Fernando Segato.

Com este projeto temos o objetivo de contribuir para a formação dos estudantes em assuntos educacionais e científicos por meio do desenvolvimento de um curso a ser publicado em uma plataforma on line (Parceria com a Pró-Reitoria de Pesquisa da Universidade de São Paulo e o Coursera), que servirá também para a formação de alunos de diversas áreas do conhecimento que desejam saber um pouco mais sobre biologia sintética. Os estudantes terão que elaborar, com o acompanhamento do orientador, os materiais didáticos e possíveis atividades a serem utilizadas no curso, além de ficarem responsáveis pelas gravações, edições e postagem das vídeo-aulas.

Este projeto faz parte de um acordo de cooperação que resultou na chamada conjunta FAPESP, CONFAP e Wallonie-Bruxelles International (WBI). Sendo assim, permite a pesquisa conjunta entre os pesquisadores Dr. David Cannella da Université libre de Bruxelles (CPBL-BioCat), Dr. Fernando Segato, Dra. Gabriela Berto e a Dra. Adriane Milagres (SyMBLab) da Universidade de São Paulo (USP), para desenvolver um coquetel enzimático utilizando como substrato a hemicelulose obtida do bagaço da cana-de-açúcar para produzir biomoléculas que possam atuar como bioestimulantes para a autodefesa das plantas. O coquetel incluiria uma mistura de enzimas hidrolíticas e oxidativas de vários fungos filamentosos que já foram expressos heterólogamente e fazem parte de uma biblioteca de proteínas gerada no SyMBLab. O bagaço de cana seria pré-tratado com ácido diluído visando a extração de polímeros de xilanas e esta biomassa seria moldada por reações enzimáticas hidrolíticas-oxidativas em cascata. No BioCat, foram estabelecidos os protocolos para avaliação da proteção de plantas contra Botrytis cinerea e Pseudomonas syringae usando plantas modelo Arabidopsis thaliana e as culturas.

Lignocelulose é fonte abundante de polissacarídeos que podem ser explorados como matéria-prima renovável para a produção de biocombustíveis e outros compostos de interesse. A conversão da lignocelulose em suas unidades é um processo lento e de alto custo, portanto, vários esforços ainda são necessários para que se torne um processo viável. Recentemente, os coquetéis enzimáticos disponibilizavam em sua composição, enzimas hidrolíticas que agiam nos componentes da lignocelulose, as quais não agem de maneira eficiente nas regiões cristalinas da celulose cristalina e na lignina. Nos últimos anos foram descritas proteínas oxidativas que exercem o papel de enzimas auxiliares, agindo diretamente sobre a celulose cristalina sendo estas denominadas como LPMOs. Estas enzimas passaram a ser adicionadas aos coquetéis disponíveis, melhorando a sua performance e tem sido alvo de diferentes estudos relacionados a seu modo de ação e de interação com o substrato e com doadores de elétrons, entre estes, a enzima CDH. Ao analisar a sequencia de aminoácidos de LPMOs de diferentes fungos filamentosos, foram encontradas regiões extras a até então estrutura descrita. Análises da interação de CDHs com estas LPMOs por molecular docking apontou estas regiões como região de ancoragem para a via de transferência de elétrons. Uma vez que seguimos desenvolvendo um fungo filamentoso para a produção de enzimas, a atual proposta visará 1) entender o mecanismo de acoplamento entre CDH e LPMO, assim como descrever a via de transferência de elétrons para o cobre do sítio-ativo; 2) utilizar um sistema de RNAi multiplex para melhorar a produção de proteínas em fungo filamentoso; 3) inserir as proteínas sinteticamente modificadas a partir da análises computacionais prévias em nosso sistema de expressão de modo a melhorar a sacarificação da biomassa, assim como, propor o uso destas em biosensores.

