Silvana Giuliatti.

Especificamente objetiva o levantamento dedados e a produção de material multimídia para sensibilização e orientação dacomunidade acadêmica em relação ao ensino de estudantes neurodivergentes.Método: Trata-se de um estudo teórico-prático, exploratório, de abordagemqualitativa. As fases do estudo incluem a) levantamento de ações inclusivas noensino superior para estudantes neurodivergentes em artigos científicos, livros eInternet; b)categorização dos dados a partir da técnica de análise de conteúdotemática por meio do software MAXQDA e c) desenvolvimento de materialmultimídia (ebook, cartilhas e infográficos) para orientação dos atoresenvolvidos no cenário acadêmico. Resultados esperados: Reunir um corpus deliteratura internacional e nacional sobre ações inclusivas para estudantesneurodiversos que vivenciam o ensino superior e as maneiras pelas quais asinstituições de ensino superior respondem ao conjunto de condiçõesneurodiversas; produzir materiais em multimídia que possam apoiar aFaculdade de Medicina de Ribeirão Preto e demais unidades da Universidadede São Paulo na criação de ambientes de ensino e aprendizado acessíveis einclusivos.

O paradigma da neurodiversidade desafia o ensino superior a reconhecer as diferenças no neurodesenvolvimento, incluindo autismo, transtorno de déficit de atenção (TDAH), dislexia, transtorno do desenvolvimento da linguagem (DLD) e outros. As abordagens pedagógicas baseadas em pontos fortes, que criam um ambiente educacional adequado para a maior variedade possível de estudantes estão alinhadas aos paradigmas de inclusão e redução de desigualdades. Esse realinhamento com o paradigma da neurodiversidade oferece mecanismos para os estudantes que diferem do neuronormativo possam se desenvolver dentro e fora do ensino superior. Objetivo: identificar as ações desenvolvidas em instituições do ensino superior para a criação de ambientes de aprendizagem acessíveis e inclusivos para estudantes neurodivergentes. Especificamente objetiva o levantamento dedados e a produção de material multimídia para sensibilização e orientação da comunidade acadêmica em relação ao ensino de estudantes neurodivergentes. Método: Trata-se de um estudo teórico-prático, exploratório, de abordagem qualitativa. As fases do estudo incluem a) levantamento de ações inclusivas no ensino superior para estudantes neurodivergentes em artigos científicos, livros e Internet; b)categorização dos dados a partir da técnica de análise de conteúdo temática por meio do software MAXQDA e c) desenvolvimento de material multimídia (ebook, cartilhas e infográficos) para orientação dos atores envolvidos no cenário acadêmico. Resultados esperados: Reunir um corpus de literatura internacional e nacional sobre ações inclusivas para estudantes neurodiversos que vivenciam o ensino superior e as maneiras pelas quais as instituições de ensino superior respondem ao conjunto de condições neurodiversas; produzir materiais em multimídia que possam apoiar a Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto e demais unidades da Universidade de São Paulo na criação de ambientes de ensino e aprendizado acessíveis e inclusivos.

Este programa tem por objetivo atualizar e/ou ensinar aos alunos conceitos de biologia molecular e bioinformática.

Programa "Aprender com Cultura e Extensão"

Programas de Inovação Tecnológica / CPE/CPA - Centros de Pesquisa em Engenharia/Centros de Pesquisa Aplicada / FAPESP-CPA-IA-Saúde

A depressão maior (MDD) é uma condição multifatorial sem biomarcadores clínicos definidos, dificultando o diagnóstico e a personalização terapêutica. Dados de RNA-seq de núcleo único (snRNA-seq) permitem identificar alterações gênicas específicas em tipos celulares do cérebro, revelando potenciais mecanismos celulares associados ao transtorno. Este projeto de Iniciação Científica tem como objetivo introduzir o estudante ao uso de dados de expressão gênica em alta resolução, com foco na análise funcional de genes diferencialmente expressos (DEGs) por tipo celular no córtex pré-frontal de indivíduos com MDD. Serão utilizadas ferramentas de bioinformática como Seurat (R) para análise de dados single-cell e clusterProfiler para enriquecimento funcional (Gene Ontology e KEGG). Espera-se que o bolsista desenvolva habilidades fundamentais em bioinformática funcional e seja capaz de interpretar as funções biológicas associadas a perfis celulares alterados na depressão.

