Sonia Cristina da Silva Andrade.

Marine ecosystems are among the most vulnerable on our planet and comprehensiveassessment and conservation of biodiversity is one of the crucial tasks in management ofmarine resources. Molecular tools are proven to be cost effective and precise, they developrapidly complementing and, sometimes, replacing traditional species identification methods.In MARLIN, we aim to develop a network of Norwegian (UiB, NTNU, UiT), Brazilan (UFRJ,UFPR, USP, BrBio), and South African (SU, SANBI) partner institutions and academics leadingin education and research in marine biodiversity with a focus on molecular methods. We furtheraim to enhance the quality of MSc and PhD study programmes in Norway, Brazil and SouthAfrica to meet global communities needs for modern expertise in marine studies helping inunderstanding the impacts of anthropogenic activities in the ocean. By offering six intensiveinternational courses (3NO, 2BR, 1SA), MARLIN will provide comprehensive training in cutting-edge molecular methods targeting curriculum sections in need of improvement for the newgeneration of highly competent young scholars. Student mobility in the form of long-termresearch visits to a partner country and non-academic internships will stimulate integrationof education and research, improve intercultural competence, provide with experience ofindependent work, critical thinking and self-reflection, and improve future employability ofparticipating students. Short-term faculty mobility will strengthen cooperation between partnerresearch groups and provide transfer of knowledge between different academic communities.Faculty from the partner institutions will benefit from expanding their research networks,exchanging research ideas and best teaching and supervision practices, and learning fromcolleagues. New knowledge will be disseminated to the academic community and public viavirtual seminars, guest lectures, conference presentations, scientific publications, participation ineducational festivals, blogging and social media.

Desde os anos 1800, as atividades humanas têm se configurado como as principaiscondutoras e atenuantes das mudanças climáticas. É estimado que nos próximos 20 anos, atemperatura global alcance ou até mesmo ultrapasse 1.5 C. Nesse sentido, com o aumentosignificativo da temperatura na Terra e também da superfície oceânica, bem como da emissãode gases estufa, algumas perguntas vêm se tornando pertinentes: a) de qual maneira e em qualgrau estes eventos afetam o ecossistema marinho? b) como diferentes espécies marinhas secomportam mediante o aumento da temperatura? c) as respostas dos organismos marinhos aoaquecimento climático têm sinais genéticos? Diversos estudos apontam que o aquecimentoclimático provoca, rapidamente, alterações biológicas prejudiciais, bem como mudanças naestrutura ecológica e funcional do ecossistema marinho. Além disso, as variações detemperatura têm causado impactos na distribuição e sobrevivência de espécies marinhas,incluindo os organismos que são produtores primários como as algas. Ao nível genético, oaumento da temperatura influencia a expressão de genes em algas, principalmente daquelesrelacionados a atividades metabólicas. Entretanto, pouco se compreende sobre como algascosmopolitas, que ao longo da história evolutiva desenvolveram características adaptativasque as tornaram capazes de experimentar um alcance abrangente de condições ambientais,respondem às variações de temperatura. As macroalgas da espécie Colpomenia sinuosapossuem uma ampla distribuição e podem ocorrer tanto em ambientes intertidais como emsubtidais. No Brasil, essa espécie pode ocorrer desde a costa litorânea Sul até o Nordeste. Aalta capacidade de dispersão e a evolução de estruturas e estilo de vida para tal tornam essaespécie promissora para estudos evolutivos e adaptativos, principalmente àquelesdesenvolvidos sob o ponto de vista genômico funcional. Diante desse cenário, esse estudoobjetiva complementar a análise demográfica da espécie procurando estabelecer uma relaçãoentre o aumento de temperatura e respostas ao nível transcricional e de distribuição de umaespécie de alga comum em águas tropicais e quentes, C. sinuosa. Inicialmente, objetiva-seanalisar a resposta ao nível genético de C. sinuosa frente a diferentes tratamentos detemperatura por meio de análises de RNA-Seq. Posteriormente, pretende-se estimar oimpacto dos efeitos do aquecimento climático na distribuição desta espécie por meio damodelagem de nicho ecológico.

