Chong Ae Kim.

FINEP 0956/24

Programas de Inovação Tecnológica / PPPP - Programa de Pesquisa em Políticas Públicas / PPPP - Chamada de Propostas (2023) (https://fapesp.br/15966).Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.

Investigar amostras de DNA de pacientes suspeitos de serem portadores de doenças raras utilizando o sequenciamento Long-Reads de 3a. geração com o objetivo de elevar a taxa de diagnósticos conclusivos de forma mais rápida e com um melhor custo-benefício e assim otimizar o atendimento de pessoas com doenças raras no âmbito dos serviços públicos.

Com este estudo, esperamos obter a o perfil de metilação das regiões com VUS e estabelecer o possível efeito epigenômico sob o fenótipo clínico e sua consequente reclassificação, formando as bases para o desenvolvimento de um novo teste diagnóstico. Esperamos ampliar a compreensão dos mecanismos epigenômicos sob a expressividade fenotipica..

Investigar amostras de DNA de pacientes suspeitos de serem portadores de doenças raras utilizando o sequenciamento Long-Reads de 3a. geração com o objetivo de elevar a taxa de diagnósticos conclusivos de forma mais rápida e com um melhor custo-benefício e assim otimizar o atendimento de pessoas com doenças raras no âmbito dos serviços públicos.

PROADI-SUS-Hospital Israelita Albert Einstein

A Rede Nacional de Genômica Cardiovascular (RENOMICA) é um projeto do Instituto Nacional de Cardiologia em parceria com a UFRJ. O objetivo do projeto é demonstrar que a avaliação genética para doenças cardiovasculares hereditárias é importante, viável e custo-efetiva como estratégia de saúde pública. O projeto tem financiamento do Programa Nacional de Genômica e Saúde de Precisão ? Genomas Brasil do Ministério da Saúde, instituído pela Portaria GM/MS n 1.949/2020..

A investigação de alterações citogenômicas e moleculares, por meio de metodologias de pesquisa mais potentes e precisas, tem permitido a caracterização de variantes genéticas com um grau de resolução cada vez maior. O presente projeto de pesquisa propõe o uso de abordagens de investigações inovadoras, incluindo diversas estratégias envolvendo sequenciamento de nova geração, ferramentas de bioinformática e outras técnicas de ponta direcionadas a um maior entendimento da arquitetura do genoma humano, dos mecanismos de formação de rearranjos citogenômicos e do impacto desses eventos no fenótipo. O presente trabalho abrange três Subprojetos, com diferentes Estudos. O Subprojeto 1 refere-se à ?Investigação de rearranjos cromossômicos estruturais equilibrados e não equilibrados envolvendo o cromossomo X?. Em pacientes com translocações X-autossomo não equilibradas, será investigada a propagação da inativação do cromossomo X para sequências autossômicas e as consequências do silenciamento de genes autossômicos para o fenótipo dos pacientes (Estudo 1). Em mulheres com diferentes translocações X-autossomo equilibradas e alterações fenotípicas, serão mapeados os pontos de quebra para a identificação de rupturas gênicas no cromossomo X alterado que, associadas à inativação do cromossomo X normal, resultem em ausência de cópias funcionais dos genes e consequências clínicas (Estudo 2). Em mulheres com falência ovariana prematura e translocações X-autossomo equilibradas com ponto de quebra em Xq, não associados ao fenótipo, será investigada a reorganização da cromatina frente ao rearranjo, uma vez que o efeito de posição é uma das hipóteses mais aceitas para explicar a disfunção gonadal nessas pacientes (Estudo 3). O Subprojeto 2 refere-se à ?Investigação de rearranjos autossômicos raros de interesse científico?. Serão estudados pacientes com rearranjos estruturais intracromossômicos com foco no sequenciamento dos pontos de quebra para a elucidação dos mecanismos de formação e de sua relação com o fenótipo (Estudo 1). Serão estudados também pacientes com rearranjos estruturais diversos com foco na determinação de seus mecanismos patogênicos e de sua relação com o fenótipo (Estudo 2). O Subprojeto 3 refere-se à ?Investigação de pacientes com a síndrome da deleção 22q11.2?, com a aplicação de diferentes abordagens de pesquisa, com foco principal na variabilidade fenotípica apresentada pelos pacientes. Serão avaliadas variações de número de cópias (CNVs) e polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) para uma melhor compreensão dos modificadores genéticos envolvidos no fenótipo, especialmente para a manifestação cardíaca e escoliose. Serão utilizadas análises computacionais, incluindo aprendizado de máquina (machine learning) (Estudo 1). Por meio do sequenciamento de um painel de genes candidatos para as alterações fenotípicas, será avaliado o papel de variantes genéticas, seu impacto na expressão de mRNAs e miRNAs, e a relação dessas alterações com o fenótipo apresentado pelos pacientes (Estudo 2). Também serão investigadas as variações na composição das low copy repeats (LCRs) da região 22q11.2 para a identificação das diferentes sequências de DNA que possam predispor a região a rearranjos (Estudo 3). De uma forma geral, os estudos propostos neste Projeto Temático compõem uma unidade direcionada ao melhor entendimento do genoma humano a partir da investigação de alterações estruturais. Assim, o desenvolvimento dos trabalhos será essencial para um maior conhecimento tanto do impacto das variantes genéticas no fenótipo quanto da plasticidade e estabilidade genômica.. FAPESP TEMATICO 2019/21644-0 Pesquisador Principal