O objetivo principal deste projeto é investigar o impacto estrutural de polimorfismos nas regiões de motivos de inibição de imunoreceptor baseado em tirosina (ITIM) de LILRB1 e LILRB2 e sua interação com as fosfatases SHP1 e SHP2. As regiões ITIM desempenham um papel crucial na regulação das respostas imunes por meio de vias de sinalização inibitórias. Variações genéticas nessas regiões podem afetar a interação entre LILRB1/LILRB2 e SHP1/SHP2, influenciando potencialmente as funções das células imunes e a suscetibilidade a doenças. Empregando uma combinação de biologia estrutural, simulações de dinâmica molecular e técnicas de aprendizado de máquina, este estudo busca descobrir as consequências estruturais dos polimorfismos ITIM e seu impacto na sinalização inibitória. Serão utilizadas técnicas de modelagem molecular para construir modelos estruturais completos dos receptores LILRB1 e LILRB2, considerando os polimorfismos identificados nas regiões ITIM. Docking molecular e simulações de dinâmica molecular permitirão explorar as interações dinâmicas entre os receptores e as proteínas SHP1 e SHP2, proporcionando informações sobre a estabilidade das ligações e as consequências funcionais das variações genéticas, assim como para investigar os complexos formados pelas proteínas LILRB1 e LILRB2 com moléculas de HLA, revelando os detalhes dessas interações.

O projeto proposto tem como objetivo explorar, desenvolver e contribuir com a concretização de soluções inovadoras no contexto da doença de Alzheimer, uma condição neurodegenerativa que afeta milhões de pessoas em todo o mundo [1]. Neste contexto, o foco central está na Caliphruria subedentata, uma planta endêmica da Colômbia que possui diferentes alcalóides e outros compostos com enorme potencial terapêutico para a doença de Alzheimer. Estudos prévios realizados em parceria entre as duas Universidades, têm demonstrado que a atividade biológica desses compostos é igual ou superior à atividade da galantamina, a qual é usada como tratamento na patologia, um inibidor de Acetilcolinesterase enzima encarregada de hidrolisar o neurotransmissor Acetilcolina em acetato e colina; portanto, sua inibição mitiga a redução de Acetilcolina e buscar estabilizar seus níveis na circuitaria neuronal [2, 3, 4]. No entanto, considerando os inúmeros obstáculos e questões que permeiam esta área de pesquisa, um dos grandes desafios é delinear o seu processo de síntese de maneira eficiente e, ao mesmo tempo, identificar aqueles compostos que, além de interagir como a Acetilcolinesterase, também parecem regular outras vias alteradas na doença de Alzheimer, como a genética e epigenética [5, 6], tornando sua produção ainda mais escalável e, possivelmente, aumentando a precisão da compreensão sobre tal. Assim, para alcançar este objetivo, o projeto propõe a aplicação de algoritmos de inteligência artificial que serão utilizados para prever e otimizar as complexas vias metabólicas existentes em células da Caliphruria subedentata, tendo em vista que esta se encontra em vias de extinção, que são responsáveis pela produção de galantamina e de compostos com maior capacidade para modular vias associadas com a neurodegeneração [7, 8, 9]. Deste modo, esta proposta aborda a análise de dados genômicos, proteômicos e metabólicos para identificar os genes, as proteínas e os metabólitos-chave envolvidos nesse meio biológico. Ainda, nota-se que a importância deste projeto fundamenta-se tanto na prosperidade do âmbito acadêmico quanto na melhoria da qualidade de vida de milhões de pacientes que lidam com a progressão da doença supracitada. Além disso, o cultivo e propagação desta planta pode gerar um impacto social por se apresentar como uma alternativa promissora para enfrentar um problema que não está presente apenas na América Latina, mas em todo o mundo, ou seja, a doença de Alzheimer, uma vez que a síntese química da galantamina em laboratório é custosa e qualquer alteração em sua estrutura química pode afetar sua atividade biológica. Isso porque ao compreender de maneira mais detalhada a evolução das vias metabólicas envolvidas na produção de galantamina e otimizá-las por meio da implementação de inteligência artificial, há possibilidade para o desenvolvimento de tratamentos mais eficazes e acessíveis para os pacientes. Além disso, esse projeto pode fornecer observações pontuais valiosas, contribuindo para avanços mais amplos na biotecnologia, na bioinformática e na medicina.

MOVE LA AMERICA - CAPESNúmero do Processo:88887.009573/2024-00

Sabe-se que a afinidade de ligação entre a proteína Spike (S) e os receptores da enzima conversora de angiotensina 2 (ACE2) e protease transmembranal de serina II (TMPRSS2) é um dos principais fatores determinantes na taxa de replicação do SARS-CoV-2 (do inglês Severe Acute Respiratory Syndrome coronavirus-2) e que tais interações afetam diretamente no agravamento do quadro clínico do paciente infectado. SARS-CoV-2 é um vírus de RNA e apresenta uma taxa de mutação mais alta que um vírus de DNA. Essa característica do vírus está muito bem representada pelas variantes que surgiram nesses últimos dois anos de pandemia. Estudos sugerem que polimorfismos genéticos presentes em regiões codificadoras dos alvos ACE2 e TMPRSS2 podem afetar suscetibilidade, gravidade e desfecho clínico dos pacientes acometidos por esta doença. Entretanto, como essas mutações e polimorfismos, encontrados em diferentes populações, contribuem para melhorar a estabilidade e afinidade de interação entre os complexos SARS-CoV2-ACE2 e SARS-CoV2-TMPRSS2 não é totalmente compreendido. A análise de modos normais dos movimentos conformacionais das estruturas, assim como dinâmica molecular são exemplos de abordagens empregadas na tentativa de alcançar total compreensão do processo. Esses métodos geram grandes quantidades de dados, mas não permitem extrair importantes características, como regiões ou resíduos na interação das estruturas que possam contribuir significantemente na interação entre as proteínas. Algumas dessas diferenças podem ser sutis e somente observadas ao nível molecular entre estados levemente perturbados. Assim, interpretar e extrair informações dessas trajetórias não é um processo simples. Métodos de aprendizado de máquinas são usados em análises de grande quantidade de dados, pois reduzem a dimensionalidade do problema. Portanto, propõe-se nesse projeto usar simulações de dinâmica molecular e abordagens de aprendizado de máquina a fim de revelar as diferenças em linhagens de SARS-CoV-2, a fim de investigar o impacto da variabilidade genética do SARS-CoV-2 e dos polimorfismos de ACE2 e TMPRSS2 na região de interação

