pela interação deles com sítios de ligação nos módulos reguladores de genes alvo. A aprovação desta proposta viabilizará o avanço de investigações atualmente em diferentes fases de execução e contribuição com estudos transcricionais e da segmentação de drosófila com a publicação de artigos científicos. Esta proposta também consolidará nossa equipe multidisciplinar e o engajamento de alunos com interesses diversos.

A Diagonal Seca (DD) contém os biomas Caatinga e Cerrado, que abrangem cerca de 1/3 da área do Brasil, além do Chaco, ao norte da Argentina. Por supostamente possuir uma menor biodiversidade em relação a biomas mais bem estudados, como a Amazônia e a Floresta Atlântica, os processos evolutivos na DD têm recebido relativamente menos atenção, ainda que seus biomas, especialmente o Cerrado, provavelmente estejam entre os ambientes mais ameaçados do Brasil. O Projeto Dimensions Diagonal Seca usará uma abordagem baseada em caracteres em múltiplos níveis para entender as origens e processos adaptativos de plantas, animais e fungos na Diagonal Seca Brasileira. Usaremos metodologias de aprendizagem de máquina para identificar as características que facilitaram ou dificultaram a especiação das linhagens que colonizaram a DD. Também determinaremos de que modo os biomas da DD atuaram no estabelecimento das comunidades a partir dos conjuntos de espécies de habitats adjacentes (Amazônia, Floresta Atlântica, etc) usando uma abordagem de filogenética de comunidades baseada em caracteres, que leva em conta associações ao acaso, competição e filtragem de habitat. Além disso, por meio de sequenciamento de nova geração conduziremos estudos filogeográficos comparativos de múltiplas linhagens, sequenciamento e re-sequenciamento de genomas totais e transcriptoma para identificar os agentes da adaptação e divergência fenotípica a nível de genoma, nos habitats mais importantes e menos conhecidos do Brasil.
https://bv.fapesp.br/pt/auxilios/102509/dimensions-us-biota-sao-paulo-caracteristicas-preditoras-da-diversificacao-adaptativa-na-diagonal-s/

Com o avanço nas técnicas de sequenciamento, as últimas décadas presenciaram um enorme crescimento no número de genomas sequenciados, completa ou parcialmente. A comparação de genes e de genomas é uma importante ferramenta que possibilita, de maneira relativamente rápida e barata, a identificação de características dos genomas e prováveis funções de seus genes. Adicionalmente, esta comparação permite a identificação de características exclusivas de uma dada espécie ou cepa e esta informação pode ser utilizada para auxiliar no entendimento de características de um dado organismo, na identificação de um tratamento mais adequado ou desenvolvimento de vacinas, no caso de organismos patógenos. Apesar da evolução da área da genômica comparativa nas últimas décadas, tarefas como a classificação filogenética de uma nova espécie ou cepa e a identificação de características exclusivas a um grupo de genomas ainda são desafiadoras e custosas. Este projeto visa a auxiliar nestas tarefas, propondo e desenvolvendo métodos e um conjunto de ferramentas para a comparação de genomas.

Núcleo de Pesquisa em Ciência Genômica (NAP-CG) da Universidade de São Paulo reúne pesquisadores em biociências e pesquisadores em bioinformática para pesquisa e trabalho conjunto em projetos de ciências genômicas. O princípio organizador do núcleo são projetos motores, que são projetos com base genômica, com necessidades sofisticadas de bioinformática, e liderados por participantes do NAP.

A "revolução genômica", tendo se iniciado com os sequenciadores ABI na década de 90, continua em ritmo exponencial. Em consequência dessa revolução as ciências genômicas passaram a permear várias das tradicionais áreas da ciência, tais como a biologia molecular, a bioquímica, a microbiologia, a genética, a medicina, o estudo das moléstias infecciosas, a veterinária, a estatística, e a computação. Assim sendo observa-se na USP em particular, e em instituições acadêmicas mundo afora de uma forma geral, que passaram a existir interesses comuns entre pesquisadores dessas disciplinas tradicionais sediados em diferentes departamentos. A existência dos departamentos em muitos casos dificulta a interação entre esses pesquisadores. A criação do NAP-CG facilita essa interação e cria a oportunidade para o desenvolvimento de novos projetos.