O Núcleo NPOP-SP PBIS tem como Missão ?Desenvolver a indústria de alimentos do Estado de São Paulo com integração dos sistemas produtivos, uso de matérias- primas nacionais e aproveitamento de subprodutos e descartes, através da aplicação de processos biotecnológicos sustentáveis para produção de alimentos?.
O Brasil em geral e especificamente o Estado de São Paulo são gigantes de produção agrícola, com a projeção mundial. Entretanto, as tecnologias de aproveitamento de resíduos de produção agrícola e a produção de alimentos saudáveis ainda estão aquém do nível desejado. Por outro lado, o contínuo crescimento de doenças relacionadas aos distúrbios de metabolismo provocadas pela alimentação, sedentarismo e obesidade apresenta um peso crescente sobre sistemas de saúde e despesas relacionadas as doenças. A proposta deste projeto é estabelecer e aprimorar quatro plataformas biotecnologias integradas (PBI) que visam a produção de alimentos saudáveis, por redução do valor calórico, redução do risco de doenças degenerativas e inserção de ingredientes promotores da saúde. A PBI-I consiste no desenvolvimento de lipídios estruturados de baixo valor calórico obtidos por interesterificação enzimática e concentração de ácido behênico, modelando o triacilglicerol para obter lipídeos com potencial para diferentes aplicações tecnológicas. A PBI- II prevê a obtenção de compostos fenólicos bioativos por processos biotecnológicos a partir de subprodutos e excedentes agroindustriais. Estes bioprocessos podem ser desenhados para minimizar o uso de solventes orgânicos na extração, assim como, modificar a estrutura química dos compostos para elevar a bioatividade e biodisponibilidade. A PBI-III propõe estabelecer uma plataforma para identificação, caracterização bioquímica e estrutural continua de novas enzimas a partir de estudos (meta) genômicos e transcriptômicos de comunidades microbianas, visando a produção prebióticos (XOS, MOS, beta-glucano, etc). Produzirá também proteínas recombinantes em grandes quantidades (fábricas celulares), focando em produção de proteínas doces, substitutos saudáveis de açúcar. Os testes de aplicação dos ingredientes inovadores desenvolvidos nas Plataformas Biotecnológicas em produtos alimentícios serão realizados em escala piloto, nas plantas instaladas no Instituto de Tecnologia de Alimentos (Ital). Serão empregados equipamentos similares ou com características próximas aos existentes em linhas industriais, de forma a manter os padrões exigidos para produtos comerciais. Uma vez comprovadas as viabilidades técnica, econômica e comercial serão realizados estudo de estabilidade dos alimentos desenvolvidos e testes pré-clinicos visando validar os aspectos de saudabilidade/funcionalidade alegados para os novos produtos. Cabe ressaltar que a produção e viabilização técnica de ingredientes funcionais de alta performance, exige uma associação entre grupos de pesquisa com expertises diversas, num ambiente colaborativo, e em contato direto com o setor industrial.

Recently, enzymes with oxidative mechanisms acting straight on crystalline cellulose have been described as LPMOs. Since that, these enzymes have been added to the commercial cocktails boosting their performance, making them the focus of several studies, such as: mode of action, interaction with substrate and electron donors including the enzyme CDH. Through the analysis of amino acid sequence of LPMOs from different filamentous fungi, an extra-region was found in the structure described so far. Previous computational analysis of the interaction between CDHs and LPMOs provided evidenced that these extra-regions may serve as anchor location to the CDH for electron transfer pathway. This project would combine the talents of two researchers, Dr. Sam Hay of the University of Manchester and Dr. Fernando Segato of the University of São Paulo, to study the coupling mechanism between CDH and LPMO, as well as describe the electron transfer pathway to the copper active site at the LPMO using computational and synthetic biology approaches to create and insert the synthetically modified proteins from previous computational analysis which will be performed by Hay's Lab into the expression system previous developed by Segato's Lab in order to improve the biomass saccharification. Each principal investigator (Pi) and post-doc will visit each other's institution twice. In the first year, the main lab experiments will be conducted and in the second year, each Pi and post-doc will train the other group in their area of specialization.