No Brasil, o Ministério da Saúde estabeleceu a Política Nacional de Atenção Integral às Pessoas com Doenças Raras (PNAIPDR) no âmbito do SUS em 2014. Até o momento foram habilitados dezessete Serviços de Referência em Doenças Raras, um número considerado insuficiente para atender a demanda na nossa população. A grande maioria dos casos são atendidos em Hospitais Universitários (HU), porém não há conhecimento se os recursos humanos e tecnológicos são adequados no atendimento de Doenças Raras. Apesar do avanço no diagnóstico, principalmente devido às novas tecnologias e a recente estruturação do atendimento de DR no Brasil, ainda faltam dados epidemiológicos sobre estas afecções, e estes, quando existentes, restringem-se a doenças específica. O objetivo deste projeto é realizar um inquérito de representatividade nacional acerca da epidemiologia, quadro clínico, recursos diagnósticos e terapêuticos empregados e custos em indivíduos com doenças raras de origem genética e não genética no Brasil. Será estabelecida uma Rede Nacional de Doenças Raras composta por Hospitais Universitários, pertencentes a rede EBSERH e outros HU, Serviços de Referência em Doenças Raras e Serviços de Triagem Neonatal. Um estudo ambispectivo será realizado (o restrospectivo correspondente aos atendimentos de 2018 e 2019 e prospectivo). O instrumento de coleta de dados vai usar um protocolo padrão com dados sócio-demograficos, e aspectos clínicos e de diagnóstico de acordo com ontologia internacional. O presente projeto foi aprovado na Chamada no. 25/2019 do Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico CNPq, com o apoio do Ministério da Saúde - MS..

LISA (NCT03872531) was an observational study that quantified the lifetime impact of achondroplasia by measuring the health-related quality of life (HRQoL) of affected individuals in Latin America. Individuals with achondroplasia aged ≥3 years from 4 sites in Argentina, Brazil and Colombia completed a cross-sectional assessment of HRQoL conducted using standardized, age-specific questionnaires at study enrollment between January 2018 to July 2021. 
BioMarin Farmacêutica do Brasil Ltda, S P, Brasil

Descrição: Genomic rearrangements are structural changes in the DNA molecule and can be the cause of numerous genetic diseases. The mechanisms that generate these alterations can occur in different ways. It can be recurrent, mediated by low copy repeats (LCRs), resulting in a rearrangement cause by non-alellic homologue recombination (NAHR), or non-recurrent, without a hotspot. Among non-recurrent mechanisms there are: non-homologous end joining (NHEJ), microhomology-mediated end joining (MMEJ), serial replication slippage (SRS), break-induced serial replication slippage (BISRS), microhomology-mediated break induced replication (MMBIR) and fork stalling and template switching (FoSTeS). Analysis of the breakpoints of genomic rearrangements may provide important information for a better understanding of genomic architecture and its role in generating structural abnormalities. The aim of this work was to sequence the genomic breakpoints in order to identify the mechanism that formed the alterations found. To do this, we investigated the genomic structure of 10 patients by linked reads (10X Genomics) sequencing and sequenced the breakpoints previously identified by Illumina CytoSNP-12 array of 12 patients with structural genomic imbalances by using Nextera Rapid Capture (Illumina). The research by linked reads revealed structural rearrangements in 5 patients, highlighting translocations found in two patients, impossible to be detected by sequencing methodologies that did not involve long reads. It was possible to suggest the mechanisms causing these changes as NHEJ. The sequencing after capture by Nextera was able to identify elements that allowed us to determine the formation mechanism in three patients (NAHR and FoSTeS / MMBIR) and to suggest in two patients (NHEJ). With the approach employed here, it was possible to sequencing breakpoints by flanking the regions identified by array, identifying the genomic elements present at breakpoints and the formation mechanisms of the alterations..
FAPESP 2016/09452-0

O timo continua a ser um órgão negligenciado, tanto na pesquisa como na prática clínica. Comparativamente com a medula óssea, onde se conhecem tanto as doenças como efeitos adversos de inúmeras drogas, o timo não tem sido alvo de esforço equivalente de investigação. Isso se reflete na pouca atenção dada a esse órgão no manejo de pacientes, principalmente nos pediátricos. Espera-se trazer contribuições para:i) melhor conhecimento do desenvolvimento do timo humano; ii) compreensão dos mecanismos celulares e moleculares de algumas doenças tímicas primárias, iii) impacto de fármacos imunossupressores sobre o timo, o que pode abrir, no futuro, possibilidades de melhor abordagem terapêutica de pacientes afetados. 
FAPESP TEMÁTICO 2014/50489-9 Pesquisador Proncipal