A Síndrome Respiratória Aguda Grave do Coronavírus 2, a COVID-19, foi considerada pela Organização Mundial da Saúde (OMS) a maior pandemia da história moderna, com taxas de infestação e mortalidade muito elevadas. A doença, que surgiu na província de Wuhan, na China, teve o primeiro caso notificado em 29 de dezembro de 2019 e se espalhou rapidamente pelo mundo. Considerando as medidas de confinamento social adotadas pela maioria dos governos, estima-se que 50 da população mundial será infectada pelo Sars-CoV-2 durante a pandemia, com 3 de mortes (Economist Intelligence Unit - EIU). Segundo Ferguson NM e colaboradores (2020), caso nenhuma medida de controle de transmissão fosse adotada pelos governantes, cerca de 81 da população da Grã-Bretanha e dos Estados Unidos seriam infectadas no período da pandemia, e o número de mortes chegaria a 510.000 e 2.2 milhões, respectivamente. No Brasil o número de infectados seria de 89, com 1.15 milhões de mortos. O cálculo realizado por Coelho e colaboradores (2020) estima uma taxa de mortalidade de 6 da população testada, ou 6 mortes por milhão de habitantes, porém a distribuição é bem regionalizada. No momento de conclusão da redação desta proposta, o Brasil registrou 78.162 casos positivos e 5.466 mortes (7 de letalidade) (https://covid.saude.gov.br/). A principal diferença entre o Sars-CoV-2 e o Sars-CoV é a sua alta taxa de infeção e letalidade. Aproximadamente metade dos indivíduos positivos para o Sars-CoV-2 apresentam sintomas moderados e são curados sem a necessidade de hospitalização, e 30 são assintomáticos. Cerca de 20 dos indivíduos infectados evoluem para a forma mais grave da doença e necessitam de cuidados hospitalares, com 5 desses pacientes precisando de atenção intensiva com ventilação pulmonar. Metade dos 5 vão a óbito (Lauer SA et al. 2020; Liu Y et al., 2020; Ferguson NM et al., 2020). Portanto, uma questão urgente é a identificação de fatores/características associados com a evolução clínica mais grave. Várias comorbidades como cardiopatias, diabetes, asma, entre outras, estão descritas como fatores de risco para o quadro mais grave. Além disso, há casos atípicos de evolução clínica grave, onde não há associação com doenças pré-existentes. Certamente, o perfil genético dos pacientes destes diferentes grupos contribui para este cenário. Portanto, esta proposta visa contribuir para o esforço global no sentido de entender os mecanismos envolvidos no processo de infecção e predisposição ao quadro desta nova doença