O Brasil é o maior produtor de cana-de-açúcar do mundo e gera uma grande quantidade de bagaço e resíduos de colheita que poderiam ser utilizados na produção de etanol de segunda geração a partir da celulose, principal fonte de glicose destes resíduos. Porém, assim como outros substratos lignocelulósicos, estes materiais são extremamente recalcitrantes, o que impede o acesso à celulose de forma economicamente viável. Vários métodos têm sido estudados para contornar a recalcitrância destes materiais. Pré-tratamentos com ácidos e bases fortes, altas temperaturas, por exemplo, são eficientes, porém exigem equipamentos caros e altos custos de operação. Coquetéis constituídos de enzimas eficientes para a sacarificação da biomassa são capazes de atuar em condições amenas, mas o rendimento obtido ainda é insuficiente. Os principais coquetéis comerciais, por muito tempo, foram compostos de três tipos principais de enzimas hidrolíticas para a hidrólise da celulose, exoglucanases, endoglucanases e β-glucosidases. Contudo, enzimas capazes de degradar a celulose por mecanismo oxidativo foram descritas recentemente, sendo elas as monoxigenases líticas de polissacarídeos, ou LPMOs. Estas enzimas utilizam cobre como cofator e, em uma reação envolvendo oxigênio molecular, ou peróxido de hidrogênio, e dois elétrons provenientes de um agente redutor, são capazes de oxidar o carbono C1 e/ou C4 da ligação glicosídica de diversos polissacarídeos além da celulose, como quitina, amido e também xiloglucano. Por serem capazes de atuarem nas regiões cristalinas de difícil acesso da celulose, sua sinergia com enzimas hidrolíticas aumentou o rendimento de coquetéis enzimáticos, diminuindo a dependência de pré-tratamentos severos e altamente custosos. Entretanto, estudos recentes sugerem que há ajustes finos nas LPMOs que as tornam mais apropriadas para determinados substratos.
Portanto, coquetéis enzimáticos devem ser desenvolvidos para substratos específicos. Estudos de transcriptoma e de secretoma realizados pelo nosso grupo de pesquisa com fungos filamentosos (Thielavia
terrestris, Myceliophthora thermophila, Aspergillus fumigatus var niveus, Malbranchea pulchella, e Laetiporus sulphureus), cultivados na presença de bagaço de cana como única fonte de carbono, identificaram alguns genes que codificam LPMOs AA9 que foram expressas em maiores níveis em relação a outras LPMOs identificadas no genoma, o que indica que elas podem ser mais adequadas para a degradação deste substrato específico.

The detection of chemicals such as endocrine disruptors (EDCs) in water bodies is increasing. Generally, these compounds are known, as estrogens shows high toxicity in fishes causing long-term harmful effects in humans and other animals. Due to the lack of effective treatment in effluents to removal these micro pollutants have led to the contamination of waters reservoirs and continuously returning to the environment. Our team proposal goal was the development of a method to be used in the degradation of these estrogens in the water. To remove these micro-contaminants from water we cloned and expressed a genetically engineered laccase from filamentous fungi. Laccases are copper-containing enzymes acting in the oxidation of a range of phenolic substrates including EDCs. We plan to explore laccases as model enzymes to be explored as environmentally friend bio catalyzers in the biodegradation of these compounds in water treatments stations, improving water quality.

