Resumo biográfico
Possui graduação em Ciências Biológias pela Universidade de São Paulo (2008), mestrado em Ciências Biológicas (Botânica) pela Universidade de São Paulo (2010) e doutorado em Ciências Biológicas (Botânica) pela Universidade de São Paulo (2015). Atualmente é pesquisador em biologia molecular senior - Inedita Bio Ltda. Tem experiência na área de Biotecnologia, com ênfase em biologia molecular, genômica e edição genômica.
Indicadores
Áreas de atuação
06 registros- Ciencias BiologicasBiotecnologiaEdição genômica
- Ciencias BiologicasBiotecnologiaBiotecnologia Vegetal
- Ciencias BiologicasBotânicaBiologia Molecular
- Ciencias BiologicasBiotecnologiaPlantas Transgênicas
- Ciencias BiologicasBotânicaDesenvolvimento vegetal
- Ciencias BiologicasBiotecnologiaAnatomia Vegetal
Formação acadêmica
08 registros- 2022 – 2023Pós-DoutoradoConcluídoPós-Doutorado · Universidade Estadual de CampinasBolsa Fundação de Desenvolvimento da Unicamp
- 2020 – 2021Pós-DoutoradoConcluídoPós-Doutorado · Empresa Brasileira de Pesquisa AgropecuáriaBolsa Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico
- 2016 – 2018Pós-DoutoradoConcluídoPós-Doutorado · Instituto de Biociências da Universidade de São PauloBolsa Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior
- 2011 – 2015DoutoradoConcluídoCiências Biológicas (Botânica) · Universidade de São Paulo“Ontogênese e expressão do órtologo de AP1 na gema axilar de Passiflora edulis sims. e P. suberosa L. (Passifloraceae)”Bolsa Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo
- 2008 – 2010MestradoConcluídoCiências Biológicas (Botânica) · Universidade de São Paulo“Desenvolvimento da folha e axila foliar em Portulacaceae e Talinaceae: homologias primárias no clado ACPT”Bolsa Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo
- 2003 – 2008GraduaçãoConcluídoCiências Biológias · Universidade de São PauloOrientação: Gladys Flávia de Albuquerque Melo de PinnaBolsa Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico
- 2000 – 2002Curso-tecnico-profissionalizanteConcluídoProcessamento de Dados · Centro Federal de Eduação Tecnológica de São Paulo
- 1999 – 2001Ensino-medio-segundo-grauConcluídoEnsino-medio-segundo-grau · Centro Federal de Eduação Tecnológica de São Paulo
Idiomas
02 registros| Idioma | Leitura | Fala | Escrita | Compreensão |
|---|---|---|---|---|
| Inglês | Bem | Bem | Bem | Bem |
| Espanhol | Razoável | — | — | Razoável |
Atuação profissional
17 registros- 2023 – presenteVínculo atualInedita Bio LtdaLivreCeletista44h/sem
- 2022 – 2023Dedicação exclusivaUniversidade Estadual de CampinasLivreLivre
- 2022 – presenteVínculo atualBiology Methods and ProtocolsLivreLivre
- 2020 – 2021Dedicação exclusivaEmpresa Brasileira de Pesquisa AgropecuáriaLivreLivre
- 2020 – presenteVínculo atualScientific ReportsLivreLivre
- 2019 – 2020Centro Universitário Fundação Santo AndréLivreCeletista2h/sem
- 2019 – presenteVínculo atualCIENCIA E AGROTECNOLOGIALivreLivre
- 2018 – presenteVínculo atualNEW PHYTOLOGISTLivreLivre
- 2018 – 2018Dedicação exclusivaVIB Department of Plant Systems BiologyLivreLivre
- 2017 – presenteVínculo atualFLORALivreLivre
- 2017 – presenteVínculo atualBMC GenomicsLivreLivre
- 2016 – 2018Dedicação exclusivaInstituto de Biociências da Universidade de São PauloLivreLivre
- 2015 – presenteVínculo atualBrazilian Journal of BotanyLivreLivre
- 2014 – presenteVínculo atualRodriguésia (Impresso)LivreLivre
- 2013 – 2014Dedicação exclusivaWageningen UniversityLivreLivre40h/sem
- 2011 – 2015Dedicação exclusivaUniversidade de São PauloLivreLivre
- 2008 – 2010Dedicação exclusivaUniversidade de São PauloLivreLivre
Projetos
12 registros- Concluído2020 – 2023PesquisaPesquisa
Plantas de importância econômica com genoma editado pela tecnologia CRISPR visando melhoria da qualidade nutricional, industrial e tolerância ao déficit hídrico
Neste projeto, propomos a aplicação da tecnologia de edição genômica mediada por CRISPR em quatro culturas: soja, milho, cana-de-açúcar e feijão, com o objetivo de melhorar a qualidade de grãos e de biomassa e produzir cultivares/variedades mais tolerantes à seca. Esta proposta vem ao encontro das demandas da Embrapa expressas no Portfólio de Engenharia Genética para o Agronegócio e no Edital de Edição Genômica. Sua abordagem global e multidisciplinar maximiza as chances de gerar novos produtos, diminuir a dependência tecnológica, valorizar a integração de equipes multidisciplinares, o compartilhamento de informações e fornece a base para outras iniciativas nas áreas contempladas, aumentando a competitividade institucional frente aos novos desafios.
