Douglas Silva Domingues.

A composição do grão em maturação é essencial para a qualidade final do café, sendo o endosperma seu principal componente. Analisar as diferenças na expressão gênica durante essa fase é crucial para entender as respostas fisiológicas e metabólicas. O objetivo geral deste projeto colaborativo internacional é identificar a regulação transcricional das vias metabólicas no endosperma de Coffea arabica e Coffea canephora. Serão comparados os perfis transcriptômicos do endosperma de frutos verdes e maduros, utilizando técnicas de alta resolução e métodos de inteligência artificial para análise dos dados

O objetivo geral deste projeto colaborativo internacional é identificar vias metabólicas completas de diterpenos em C. arabica e investigar a síntese de diterpenos em cafeeiro arábica em resposta à estresses ambientais. Do ponto de vista da formação de recursos humanos, o presente projeto pretende dar treinamento no exterior à alunos de pós-graduação orientados pelo proponente, bem como profissionais de ensino superior associados ao grupo.

A citricultura paulista é a mais avançada do mundo em produtividade, qualidade de fruta e suco de laranja, pesquisa e desenvolvimento, transferência de tecnologia e sustentabilidade. Este Centro de Pesquisa Aplicada visa ao desenvolvimento de medidas inovadoras e sustentáveis para o manejo de doenças e pragas dos citros. Seu foco inicial estará voltado ao entendimento e controle do Huanglongbing dos citros (HLB), a mais devastadora e temida doença da citricultura mundial. Atualmente não há medidas terapêuticas para o controle da doença, nem cultivares resistentes. O CPA irá atuar em três grandes linhas temáticas de pesquisa: uma de cunho acadêmico, envolvendo o entendimento das interações patógeno-planta-vetor, e duas de cunho aplicado, envolvendo o controle da bactéria e de seu vetor e medidas de mitigação de danos. A pesquisa acadêmica irá abordar aspectos da fisiologia e bioquímica de plantas doentes, histopatologia, genética da interação planta-patógeno-vetor e efeito de mudanças climáticas nessa interação. Parte de seus resultados irão nortear a descoberta de novas formas de controle. Essa força tarefa de pesquisa incluirá 75 pesquisadores de Instituições nacionais e estrangeiras. Os resultados da pesquisa deverão ser transferidos ao setor citrícola com apoio do Fundecitrus e de órgãos vinculados à Secretaria de Agricultura do Estado de São Paulo.

Nossos principais objetivos são obter, por meio de uma abordagem interdisciplinar: (i) montagens de referência altamente precisas e anotadas do genoma e do transcriptoma de espécies silvestres de Coffea, representando a diversidade do gênero com base nas relações filogenéticas estabelecidas previamente pelo grupo francês; (ii) Uma visão completa da evolução do genoma estrutural no gênero Coffea com a integração de elementos genômicos, como grandes variações estruturais e elementos transponíveis; (iii) Avaliar a história evolutiva e base genômica de vias bioquímicas e clusters metabólicos, como a via biossintética da cafeína e de diterpenos; (iv) Montar um super-pangenoma em nível de gênero integrando os genomas nucleares e "dispensáveis" e as relações entre o genoma dispensável e os fatores envolvidos na adaptação ambiental; e, finalmente, (v) integrar as saídas deste projeto em um sistema de visualização que permita navegar por anotações, famílias de genes, relações de ortologia e paralogia, colinearidade de locos de interesse e pangenomas.

Este projeto propõe-se a caracterizar aspectos metabólicos e transcricionais relacionados à produção de saponinas imunoadjuvantes em Quillaja brasiliensis. A caracterização incluirá avaliação química, de biossíntese e de respostas transcricionais nos cultivos frente a elicitores metabólicos. Dessa forma, espera-se melhor compreender a regulação de biossíntese de saponinas triterpênicas de alto valor comercial em Q. brasiliensis e avaliar sua viabilidade como fonte alternativa e/ou complementar destes produtos naturais e a, longo prazo, dar subsídios à produção biotecnológica em sistemas heterólogos.

O objetivo deste projeto é avaliar a influência da alta concentração de CO2 atmosférico (alto [CO2] atm) sob condições de câmaras de topo aberto (OTC) na interação CO2 (alto [CO2] atm) x disponibilidade de água, usando sequenciamento de RNA de alto rendimento e análise metabolômica. Esses resultados serão importantes para identificar fatores que possam atenuar as consequências dos cenários de mudanças climáticas nas práticas de cultivo do café.

Esse projeto CAPES/Print pretende estimular pesquisas na UNESP, junto aos programas de Pós-Graduação de excelência, voltadas a caracterizar a biodiversidade desde o nível molecular ao morfológico, fisiológico, ecológico e comportamental, bem como gerar conhecimento novo sobre a magnitude e a forma dessa biodiversidade, as diferenças populacionais, as relações filogenéticas e ecológicas e as aplicações desse conhecimento no manejo e uso sustentável dessa biodiversidade. Também pretende-se, nesse tema, incentivar a bioprospecção e detecção da potencial biodiversidade marinha, terrestre, aquática e em outros sistemas nos diversos biomas Brasileiros, e até mesmo em nível mundial.