Production of fuels and chemicals from renewable lignocellulosic biomass is difficult due to its recalcitrance to deconstruction. This recalcitrance is mostly due to presence of lignin in plant cell walls. Lignin is disrupted and/or removed from plant cell walls through expensive physicochemical pretreatments that use harsh chemicals, high temperatures and high pressures. Lignin in lignocellulosic biomass is resistant to attack by most organisms; however, white rot fungi produce a number of enzymes that can degrade lignin. This project would combine the talents of two researchers, Dr. Mark Wilkins of the University of Nebraska-Lincoln and Dr. Fernando Segato of the University of Sao Paulo, to develop an enzyme cocktail that degrades lignin, cellulose and hemicellulose to produce sugars that can be fermented by microbes to produce fuels and chemicals. The cocktail would include lignin-degrading enzymes from Myceliophthora thermophila that have been heterologously expressed by the Segato lab. Sugarcane bagasse and corn stover would be pretreated using liquid, hot water pretreatment with various degrees of severity in Wilkins lab, and then this biomass would be hydrolyzed using various combinations of lignin-degrading enzymes and cellulase. A response surface design would be used to optimize the enzyme cocktail. Each PD will visit each other's institution twice. In the first year, the main lab experiments will be conducted and in the second year, each PD will train the other PD in their area of specialization.

This project focuses on the production of alkanes with an genetic modified Escherichia coli resistant to fatty acid. Alkanes are key components of petroleum diesel, however, biodiesel molecules produced by transesterification are oxygen-rich and the combustion of these esters cause malfunction and corrosion in regular engines. The development of a biodiesel free of oxygen chemically similar to the petroleum based fuel is essential to expand the lifetime of engines using the concept of drop-in. A membrane resistant to fatty acids is important for using vegetal oils as the source material and this resistance will be provided by tocopherol. The USP-EEL-BRAZIL team is composed of undergraduate and graduate students. In the long run term, the USP-EEL-BRAZIL team expects to develop a genetic circuit for Industrial biodiesel production.

O presente projeto tem como objetivo gerar conhecimento integrado sobre as origens da recalcitrância da biomassa de cana-de-açúcar. Em função deste conhecimento pretende-se desenhar processos inovadores de conversão de biomassa dentro do conceito contemporâneo das biorrefinarias. A deposição de paredes celulares secundárias será avaliada em função do estágio de maturação das plantas com teores contrastantes de componentes. Serão avaliados o processo de lignificação e a de deposição de hemicelulose. A lignificação será ainda avaliada pelo nível de expressão de genes codificadores de enzimas envolvidas na biossíntese de monolignóis. A digestibilidade direta das amostras geradas será avaliada e avaliação dos dados gerados permitirá direcionar as etapas subsequentes de desenho de bioprocessos destinados à conversão da biomassa da cana em produtos de interesse tecnológico dentro do contexto contemporâneo das biorrefinarias. Está previsto que processos amenos de pré-tratamento baseados na ação deslignificante do sulfito alcalino ou na ação seletiva de ácidos diluídos sobre a hemicelulose possam gerar substratos aptos à bioconversão por xilanases para a preparação de oligossacarídeos e posteriormente por celulases para a produção de hidrolisados fermentescíveis. Estudos de secretômica de fungos degradadores de madeira permitirão buscar novas enzimas hidrolíticas para o tratamento dos substratos gerados. A avaliação econômica e ambiental de processos desenhados com as bases científicas geradas no projeto permitirá ainda verificar os benefícios obtidos com o emprego de plantas selecionadas por apresentar baixa recalcitrância e como a eficiência de cada pré-tratamento pode ser maximizada a partir do emprego destas plantas