Um dos grande desafios que os estudantes enfrentam ao iniciarem o ensino superior é de lidar com um novo modelo de ensino que muitas vezes não tem o cuidado de aplicar técnicas de ensino-aprendizagem que levem em consideração a heterogeneidade das formas de aprender dos estudantes, bem como os seus diferentes graus de amadurecimento psíquico-afetivo. Os valores são outros, exigindo maior independência e pró-atividade e as exigências das disciplinas são diferentes e variadas e algumas, talvez, com rigor exagerado. Outro grande desafio é sua adaptação fora da casa dos pais e dos amigos, que se soma as dúvidas quanto ao seu futuro no mercado de trabalho e que podem desestabilizar o equilíbrio psíquico dos estudantes.E, não se trata de casos isolados. Dados contidos no relatório de 2011 da Associação Nacional dos Dirigentes das Instituições Federais de Ensino Superior (Andifes), de um estudo realizado em uma coorte de 20 mil alunos das universidades federais, indicam que 29 deles procuraram atendimento psicológico e 9, psiquiátrico, sendo que 11 do total precisaram ser medicados (Rodrigo de Oliveira Andrade. Revista Fapesp, Edição 262, Dez. 2017). Uma das consequências para os alunos que estão nesse estado de sofrimento é o baixo rendimento acadêmico, causado pela perda de estímulo de continuar os estudos. Trata-se de um fenômeno mundial que precisa ser conduzido por especialistas e ferramentas holísticas aplicadas ao histórico acadêmico dos alunos. Na área de cuidados de saúde, a evolução concomitante das ferramentas tecnológicas que permitem a integração de dados em tempo real e dos modelos conceituais de avaliação desses cuidados ? os quais estruturam a avaliação da qualidade dos cuidados fornecidos para as pessoas por um lado e, por outro, a qualidade dos cuidados fornecidos pelos serviços de saúde ? vem permitindo o desenvolvimento e a implementação de sistemas digitais de informação que disponibilizam dados em tempo real e que propõem descrever e avaliar o cuidado conforme os diferentes níveis de sua organização. Ou seja, uma descrição e avaliação em tempo real do ecossistema de cuidados de saúde como um todo (Furst et al., 2019). Uma das ferramentas conceituais disponibilizada para fazer isso é a ?Mental Health Matrix?, originalmente desenvolvida por Michelle Tansella e Graham Thornicroft inspirados pelo trabalho clássico de Donabedian sobre avaliação de serviços de saúde (Donabedian, 1988; Tansella and Thornicroft, 1998). Essa matriz original foi adaptada posteriormente para auxiliar no desenvolvimento de um sistema digital de informações de saúde mental (SISAM) para o décimo terceiro departamento regional de saúde do estado de São Paulo (DRS-13) e é mostrada abaixo (Vinci et al., 2016; Yoshiura et al., 2017). Para cada uma das caselas da Matriz podem ser definidos indicadores, qualitativos e/ou quantitativos, a partir de dados disponibilizados por sistemas de informação (preferencialmente online/digitais). A definição dos indicadores pode ser realizada através de um processo que permite envolver: a) revisão da literatura pertinente; b) consulta às partes interessadas (?stakeholders?; c) consulta aos especialistas na área (Vince et al., 2017; Lima et a., 2018). Os dados assim organizados, dentro de um sistema digital de informações, podem ser disponibilizados conforme a necessidade das diferentes partes interessadas envolvidas no processo de cuidado, a partir de um modelo de ?Observatório de dados? (por exemplo, os pacientes de um serviço de saúde, os profissionais desse serviço de saúde, seus gerentes, o público em geral, etc). Propõe-se aplicar a forma geral desse modelo de trabalho (?framework?) heurístico na área de Ensino-Aprendizagem, para a construção de um Sistema Digital de Informações Acadêmicas, realizando sua prova de conceito através de seu desenvolvimento e implementação no Curso de Informática Biomédica

O reconhecimento das funções que os long noncoding RNAs (lncRNA) têm
desempenhado em várias doenças, incluindo câncer, desordens cardiovasculares e
neurológicas, tem gerado um interesse nessas estruturas, uma vez que podem
proporcionar novos diagnósticos e oportunidades de novas terapias, pois apresentam
uma versatilidade bioquímica notável. As versatilidades funcionais dos lncRNAs vão
desde a habilidade de realizar conformações de diferentes estruturas até interações com
proteínas, DNA e RNA. O constante crescimento no número de RNAs disponíveis
(1.465 em 2019) não acompanha o crescimento no número de estruturas resolvidas (22
em 2019). Abordagens além das experimentais precisam ser empregadas com o grande
objetivo de auxiliar a acelerar esse processo de aprendizagem. Esse é também um dos
principais objetivos da aplicação da Bioinformática Estrutural. Em doenças
neurodegenetativas como Alzheimer e Parkinson, há também evidências de lncRNA
autuando no desenvolvimento cerebral, na função, manutenção e diferenciação
neuronal. Para essas doenças, até o momento, não há tratamento ou cirurgia curativos,
mas apenas aqueles que podem retardar seu progresso. Além disso, devido ao
crescimento da idade da populaçao mundial, essas doenças neurodegenerativas
representam um aumento nos gastos financeiros destinados à saúde pública. Portanto, há
uma necessidade urgente no desenvolvimento de novos métodos para prevenção ou cura
das doenças neurodegenerativas. Vários lncRNAS específicos aparecem desregulados
na Doença de Alzheimer (DA), alguns dos quais têm sido implicados na regulação de
genes relacionados a DA, e agido na formação de placas Aβ, neuro inflamação, estresse
oxidativo e dano ao DNA. Estudos relataram que a beta-secretase 1 (BACE1) é uma
enzima que contribui par a formação de peptideos Aβ e deposição de placas amilóides.
BACE1-AS é transcrito pela RNA polimerase II da fita antisenso de BACE1 e é
altamente expresso em pacientes com DA. É capaz de regular as expressões de BACE1
mRNA e de suas proteínas tanto in vivo quanto in vitro. Regulando a expressão de
BACE1 mRNA, lncRNA BACE1-AS torna-se importante no controle da DA. Alem
disso, BACE1-AS foi encontrado aumentado em plasma humano de pacientes com DA
com alta especificidade. Isso faz com que BACE1-AS seja indicado como um possível
biomarcador e alvo terapêutico para DA. Diante do exposto acima, o presente projeto
tem como objetivo analisar a estrutura secundária e terciária do lncRNA BACE1-AS,
cuja atuação na Doença de Alzheimer está bem relatada na literatura.

o presente projeto busca responder a seguinte questão: Quais alcalóides presentes em Caliphruria subedentata atendem às características físico-químicas necessárias para serem indicados como possíveis candidatos a novos fármacos? Os mesmos alcaloides que inibem a AChE podem também inibir a BChE? Para responder a esta questão, o principal objetivo a ser alcançado será a realização de ancoragem molecular entre o receptor BChE e alcalóides presentes em Caliphuria subedentata que apresentaram atividade inibitória em relação à AChE.

