Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.

Chamadas: Ministério da Saúde Chamada 21/2023 - Estudos Transdisciplinares em Saúde Coletiva. Processo: 445057/2023-8. Resumo: Pesquisas mostram que grande parte das crianças com TEA não adquirem autonomia para a realização da higiene bucal. Assim, o auxílio do cuidador é essencial para a realização da higiene bucal, mesmo quando atingem idade avançada. Desta forma, os cuidadores devem receber apoio na gestão dos cuidados bucais por meio de educação, motivação e monitoramento, que atualmente podem ser facilitados pelo uso da Teleorientação e Telemonitoramento. Além disso, a aplicação de Tecnologias Digitais, como a Inteligência Artificial (IA) em escovas dentais elétricas, pode facilitar a remoção do biofilme dental e melhorar a saúde bucal dessas crianças. Até o momento, a educação, o monitoramento e a realização da escovação dental em crianças com TEA, por meio de plataformas digitais de comunicação acessíveis, sustentáveis, gratuitas e de amplo e fácil acesso e compreensão e, também, monitoradas pela Inteligência Artificial (IA), ainda não foram implementados. A presente proposta envolve a aplicação do conceito de que a pesquisa clínica aplicada e extensão à comunidade, e depende do estabelecimento de comunicação efetiva para gerar impacto em saúde, qualidade de vida e bem estar social. Para tanto, a proposta incluirá desenvolvimento e avaliação de uma plataforma online gratuita, contendo estratégias de tradução e disseminação do conhecimento científico, para que as evidências sejam efetivamente compreendidas e utilizadas para a criação, atualização, monitoramento e aprimoramento de políticas públicas no âmbito do SUS. A plataforma poderá ser utilizada não apenas pelas crianças e seus cuidadores, mas também por Gestores e equipes de saúde multiprofissionais no SUS, que podem indicar e disponibilizar o uso deste recurso, bem como se basear nele para adquirir e fornecer orientações de higiene bucal para esta população melhorando, assim, a qualidade de vida desses indivíduos, promovendo o bem-estar sem sobrecarregar presencialmente o sistema público de saúde.

https://sites.usp.br/odontopediatria/servico-de-extensao-comunidade-desenvolvido-centro-de-formacao-de-recursos-humanos-especializados-atendimento-odontologico-pacientes-especiais/Resumo: O Transtorno do Espectro Autista (TEA) é um distúrbio do neurodesenvolvimento, caracterizado por variados níveis de alterações na interação social e comunicação, associados a interesses restritos, além de alterações sensoriais. Estas manifestações não afetam diretamente a saúde bucal, mas dificuldades severas na realização da higiene bucal e procedimentos odontológicos expõem as pessoas com TEA a um risco aumentado de doenças bucais. Dessa forma, as crianças com TEA necessitam de abordagens específicas e especializadas, inclusive para o atendimento odontológico. Contudo, verifica-se uma escassez de serviços odontológicos direcionados para atender a esse público, levando a um aumento nos índices de cárie dental e doenças bucais, desencadeando mais alterações sensoriais e prejuízos comportamentais nessas crianças, que tendem então a não cooperar durante o atendimento odontológico. Nesse sentido, torna-se necessária a abordagem comportamental voltada à educação e promoção de saúde bucal, favorecendo a adaptação ao ambiente odontológico, fortalecendo a qualidade e eficácia da higiene bucal domiciliar com vistas à redução no número de intervenções restauradoras e prejuízos na saúde bucal. Assim, nossa proposta é implementar um programa de atendimento especializado multidisciplinar para crianças com TEA e demais dificuldades comportamentais e neurosensoriais, podendo incluir crianças com Transtorno de Déficit de Atenção e Hiperatividade (TDAH) ou comportamentos não colaboradores. Será realizada capacitação da equipe multiprofissional, por meio de palestras e treinamentos práticos constantes, e atendimentos serão realizados na clínica de Pacientes Especiais do Departamento de Clínica Infantil. Nesse projeto, sob a supervisão dos docentes da Disciplina de Odontopediatria (FORP), Bioinformática (FFCLRP), de um terapeuta ocupacional voluntário e de um Cirurgião-Dentista atuante em serviço de atendimento para crianças com necessidades especiais (FORP), alunos de graduação voluntários ou bolsistas (PUB) e pós-graduandos voluntários receberão capacitação para realizar o atendimento de responsáveis e crianças com TEA e demais distúrbios de dificuldades comportamentais. O treinamento profissional bem como os atendimentos serão realizados pela equipe multidisciplinar por meio de atendimentos presenciais, complementados por meio de teleorientação em saúde bucal, utilizando diferentes técnicas de gerenciamento comportamental. O conhecimento científico gerado será divulgado para a comunidade científica, nacional e internacionalmente, e para a sociedade.