A biomassa lignocelulósica é uma fonte abundante de polissacarídeos que podem ser utilizados como matéria-prima renovável para a produção de biocombustíveis e outros compostos. A conversão destes polissacarídeos em açúcares fermentescíveis por via enzimática ainda é um processo lento e de alto custo, portanto, um processo rápido e eficiente ainda esta para ser descoberto. Até pouco tempo atrás, os preparos comerciais disponíveis disponibilizavam em seu repertório, enzimas que dispunham do mecanismo ácido-base para hidrolisar os componentes da lignocelulose, as quais não são eficientes para quebrar a celulose cristalina e a lignina. Recentemente foram descobertas enzimas que apresentam mecanismos oxidativos, as quais funcionam como enzimas auxiliares, agindo diretamente sobre a celulose cristalina, denominadas LPMOs. Estas enzimas passaram a ser adicionadas aos coquetéis disponíveis, melhorando a sua performance. Ao analisar o secretoma dos fungos termofílicos Aspergillus niveus e Myceliophthora thermophila, verificamos que estes microrganismos dispõem de mecanismos diferentes (hidrolítico e oxidativo respectivamente), para degradar a lignocelulose. Quando os extratos enzimáticos das duas espécies foram misturados, a atividade enzimática testada em bagaço de cana foi aumentada em mais de cinco vezes. Portanto, esta proposta visará 1) descobrir novas proteínas oxidativas, aceptoras de elétrons, obtidas do fungo termofílico M. thermophila, que participem em combinação com os mecanismos ácido-base na degradação da biomassa lignocelulósica, seguida pela caracterização bioquímica e estrutural; 2) Desenvolver um sistema de expressão multigênico para A. niveus a partir de BioBricks pré-definidos usando o método de Assembly de Gibson; 3) combinar as ações sinérgicas oxidativas e hidrolíticas de dois microrganismos em uma única célula com características termofílicas e estudar os efeitos desta complementação durante o curso de degradação da biomassa lignocelulósica.

Visando explorar a utilização dos polissacarídeos que compõem a parede celular como fonte renovável para a produção de biocombustiveis e outros bio-derivados, um repertório complexo de enzimas hidrolíticas faz-se necessário. O objetivo desta proposta é estudar enzimas temofílicas e proteínas associadas na digestão de materiais lignocelulósicos. A prospecção destas enzimas será abordada com ferramentas de secretoma e transcriptoma a qual contemplará com a formação de uma biblioteca enzimática provinda de fungos termofílicos. Objetivamos contribuir para melhor compreensão de relações entre a estrutura e função destas macromoléculas, através de estudos funcionais e estruturais das enzimas recombinantes obtidas usando técnicas de cristalografia de proteínas e de espalhamento de raios-X a baixo ângulo e fornecer subsídios para desenvolvimento de coquetéis enzimáticos para hidrólise enzimática de biomassa lignocelulósica

A degradação enzimática ráp dos polissacarídeos que compõem a parede celular das plantas é atualmente um grande desafio para a produção de biocombustíveis. Um dos requisitos para que isso ocorra de maneira eficiente é a disponibilidade de enzimas que hidrolisam celulose, hemicelulose e outros polissacarídeos em açúcares fermentescíveis em condições adequadas para a utilização industrial. A implantação de enzimas mais termoestáveis adicionaria ao processo menores chances de contaminação dos reatores além de vantagens como aumento da taxa de hidrólise, diminuição da viscosidade e maior transferência de massa. Concomitantemente, contribui-se para melhor compreensão das relações entre a estrutura e função destas macromoléculas termoestáveis. Dessa forma, objetiva-se nesta proposta investigar enzimas termofílicas e proteínas associadas na digestação da biomassa provinda de fungos termofílicos. A prospecção destas enzimas será abordada com ferramentas de secretoma e transcriptoma a qual contemplará com a formação de uma biblioteca enzimática. Através de estudos funcionais e estruturais das enzimas recombinantes obtidas usando técnicas de cristalografia de proteínas e de espalhamento de raios-X a baixo ângulo, intenta-se fornecer subsídios para desenvolvimento de coquetéis enzimáticos para hidrólise da biomassa lignocelulósica.

