Christian Hoffmann.

Este estudo longitudinal investiga como a exposição a patógenos influencia o desenvolvimento do microbioma intestinal infantil dentro de uma abordagem biocultural, focando em bebês brasileiros desde o nascimento até os dois anos de idade. Utilizando a teoria ecocultural, os pesquisadores examinarão como as rotinas de cuidado infantil, moldadas por fatores socioculturais e econômicos, impactam a exposição a patógenos entéricos e a sucessão microbiana intestinal. O estudo avaliará como infecções por patógenos comuns alteram a maturação, estabilidade e os desfechos de saúde do microbioma. Conduzida em Belém, Brasil, onde disparidades econômicas criam diferentes níveis de risco de exposição a patógenos, esta pesquisa busca esclarecer o papel dos patógenos entéricos no desenvolvimento do microbioma e avançar modelos bioculturais para a compreensão da saúde humana.Esté projeto é financiado pelo NSF/USA (Ecoculturing the Infant Gut Microbiome - Award Number: 1921592)

Data show that antimicrobial use in the livestock sector is linked with the emergence and spread of antimicrobial resistance (AMR), with wide-ranging consequences for human, animal, and environmental health. Despite the accumulation of evidence relating the transmission of genes conferring bacterial resistance from animals to humans, and a demonstrated association between antimicrobial use in livestock and the transmission of these Aantibiotic resistance genes through the food chain, there remains an important gap in our knowledge regarding the possible extent of this transmission and the role of the food chain in AMR development and spread more broadly. We are investigating these ideas using both traditional molecular biology techniques, as well as NGS to try to determine is there are differences in AMR gene profile presente in the gut of individuals that consume or don't consume meat. Furthermore, we aim to characterize the AMR gene profile that exists in the gut of Brazilian healthy individuals.

O soro-fermento (pingo) usado na produção do queijo Canastra contém uma comunidade de microrganismos complexa, incluindo bactérias, fungos e bacteriófagos. As bactérias e fungos presentes no pingo influenciam o processo fermentativo que ocorre na produção do queijo, assim como o desenvolvimento das características sensoriais do queijo produzido. Por outro lado, bactérias patogênicas podem entrar na cadeia de produção e contaminar o produto final. Os bacteriófagos (ou fagos) infectam bactérias em todos os sistemas microbianos conhecidos, agindo como predadores. As interações predador-presa entre bactérias e fagos têm uma influência direta nas dinâmicas temporais nessas comunidades. Fagos podem matar espécies da cultura iniciadora e são considerados como sérios problemas em sistemas de produção de laticínios em escala industrial. Apesar desta relação íntima entre fago e bactéria ser descrita em outros sistemas, atualmente não existem dados sobre os fagos presentes no sistema de produção do queijo Canastra. NEste projeto estão sendo utilizados métodos moleculares, incluindo next generation sequencing, e métodos clássicos de microbiologia, com o objetivo de descrever as dinâmicas temporais do viroma e microbioma presentes no pingo, além de determinar o espectro de infecção dos fagos no pingo e soro produzidos durante o processo de fabricação do Queijo Canastra.

Este projeto visa determinar a composição e variabilidade microbiológica do leite, pingo e queijo dos queijos tipo Canastra (7 sub-regiões), com ênfase na influência sobre o produto final da comunidade microbiana, e na segurança alimentar do produto final. Para tanto, inicialmente será estudada a região de Medeiros, com a posterior expansão para as demais 6 sub-áreas da serra da Canastra. A composição do queijo canastra típico será determinada utilizando métodos de sequenciamento em larga escala, assim com a variação temporal do mesmo, frente a diferentes condições de produção existentes. Modelos laboratoriais serão implementados para determinar a dinâmica existente entre a comunidade microbiana do queijo e potenciais patógenos alimentares.

O objetivo geral desta pesquisa é investigar a transferência vertical de bactérias das vacas aos seus conceptos, assim como a sua influência no desenvolvimento da microbiota intestinal, imunidade e ocorrência de diarreias em bezerras Holandesas recém-nascidas. Serão selecionadas 20 vacas Holandesas e suas respectivas filhas oriundas de partos eutócicos. As bezerras receberão o volume de colostro e leite de transição oriundos de suas respectivas mães, em volume equivalente à 15% do seu peso vivo (PV), fornecido em duas mamadas. As vacas e bezerras serão avaliadas imediatamente após a parição e nascimento (D0), D3, D7 e D14. Serão obtidas amostras de sangue total (60mL), pool da secreção mamária (50mL) e fezes das vacas. As bezerras serão avaliadas quanto ao seu escore de fezes, além da colheita de sangue total (60mL), fezes e muco retal. O sangue e secreção mamária das vacas serão usados para a obtenção das células mononucleares e determinação da proporção de células apresentadoras de antígenos (CAA), por citometria de fluxo. Testes imunológicos serão realizados para a avaliação da resposta imune das bezerras contra Staphylococcus (S.) aureus, S. coagulase-negativa (SCN) e Escherichia (E.) coli: produção de espécies reativas de oxigênio pelos granulócitos; proliferação, fenotipagem e produção de citocinas pelas células mononucleares. O plasma e muco retal obtido por meio de swabs das bezerras será utilizado para a mensuração de anticorpos (IgG e IgA) específicos para os retro-referidos antígenos bacterianos, por meio de teste imunoenzimático. O microbioma da secreção mamária completa, células do colostro/leite e fezes das vacas e bezerras será realizado por meio do sequenciamento metagenômico do rDNA 16S bacteriano. Os dados serão analisados com testes estatísticos apropriados de acordo com o seu comportamento.

