Otavio Henrique Thiemann.

O Projeto Rondon, sob coordenação do Ministério da Defesa, é conduzido em estreita parceria com o Ministério da Educação, o Ministério do Desenvolvimento Social e Agrário, o Ministério da Saúde, o Ministério do Meio Ambiente, o Ministério da Integração Nacional, o Ministério do Esporte e a Secretaria de Governo da Presidência da República.
É uma ação interministerial do Governo Federal realizada em coordenação com os Governos Estadual e Municipal que, em parceria com as Instituições de Ensino Superior, reconhecidas pelo Ministério da Educação, visa a somar esforços com as lideranças comunitárias e com a população, a fim de contribuir com o desenvolvimento local sustentável e na construção e promoção da cidadania.
O Projeto Rondon prioriza, assim, desenvolver ações que tragam benefícios permanentes para as comunidades, principalmente as relacionadas com, a melhoria do bem estar social e a capacitação da gestão pública. Busca, ainda, consolidar no universitário brasileiro o sentido de responsabilidade social, coletiva, em prol da cidadania, do desenvolvimento e da defesa dos interesses nacionais, contribuindo na sua formação acadêmica e proporcionando-lhe o conhecimento da realidade brasileira.

A collaborative research project between Durham University (UK), Laboratório Nacional de Biociências (LNBiO, Brazil) and (USP, Brazil)

Naegleria, Acanthamoeba, Sappinia and Balamuthia comprise the most studied genera of the Free Living Amoeba (FLA) group, whose protists have a worldwide distribution being recovered from either soil or freshwater samples. They are capable of causing serious and fatal infections in humans. However, little is known about the biodiversity of FLA in general and of the incidence of the pathogenic FLA in Brazil. Thereby, this research aims to identify the environmental occurrence of FLA in five sites of a public freshwater supply source, called Monjolinho River at São Carlos ? São Paulo, Brazil. The methodology adopted to address this goal includes the water limnological characterization, the morphological and molecular analysis of the protists present in the samples. The latter will be performed using a set of 18S rDNA primers for global (FLA group) sequencing by a high throughput strategy in an Illumina HiSeq technology. The amoeba present in the water samples will be cultured and the isolated trophozoites will be observed with scanning electron microscopy. Four different staining methods will be applied and observed by optical microscopy for morphological identification with the Page?s taxonomic key, as well as 18S rDNA sequencing and phylogenetic reconstruction. The project has advanced by establishing water collection methodology, DNA extraction and PCR amplification protocols. Test samples have been cultured at 26 ºC, 37 ºC and 44 ºC aiming at the identification of thermotolerant species. This proposal is in line with the BIOTA-FAPESP initiative to evaluate the microbial biodiversity, FLA in specific, and establishing protocols to that intent, besides to bringing important public health information.

Pathogenic trypanosomatids such as Leishmania spp. and Trypanosoma cruzi are the causative agents of leishmaniasis and Chagas disease, a group of neglected diseases endemic from the tropical and subtropical belt of the planet and the Americas, respectively. The therapeutic approaches against these diseases are largely unsatisfactory due to the toxicity of the available drugs and the emergence of resistance. Thus, new drugs are urgently needed to fight against these threatens. In the last 20 years, a profusion of OMICS approaches resulted in a deeper comprehension of a myriad of cellular processes allowing the survival of these parasites inside their hosts, a sine qua non condition for establishing the infection and triggering the pathology. However, a severe limitation remained: most of these studies approached cellular processes individually; as a consequence most of our comprehension of how they are integrated is still poor. In this proposal we intend to understand the interaction among three essential core processes of cell biology: metabolism, cell cycle and epigenetic regulation of gene expression, with the goal of bringing to the scientific community a broader comprehension of how the metabolic environment affects the parasite proliferation, infectivity, and determines inheritable adaptations. The information to be obtained will be useful to dive in the basic biology of these organisms as well as to discover new possible points of intervention with drugs in the boundaries of epigenetic, metabolism and cell cycle regulation.

Medalha de Prata na Competição iGEM. O projeto visa o biodesign teórico e experimental de uma levedura fermentadora, geneticamente modificada, com alta afinidade com a melanina, para resistir à radiação ultravioleta (UV).