No Brasil e no mundo é cada vez mais ressaltada a importância das tecnologias da informação no contexto da saúde, inclusive no uso de jogos educativos para maior aproveitamento dos temas abordados em sala de aula, dando um apoio visual e intuitivo ao aprendizado do conteúdo.
 A motivação para o proposto projeto surgiu durante o período em que os alunos do Curso de Informática Biomédica cursaram a disciplina de Fisiologia. A partir desse conteúdo, surgiu o interesse pela neurofisiologia. Da união do tema em questão e do conhecimento obtido em outras disciplinas específicas do curso, surgiu a iniciativa de desenvolverem um jogo educativo. Portanto, esse projeto tem como objetivo a produção de um jogo educativo para envolver e auxiliar o jovem no aprendizado de neurofisiologia, buscando adequar uma jogabilidade dinâmica e cativante ao conhecimento que será adquirido. O protótipo do jogo já foi desenvolvido pela equipe. Entretanto, melhorias e adequações ainda são necessárias como, por exemplo, o aprofundamento tanto em jogabilidade quanto em aprendizado dos estudantes de forma que o jogo seja capaz de despertar maior interesse e fornecer um maior conhecimento ao público alvo.
 O jogo será composto por fases, sendo que cada delas, por sua vez, terá uma série de minigames que irão demonstrar do início ao fim o funcionamento do sistema nervoso em variadas situações, sendo o papel do jogador completar os minigames e desafios antes que o tempo se esgote. Ao final do jogo, o jogador será pontuado com base no seu desempenho. Haverá também durante o jogo explicações e comentários sobre a fisiologia e funcionamento envolvidos em cada etapa do jogo. Além disso o jogo ainda irá disponibilizar uma mini enciclopédia contendo conceitos e explicações para os jogadores que queiram se aprofundar no assunto.
Essa proposta busca-se despertar interesse sobre o assunto nos jovens que cursam o ensino médio, assim como auxiliar os vestibulandos e alunos de graduação durante seus estudos e motivá-los a seguirem essa área de atuação.

Programa Aprender na Comunidade (Reitoria de Graduação, USP)

Mediante la ejecución de este proyecto se espera que nuestros resultados continúen impactando a nivel nacional e internacional como estrategia promisoria en la búsqueda e identificación de metabolitos de origen vegetal, con posible aplicación para la enfermedad de Alzheimer. Se espera generar un impacto desde la academia para establecer políticas encaminadas a la recuperación, preservación y propagación de las plantas de la familia Amaryllidaceae, en especial el género Caliphruria. A nivel social, los resultados obtenidos se traducen en una oportunidad farmacología para una enfermedad que es reto de la medicina moderna, encontrar la cura. Como impacto indirecto se trata de crear una cultura emprendedora una vez que nuestro medio ofrece un entorno favorable para el crecimiento de estas plantas, lo cual podría potencializar la creación de micrompresas, con miras al desarrollo económico de la región y como una alternativa al cultivo de plantas para uso ilícito. Este proyecto es la continuidad de una propuesta de investigación que se planteo en el 2012 desde la Universidad del Cauca, cuya ejecución se inició en el segundo semestre del mismo año en el Departamento de Genética de la Facultad de Medicina de la Universidad de Sao Paulo-Brasil. De esa fecha hasta el momento, se ha venido realizando caracterización e identificación del potencial farmacológico del género Caliphruria y su aplicación para la EA, cuyos resultados se han traducido en publicaciones y socializaciones nacionales e internacionales. Como estrategia para la continuidad del proyecto, pretendemos fortalecer la colaboración con otros grupos de investigación nacional e internacional que nos capaciten y/o nos aporten tecnología para llevar la investigación a escenarios in vitro e in vivo con modelos como ratones knockout para los genes asociados a la EA, lo cual no está al alcance de esta propuesta.

