Daniel José Galafasse Lahr.

O sistema ImageXpress Nano é um gerador de imagens de campo amplo e de alto rendimento que pode adquirir imagens de organismos inteiros e eventos celulares ou intracelulares. Com aplicações variadas em pesquisa de doenças infecciosas, fisiologia celular, câncer, contagem de células, ensaios de migração celular, descoberta e desenvolvimento de novas drogas, toxicologia, entre outros, envolvendo modelos de células 3D, cardiomiócitos. O software MetaXpresscom análise de imagens de alto conteúdo e lapso de tempo integra módulos de aplicação para atender a uma variedade de necessidades, dentre as quais: * Formação de Tubos de Angiogênese. A promoção ou inibição da formação de vasos sanguíneos é um dos focos da pesquisa sobre câncer, diabetes e outras doenças vasculares. * Ciclo Celular classifica e quantifica células em várias fases do ciclo para investigar a progressão do ciclo celular. Em células saudáveis, desafios com danos no DNA, hipóxia, alterações metabólicas ou perturbações do fuso resultam no desencadeamento de pontos de controle e na parada do ciclo celular. As células cancerosas geralmente perdem pontos de controle e se dividem de forma incontrolável, mesmo em condições desafiadoras. Com as ferramentas apropriadas, os pesquisadores podem rastrear medicamentos que causam interrupção do ciclo celular ou morte celular em células cancerígenas. * . Os ensaios de citotoxicidade e viabilidade celular são frequentemente utilizados para avaliar o efeito de um medicamento ou de outro tratamento e são ferramentas valiosas na procura de novas terapêuticas, bem como no avanço da nossa compreensão da fisiologia celular. Esses métodos podem empregar leituras luminescentes, fluorescentes ou colorimétricas como indicadores da viabilidade celular geral ou mesmo de vias celulares específicas * Cell Scoring é uma solução geral e flexível para identificar subpopulações de células marcadas com uma sonda fluorescente e é ideal para examinar eficiências de transfecção, ativação de vias (quinases) ou adipogênese, por exemplo. * Nuclei Count automatizam a contagem precisa e é ideal para o estudo da proliferação celular, contagem celular ou migração celular. * Granularidade facilita a análise de estruturas pontilhadas, como as observadas durante o agrupamento de moléculas alvo para internalização do receptor ou dentro do núcleo ou mesmo os padrões pontilhados de mitocôndrias e outras organelas. * Custom Editor permite a configuração de variadas análises de acordo com o interesse do experimentador. Em um ambiente flexível e interativo do software de análise, os usuários podem criar e testar modelos para análise de imagens. Galerias de opções estão disponíveis para os usuários construírem uma sequência de passos de análise. Módulos personalizados podem ser escritos rapidamente para medir parâmetros de toxicidade gerais e específicos, além de monitorar a viabilidade celular, apoptose, fagocitose, autofagia e potencial de membrana mitocondrial; um módulo personalizado permite analisar simultaneamente efeitos tecido-específicos de substâncias tóxicas.

Vacinação é o pilar das políticas de saúde pública. A história da vacinação mostra que as vacinas têm sido desenvolvidas de forma empírica e, por isso, muitos estudos são necessários para o contínuo desenvolvimento desse produto biológico. A efetividade das vacinas é avaliada pela redução da infecção ou da doença entre os indivíduos vacinados e é influenciada por vários fatores como as características do indivíduo, fatores demográficos, fatores imunes e os patógenos circulantes. A pandemia de COVID-19 evidenciou o potencial de rápida resposta do Instituto Butantan, via o seu Centro de Desenvolvimento Científico, aos desafios, por meio da adequação técnica necessária e capacitação gestora para a integração entre as áreas científicas e áreas administrativas, tais como as Secretarias de Saúde Municipais e Estadual. Pautados na experiência bem sucedida, apresentamos o presente projeto que visa monitorar alguns desses fatores com o objetivo de se obter um contínuo aprimoramento das vacinas virais para Influenza, COVID-19 e Dengue. Para tanto, iniciaremos nosso trabalho realizando uma constante vigilância genômica dos vírus Influenza, SARS-CoV-2 e DENV circulantes no Estado de SP, no país e em países vizinhos. Os dados obtidos permitirão (i) estudos sobre a história evolutiva desses vírus e (ii) conhecermos as variantes virais circulantes nas regiões estudadas. Para conhecer a capacidade protetora das vacinas empregadas, nós investigaremos se (i) soros de indivíduos vacinados neutralizam a infecção das variantes circulantes e (ii) como é a resposta celular de indivíduos vacinados frente a linhagem viral usada na imunização e frente às variantes circulantes na população. Esse trabalho permitirá a criação de um biobanco de variantes virais, de uma soroteca de indivíduos vacinados e de um banco de células mononucleares isoladas de sangue periférico de indivíduos vacinados que poderão ser utilizadas também em projetos futuros. Em paralelo, analisaremos a efetividade das vacinas de acordo com os dados sociodemográficos, de saúde e ambientais, comparando a efetividade das vacinas de acordo com as variantes virais. Os resultados obtidos serão continuamente enviados aos órgãos de assistência nas três esferas administrativas: municipal, estadual e federal, com o intuito de contribuir de maneira significativa com o direcionamento de ações em políticas públicas. Estaremos assim, fornecendo continuamente dados ao sistema de saúde para que este enfrente, com subsídios mais rigorosos, os desafios impostos pelos vírus que serão aqui estudados.