Serviços Web representam uma tecnologia extremamente relevante para prover interoperabilidade. Um importante passo para o desenvolvimento de aplicações complexas baseadas em Serviços Web é a habilidade de selecionar e integrar serviços heterogêneos de oriundos de diferentes fontes. Além disso, sempre que não for possível encontrar um único serviço capaz de desempenhar uma certa tarefa, seria importante a existência de meios (automáticos e semiautomáticos) para compor serviços básicos de forma que, combinados, estes executem a tarefa desejada. Este projeto de pesquisa visa a estender a pesquisa realizada durante o doutorado do proponente realizado no Instituto de Computação da UNICAMP e intitulado "Gerenciamento de Workflows Científicos em Bioinformática". Além da generalização da aplicação de Serviços Web para todas as áreas de conhecimento, este projeto visa explorar o conceito de Serviços Web Semânticos de forma a permitir que sistemas de software, baseados em Planejamento em Inteligência Artificial, possam compor serviços básicos para desempenharem tarefas mais complexas. Adicionalmente, este projeto irá combinar os recursos oferecidos pelos modelos ontológicos para anotação de Serviços Web Semânticos (WSMO, WSDL-S e OWL-S) com os padrões de workflows ("Workflow Patterns") a fim de possibilitar o desenvolvimento de uma infraestrutura robusta e extensível para o gerenciamento e composição de Serviços Web Semânticos.

Diversas informações relevantes para pesquisadores encontram-se disponíveis na web. Porém, muitas vezes, as mesmas acabam sendo subutilizadas. Este projeto visa o estudo e implementação de um sistema para análise de redes sociais de pesquisa. Currículos Lattes serão utilizados para a identificação de relações de pesquisa entre autores. A partir dessas relações, o sistema será capaz de formar redes sociais e disponibilizar um conjunto de métricas sobre as mesmas. Os resultados da análise destes currículos serão combinados com os critérios utilizados pelos comitês de área da CAPES (Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior) para a avaliação das publicações dos docentes, trazendo uma maior automatização para esse processo que frequentemente é realizado manualmente durante a avaliação de programas de pós-graduação.
Adicionalmente, redes sociais online focadas em relações de amizade ou de compartilhamento de mensagens contêm informações muito ricas para a análise de tendências, identificação de notícias falsas, detecção de bots, atribuição de autorias, entre outras.
Este projeto combina diferentes métodos da matemática, estatística e computação para a Análise de Redes Sociais.

Atualmente, otimizadores de bancos de dados utilizam índices e visões materializadas (VMs) para produzir planos de execução de consultas. Enquanto índices e VMs podem acelerar a execução de consultas, existe um custo para armazená-los e gerenciá-los. Este projeto pretende especificar e implementar uma infraestrutura capaz de recomendar um conjunto de índices e VMs com o propósito de otimizar um banco de dados, dadas uma carga de trabalho e a restrição de espaço disponível em disco. A solução almejada será genérica, podendo ser usada em qualquer sistema de gerenciamento de banco de dados relacional que utilize VMs na seleção de planos de execução de consultas. Enquanto o objetivo principal está relacionado a bancos de dados frequentemente atualizados, a solução almejada também poderá ser utilizada em bancos de dados estáticos (apenas de leitura) e na estimativa do comportamento de novos bancos de dados (com cargas de trabalho pré-definidas).