Vírus são dependentes da maquinaria celular do hospedeiro em que se replicam. Desta forma, em sua maioria são agentes patogênicos causando impactos significativos na saúde humana e animal assim como na produção agrícola. É inegável a contribuição do estudo da biologia e ciclo infeccioso dos vírus no desenvolvimento de estratégias para seu controle. A elucidação da estrutura tridimensional de vírus contribui de forma fundamental no desenvolvimento de novas terapias virais. A virologia estrutural (Structural Virology) também é essencial para o conhecimento das interações moleculares por fornecer um modelo relativamente simples para explorar as relações de estrutura e função de biomoléculas que por sua vez permitem estudos de interação e invasão do vírus na célula hospedeira. Esta proposta de projeto esta centrada na temática do estudo da estrutura molecular de capsídeos de vírus. Dois vírus de importância médica serão estudados nesta proposta, o Leishmania RNA vírus (LRV) e o Zika vírus (ZIKV). ZIKV pertence a família Flaviviridae sendo constituído de RNA de fita simples e positiva, da classe IV no esquema de Baltimore. O ZIKV é transmitido por Aedes aegypti e A. albopictus e foi isolado de Rhesus em 1947 na África (Uganda). O vírus tem se disseminado rapidamente no continente americano, sendo correlacionado com a microcefalia neonatal e a síndrome de Guillain?Barré. Em fevereiro de 2016 a Organização Mundial de Saúde (OMS) listou 33 países com infecções autóctones de ZIKV, sendo o Brasil o país mais afetado, levando a Diretora Geral da organização a declara-la uma emergência de saúde pública de importância internacional. LRV pertence a família Totiviridae com capsídeo icosaédrico e de genoma composto por RNA de dupla fita. Indícios apontam sua relevância na invasão celular e patogenia humana de Leishmania podendo afetar a severidade da patogenia do protozoário. Tendo em vista a importância médica destes dois vírus, esta proposta de pesquisa tem por objetivo a caracterização estrutural de partículas semelhantes a vírus (VLP, Virus-Like Particles) por cristalização e difração de Raios-X e Crio-Microscopia Eletrônica. Os estudos aqui propostos deverão permitir a construção de um modelo estrutural do capsídeo de LRV e ZIKV contribuindo no entendimento de sua organização e interações moleculares contribuindo com o entendimento dos processos de invasão celular e ciclo replicativo. Além das contribuições ao conhecimento da biologia/patogenia do LRV e ZIKV este estudo representa a primeira caracterização estrutural de um capsídeo viral realizada no Brasil e assim um avanço importante para a área de virologia e biologia estrutural no pais.

RNAs de transferencia (tRNAs) recebem inúmeras modificações pós-transcricionais como parte de sua via natural e maturação. Muitas destas modificações são importantes para o adequado enovelamento dos tRNAs. Algumas modificações, ocorrendo no loop do anticodon, afetam diretamente a função tRNA na síntese de proteínas e pode ter grande impacto em termos de eficiência e especificidade de tradução. A última categoria inclui um sub-conjunto de modificações conhecidas como edição de tRNA que expande a capacidade de decodificação de um tRNA, o que lhe permite decodificar vários códons com o mesmo aminoácido, ou mesmo códons semelhantes com diferentes aminoácidos. A edição de tRNA fornece um grande aumento na flexibilidade de decodificação e é necessário para a decodificação de 7-8 códons em eucariotos. Este tipo de processamento é portanto importante para a viabilidade celular. A presente proposta centra-se no estudo de TbADAT2/3, a enzima responsável pela edição de A para I de tRNAs em T. brucei. Esta família de enzimas é conservada entre os eucariotos. O que a torna a de tripanossoma única é a sua capacidade de edição tanto de A a I como de C a U. Extensa metagênese e análise cinética revelou que é estruturalmente única na forma que as subunidades estão dispostas em solução. O objetivo da proposta é a utilização a combinação de abordagens biofísicas e bioquímicas para mapear o seu domínio de dimerização esclarecendo sua especificidade pelo substrato.

A presente proposta, apresentada a Ourofino Saúde Animal, tem como objetivo o estabelecimento de processos de purificação de capsídeo viral recombinante, dito VLP (Virus Like Particles), de circovírus suíno (PCV2b) obtidos por expressão heteróloga em 1) células de inseto (projeto B058) e 2) Escherichia coli (B153) e sua posterior caracterização para determinar a integridade estrutural do VLP, homogeneidade e pureza da preparação.