A vida apareceu neste planeta há cerca de 3,5 bilhões de anos atrás (bya), como organismos unicelulares sem núcleo. A análise filogenética atual divide a vida em três domínios: Bactérias, Archaea e Eukarya. Para entender os eventos evolutivos no passado, é crucial que a informação filogenética seja correlacionada com o registro fóssil. Infelizmente, a grande maioria da diversidade microbiana não deixa um registro fóssil confiável. Uma exceção fortuita são os Arcellinida, uma linhagem de organismos amebóides que constroem uma carapaça externa (popularmente conhecida como teca). O registro fóssil dos Arcellinida foi recentemente relacionado aos microfósseis vasiformes do período Toniano, datados em cerca de 750 milhões de anos atrás. Essa descoberta permitiu uma compreensão mais profunda dos eventos climáticos que levam à oxigenação do oceano profundo que ocorreu no Neoproterozóico. Embora confiável, a atual árvore filogenômica de Arcellinida ainda carece de amostragem taxonômica. Aqui, propomos expandir a amostragem incluindo dois gêneros enigmáticos: Schoenbornia e Microcorycia. Cada gênero é crítico por uma razão diferente: Schoenbornia possui caracteres morfológicos intermediários que podem esclarecer eventos na evolução de conchas aglutinadas, e Microcorycia é teoricamente a espécie de tipo do grupo Corycida, recentemente descrito, que é um grupo de amebas sem casca que recentemente mostrou grupo fora de Arcellinida. Conseguimos identificar esses organismos raros em amostras recentes do laboratório. Propomos usar a técnica já estabelecida de seqüenciamento transcriptômico Single-Cell usando a tecnologia Illumina para gerar o conjunto de dados filogenômicos. Essa técnica é rotineira em nosso laboratório, mas também faremos uma comparação com a nova geração de sequenciamento de Long-read fornecida pela tecnologia MinION da Nanopore, que levará o laboratório à vanguarda do sequenciamento e gerará a expertise que nos falta atualmente.

Testate (shelled) amoebae are some of the most conspicuous soil and freshwater protists. The second half of the twentieth century saw a strong development of ecology with the use of testate amoebae as bioindicators for different environmental pollutants and other man-made perturbations. Dedicated meetings (ISTA) were intermittent, and 23 years passed between ISTA-3 (1983, Aachen, Germany) and ISTA-4 (2006, Antwerpen, Belgium). Since then, a new generation of young researchers brought new impulse to testate amoebae research, which regained considerable popularity the past ten years. ISTAR, the international society for testate amoebae research founded in 2009 (http://istar.wikidot.com/start) has currently 74 members and is still active and growing; currently being affiliated with ISoP. Because of their popularity, ISTA meetings now occur every two years, and the last edition (ISTA-7, Poznán, Poland) welcomed ~80 scientists from 21 countries and 4 continents. The next ISTA will happen in Ilhabela, Brazil. This will be a 3 day conference in the days of 12-14 September 2016. (AU)

O projeto proposto pretende iniciar a caracterização a diversidade dos Amoebozoa no Brasil, integrando aspectos de protistologia tradicional de estudo morfológico com técnicas moleculares inovadoras. Organismos serão isolados de corpos d'água doce e marinho, de modo a capturar de maneira abrangente a diversidade de organismos ainda inexplorada no território nacional. Os organismos coletados serão submetidos à duas principais estratégias de estudo: 1) os organismos que não permitem cultura em laboratório serão foto-documentados e submetidos à processo de amplificação genômica a partir de uma única célula; e 2) os organismos que permitem cultura em laboratório serão cultivados de maneira monoxênica para geração de grandes quantidades de DNA e também geração de bibliotecas de cDNA para piro-sequenciamento do transcriptoma em plataforma Illumina. Muitos dos organismos assim estudados serão espécies novas ou pouco conhecidas, que serão descritas individualmente com estudos detalhados de microscopia eletrônica e análise filogenética baseada em concatenação de múltiplos genes (no mínimo 4 genes: subunidade ribossomal 18s, actina, alfa e beta tubulina). Outros organismos encontrados serão utilizados para caracterização de 8-10 genes utilizados em reconstruções filogenéticas abrangentes de eucariontes, com o objetivo de gerar filogenias com ênfase nas relações basais dos Amoebozoa. Os organismos cujos transcriptomas foram sequenciados serão utilizados para compreensão mais profunda sobre padrões de evolução por duplicação gênica nos Amoebozoa, com enfoque especial na família gênica de actina. Finalmente, os dados fotográficos, videográficos e moleculares gerados serão disseminados a partir de publicação de artigos em revistas de projeção internacional e também com a criação de websites voltados a divulgação do conhecimento para o público leigo.