EquipeJosé Hernandes Lopes Filho, Hugo Bruno Correa Molinari (Responsável), Ricardo Augusto Dante
- Concluído2018 – 2019PesquisaPesquisa
Targeting a multicopy retrotransposon with CRISPR/Cas9
Tnt1, um dos elemento de transposição mais bem caracterizados em plantas, parece atuar de forma importante durante o desenvolvimento de tabaco. Dada a natureza peculiar dos elementos de transposição, como o alto número de cópias, estudos que abordem possíveis efeitos funcionais de sua expressão são de difícil execução e interpretação. Este projeto representa uma iniciativa pioneira de edição genômica em larga escala através da técnologia CRISPR/Cas9. Esperamos resultados relevantes não só para o entendimento do papel de Tnt1 na regulação da expressão gênica em tabaco, mas também dos limites da tecnologia CRISPR/Cas9.
EquipeJosé Hernandes Lopes Filho, Marie Anne Van Sluys (Responsável), Thomas B. Jacobs
- Concluído2016 – 2019PesquisaPesquisa
Desvendando os efeitos funcionais e estruturais promovidos pelo retroelemento Tnt1 de Nicotiana tabacum
O retroelemento Tnt1 de Nicotiana tabacum é um dos elementos de transposição mais bem caracterizados em plantas. Embora novos eventos de transposição sejam raros, níveis basais de transcritos de Tnt1 são encontrados em diversos tecidos de tabaco, tendo seus níveis aumentados durante eventos de estresse induzido por fatores bióticos ou abióticos. Recentemente foi demonstrada a relação entre mudanças na expressão de Tnt1 e na de genes ligados à biossíntese e a respostas mediadas por etileno. Com base nesses recentes resultados, foi proposto um modelo no qual Tnt1 desempenha papel fundamental no controle da homeostase de tabaco, reduzindo a produção de etileno em uma resposta de feedback negativo. Embora seja clara a importância de Tnt1 para o controle da expressão de genes responsivos a etileno, pouco se sabe sobre os mecanismos pelos quais tal controle é exercido. Até o momento, sabe-se que a região U3 de elementos Tnt1A forma uma estrutura de hairpin que contém motivos ?CCG-like?, encontrados na região promotora de genes regulados por etileno. Dessa maneira, Tnt1A pode exercer controle transcricional ou pós-transcricional em seus genes alvo. O objetivo deste projeto é demonstrar o mecanismo de ação através do qual Tnt1 mantém a homeostase em tabaco, bem como caracterizar detalhadamente fenótipos de linhagens transgênicas com interferência para expressão de Tnt1. Além disso, objetiva-se a criação de linhagens transgênicas para interferência na expressão de diferentes subfamílias de Tnt1 sob o controle de promotor induzível, de maneira a obter-se uma poderosa ferramenta para o estudo do papel de Tnt1 em diferentes fases de vida e sob diferentes condições experimentais
EquipeJosé Hernandes Lopes Filho, Marie Anne Van Sluys (Responsável)
- Concluído2013 – 2014PesquisaPesquisa
Desenvolvimento da inflorescência em duas espécies de Passiflora com ênfase na formação de primórdios florais
Financiadores- Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico · BOLSA
EquipeJosé Hernandes Lopes Filho, Gladys Flávia Albuquerque Melo de Pinna (Responsável), Francisco Melo Aires
- Concluído2013 – 2017PesquisaPesquisa
Expressão do ortólogo de AS1 em Aizoaceae: um estudo sobre a polaridade ada-abaxial na ontogênese foliar