Além do inegável impacto em saúde humana e de animais domésticos, o estudo dos protozoários (Reino Protista) é de grande relevância pela diversidade de espécies, muitas ainda desconhecidas, e sua importância evolutiva no surgimento de eucariotos. Desta forma, o estudo de diversos aspectos da biologia de protozoários, parasitas ou não, se justifica. O Leishmania RNA vírus 1-4 (LRV1-4) é um vírus classificado como pertencente a família Totiviridae. Possui capsídeo icosaédrico de genoma composto por RNA de dupla fita (dsRNA) que codifica duas proteínas, uma capsidial e uma RNA polimerase. Sendo pouco estudado, mas com indicação de ter relevancia na invasão celular de Leishmania, iniciamos a caracterização molecular deste vírus com o objetivo de empreender estudos estruturais e funcionais. Dados recentes indicam o envolvimento do LRV1-4 na patogênese de Leishmania no hospedeiro humano, tornando seu estudo de fundamental importância para o entendimento dessa doença e de seu papel na relação parasito-hospedeiro. Trabalhos recentes desenvolvidos por nosso laboratório resultaram no estabelecimento de uma metodologia de purificação de partículas de LRV1-4 com o qual obtivemos imagens inéditas de Microscopia Eletrônica de Varredura do capsideo. Na presente proposta, com base nos procedimentos já estabelecidos, daremos continuidade aos estudos de Microscopia Eletrônica de Varredura por Negative Staining e Crio-Microscopia Eletrônica, caracterização molecular e estrutural do capsideo viral extraído de células infectadas de Leishmania guyanensis e de caspideos recombinantes expressos em Leishmania tarentolae. Os estudos aqui propostos deverão permitir a construção de um modelo estrutural do capsídeo do LRV1-4 e contribuir no entendimento do processo de replicação, a confirmação (ou não) dentre os Totiviridae e o seu papel na relação parasito-hospedeiro. Além das contribuições ao conhecimento da biologia/patogenia do LRV1-4 este estudo representa a primeira caracterização estrutural de um capsideo viral realizada no Brasil e assim um avanço importante para a área de virologia e biologia estrutural no pais.

Estudo e planejamento baseado em Auranofin como droga no tratamento de infecções por Leishmania e Trypanosoma.

Contra partida de auxílio pesquisa I - FAPESP 05/5196-6;
Valor total concedido: R$3.000,00

Bolsa de Produtividade em Pesquisa
Vigência: 01/03/2007 a 28/02/2010

Processo nro 05/51966-6;
Vigência: 01/2/2006 a 31/1/2008;
Valor total concedido: R$164.050,00 ; US$376,00 ; RT R$41.256,90

Contra partida de auxílio pesquisa I - FAPESP 98/14979-7;
Valor total concedido: R$3.500,00

Edital Universal CNPq 02/2006; 
Processo nro. 479595/2006-2; 
Vigência: 01/10/2006 a 30/09/2008; 
Valor concedido: R$25.189,15

Processo nro. 06/55686-4; Vigência: 1/9/2006 a 31/8/2008; Valor concedido: R$40.120,00 + US$30.111,00

The proposal presented to AXXO for the construction of an expression system for the human recombinant insulin in Escherichia coli cells.

A Síndrome Metabólica é o nome dado a um conjunto de condições fisiológicas que normalmente acontecem simultaneamente e aumentam significativamente o risco de desenvolver doenças cardiovasculares, derrame cerebral e diabete do tipo 2. Estas condições fisiológicas incluem: obesidade, alto nível de colesterol, pressão sanguínea elevada, resistência a insulina ou intolerância à glicose.
O presente projeto integra o desenvolvimento e otimização de processos biotecnológicos de biosíntese de Lipstatina com o processo de síntese química para posterior aplicação industrial para a produção do composto Orlistat. Este composto tem seu uso no combate à obesidade, promovendo uma melhoria das condições gerais de saúde e diminuindo as complicações cardiovasculares decorrentes da obesidade.
A obtenção do precursor Lipstatina em escala laboratorial é de responsabilidade do grupo do Centro de Biotecnologia Molecular Estrutural (CBME), do IFSC/USP. Este grupo de pesquisas tem elevado prestígio no cenário nacional e internacional. Seus trabalhos são de excepcional importância nos setores acadêmico, tecnológico e industrial, atuando nas áreas de Biotecnologia, entre as técnicas de Biologia Molecular, Bioquímica, Biologia Estrutural, Química Medicinal de Síntese Orgânica e Inorgânica e de Produtos Naturais, Imunologia Molecular, Biologia Celular e Farmacologia. Além da relevância acadêmica, incluindo a formação de profissionais competentes e qualificados, por meio de seus laboratórios muito bem equipados, o grupo de pesquisa do CBME atua de forma excepcional no desenvolvimento da Ciência e Tecnologia no Brasil.

Auxílio Participação de Reunião Científica; Processo nro. 06/58598-4; Vigência: 01/10/2006 a 04/10/2006; Valor concedido: R$ 9.623,81

Edital Universal CNPq 19/2004;
Processo 472570/2004-8;
Valor total concedido: R$ 35.000,00

FINEP R$2.000.000,00

Bolsa de Produtividade em Pesquisa - CNPQ, nível 1D;
Proc. 309075/03-3;
Vigência: 1/3/2004 a 28/2/2007.