Inferir como as relacões históricas entre populações naturias se reflete nos padrões de variabilidade genética é um dos desafios da disciplina de genética de paisagens. Essa abordagem permite a compreensão das relações entre a distribuição das populações na matriz geográfica e o fluxo gênico, regulado pelas características ambientais e bionômicas. Um das muitas possibilidades dentro da genética de paisagens marinha é a análise de associação entre os dados dos marcadores genéticos com potencial papel funcional e características descritivas ambientais. Entretanto, essa associação tem um alcance limitado, uma vez que em organismos não modelo a anotação dos locos associados é limitada pelos bancos de dados. Para resolver esse problema, análises comparativas genômicas podem ser empregadas para estudar a base genética da evolução fenotípica/funcional do caráter. Nesse contexto, a presente poposta explora três aspectos potencialmente fundamentais no estabelecimento de uma ponte entre diversidade genética e traços adaptativos em dois ambientes marinhos restritivos e pouco estudados. Primeiramente, caracterizar e entender a um nível genômico/transcriptômico as diferenças interespecíficas da resposta a pressões ambientais. Em segundo lugar, avaliar a distribuição da variabilidade genética acompanhada por dados ambientais e de circulação oceânica. Finalmente, usando abordagens filogenéticas, ferramentas comparativas (PhyloG2P, PhyloAcc), dados genômicos, transcriptomas e marcadores UCEs, serão testadas associações evolutivas entre diversificação de linhagens e traços adaptativos/funcionais, identificando e distinguindo a similaridade causada por evolução convergente da causada pela ancestralidade compartilhada.

Nemertea é um filo composto por animais vermiformes, a maioria marinha e carnívora. Estes
animais são dotados de toxinas, as quais são utilizadas tanto para predação quanto para defesa. Há
cerca de 100 artigos publicados sobre descoberta ou identificação de toxinas nesse grupo. Pouco,
porém, se sabe sobre a diversidade de toxinas presentes neste clado e tampouco sobre sua função exata
na biologia de muitos de seus representantes. Este estudo busca identificar genes candidatos que
codificam toxinas em espécies de nemertinos da costa Brasileira e caracterizar sua diversidade intra e
interespecífica in silico e através da amplificação de regiões candidatas. Serão produzidos os
transcriptomas das espécies analisadas e serão realizadas análises de evolução molecular a fim de se
estimar o possível papel da seleção natural sobre evolução desses genes candidatos de toxinas. Dessa
forma, será possível compreender se há uma padrão de seleção positiva para tentar estimar como isso
pode ser refletido no comportamento de predação de diferentes espécies. Serão analisadas três
representantes de diferentes ordens do grupo, a serem coletados no litoral Norte do estado de São Paulo
(Lineus sanguineus, Nemertopsis bivitatta, Ototyphlonemertes erneba). Em adição, a fim de detectar
funcionalmente a presença de toxinas, será feita uma análise de proteômica do muco de Lineus
sanguineus e Nemertopsis bivittata, para identificação in situ das toxinas, espécies escolhidas por serem abundantes. essa abordagem permitirá um isolamento futuro dos compostos bioativos e melhor
compreensão do comportamento do grupo.

A ordem Mysida é composta por pequenos crustáceos, morfologicamente similares a camarões, mas filogeneticamente muito distante desses. Até então, pouco se estudou sobre a filogeografia dessa ordem que possui grande diversidade. No litoral brasileiro, altamente biodiverso, várias espécies de Mysida ocorrem e pouco se sabe sobre suas distribuições e padrões de diversidade genética na costa. Nesse sentido, esse projeto tem como principais objetivos entender a estruturação populacional de três espécies de misidáceos, bem como seu posicionamento filogenético em relação a outras espécies do grupo, a partir da análise de indivíduos oriundos de praias do sul e sudeste brasileiros. Será realizada também uma análise da morfoanatomia dessas espécies a fim de revisar sua unanimidade através de análises genéticas e morfológicas. Até o momento, não há nenhum trabalho sobre a filogeografia da ordem supracitada no Brasil e, portanto, o trabalho visa contribuir para o melhor conhecimento desse grupo pouco estudado, sua distribuição, história evolutiva e conectividade entre as populações.

A ordem Mysida é composta por pequenos crustáceos, morfologicamente similares a camarões, mas filogeneticamente muito distante desses. Até então, pouco se estudou sobre a filogeografia dessa ordem que possui grande diversidade. No litoral brasileiro, altamente biodiverso, várias espécies de Mysida ocorrem e pouco se sabe sobre suas distribuições e padrões de diversidade genética na costa. Nesse sentido, esse projeto tem como principais objetivos entender a estruturação populacional de três espécies de misidáceos, bem como seu posicionamento filogenético em relação a outras espécies do grupo, a partir da análise de indivíduos oriundos de praias do sul e sudeste brasileiros. Será realizada também uma análise da morfoanatomia dessas espécies a fim de revisar sua unanimidade através de análises genéticas e morfológicas. Até o momento, não há nenhum trabalho sobre a filogeografia da ordem supracitada no Brasil e, portanto, o trabalho visa contribuir para o melhor conhecimento desse grupo pouco estudado, sua distribuição, história evolutiva e conectividade entre as populações.