A capacidade de desenvolver lâmina foliar ampla e dorsiventral foi um evento chave na evolução das plantas; entretanto, algumas espécies exibem modificações morfológicas, podendo desenvolver folhas com simetria radial, tal como observado em algumas espécies de Aizoaceae. Nossos estudos sobre ontogênese foliar somados à literatura disponível nos conduziram à hipótese de que um processo de abaxialização foliar possa estar vinculado à formação de folhas unifaciais em Aizoaceae. Considerando que a duplicação do gene ortólogo de ASYMMETRIC LEAVES1 (AS1), configurou uma importante novidade ao longo da diversificação do grupo, partimos do princípio de que sua atividade diferencial durante a formação dos produtos da blastozona marginal possa conduzir a formação de folhas com diferentes morfologias. A presente proposta tem em vista observar o padrão de expressão de AS1 durante o desenvolvimento de folhas de diferentes morfologias, buscando evidências moleculares de abaxialização foliar em Aizoaceae.
Financiadores- Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico · BOLSA
EquipeJosé Hernandes Lopes Filho, Gladys Flávia Albuquerque Melo de Pinna, Aline Siqueira Nunes (Responsável)
- Concluído2013 – 2014PesquisaPesquisa
Cellular and Molecular Basis of Floral Organ Growth
Financiadores- CAPES - Centro Anhanguera de Promoção e Educação Social · BOLSA
EquipeJosé Hernandes Lopes Filho, Marcelo C. Dornelas (Responsável), Ruud de Maagd, Richard Immink
- Concluído2011 – 2015PesquisaPesquisa
Ontogênese e expressão do órtologo de AP1 em gemas axilares de Passiflora edulis e Passiflora suberosa
A origem das gavinhas na família Passifloraceae tem gerado diferentes interpretações ao longo da história. Devido a sua posição na inflorescência, muitas vezes é entendida como uma modificação da flor terminal, ou mesmo do próprio eixo de primeira ordem da inflorescência. No gênero Passiflora, a inflorescência geralmente é de tal maneira reduzida que, a partir da gema axilar, é produzida apenas uma ou duas flores, lateralmente a uma gavinha central. Do ponto de vista morfo-anatômico, a transição do meristema vegetativo para meristema floral é bem conhecido e possui algumas características marcantes. Nas últimas décadas também se têm compreendido muito sobre os mecanismos moleculares envolvidos nessa transição e no controle do desenvolvimento das estruturas reprodutivas. Com base nesses conhecimentos, e tendo em vista os poucos estudos sobre o desenvolvimento da gema axilar em Passiflora, tanto do ponto de vista morfo-anatômico quanto molecular, o presente projeto tem como objetivo acompanhar a ontogenia desta estrutura bem como a expressão do gene ortólogo ao AP1 de Arabidopsis em duas espécies de Passiflora.
Financiadores- Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo · BOLSA
EquipeJosé Hernandes Lopes Filho (Responsável), Gladys Flávia Albuquerque Melo de Pinna, Marcelo C. Dornelas
- Concluído2011 – 2012PesquisaExtensao
II Botânica no Inverno 2012
Integrante da Comissão Organizadora do curso de extensão universitário II Botânica no Inverno, realizado de 2 a 20 de julho de 2012 no Instituto de Biociências da Universidade de São Paulo para alunos do último ano ou recém formados em Ciências Biológicas e áreas relacionadas.