Chamada: Edital MCTI/CNPq/SPM-PR/Petrobras 18/2013 - Meninas e Jovens Fazendo Ciências Exatas, Engenharias e Computação. Processo: xxxxx Resumo: Este projeto contempla uma atividade para alunos do ensino médio interessados em atividades experimentais de física e práticas de informática. O projeto será desenvolvido por professores e alunos do curso de Bacharelado de Física Médica e Bacharelado de Informática Biomédica e alunos do ensino médio e professor de física da Escola Pública
Profa. Djanira Velho. A proposta apresentada está correlacionando os dois cursos de graduação, já que ambos compartilham a mesma estatística proposta pelo edital e que ambos interagem mutuamente no mercado de trabalho e ambiente acadêmico, podendo assim desenvolver uma atividade em comum visando a informação profissional de meninas do ensino médio para estas duas carreiras. O objetivo do projeto consiste de um Curso de Difusão que possa levar conceitos de física e informática para estudantes do ensino médio a partir de atividades experimentais e laboratoriais interdisciplinares entre
estas duas disciplinas. Adicionalmente serão apresentadas aos estudantes aplicações de Física e Informática na área médica, odontológica e biomédica, para as carreiras de Bacharelado de Física Médica e Bacharelado em Informática Biomédica. Os estudantes utilizarão toda a infraestrutura de equipamentos de laboratório, kits experimentais, laboratório de informática empregados nos cursos de graduação destas duas carreiras. Os experimentos serão realizados ao longo de 8 meses de atividade no ano de 2014, com início em março e término em junho, intervalo para férias de julho, retornando em
agosto com atividades até final de novembro. Este período totaliza 32 semanas, período ara executar 15 experimentos de física intercalados com 15 atividades de programação. A presente proposta está caracterizada como uma atividade predominantemente laboratorial e também pode ser desenvolvida para outras carreiras das ciências exatas; como por exemplo, química, engenharias, etc. desde que tenham atividades laboratoriais e que estejam inseridas no dia-a-dia dos alunos do ensino médio e vinculadas com as atividades das carreiras universitárias

Chamadas: Ministério da Saúde Chamada 21/2023 - Estudos Transdisciplinares em Saúde Coletiva. Processo: 445057/2023-8. Resumo: Pesquisas mostram que grande parte das crianças com TEA não adquirem autonomia para a realização da higiene bucal. Assim, o auxílio do cuidador é essencial para a realização da higiene bucal, mesmo quando atingem idade avançada. Desta forma, os cuidadores devem receber apoio na gestão dos cuidados bucais por meio de educação, motivação e monitoramento, que atualmente podem ser facilitados pelo uso da Teleorientação e Telemonitoramento. Além disso, a aplicação de Tecnologias Digitais, como a Inteligência Artificial (IA) em escovas dentais elétricas, pode facilitar a remoção do biofilme dental e melhorar a saúde bucal dessas crianças. Até o momento, a educação, o monitoramento e a realização da escovação dental em crianças com TEA, por meio de plataformas digitais de comunicação acessíveis, sustentáveis, gratuitas e de amplo e fácil acesso e compreensão e, também, monitoradas pela Inteligência Artificial (IA), ainda não foram implementados. A presente proposta envolve a aplicação do conceito de que a pesquisa clínica aplicada e extensão à comunidade, e depende do estabelecimento de comunicação efetiva para gerar impacto em saúde, qualidade de vida e bem estar social. Para tanto, a proposta incluirá desenvolvimento e avaliação de uma plataforma online gratuita, contendo estratégias de tradução e disseminação do conhecimento científico, para que as evidências sejam efetivamente compreendidas e utilizadas para a criação, atualização, monitoramento e aprimoramento de políticas públicas no âmbito do SUS. A plataforma poderá ser utilizada não apenas pelas crianças e seus cuidadores, mas também por Gestores e equipes de saúde multiprofissionais no SUS, que podem indicar e disponibilizar o uso deste recurso, bem como se basear nele para adquirir e fornecer orientações de higiene bucal para esta população melhorando, assim, a qualidade de vida desses indivíduos, promovendo o bem-estar sem sobrecarregar presencialmente o sistema público de saúde. http://memoria2.cnpq.br/web/guest/chamadas-publicas?p_p_id=resultadosportlet_WAR_resultadoscnpqportlet_INSTANCE_0ZaMfiltro=resultadosdetalha=chamadaDivulgadaidDivulgacao=11605