O café arábica é um alotetraploide no qual estudos moleculares de larga escala relacionados a moléculas sinalizadoras são ainda incipientes, a despeito da importância econômica e social de seu cultivo no Brasil e no mundo. O gênero Coffea é o unico que produz os diterpenos cafestol e caveol, que possuem propriedades antioxidantes e anticarcinogênicas, cuja base molecular de biossíntese é pouco conhecida. Neste contexto, o presente projeto tem por objetivo avaliar se a aplicação exógena de ácido hexanoico é capaz de modular o perfil transcricional, o metabolismo primário e o perfil de terpenoides em folhas e raízes de café arábica. Desta forma, este projeto poderá gerar conhecimento aplicado sobre a base molecular do metabolismo de terpenoides em plantas. Em paralelo, aportar-se-á conhecimento fundamental para elucidar qual a relevância da aplicação de ácido hexanoico em redes moleculares relacionadas a tolerância a estresses em plantas.

O trabalho tem por objetivo geral realizar a caracterização genômica e transcricional da família gênica da
Glutamina sintetase em Coffea arabica.

O projeto pretende, com base em bancos de dados de sequências de cafeeiro e sequenciamento de nova geração de pequenos RNAs, fazer um catálogo de RNAs não-codificantes em cafeeiro, bem como compreender as respostas transcricionais de ncRNAs selecionados e seus possíveis genes-alvo sob deficiência/fontes únicas de N em plantas de C. arabica.

O objetivo desta proposta é realizar um estudo funcional do gene AVP1 de Arabidopsis thaliana em plantas transgênicas de cana-de-açúcar e avaliar seu impacto no transcritoma e na resposta dos eventos obtidos a condições de estresse.

O presente projeto pretende fazer uma caracterização em larga escala da transferência horizontal de elementos transponíveis transcricionalmente ativos em plantas, com enfase em espécies do gênero Coffea.

O presente projeto propõe o aumento dos níveis de açúcar em cana-de-açúcar e na planta modelo Brachypodium distachyon através de técnicas de transgenia, tendo como estratégias mudanças no estado redox mitocondrial, o que pode resultar em maior acúmulo de açúcares, e alterações na síntese de açúcares fermentáveis, que não a sacarose, como uma forma de incrementar a produção de etanol por área.Objetivos: Avaliar as alterações dos níveis de alguns componentes das principais vias de metabolismo do carbono (açúcares, ácidos orgânicos e aminoácidos), durante os diferentes estádios de desenvolvimento (perfil metabólico) das plantas transgênicas em comparação com o tipo selvagem; - Avaliar os conteúdos de amido, celulose e hemicelulose em plantas transgênicas e do tipo selvagem; - Avaliar os níveis de oligossacarídeos da série da rafinose em diferentes variedades de cana-de-açúcar

Visando propiciar ferramentas que realizem a integração da biologia molecular com
aplicações no melhoramento vegetal, por meio de marcadores moleculares, este trabalho
busca a identificação SNPs em genótipos de população de C. arabica proveniente do centro
de origem da espécie.

Os objetivos principais do presente projeto são: 1) aumentar o conhecimento sobre adiversidade fenotípica e molecular dentro do centro primário de origem de C. arabica usando a coleção do Instituto Agronômico do Paraná; 2) avaliar os desequilíbrios de ligação entre marcadores dentro dessa coleção para definir quais são as melhores condições para procurar marcadores diagnósticos; 3) avaliar as associações entre os marcadores genotipados na coleção estudada e as características de interesse analisadas. Este trabalho fornecerá subsídios para realizar estudos de associação em C. arabica e permitirá, em curto ou médio prazo, a identificação de ferramentas moleculares para os programas de melhoramento dessa espécie. .

Metas: 1) Identificar genes candidatos ao melhoramento e biotecnologia que sejam diferencialmente expressos em citros e cafeeiro em função da variação de regimes de nitrogênio; 2) Aplicação biotecnológica de genes candidatos para uso eficiente de N e P em citros e cana-de-açúcar

Devido à importância-chave do nitrogênio (N) para a produção e a qualidade do café, os principais genes do gênero Coffea, que possam atuar na absorção, na translocação e no metabolismo de nitrogênio, serão identificados através de análises in silico utilizando o banco de dados de ESTs do Projeto Genoma Café. Será também estudada a expressão de genes selecionados em plantas de cafeeiro crescidas com alta e baixa disponibilidade de nitrogênio. Esse projeto servirá como base para desenvolvimento de plantas de cafeeiro mais eficientes na absorção e na utilização de nutrientes minerais em condições ótimas e sub-ótimas de desenvolvimento, que podem ser combinadas com manejo eficiente do solo e de fertilizantes.