EquipeJosé Hernandes Lopes Filho, Adne Abbud Righi, Aline Siqueira Nunes, Aline Tiemi Matsumura, Beatriz Nogueira Torrano da Silva, Carlos Eduardo Amâncio, Cíntia Iha, Emmanuelle da Silva Costa +3 integrantes
- Concluído2010 – 2011PesquisaExtensao
I Botânica no Inverno
Integrante da Comissão Organizadora do curso de extensão universitário I Botânica no Inverno, realizado de 4 a 22 de julho de 2011 no Instituto de Biociências da Universidade de São Paulo para alunos do último ano ou recém formados em Ciências Biológicas e áreas relacionadas.
EquipeJosé Hernandes Lopes Filho (Responsável), Gustavo B. Ferreira, Paula Elbl, Adne Abbud Righi, Suzana Ursi, Augusto Cesar Crivellari
- Concluído2008 – 2010PesquisaPesquisa
Estudo de homologias primárias entre Portulacaceae e Cactaceae baseado na histogênese da região da axila foliar em Portulacaceae.
A ordem Caryophyllales, apesar de reconhecida como grupo monofilético, ainda apresenta incertezas quanto à delimitação de algumas de suas famílias e a relação entre elas. Estudos recentes, visando o esclarecimento da relação Portulacaceae / Cactaceae, sugerem uma origem parafilética para Portulacaceae, enquanto demonstram uma maior proximidade do gênero Portulaca e da tribo Anacampseroteae (constituída pelos gêneros Anacampseros, Avonia e Grahamia), com a família Cactaceae. Uma das sinapomorfias indicadas para este grupo é a presença de tricomas (?axilary hairs?) na região da axila das folhas, que alguns autores interpretam como estípulas. Dada a importância deste caráter, o presente estudo tem como objetivo investigar a histogênese da região axilar em espécies de Portulacaceae, caracterizando as estruturas e comparando com dados da literatura para Cactaceae, a fim de se averiguar possíveis homologias primárias.
Financiadores- Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo · BOLSA
EquipeJosé Hernandes Lopes Filho (Responsável), Gladys Flávia Albuquerque Melo de Pinna
- Concluído2007 – 2008PesquisaPesquisa
Análise ontogenética de fibras vasculares não xilemáticas em duas espécies de Portulaca (Portulacaceae)
Financiadores- Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico · BOLSA
EquipeJosé Hernandes Lopes Filho (Responsável), Gladys Flávia Albuquerque Melo de Pinna
- Concluído2006 – 2006PesquisaPesquisa
Análise morfométrica dos elementos traqueais em quatro espécies de Portulaca (Portulacaceae)
Financiadores- Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo · BOLSA
EquipeJosé Hernandes Lopes Filho (Responsável), Gladys Flávia Albuquerque Melo de Pinna
Produção bibliográfica
43 registros- 2025Optimizing CRISPR-Cas9 genome editing for precise gene deletion in Zea maysLucas B. Riboldi; Paulo Arruda; DANTE, RICARDO AUGUSTO; GERASIMOVA, SOPHIA V.; Mateus Pessoa; José Hernandes Lopes Filho +5 autores · https://www.maizegdb.org/mgc/maizemeeting/2025/ · St. Louis
- 2023Utilização de genes morfogênicos para possibilitar a edição genômica de linhagens tropicais de milhoJosé Hernandes Lopes Filho; Ricardo Augusto Dante; Juliana Erika de Carvalho Teixeira Yassitepe; Maísa de Siqueira Pinto; Letícia Rios Vieira; Juliana Vieira Almeida Nonato +5 autores · VIII SIMPÓSIO BRASILEIRO DE GENÉTICA MOLECULAR DE PLANTAS · Florianópolis
- 2018Dynamics of the Tnt1 retroelement and circadian clock genes in homeostasis conditions in Nicotiana tabacumHenrique Moira Dias; José Hernandes Lopes Filho; Juliana Morini Küpper Cardoso Perseguini; Marie Anne Van Sluys · 2018 International Congress of Genetics · Foz do Iguaçu