The growing concern over the increase in fuel prices, emissions of gases that cause the greenhouse effect and especially oil shortages, has strengthened more interest in technologies that aim to achieve sustainable energy generation and fuel other products from renewable sources. In this context, the term biorefinery emerged as a promising option for various segments, the concept similar to oil refinery, except that it is based exclusively on the conversion of raw materials originated from biomass, instead of the traditional use of crude oil. The lignocellulosic materials are abundant and provide the biosphere, stored energy at low cost. However, the conversion of biomass into simple sugars is slow and cumbersome, mainly due to the recalcitrance and the complex forming polymers heterogeneity of the plant cell wall. Lignocellulosic biomass must go through an intensive pre-treatment process after which enzymes should be used to degrade cell wall polysaccharides into simple sugars suitable for fermentation and production of bioethanol. Aiming exploit the use of polysaccharides, which make up the cell wall as a renewable source for producing biofuels and other bio-products, a complex repertoire of hydrolytic enzymes, is necessary. The objective of this proposal is discover new enzymes and associated proteins involved on lignocellulosic materials digestion. The exploration of these enzymes will be addressed with metatranscriptomic and metaproteomic tools, which will include the formation of an enzyme library of not conventionally cultivable microorganisms. In addition the study will contribute to the field of biotechnology through functional and structural studies of obtained recombinant proteins and the development of enzymatic cocktails from the recombinant enzymes expressed in filamentous fungus.

Eukaryotic cells target specific proteins for secretion and fungi are used in industry to secrete and accumulate commercially useful proteins. Secretion and accumulation is dependent on posttranslational modifications and in many heterologous gene expression cases, high-yield of secretion is not observed. Two main posttranslational events interfere with protein secretion, glycosylation and proteolysis, whereas misguided glycosylation halts secretion and proteases degrade the protein of interest preventing accumulation. Here, we propose to understand key posttranslational modifications that interfere with the protein export pathway as well as the extracellular proteases involved in client protein degradation in the model organism Aspergillus nidulans. By recognizing the molecular events that inhibit secretion and promote proteolysis, we shall be able to reengineer the protein amino acid sequence to maximize secretion, and redesign production strains that entirely evade proteolysis of client proteins

Lignocelulose da parede celular vegetal é fonte abundante e renovável de energia e materiais, tendo potencial para substituir parte significativa do petróleo e seus derivados. O aproveitamento da lignocelulose em biorefinarias pretende obter diversos produtos da mesma matéria-prima, tal qual a refinaria tradicional faz com o petróleo. Dentre as possíveis rotas de conversão da lignocelulose, a rota enzimática é extremamente promissora. No entanto, a interação das enzimas ligno-hemicelulósicas com a biomassa celulósica é ainda pouco compreendida. Nesse contexto, este projeto desenvolve diversas ferramentas para biorefinarias de lignocelulose, com foco na conversão enzimática de bagaço e palha da cana-de-açúcar. As ferramentas que serão desenvolvidas incluem: i) protocolos analíticos de caracterização ultra-estrutural dos substratos celulósicos; ii) produção de novas enzimas (recombinantes e nativas) e coquetéis enzimáticos devidamente caracterizados bioquimicamente; iii) mapeamento das relações enzima-substrato para fins de otimização de processos de hidrólise enzimática, considerando as particularidades de cada substrato.

All living cells target specific proteins for secretion and extracellular accumulation. Fungi are industrial
workhorses of secretion, where commercially useful proteins are targeted for secretion and high-yield
accumulation. However, high-yield protein secretion and accumulation are amino-acid sequence context
dependent and in many cases, more often than not, high-yield of secretion is not observed.
Posttranslational protein modification reactions along the secretory pathway are the most likely elicitors
that affect the extracellular accumulation of proteins. It is often assumed that endoplasmic reticulum
protein translocation and all chemical modifications such as N-glycosylation, O-glycosylation, chaperone
assisted protein folding and the unfolded protein response are universal - from bakers yeast to mammalian
cells. However there are significant differences among the ability to secrete a protein and the type of
posttranslational modification that a given organism operates to decorate extracellular proteins.

Enzymatic degradation of biomass is a complicated and lengthy process, taking a multitude of microbes and enzymes years to accomplish in the natural environment. As biomass conversion to feedstock sugars continues to move towards the fore-front of the biofuels industry, an overriding barrier is the inherent recalcitrance of biomass. Much of this resistance to degradation is intrinsic to the complex heterogeneity in the polymers comprising plant cell walls. The objective of this project is to provide cloned genes for heterologous expression system, such as bacteria, yeast, and filamentous fungi, of variety of enzyme activities needed to hydrolyzed native and variably pretreated biomass.