https://bv.fapesp.br/pt/auxilios/108587 Chamadas: Auxílio à Pesquisa - Jovens Pesquisadores. Processo: 2020/10960-5 (FAPESP). Resumo: Estudos de associação genômica ampla (GWAS) são ferramentas importantes para a caracterização da susceptibilidade ao câncer e ao processo de seu desenvolvimento. Individualmente, as regiões genômicas de risco explicam uma pequena fração da hereditariedade envolvida nesses processos, mas modelos que unem o efeito de várias dessas regiões, por meio de escores poligênicos, explicam parte significativa do risco genético. Dessa forma, uso de escores poligênicos é fundamental para a implementação de uma oncologia de prevenção de precisão, na qual o rastreamento e a prevenção primária poderão ser individualizados pelo risco genético. Estudos prévios de GWAS em câncer renal identificaram 13 regiões de susceptibilidade para câncer renal, explicando 14 do risco para desenvolvimento desse tumor. Todavia, ainda é necessário identificar novas regiões de risco para melhor entender a hereditariedade envolvida nesse tipo de câncer. Esse projeto JP é composto de 3 eixos principais. No Eixo 1 será desenvolvido um novo estudo de GWAS, com pacientes brasileiros, para identificação de novas regiões de risco para câncer renal e o desenvolvimento de estratégias para adaptação do escore poligênico em diferentes populações. Essas regiões de risco são oportunidades agnósticas únicas para identificar novos mecanismos moleculares relacionados ao desenvolvimento de câncer renal. Nesse sentido, Eixo 2 serão desenvolvidos estudos funcionais, pós-GWAS, in vitro e in vivo para compreender o papel das variantes de risco como desreguladoras de vias tumor-específicas. Durante o postdoc, o Pesquisador Principal desenvolveu várias análises funcionais de larga escala (ATAC-seq, Chip-seq, eQTL, Capture-HiC e MPRA) para priorização de variantes funcionais para cada região de risco para câncer renal. Nesse objetivo, usaremos esses dados para acelerar estudos funcionais de post-GWAS para identificar os mecanismos moleculares que levam o desenvolvimento de câncer renal em três regiões: 12p12, 14q24 e 2q22. Assim, serão realizados estudos genômicos funcionais e de fenótipo em três regiões de câncer renal: 12p12, 14q24 e 2q22. No Eixo 3, será utilizada a estratégia de interação somático-germinativa das regiões de risco para desenvolvimento do câncer renal e seu impacto no tratamento e prognóstico de pacientes com esse tipo câncer. Em síntese, essa proposta permite estudar um arco translacional genótipo-molecular-fenótipo que engloba a geração de evidências em epidemiologia molecular, a identificação de mecanismos moleculares e o estudo do impacto da arquitetura genética de susceptibilidade para o tratamento do câncer renal