As displasias esqueléticas são um conjunto heterogêneo de doenças caracterizadas por: 1) afetarem de alguma maneira significativa o sistema esquelético; 2) possuírem uma base genética comprovada ou muito provável; e 3) apresentarem distinção entre si ao nível molecular (genes) ou ao menos um conjunto de características diagnósticas distintas observado em múltiplos indivíduos ou famílias. Embora individualmente raras, a incidência conjunta das displasias esqueléticas ao nascimento pode chegar a 2-5/10000 nascimentos. Na última revisão por especialistas da nosologia de displasias esqueléticas, 436 doenças foram incluídas, agrupadas em 42 grupos de acordo com critérios clínicos, moleculares, bioquímicos e/ou radiográficos. No presente, aproximadamente 80 destas doenças (20%) ainda permanecem sem causa genética definida. O trabalho proposto parte de uma casuística de indivíduos com displasias esqueléticas raras, previamente triados para mutações em 82 genes associados a estas doenças, estudados por um painel pelo sequenciamento de nova geração. Aqueles indivíduos que apresentam um fenótipo raro, ainda sem etiologia definida, serão avaliados pelo sequenciamento do exoma completo, na tentativa de se identificar variantes em genes novos, não associados anteriormente a doenças monogênicas. 
FAPESP 2015/21783-9

Um dos maiores desafios aos geneticistas é a compreensão da base genética das variações fenotípicas e de suas implicações para as doenças humanas. O estudo de rearranjos cromossômicos constitui uma abordagem eficiente para a investigação das consequências de deleções, duplicações e rupturas de genes, bem como para a identificação da função desses. O presente trabalho abrange três subprojetos. Subprojeto 1: Em mulheres com translocações equilibradas X-autossomo, cujos pontos de quebra foram previamente determinados por array painting, serão estabelecidas linhagens celulares linfoblastoides para estudos da reorganização da cromatina no núcleo interfásico e para estudos funcionais. Dois genes rompidos nessas pacientes serão analisados em detalhe: (a) O gene AMMECR1, de função desconhecida, cuja expressão gênica será avaliada em embriões de camundongos, em linhagens de células tronco, bem como em linhagens linfoblastoides da paciente e de indivíduo controle, com e sem silenciamento gênico, e (b) O gene quimérico IL1RAPL1-ZNF61, cuja estrutura e consequências serão investigadas. Subprojeto 2: Em pacientes com a síndrome da deleção 22q11.2, com perdas genômicas de diferentes tamanhos, será analisado o perfil da expressão de genes e microRNAs, além da investigação de variantes alélicas dos genes em hemizigose. Subprojeto 3: Em pacientes com anomalias congênitas e deficiência intelectual, serão investigados os desequilíbrios citogenômicos, os pontos de quebra dos rearranjos estruturais, bem como a correlação dos desequilíbrios com o fenótipo dos pacientes. Os resultados obtidos nos três subprojetos permitirão um melhor entendimento da etiologia dos quadros clínicos, do papel dos genes envolvidos na variabilidade fenotípica e dos mecanismos moleculares envolvidos na formação das alterações citogenômicas..

Construir o perfil de metilação em regiões de CpG em indivíduos com Transtorno do Déficit de Atenção e Hiperatividade. Específicos Introduzir a tecnologia de BeadArray (Illumina ) para a construção de perfis de metilação no Laboratório de Citogenômica; Realizar triagem inicial do status de metilação em regiões promotoras de genes em indivíduos com TDAH através da técnica de MLPA (MRC-Holland ) a partir do DNA genômico; Determinar o perfil de metilação em amostras de DNA de indivíduos com TDAH por meio da tecnologia de BeadArray (Illumina ); Investigar a presença de variações de Single Nucleotide Polymorphism (SNPs) e de Copy Number Variation (CNV) em amostras de DNA de pacientes com TDAH através de array a ser realizado com BeadChip HumanCytoSNP DNA Analysis (Illumina ); Relacionar os achados do perfil de metilação com os dados do array de SNPs em indivíduos com TDAH.

O timo humano: desenvolvimento e doenças (proc 2014/50489-9, em vigência até abril de 2022). Tem um quinto em fase final de análise na FAPESP:Uso terapêutico da IgA do leite humano em recém-nascidos de risco e pacientes imunodeprimidos(proc 2022/13837-5)

Utilizaremos os novos métodos de Targeted Capture e Sequenciamento de Nova Geração (NGS) (MiSeq - Illumina) para analisar os pontos de interrupção genômicos em amostras de DNA provenientes de pacientes portadores de rearranjos genômicos estruturais previamente estudados por array.