Arthur Gruber.

A plataforma EGene (Durham et al., 2005) foi desenvolvida pelo nosso grupo e se caracteriza por ser um sistema integrado e customizável para a construção de pipelines. O sistema EGene permite encadear uma série de componentes diferentes de processamento, em uma ordem e composição totalmente definidas pelo usuário. Pretendemos oferecer na versão 2 do sistema EGene uma ampla gama de componentes de anotação que inclui um programa para a determinação de ORFs com tradutor das sequências protéicas, módulos para sete preditores de genes (Genscan, GlimmerM, GlimmerHMM, Twinscan, Phat, ESTscan e SNAP) , três programas de busca de repetições seriadas (TRF, String e MREPs), tRNAscan-SE, mapeamento de cDNAs (Sim4 e Exonerate), busca de similaridade (Blast), busca de motivos protéicos (HMMER/Pfam, RPS-Blast, InterProScan), busca de domínios transmembranares (TMHMM) e de peptídeo sinal (SignalP) ou ambos (Phobius), busca de sítios de ancoragem GPI (DGPI), mapeamento de termos GO, e geradores de anotação no padrão feature table (FT) e GFF3. Além disso, serão desenvolvidos componentes para a análise global de ortologia com as bases COG/KOG e eggNOG, mapeamento de vias metabólicas com a base KEGG e integração com o visualizador Genome Browser.

O genoma de Eimeria é rico em seqüências microssatélite, tendo sido encontrada uma repetição de três pares de bases (GCA e seu complemento TGC) altamente abundante e presente até mesmo em regiões codificadoras, fazendo crer que o isolamento de marcadores microssatélite para este parasita seja perfeitamente viável. No presente projeto pretende-se desenvolver os marcadores microssatélite com duas abordagens: in silico e com o uso de bilbiotecas genômicas enriquecidas em microssatélites. No primeiro caso serão usadas seqüências do genoma de E. tenella disponibilizadas na internet, bem como seqüências ESTs obtidas em nosso laboratório para E. tenella, E. acervulina e E. maxima. Será usado o software de domínio público Tandem Repeats Finder para identificar os loci de microssatélites e regiões flanqueadoras. Em seguida serão desenhados primers e através de amplificação por PCR serão analisadas polimorfismos de tamanho através de eletroforese em géis de poliacrilamida. Na segunda alternativa, serão construídas bibliotecas enriquecidas em microssatélites. Os clones candidatos serão seqüenciados e aqueles que tiverem seqüências repetitivas, serão usados para o desenho de primers e posterior busca de polimorfismo. A identificação de marcadores moleculares do tipo microssatélite em Eimeria poderá trazer enorme contribuição para o diagnóstico diferencial de cepas, com a vantagem que amostras mistas de campo poderão ser identificadas sem a necessidade prévia de se purificar as diferentes cepas e/ou espécies presentes. Com isto, será possível a realização de estudos epidemiológicos de monitoramento de cepas vacinais, para compreender melhor a sua permanência e disseminação nos ambientes de criação avícola. Também será possível a discriminação das cepas vacinais daquelas de campo, permitindo detectar a presença de cada uma ou de ambas em uma dada amostra. Finalmente, para as empresas produtoras de vacinas, tal ferramenta permitirá ainda monitorar a pureza das cepas vacinais.