O câncer de próstata é caracterizado por alta incidência, grande variabilidade no período de latência e prognóstico incerto. Além disto, o screening sanguíneo por PSA resulta em excesso de diagnóstico, sendo que muitos pacientes não apresentam doença clinicamente significativa. Atualmente, o tratamento inicial baseia- se em nomogramas preditivos que relacionam achados histopatológicos detalhados com dados clínicos, definindo um escore de risco global. Até a presente data, não existem biomarcadores que permitam determinar com confiança, a partir de biópsias prostáticas, quais tumores de risco intermediário permanecerão indolentes e quais serão mais agressivos. Dados recentes de nosso grupo de pesquisa sugerem que tumores com pior prognóstico apresentam tanto deleção do gene PTEN quanto presença do gene de fusão TMPRSS2-ERG, além de CNVs recorrentes que afetam outras regiões do genoma. O objetivo do projeto, utilizando uma amostra de 150 casos de câncer de próstata com seguimento clínico conhecido, é identificar novos biomarcadores genéticos que permitam melhor avaliação prognóstica individual. A primeira etapa inclui seleção de casos que apresentam os biomarcadores PTEN e TMPRSS2-ERG combinando as técnicas de FISH, imunohistoquímica e análise de mutação. A seguir, a técnica de array-CGH será aplicada para comparar o perfil global de CNVs em tumores que apresentam os biomarcadores PTEN e TMPRSS2-ERG com os tumores sem qualquer dessas alterações. Análise bioinformática permitirá a seleção de genes candidatos diretamente relacionados com as regiões de CNV em comum neste subgrupo de tumores associados à câncer avançado e com progressão da doença. Esses genes formarão um painel de sondas de FISH altamente informativo para avaliação prognóstica do tumor

O câncer de próstata é caracterizado por alta incidência, grande variabilidade no período de latência e prognóstico incerto. Além disto, o screening sanguíneo por PSA resulta em excesso de diagnóstico, sendo que muitos pacientes não apresentam doença clinicamente significativa. Atualmente, o tratamento inicial baseia- se em nomogramas preditivos que relacionam achados histopatológicos detalhados com dados clínicos, definindo um escore de risco global. Até a presente data, não existem biomarcadores que permitam determinar com confiança, a partir de biópsias prostáticas, quais tumores de risco intermediário permanecerão indolentes e quais serão mais agressivos. Dados recentes de nosso grupo de pesquisa sugerem que tumores com pior prognóstico apresentam tanto deleção do gene PTEN quanto presença do gene de fusão TMPRSS2-ERG, além de CNVs recorrentes que afetam outras regiões do genoma. O objetivo do projeto, utilizando uma amostra de 150 casos de câncer de próstata com seguimento clínico conhecido, é identificar novos biomarcadores genéticos que permitam melhor avaliação prognóstica individual. A primeira etapa inclui seleção de casos que apresentam os biomarcadores PTEN e TMPRSS2-ERG combinando as técnicas de FISH, imunohistoquímica e análise de mutação. A seguir, a técnica de array-CGH será aplicada para comparar o perfil global de CNVs em tumores que apresentam os biomarcadores PTEN e TMPRSS2-ERG com os tumores sem qualquer dessas alterações. Análise bioinformática permitirá a seleção de genes candidatos diretamente relacionados com as regiões de CNV em comum neste subgrupo de tumores associados à câncer avançado e com progressão da doença. Esses genes formarão um painel de sondas de FISH altamente informativo para avaliação prognóstica do tumor

O adenocarcinoma ductal pancreático (ADP) é um tumor maligno, com prognóstico altamente desfavorável, e que representa a oitava causa de morte relacionada ao câncer no mundo. O elevado índice de mortalidade deste tumor ocorre principalmente devido à falta de sintomas e/ou marcadores moleculares que viabilizem o diagnóstico precoce. Além disso, o ADP exibe um grande potencial invasivo e metastático o que leva à refratariedade a uma variedade de agentes quimioterápicos. Diante desse cenário, a sobrevida global em cinco anos é de apenas 5%. O potencial maligno e agressivo do ADP é promovido, especialmente, pela ativação do oncogene KRAS. Este gene desencadeia a atividade de inúmeras vias de sinalização que controlam mecanismos essenciais envolvidas com a progressão tumoral como a proliferação e sobrevivência celular, evasão da apoptose, metabolismo, controle do estresse oxidativo, entre outras. Além de impulsionar a proliferação celular descontrolada, a proteína oncogênica KRAS também é uma das principais responsáveis pelo controle da ativação da glicólise e da reprogramação metabólica singular das células tumorais pancreáticas. Curiosamente, estudos recentes sugerem que os maiores ajustes na reprogramação metabólica desencadeada pela atividade de KRAS é mediada pela atividade das MAP quinases (MAPKs). As MAPKs coordenam complexas redes de sinalização e por isso são precisamente reguladas por mecanismos de feedback exercidos pela atividade de proteínas fosfatases. Uma das principais classes de fosfatases é representada por enzimas fosfatases de dupla especificidade (DUSPs). As DUSPs são intensamente reguladas em células de ADP, no entanto, as evidências em relação ao seu papel oncogênico ou de supressão tumoral ainda são controversas. Tendo em vista tais considerações, este projeto visa investigar a atividade regulatória de fosfatases DUSPs e o seu impacto na reprogramação metabólica e na progressão tumoral de células de adenocarcinoma pancreático. Uma investigação detalhada do papel de enzimas DUSPs no controle de ativação de vias MAPKs pode fornecer informações cruciais a respeito da biologia do adenocarcinoma pancreático e aprimorar o entendimento de mecanismos complexos de regulação da sinalização oncogênica. Além disso, Essa nova abordagem de investigação pode fornecer informações importantes acerca da biologia tumoral e com isso viabilizar a descoberta de marcadores de diagnóstico e principalmente novos alvos terapêuticos para o tratamento deste tumor altamente refratário e letal