https://bv.fapesp.br/pt/auxilios/105398 Chamadas: Projeto Temático. Processo: 2018/18560-6 (FAPESP). Resumo: Transtornos do Neurodesenvolvimento são poligênicos e multifatoriais. Ou seja, além da base genética evidências de estudos animais e em humanos indicam que adversidades ambientais e/ou estresses psicossociais sofridos no início da vida desencadeiam modificações epigenéticas que podem influenciar a plasticidade cerebral, o funcionamento e conectividade de circuitos neurais. Estas modificações podem afetar o desenvolvimento adequado de funções cognitivas, da reatividade emocional e sociabilidade, aumentando o risco para apresentação de transtornos do neurodesenvolvimento. O papel crucial da maquinaria epigenética na incorporação biológica de exposições estressantes no início da vida tem sido demonstrado em vários modelos animais, expostos a diferentes estresses pré-natais e/ou pós-natais como alterações de nutrição, agentes tóxicos, cuidados maternos inadequados, separação do binômio mãe-filho e enriquecimento/isolamento social, sugerindo marcadores moleculares epigenéticos de risco. No entanto, a maioria destes trabalhos são realizados com exposição a fatores ambientais específicos como, por exemplo, exposição a nicotina na gestação. Ou seja, desconsiderando que normalmente um indivíduo está exposto a diversos fatores estressores ambientais e que cada um reage de forma individual aos mesmos. Outro ponto importante é que os sexos respondem de forma diferente a exposição ao estresse, acrescentando, portanto, um nível a mais de variabilidade para as possíveis trajetórias do neurodesenvolvimento. Cálculos de escores de risco poligênico (PRS-polygenic risk score) têm contribuído para melhor entendimento destes transtornos, porém estes consideram apenas o efeito de variações genéticas. Faz-se necessário buscar métodos para integração de PRSs com marcadores de risco epigenéticos, sexo do concepto e efeito temporal da exposição a diferentes tipos de estresse para identificar marcadores de susceptibilidade associados a fenótipos de risco para transtornos do neurodesenvolvimento. Este projeto propõe uma abordagem multidisciplinar usando ferramentas de Biologia Sistêmica e aprendizado de máquina para integrar dados complexos, ou seja, de diferentes naturezas para identificação destes marcadores. Especificamente pretendemos alcançar os seguintes objetivos: 1) integrar dados de diferentes tipos de exposição ambiental, possibilitando a visão do estresse como um constructo multivariado, e mostrar que este associa-se com marcadores biológicos de reatividade ao estresse melhorando a predição de fenótipos associados às trajetórias do neurodesenvolvimento; 2) integrar dados de expressão gênica, epigenética, sexo do concepto e exposição ambiental para desenvolver um modelo biológico para explicar diferenças de susceptibilidade entre sexos para transtornos do neurodesenvolvimento; 3) integrar dados de riscos de escores poligênicos com dados de exposição ambiental e marcadores moleculares epigenéticos para caracterização de áreas genômicas que avaliadas em conjunto possam melhorar a predição de fenótipos associados às trajetórias do neurodesenvolvimento. A conclusão desses objetivos fornecerá novas metodologias para integração de dados complexos, definição de alvos moleculares e informações sobre como identificar potenciais medidas preventivas para desenvolvimento de transtornos do neurodesenvolvimento

https://bv.fapesp.br/pt/auxilios/96047 Chamadas: Projeto Temático. Processo: 2014/03989-6 (FAPESP). Resumo: Na tentativa de esclarecer a patogênese molecular dos tumores endócrinos, estudos utilizando abordagens baseadas em genes candidatos e estudos de ligação (linkage), têm investigado o papel de genes específicos do desenvolvimento de cada glândula endócrina, genes envolvidos em tumorigênese de outros tecidos, como genes que levam à progressão do ciclo e divisão celular (oncogenes) ou que bloqueiam o ciclo celular (genes de supressão tumoral). Ainda, miRNAs e lncRNAs (large noncoding RNAs) têm sido associados à tumorigênese geral e especifica das glândulas endócrinas. Houve grande avanço no esclarecimento molecular de várias síndromes genéticas associadas a tumores hipofisários (McCune-Albright, Neoplasia endócrina múltipla (NEM) tipo 1 e tipo 4, síndrome de Carney e adenoma hipofisário familial isolado-FIPA); associadas a tumores adrenais (Li-Fraumeni, Beckwith-Wiedemann, Complexo de Carney, McCune-Albright e NEM1) e aquelas associadas com tumores tireoidianos (NEM2 e Carcinoma Medular de Tireóide Hereditário). Apesar dos avanços, a patogênese molecular dos tumores endócrinos, principalmente dos esporádicos, ainda não está elucidada. As novas plataformas de sequenciamento em escala genômica, ou ainda, de última geração (Next-generation sequencing ou NGS) apresentam vantagens e diversas aplicações, dependendo da hipótese formulada. Para a análise do genoma pode-se utilizar sequenciamento de novo, Target-seq, análise de exoma (whole exoma seq) ou análise de todo o genoma (whole genoma seq). Para a análise epigenômica pode-se utilizar imunoprecipitação de cromatina (ChIP) e análise de metilação (metiloma); outra abordagem é a análise do perfil de expressão gênica do transcriptoma inteiro. Portanto, este projeto objetiva, pelo uso de uma ferramenta atual e poderosa - os NGS, entender e esclarecer a gênese dos tumores hipofisários, adrenais, tireoideanos e de um subtipo de tumor do sistema nervoso central, os gliomas, avaliando alterações na totalidade de genes expressos, nos processos epigenéticos e no estudo de transcriptomas em amostras desses tumores. A casuística será composta por pacientes seguidos no Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto da Universidade de São Paulo (HCFMRP-USP). Como controles, serão utilizadas amostras de tecido normal, obtidas no CEMEL (Centro de Medicina Legal) após necropsia de indivíduos com morte acidental ou súbita de causa cardíaca. O NGS certamente indicará novos genes e/ou novas vias de sinalização que poderão ser chaves para o esclarecimento da tumorigênese.