Este projeto tem como objetivo a análise do efeito do uso oral de beta-glicanas no microbioma intestinal, e a relação desse sistema com o receptor de reconhecimento padrão (PRR) Dectina-1.

The effects that the consumption of some unavailable carbohydrates have on the human body are well documented. However, we still lack a satisfactory explanation of why such effects come about. Studies to date present, at best, an incomplete answer on how such products act physiologically and usually ignore its producers: the gut microbiome. Short chain Fatty acids are produced by the gut microbiome as complex mixture and recently published data suggests an interaction between Free Fatty Acid receptors and the production and/or release of gastrointestinal hormones. The present project aims to give a greater understanding on how unavailable carbohydrates stimulate gastrointestinal hormone secretion, potentially explaining role played by the intestinal microbiome in the mechanisms leading the production of these hormones. Such understanding could lead to more effective nutritional management and/or prevention of Non transmissible diseases, as well as impact on how to personalize treatments for different individuals.

Este projeto visa entender a saúde e estilo de vida dos Paleoamericanos de Lagoa Santa, usando uma abordagem interdisciplinar. Três linhas de investigação serão adotadas neste projeto. Primeiro, será realizada uma caracterização cronológica da coleção esqueletal de Lagoa Santa, seguida da aplicação de métodos de reconstrução de dieta e atividade física nesses esqueletos. Segundo, será investigado o potencial cariogênico dos alimentos da região de Lagoa Santa, identificando itens alimentares potencialmente causadores da alta prevalência de cáries encontrada nos esqueletos Paleoamericanos da região. Terceiro, um projeto na Amazônia investigará importância da dieta e da fertilidade na saúde bucal das populações ribeirinhas do médio Solimões. Esta interação entre estudos com populações esqueletais e vivas é inédito no contexto brasileiro, sendo denominada etnobioaqueologia

O Food Research Center (FoRC) é um dos Centros de Pesquisa Inovação e Difusão apoiados pela FAPESP. Trata-se de uma iniciativa multidisciplinar que agrega importantes cientistas do Estado de São Paulo que atuam na área de alimentos. O principal objetivo é atuar de forma integrada para elevar o nível das pesquisas na área, contemplando ciência, educação, inovação e transferência de tecnologia. Pesquisadores do FoRC desenvolvem grandes projetos de pesquisa colaborativos, apoiados nos quatro pilares que fundamentam o centro (Sistemas Biológicos em Alimentos, Alimentos, Nutrição e Saúde, Segurança e Qualidade de Alimentos e Novas Tecnologias e Inovação). Os pesquisadores participam ativamente de diferentes ações de disseminação do conhecimento gerado no FoRC, atingindo diferentes segmentos da sociedade. A área de atuação de Transferência de Tecnologia, através da busca de parcerias com setores público e privado, exerce um papel fundamental para que as pesquisas desenvolvidas pelos diferentes grupos de pesquisadores visem aplicações práticas inovadoras que darão benefícios substanciais para o País.

O microbioma intestinal esta sendo investigado em varios sistemas modelos: em Rhesus foram investigados as diferenças em composicao quando sadios e quando infectado por SIV, como modelo de estudo da infecção em por HIV e seus efeitos no organismo humano; em camundongos como modelo da interação entre o sistema imune e a microbiota intestinal, com relacao aos membros autóctones e aloctones da microbiota, quando em camundongos saldáveis e de fundo genetico normal, e em camundongos saudáveis mas de fundo genetico alteradao no sistema imune, especificamente intestinal; em camundongos, quais os efeitos da dieta e da utilização de antibióticos na composição da microbiota intestinal.

A variabilidade nos segmentos de RNA genômico do CCHFV foi caracterizada utilizando sequenciamento de DNA e análise filogenética.

Mutações no genoma do HIV que conferem resistência a drogas correntemente utilizadas no tratamento da infecção, estão sendo detectadas via pirosequenciamento de regiões do genoma viral. O método foi estabelecido e utilizado para demostratar a fisibilade da técnica, detectando simultaneamente todas a posições conhecidas nos genes virais PR e RT que conferem resistência aos antivirais utilizados atualmente contra o HIV.

Participacao na caracterização filogenética de estirpes de Rotavirus.

Os padrões de integração do vírus HIV foram analisados utilizando sequenciamento dos sítios de integração no genoma humamo. Estruturas e marcadores genômicos foram relacionaos aos padrões de interação observados. A função de proteinas celulares envolvida no processo de interação viral foi investigada.

A composição filogenética de um tapete microbiano de um lago hipersalino foi determinada utilizando DGGE e sequenciamento do rDNA 16S.

Actinomicetos isolados de solos do Cerrado foram caracterizados utilizando sequenciamento do rDNA 16S. Este trabalho acompanhou a caracterização por meios tradicionais, microbiologica/bioquímica, dos isolados.