O aumento da oferta de câmeras fotográficas e filmadoras digitais (cada dia melhores e mais baratas), bem como do acoplamento de câmeras digitais a microscópios, equipamentos de raio X e outros equipamentos utilizados em diagnósticos e pesquisa criaram novos desafios para o processamento, análise e organização das imagens e vídeos produzidos. O ser humano apresenta uma grande capacidade de olhar para uma imagem e reconhecer objetos ou temas, o que permite uma categorização eficiente de um conjunto de imagens. Mesmo assim, essa categorização manual é sujeita a falhas ocasionadas, por exemplo, pelo cansaço ou mesmo pelo caráter subjetivo de interpretação/entendimento de uma dada imagem. Desta forma são necessários mecanismos que automatizem processos de classificação e interpretação de imagens e vídeos.O objetivo geral deste projeto é desenvolver um conjunto de funções (ou biblioteca) para o processamento de imagens e vídeos. Esse conjunto de funções possuirá funções básicas para o processamento de imagens; funções para a recuperação de imagens por conteúdo; e também funções específicas para o processamento de imagens relacionadas a LIBRAS (Língua Brasileira de Sinais) e para a análise morfológica de imagens relacionadas a biologia, bioquímica e medicina.

Este projeto visa desenvolver um ambiente computacional a ser utilizado por professores e alunos para o aperfeiçoamento no aprendizado de disciplinas ligadas à computação. O domínio "desenvolvimento jogos" foi escolhido pelos seguintes motivos: (i) por envolver os mais diversos assuntos da computação; (ii) por ser de interesse dos alunos e das empresas; (iii) por apresentar desafios científicos; e (iv) pela sua grande visibilidade para alunos do ensino médio. A seguir, cada um desses motivos é descrito.
O desenvolvimento de jogos envolve aspectos de diversas áreas da Ciência da Computação. Destacamos: (a) Engenharia de Software: projeto, implementação e testes; (b) Interface Humano-Computador: interface gráfica, aspectos de acessibilidade e jogabilidade; (c) Inteligência Artificial: representação de conhecimento; (d) algoritmos de busca para implementação de bots; (e) Sistemas Distribuídos; (f) Redes Sociais; (g) Algoritmos e Estruturas de Dados; entre outros. Cada uma destas disciplinas poderia tirar proveito deste ambiente para apresentar exemplos práticos nas aulas ou mesmo para o desenvolvimento de projetos práticos. 
Além do desenvolvimento de jogos, este projeto também aborda o desenvolvimento de simuladores / visualizadores de algoritmos clássicos da computação.

Este projeto tem como objetivo desenvolver novas tecnologias e soluções técnicas funcionais para atender às demandas do setor aduaneiro e de comercio exterior da RFB.
Em particular, este projeta aborda soluções relacionadas a Bancos de Dados (otimização de consultas e integração de dados) e Inteligência Artificial aplicados à detecção de fraudes e auxílio no preenchimento correto de formulários.

Este projeto é um projeto abstrato e engloba as atividades de pesquisa do LBI (Laboratório de Bioinformática do Instituto de Computação da Unicamp), bem como o projeto de pesquisa do meu doutorado que é a especificação de uma infra-estrutura baseada na orquestração de serviços Web para gerenciamento de workflows para bioinformática (que está sendo desenvolvida sobre dupla orientação LBI e LIS [Laboratório de Sistemas de Informação da Unicamp]).
Dentre os desafios enfrentados por este projeto estão o desenvolvimento de uma infra-estrutura que possibilite a integração de dados e interoperabilidade de ferramentas; o gerenciamento e visualização de grandes volumes de dados genômicos; desenvolvimento de workflows para a montagem e anotação de genomas; e desenvolvimento de ferramentas e bancos de dados para a genômica comparativa.

Desenvolvimento da infra-estrutura computacional para a montagem e anotação de genomas.
Dentre as tarefas desenvolvidas neste projeto estão sistemas para: submissão de sequência, acompanhamento das metas dos laboratórios participantes, montagem das sequências e anotação dos genes.