O câncer cervical é a segunda maior neoplasia registrada, atingindo mulheres em todo mundo e a oncopatologia mais estudada associada ao Papilomavirus Humano (HPV). A Região Precoce E do genoma viral tem a função de codificar seis proteínas não estruturais e, dentre elas, ressaltaremos a importância da oncoproteína E6 do HPV tipo 16 de alto risco oncogênico devido à sua função de estimular a proliferação e transformação celular. O HPV está presente em praticamente 100% dos casos de câncer cervical, com prevalência do tipo 16 que, sozinho, representa até 70% de todos os casos de câncer cervical em todo o mundo. A substituição pontual de nucleotídeos (SNP) ao longo de todo gene do vírus deu origem a variantes virais como as variantes Européias da E6 do HPV tipo 16, mais comumente encontradas e relacionadas ao câncer cervical. Na ultima década, vários estudos investigaram a relação de SNP na E6 e sua relação com o aumento da oncogenicidade do vírus, emergindo a oncoproteína E6 como potencial alvo terapêutico. Apesar de haver vacina, a adesão e acessibilidade a ela é muito pequena, sendo necessário o desenvolvimento de tratamentos mais eficientes para a infecção pelo vírus e controle da oncogenicidade mediada pelo HPV. Para isso é necessário o conhecimento e compreensão estrutural da proteína. Este projeto terá como objetivo modelar e analisar a estrutura tridimensional das variantes Européias causadoras de três mutações pontuais mais comuns da oncoproteina E6 presentes no HPV do tipo 16 de alto risco, com o objetivo de verificar se existe relação entre possíveis diferenças estruturais e potencial oncogênico das variantes

As florestas da região de Ribeirão Preto são umas das mais devastadas do Estado de São Paulo, principalmente em áreas próximas aos mananciais e indústrias de cana-de-açúcar. Esta região tem hoje 59,75% e 15,36% da sua área utilizada pela cultura da cana e pela ocupação urbana, respectivamente, sendo que somente 3,89% (2.535,67 ha) representados por 102 remanescentes florestais pequenos e isolados, correspondem à vegetação natural do município de Ribeirão Preto. Estes poucos remanescentes são, portanto, de grande valor ecológico, genético e taxonômico, funcionando como uma coleção viva de espécies representativas da flora local e de sua diversidade genética, bem como um banco de informações acerca da estrutura e funcionamento desse tipo de ecossistema. Neste contexto, a presente proposta tem como objetivo investigar os padrões de diversidade genética, endogamia, taxas de cruzamento e fluxo gênico de duas espécies florestais de grande importância ecológica e econômica [Anadenanthera colubrina (angico), Metrodorea nigra (carrapateira)], de ocorrência comum em ambientes contrastantes (mata decidual/mesófila, respectivamente) em fragmentos remanescentes na região de Ribeirão Preto, visando gerar subsídios para conservação e manejo in situ e ex situ destes recursos genéticos. Como ferramenta de análise genética serão utilizados marcadores moleculares tipo microssatélites (SSR) para ambas as espécies desenvolvidos pelo nosso grupo, uma vez que estes marcadores são considerados os mais adequados para o estudo de sistemas de acasalamento e fluxo gênico devido a sua herança codominante e maior polimorfismo