- 2017Contribuição de ferramentas computacionais na compreensão e solução de problemas em biociênciasHenrique Moira Dias; THALYSON ADOLFO STORL; GUSTAVO MOURA DIAS; GABRIEL SOUZA DA SILVA; VICTOR SILVA LIMA; José Hernandes Lopes Filho · WORKSHOP em Bioinformática da UTFPR · Cornélio Procópio
- 2015Relação entre o posicionamento de blastozonas e a morfologia foliar em Portulacineae (Caryophyllales)José Hernandes Lopes Filho; Gladys Flávia de Albuquerque Melo de Pinna · 66º Congresso Nacional de Botânica · Santos
- 2012Origem das gavinhas em Passiflora (Passifloraceae): Relação com estruturas reprodutivas e plasticidade no desenvolvimentoJosé Hernandes Lopes Filho; Marcelo C. Dornelas; Gladys Flávia Albuquerque Melo de Pinna · 63º Congresso Nacional de Botânica · Joinville
- 2012Development of axillary meristems in two species of passionfruit (Passifloraceae)José Hernandes Lopes Filho; Marcelo C. Dornelas; Gladys Flávia Albuquerque Melo de Pinna · Congress of the European Society for Evolutionary Developmental Biology · Lisboa
- 2010Anatomia e histogênese foliar em espécies de 'Portulacaceae'José Hernandes Lopes Filho; Gladys Flávia Albuquerque Melo de Pinna · X Congresso Latinoamericano de Botánica · La Serena
- 2009Axila foliar em Portulaca L. (Portulacaceae) e suas relações com aréola de CactaceaeJosé Hernandes Lopes Filho; Gladys Flávia Albuquerque Melo de Pinna · 60º Congresso Nacional de Botânica · Feira de Santana - BA
- 2009Estudos anatômicos e suas implicações nas relações entre as Caryophyllales suculentas: um estudo sobre as traqueides vasculares, sistema subterrâneo, estrutura Kranz e axila foliar.Gladys Flávia Albuquerque Melo de Pinna; Carla de Agostini Verna; Emilia Arruda; José Hernandes Lopes Filho; Natália Paganotti Antonucci; Renata Cristina Cassimiro de Lemos +1 autores · 60º Congresso Nacional de Botânica · Feira de Santana
- 2008Origem das Fibras Vasculares Não Xilemáticas no Caule de Duas Espécies de PortulacaEmilia Arruda; José Hernandes Lopes Filho; Gladys Flávia Albuquerque Melo de Pinna · 59° Congresso Nacional de Botânica · Natal
- 2008Análise ontogenética e fibras vasculares não xilemáticas em duas espécies de Portulaca (Portulacaceae)José Hernandes Lopes Filho; Gladys Flávia Albuquerque Melo de Pinna · Simpósio Internacional de Iniciação Científica da Universidade de São Paulo · Ribeirão Preto
- 2006Caracterização dos elementos traqueais de duas espécies brasileiras de Portulaca (Portulacaceae)José Hernandes Lopes Filho; Gladys Flávia Albuquerque Melo de Pinna · XVI Congresso da Sociedade Botânica de São Paulo · Piracicaba
- 2005Anatomia comparada de Cactaceae: Pereskioideae, Opuntioideae e Cactoideae.Emilia Arruda; José Hernandes Lopes Filho; Gladys Flávia Albuquerque Melo de Pinna · 56º Congresso Nacional de Botânica · Curitiba
- 2005Anatomia dos órgãos vegetativos de Portulaca elatior (Portulacaceae)José Hernandes Lopes Filho; Gladys Flávia Albuquerque Melo de Pinna · 56º Congresso Nacional de Botânica · Curitiba
- 2004Nota: I Workshop sobre Caryophyllales brasileiras.Gladys Flávia Albuquerque Melo de Pinna; Emilia Arruda; Alexa Oliveira; Josafa C. Siqueira; ?; Sara Maldonado +4 autores · I Workshop sobre Caryophyllales brasileiras · São Paulo
Produção técnica
15 registros- 2009Consultoria da matéria "Na Ponta das Árvores"José Hernandes Lopes Filho; Rafael da Silva Cruz; Marcos Buckeridge; Gustavo B. Ferreira; Gustavo Habermann; Rivete Lima +1 autores