https://bv.fapesp.br/pt/auxilios/91739 Chamadas: Auxílio Regular. Processo: 2015/21038-1 (FAPESP). Resumo: A hipótese da transcrição pervasiva, onde todo o DNA de um organismo está associado a pelo menos um transcrito, tem se fortalecido com a aquisição massiva de dados de transcritoma. Uma questão importante que surge neste contexto é a funcionalidade e regulação desses transcritos na rede de regulação gênica de um dado organismo, principalmente de transcritos antisense a genes anotados. Neste projeto de pesquisa, utilizaremos a archaea halofílica Halobacterium salinarum NRC-1 como um modelo para estudo do transcritoma antisense de archaeas e da sua influência na regulação pós-transcricional. Membro do terceiro domínio da vida, este microorganismo com características bioquímicas únicas tem sido utilizado como modelo em Biologia Sistêmica, com redes de regulação gênica construídas focados em genes que codificam proteínas. Neste projeto, utilizaremos abordagens experimentais associadas a utilização de ferramentas de bioinformática para identificar com precisão o transcritoma antisense de H. salinarum, estudar a sua regulação mediante estresses ambientais e a influência de RNAses.

Chamada: Edital MCTI/CNPq 14/2013 - Universal Processo: 476724/2013-9 Resumo: Estrutura implica função. No universo das biomoléculas, esse é um paradigma amplamente aceito. Porém, quando o foco é o transcritoma, a configuração estrutural é uma camada de informação que ainda é pouco considerada. A partir do reconhecimento das diferentes funções desempenhadas pelos RNAs, é fundamental que sua estrutura seja desvendada para que seja possível a compreensão de como essas biomoléculas atuam em diversos processos cruciais para a existência e manutenção dos sistemas biológicos, como armazenamento, transporte, além de atividades de catálise e regulação. No presente Projeto de Pesquisa, propõe-se realizar a modelagem in silico em larga escala da estrutura de todos os RNAs (RNA Estruturoma), utilizando como organismo de estudo o extremófilo Halobacterium salinarum. A partir da modelagem, será possível classificar essas moléculas em grupos estruturais, além de investigar a correlação entre esses agrupamentos e informações sobre função e regulação do transcritoma. Para a validação das predições in silico, propõe-se a utilização de metodologias de footprinting para o mapeamento estrutural in vitro e in vivo de alguns RNAs candidatos