O timo desempenha seu papel na indução da tolerância imunológica central aos antígenos relacionados aos tecidos próprios (TRAs) sendo que na medula desse órgão, nas células tímicas medulares epiteliais (mTECs) ocorre a expressão de centenas desses TRAs que, por sua vez, representam virtualmente todos os órgãos e tecidos do corpo. Devido à diversidade de representação, este fenômeno foi chamado de expressão gênica promíscua (PGE) a qual é em grande parte controlada pelo gene Autoimmune regulator (Aire). A seleção negativa de timócitos auto reativos é essencial para que ocorra a tolerância imunológica. Os timócitos oriundos da medula óssea migram para o timo e na medula desse órgão, interagem com as células mTEC que expressam os TRAs (adesão mTECs-timócitos). Os clones de timócitos que reconhecem com avidez os TRAs apresentados pelas mTECs via MHC-II são então eliminados por apoptose (seleção negativa). Como o gene Aire controla parte da PGE/TRAs, presume-se que a ação deste gene deve influenciar a adesão mTECs-timócitos e indiretamente a apoptose dos timócitos (seleção negativa). Como este ponto é ainda elusivo, formulamos as seguintes hipóteses deste projeto: 1) A expressão do gene Aire influencia a adesão mTECs-timócitos e consequentemente a apoptose de timócitos, 2) Os microRNAs (miRNAs) controlam o processo de adesão mTECs-timócitos, 3) Os miRNAs controlam a expressão de TRAs, 4) Os miRNAs controlam a expressão do gene Aire. Nosso objetivo geral é estudar o controle transcricional de TRAs exercido por Aire em mTECs e também o controle pós-transcricional exercido por miRNAs e sua consequência na adesão mTECs-timócitos. Recentemente demonstramos que a linhagem de células murinas (M. musculus) mTEC 3.10 (MHCII+, CD80+) expressa em cultura o gene Aire e que esse gene controla, além de um grande conjunto de TRAs, muitos miRNAs. Além disso, essa linhagem é capaz de reproduzir in vitro a adesão mTECs-timócitos. Isso consolida o principal sistema modelo para testarmos essas hipóteses que é o ensaio de adesão mTECs-timócitos. Utilizaremos a técnica de silenciamento in vitro de Aire e da ribonuclease Dicer por meio de siRNA (anulação transitória) e também a seleção de células knockout (KO) por meio da transfecção com um vetor CompoZr-KO-Aire ou -Dicer (anulação permanente). Utilizando as células mTEC 3.10 manipuladas (siRNA/KO Aire e/ou Dicer) testaremos a participação de Aire e/ou de miRNAs no modelo de adesão in vitro. O transcriptoma (mRNAs) e o miRnoma (miRNAs) dessas células serão avaliados por meio de microarrays na tentativa de identificarmos genes de TRAs e/ou de moléculas de adesão celular envolvidos. O sequenciamento (next-generation sequencing) será utilizado para avaliar a expressão de isoformas de Aire e também das regiões 3´UTR de TRAs que poderiam anelar (ou não) com miRNAs. Finalmente, para confirmarmos a atuação de miRNAs sobre Aire, faremos uso do sistema modelo luciferase reporter assay com o qual testaremos a hibridização de miRNAs (preditos) na sequencia 3´UTR desse gene. Dessa forma, contribuiremos com melhor entendimento do controle transcricional e pós-transcricional que ocorre durante a adesão mTECs-timócitos, processo essencial para que ocorra a seleção negativa e indução da tolerância central

O câncer cervical é o segundo tipo de câncer mais comum no mundo e, em países em desenvolvimento, ele lidera as causas de mortalidade por câncer em mulheres. O aparecimento do carcinoma cervical invasivo (CCI) está ligado, exceto raras exceções, à infecção persistente pelo papiloma vírus humano (HPV). Na maioria dos casos, a infecção por HPV é assintomática, porém, em uma pequena porcentagem dos indivíduos infectados surgem lesões de graus variados que são as precursoras do carcinoma cervical. Atualmente são conhecidos mais de 100 tipos de HPV sendo que 40 deles infectam o trato genital. Os tipos que infectam o trato genital são divididos em dois grupos, os de baixo e alto risco. Os de baixo risco, normalmente, levam ao aparecimento de verrugas e não causam lesões, (como os tipos 6 e 11). Já os tipos de alto risco podem causar lesões que levam ao surgimento do câncer (como os tipos 16 e 18). A integração do genoma do HPV ao genoma humano é um dos passos fundamentais na carcinogênese. Após a integração, os genes das proteínas E6 e E7 do HPV são superexpressos. Essas oncoproteínas, por sua vez, funcionam como mediadores na formação do câncer levando a imortalização celular. Apesar de muito progresso nos estudos sobre os HPVs de alto risco, ainda não existe uma terapêutica adequada para o tratamento das lesões e câncer causados por este vírus. Este trabalho tem como objetivo entender as diferenças estruturais entre E6 do HPVs de alto e baixo risco, através de análises de Bioinformática, com enfoque na desordem intrínseca associada a esta proteína

Pretende-se com a criação do núcleo criar condições institucionais que viabilize a estruturação de um grupo de pesquisa constituído de pesquisadores das áreas básicas e clínicas associados a químicos medicinais com objetivo de investigar as Doenças Inflamatórias. As seguintes doenças inflamatórias serão investigadas: infecciosas (leishmaniose, doença de Chagas, paracoccidioidomicose, toxoplasmose, tuberculose, sepse); autoimunes (artrite reumatóide, psoríase, doenças inflamatórias intestinais, pênfigo); alérgicas (asma); vasculares (aterosclerose). A interação de pesquisadores com formações multidisciplinares permitirá o desenvolvimento de projetos de pesquisa translacional, favorecendo a rápida identificação de novos alvos terapêuticos. Isto permitirá o desenvolvimento de novos métodos diagnósticos e/ou novos medicamentos para tratamento destas doenças.

O presente projeto propõe a identificação e avaliação de inibidores sintéticos e naturais contra o veneno de Apis mellifera, abordando os seguintes aspectos: avaliar in silico as possíveis interações entre proteínas do veneno de Apis mellifera e inibidores vegetais e sintéticos pré-selecionados, através da modelagem molecular computacional e ?docking?.

bolsa produtividade

Estudo das atividades biológicas de peptídeos de aranha Parawixia Bistriata