Resumo em Português 	As lianas são um componente da biota muito expressivo na flora dos trópicos, podendo até mesmo ser majoritárias em riqueza de espécies e biomassa. Apesar de sua importância, são ainda pouco entendidas pela ciência Botânica e, muitas vezes, são vistas como um elemento perturbador ou acessório nas florestas. Esta equipe vê as lianas como um importante componente da comunidade florestal, e destaca questões de alta relevância científica ainda por resolver: 1. Quais os mecanismos gênicos que regulam a parada da formação do xilema autossuportante e o início da formação da síndrome vascular lianescente; 2. Como as distintas arquiteturas anatômicas das lianas estão relacionadas com a biomecânica e condutividade hídrica do sistema vascular; 3. Como a dinâmica de crescimento das lianas pode ser modelado por seus aspectos funcionais; 4. Qual o impacto de quedas de lianas do dossel sobre a sua mortalidade, regeneração (capacidade de rebrote) e sua relação com atributos anatômicos. Consideradas essas questões, o presente projeto propõe uma abordagem ao mesmo tempo ampla e detalhada, para preencher numerosas lacunas na biologia das lianas, com o estudo de 16 espécies englobando as famílias Bignoniaceae e Leguminosae. Isso será feito com duas escalas de abordagem: uma que possui um escopo global, como o entendimento dos aspectos funcionais e biomecânicos do sistema vascular relacionados com sua anatomia lianescente e sua dinâmica de crescimento. Em uma segunda escala, será utilizada uma espécie modelo (Bignonia magnifica, Bignoniaceae) para explorar conhecimentos inovadores na regulação gênica da formação da síndrome vascular lianescente de seu xilema. O resultado final será a geração e disponibilização de um corpo robusto e integrado de conhecimentos para a comunidade acadêmica e público em geral, envolvendo aspectos gênicos, anatômicos e ecofuncionais.

O presente projeto tem como objetivo avaliar a distribuição da variabilidade genética e os padrões de conectividade em duas espécies de invertebrados que habitam o costão rochoso ao longo da costa Sudeste do Brasil através da prospecção de locos de SNPs (single nucleotide polymorphism). A caracterização dessa variabilidade será realizada em conjunto com a obtenção de dados bióticos e abióticos e os resultados serão comparados aos obtidos por modelos de circulação oceânica para a região. Como essa variabilidade está distribuída em uma pequena escala será também avaliado de forma funcional na espécie de gastrópode Littoraria flava. Através da análise de RNASeq, genes diferencialmente expressos em amostras presentes em diferentes ambientes do costão rochoso serão identificados e anotados. As alterações encontradas nos padrões de expressão podem estar envolvidas com mudanças em características de interesse, sejam fisiológicas, morfológicas ou de desenvolvimento. Será então investigado se essas alterações em genes específicos estão relacionadas à adaptação local e qual seu significado no contexto ambiental. Através das duas abordagens mencionadas será possível identificar genes com um papel importante na adaptação em diferentes escalas geográficas através da identificação de locos sob seleção.

Os sistemas de produção de carne têm utilizado dados obtidos a partir de estudos genéticos para desenvolver e estimar métodos de seleção mais adequados para o melhoramento da carne. Alguns rebanhos, devido à domesticação, sofrem intensa seleção fenotípica, resultando em grandes mudanças em regiões genômicas específicas em poucas gerações. Assim, para averiguar a efetividade do processo de seleção, é preciso acompanhar o desenvolvimento dos rebanhos, estudando as características de interesse que se encontram sob seleção direta. Abordagens com enfoque na biologia evolutiva da raça Nelore ? gado domesticado, responsável por 70% do gado zebu registrado no Brasil - são escassas. Utilizando dados do transcriptoma previamente obtido para o Projeto Temático ?Bases moleculares da qualidade da carne em bovinos da raça Nelore? (processo 2012/23638-8), será utilizada uma abordagem genética evolutiva para avaliar a relação de Nelore com suas espécies parentais e a identificação de possíveis genes sob seleção. Dentre os genes que estão sob seleção, identificar os que participam de funções metabólicas importantes que poderiam ser relacionadas com a qualidade da carne.