We have put together a team of fundamental and applied researchers to address two of the goals of the primary research program of the Oklahoma Bioenergy Center. Our goal is to use a Fundamental Plant Science approach, including cell-wall biology research to understand recalcitrance in plant cell-walls for purposes of improved conversion efficiency and to develop improved conversion technologies. We propose to characterize polysaccharide-degrading enzymes from thermo-tolerant fungi that have already been shown to be effective degraders of plant cell walls. Enzymes that have high potential to be useful for lignocellulose degradation will be expressed in a suitable expression system (yeast, a filamentous fungus, or E. coli) and their activities characterized on known polymers..

The goal of the proposed study is to develop enzymes to hydrolyze hemicelluloses and cleave linkages between lignin and hemicelluloses in sorghum stover cell walls, thereby making the cellulose more accessible to cellulases and allowing recovery of pentoses from the hemicellulose with minimal production of fermentation inhibitors (a problem with most pretreatments). Our objectives will be: 1) to determine using custom microarrays the expression levels of all recognized enzymes active in polysaccharide and lignin degradation by two fungal species, Aspergillus nidulans and Phanerochaete chrysosporium, during growth on untreated sorghum stover, 2) to determine what components of stover are being degraded or modified (and to what extent) during the growth of the fungus, 3) to construct Pichia pastoris clones expressing the enzymes from A. nidulans and P. chrysosporium that appear to be involved in the disentrapment of cellulose, and 4) to apply enzymes produced by P. pastoris clones to untreated and hot water pretreated sorghum stover and measure the effect on yield of glucose from cellulose using commercial cellulases.

A regulação da expressão gênica é vital para todos os organismos e é especialmente requerida pelos fungos, para que eles se adaptem rapidamente às condições de estresse celular, como por exemplo quando infectam o hospedeiro ou quando são submetidos a drogas antifúngicas. Estes mecanismos adaptativos são extremamente complexos e a maioria deles não está completamente esclarecida. O presente projeto tem como objetivo continuar e ampliar nossa linha de pesquisa na tentativa de elucidar as vias metabólicas ou processos celulares que permitem aos fungos sobreviverem em condições adversas. Além disto, pretendemos identificar genes que estejam envolvidos na patogenicidade e portanto possam se tornar alvos para o desenvolvimento de novas drogas antifúngicas. Para isto serão utilizados preferencialmente o fungo modelo Aspergillus nidulans e o dermatófito Trichophyton rubrum. Um fator determinante na invasão e utilização dos tecidos do hospedeiro pelos fungos é a secreção enzimática, que é freqüentemente regulada pelo pH ambiente. Conseqüentemente, os mecanismos de patogenicidade ou mesmo de resistência a inibidores são provavelmente dependentes direta ou indiretamente do monitoramento do pH ambiente. Portanto, o conhecimento dos mecanismos que regulam a expressão/secreção de enzimas envolvidas na patogenicidade, bem como daqueles responsáveis pela resistência a inibidores será fundamental na busca de novas estratégias terapêuticas, na revelação de novos alvos de drogas e portanto, no controle de microrganismos indesejáveis para o homem. Para atingir estes objetivos serão desenvolvidos os três sub-projetos resumidos abaixo: 1. Mecanismos de resistência a agentes inibidores. 2. Regulação gênica em resposta ao pH ambiente. 3. Infecção experimental de T. rubrum em animais.

contribuir para o entendimento das bases moleculares da resistência às drogas acriflavina, griseofulvina e terbinafina em fungos e identificar genes (ESTs) de expressão diferencial que potencialmente possam ser utilizados como alvos terapêuticos.

Projeto Genoma promovido pela FAPESP

Projeto de sequenciamento completo da Xanthomonas axonopodis pv. citri, bactéria causadora do cancro cítrico