Chamada: Convênio FAPESP-MCT/CNPq-Pronex - PROGRAMA BIOEN/FAPESP - 11/2008. Processo: 08/56100-5. Resumo: A crescente necessidade de diminuição do consumo de combustíveis fósseis e redução das emissões de gases do efeito estufa têm aumentado o interesse pela produção de bicombustíveis, em especial, o etanol. Compreender os mecanismos de acúmulo de sacarose na cana-de-açúcar é fundamental para a racionalização de programas de melhoramento, por métodos tradicionais de seleção ou engenharia genética, para que se alcance uma produção sustentável de etanol. Os mecanismos genéticos de acúmulo de sacarose em cana-de-açúcar já foram estudados sob vários ângulos. Este projeto tem por objetivo obter insights sobre os fatores genéticos que controlam o acúmulo de sacarose na cana-de-açúcar (brix), integrando dados de expressão gênica, proteínas e metabólitos numa abordagem de Biologia Sistêmica. A primeira parte do projeto vai ser a caracterização do metaboloma e proteoma de folhas, internós maduros e imaturos de diferentes estágios de desenvolvimento do cultivar SP80-3280, o mesmo sequenciado pelo SUCEST.

Chamada: Instituto Virtual Microsoft Research-FAPESP de Pesquisas em TI - 06/2009. Processo: 09/53161-6. Resumo: Não existem dúvidas de que um dos maiores desafios para a humanidade neste século é a produção de energia. Mais ainda, por motivos geopolíticos, econômicos, e ainda mais urgentemente, ambientais, soluções renováveis e amigáveis ao meio ambiente são essenciais. Nosso país se tornou, ao longo dos anos, um importante ator em produção de energia alternativa, em particular os biocombustíveis e o pilar desta conquista é a cana-de-açúcar. São Paulo, o principal produtor de biocombustíveis do Brasil, lançou um programa agressivo de pesquisa chamado BIOEN FAPESP em que vários objetivos tecnológicos nesta área devem ser abordados. Um dos principais objetivos científicos do BIEON é o seqüenciamento do genoma da cana-de-açúcar. A presente proposta tem como objetivo desenvolver novos métodos e ferramentas de IT, no escopo da Inteligência Artificial e Aprendizado de Máquina para atacar algumas das questões de Bioinformática levantadas na pesquisa em Genética Molecular de cana

Chamadas: Programa Jovens Pesquisadores em Centros Emergentes. Processo: 2009/09532-0 (FAPESP); Edital MCT/CNPq 14/2009 - Universal Processo: 470120/2009-6 (CNPq); Apoio a Atividades de Pesquisa e Divulgação Científica e Tecnológica. Processo: 1640/2009 (FAEPA). Resumo: Abordagens sistêmicas para a compreensão global da célula vêm sendo amplamente utilizadas na era pós-genômica. A utilização de ferramentas computacionais, matemáticas e estatísticas aliadas a novas tecnologias em Biologia permitem o desenvolvimento de modelos globais com capacidades preditivas. Usualmente, modelos utilizando níveis globais de mRNAs e proteínas têm sido desenvolvidos. Entretanto, uma importante classe de moléculas regulatórias que ainda não são contempladas nesses modelos globais são os RNAs não-codificantes. Para identificar a sua influência nas redes de regulação gênica, propõe-se o estudo dessas moléculas em Halobacterium salinarum, um extremófilo modelo em Biologia Sistêmica. A caracterização de ncRNAs deverá ser realizada utilizando tanto abordagens em larga-escala como abordagens tradicionais mais direcionadas, além do uso de diversas ferramentas de bioinformática. Espera-se que a caracterização das redes de regulação globais deste organismo contribuam para o desenvolvimento de tecnologias para reengenharia e aplicações em biotecnologia

Chamada: Edital MCT/CNPq 14/2008 - Universal Processo: 470616/2008-3 Resumo: Atualmente, a abordagem filogenômica se apresenta como o paradigma disponível mais adequado para estabelecer anotações de alta qualidade. O presente projeto tem por objetivo o desenvolvimento de um ambiente computacional de Inteligência Artificial, destinado a automatizar a anotação de genomas completos de organismos que apresentam interesse estratégico nacional. O alvo é a construção de um sistema de software que viabilize aos biologistas a tarefa de anotação automatizada, integrando fontes de evidências quantitativas e qualitativas de forma probabilística. A anotação probabilística tem como produto final a estimativa da probabilidade de um dado gene pertencer a uma certa classe funcional, um processo ou um componente celular, ao invés de atribuições fixas simplistas sem estimativa de incerteza e sem considerar os diferentes graus/qualidade de evidência