The communities of animals living in the interstices between sand grains of marine bottoms, collectively called meiofauna, constitute one of the most diverse realms of the world, but still largely unexplored and mostly in shallow, coastal areas.This project aims to study the diversity of deep-sea meiofauna from the Gulf of California using morphological and molecular tools, with harpacticoid copepods and kinorhynchs as specific subjects of study. The main objectives can be summarized as follows:
.-To establish an international, multidisciplinary research team, stable in the long term.
.-To increase our knowledge about the diversity of deep-sea meiofauna. 
.-To attract and train new generations of Iberoamerican taxonomists and ecologists.
.-To stablish solid bases for future joint projects about the meiofauna of Mexico and South America.

Nemertíneos são animais vermiformes caracterizados por possuírem uma probóscide eversível alojada em uma cavidade celômica, a rincocele. Devido ao limitado número de caracteres morfológicos diagnósticos e a convergência adaptativa em alguns taxa, são encontrados complexos de espécies crípticas. Nesse contexto, análises moleculares têm sido muito utilizadas para delimitar espécies, permitindo avaliar a relação entre e dentro dos morfotipos. Fatores demográficos e geográficos tem grande influência sobre a distribuição e conectividade entre populações animais. Características bionômicas, como o modo reprodutivo, também tem um papel importante nos padrões de fluxo gênico entre as populações. Estudos envolvendo todos esses fatores são escassos e, até o momento, nenhum foi realizado com nemertíneos, um grupo ecologicamente importante e de ampla distribuição. Estudar os padrões de fluxo gênico em espécies de nemertíneos que apresentam variadas capacidades dispersoras é imprescindível para melhor compreensão da história de suas populações e de cada espécie. As espécies Tubulanus rhabdotus e Nemertopsis bivittata apresentam ampla distribuição na costa brasileira e diferentes tipos de desenvolvimento, por isso podem ser modelos interessantes para estudos populacionais, assim como verificação da presença de espécies crípticas. Dessa forma, o presente estudo tem como objetivo analisar de que forma o modo reprodutivo e distribuição ambiental influenciam na estruturação populacional e nos padrões de fluxo gênico de T. rhabdotus (desenvolvimento indireto) e N. bivittata (desenvolvimento direto), além de avaliar a validade dessas espécies. O estudo também visa, através do uso de modelos obtidos em outro estudo, descobrir o papel da circulação oceânica no isolamento dessas populações. Por fim, a análise de estruturação genética será complementada através da avaliação da expressão gênica de regiões que podem estar sob seleção relacionada à adaptação ambiental. Para tanto serão realizadas coletas ao longo da costa brasileira, sendo as análises genéticas realizadas através de técnicas de GBS (Genotyping-by-sequence) e qPCR (PCR em tempo real).

Trata-se de projeto temático aprovado pela FAPESP para desenvolvimento em cinco anos (2011 a 2016). Sumário: O metabolismo ácido das crassuláceas (CAM) é um dos três tipos possíveis de assimilação do carbono atmosférico (CO2) via fotossíntese. As plantas CAM têm sua eficiência no uso da água aumentada, constituindo uma importante adaptação fisiológica que permite às plantas ocuparem hábitats caracterizados por uma disponibilidade hídrica intermitente, como o epífito. Este projeto tem como principal meta estudar a indução e modulação da expressão do CAM por fatores ambientais (estresses hídrico ou nutricional) em uma espécie de bromélia epífita com tanque, Guzmania monostachia, que apresenta fotossíntese do tipo C3-CAM facultativa. Os mecanismos pelos quais os fatores ambientais provocam mudanças no tipo de fotossíntese é uma área até hoje pouco investigada, conferindo vital importância a novos estudos acerca das cascatas de transdução dos sinais ambientais que levam a modulações bioquímicas, bem como de expressão gênica específica. A caracterização dos genes diferencialmente transcritos em uma espécie C3-CAM facultativa sob diferentes condições ambientais abrirá grandes perspectivas de trabalho. Dentre os sinais endógenos, especial atenção será conferida aos fitormônios (ácido abscísico e citocininas), óxido nítrico, S-nitrosotióis e espécies reativas de oxigênio. Serão caracterizadas as mudanças de C3 para CAM em folhas em diferentes estágios do desenvolvimento, provenientes de plantas em diferentes fases ontogenéticas. A integração entre os metabolismos de C e N também será estudada, uma vez que diferentes fontes nitrogenadas estão usualmente disponíveis no ambiente epífito, acarretando, por parte das bromélias, estratégias de absorção e assimilação do nitrogênio bastante peculiares e em consonância com o tipo de fotossíntese realizado. No caso da uréia, seguindo-se a hidrólise pela urease endógena, sua importância será avaliada tanto como fonte orgânica de N, q.