Wilson Araújo da Silva Junior.

A Análise Integrada de Sistemas Biológicos (AISB) não é uma abordagem nova, mas somente após as iniciativas de sequenciamento de genomas inteiros, iniciada com a proposta de sequenciamento do Genoma Humano, ampliou sua relevância devido aos avanços tecnológicos nas áreas da computação, da genética e da biologia molecular, permitindo assim o desenvolvimento de experimentos refinados para estudar os sistemas biológicos complexos que regulam a função das células.

Este ressurgimento está fundamentado a) pela grande quantidade de dados biológicos nas últimas décadas inflando o conhecimento sobre as vias gênicas ativas na célula em diferentes situações de estresse; b) pelos avanços tecnológicos adquiridos durante os projetos genômicos e proteômicos; c) pelo desenvolvimento e aplicação de modelos matemáticos para simular ou avaliar os processos biológicos ativos na célula e d) pelo crescimento do poder computacional permitindo o processamento de um grande volume de dados.

A convergência desses fatores proporcionou um cenário favorável para a criação de uma biologia moderna centrada na análise de sistemas biológicos complexos denominada de Biologia Sistêmica ou ?Systems Biology?, que atua em duas principais frentes: 1) oferecer ferramentas computacionais para analisar, integrar e interpretar os dados biológicos e 2) induzir a formulação de novos conceitos para questões biológicas relevantes, como exemplos, a teoria de sistemas dinâmicos, a análise de ruídos moleculares e a estatística aplicada às redes gênicas.

A presente proposta tem como objetivo a criação de um NAP em Biologia Integrativa, denominado de Center for Integrative Systems Biology (CISBi) em atenção a uma das metas da FMRP/USP. O CISBi-NAP/USP será apresentado como centro emergente ou não consolidado da FMRP/USP visando principalmente a formação de recursos humanos especializados em bioinformática e análise integrada dos circuitos gênicos ativos em uma célula sob estresse biológico, bem como apoiar projetos que visam estudar a organização estrutural e funcional de genomas de interesse à saúde humana. O CISBi-NAP/USP terá seu núcleo central formado por pesquisadores da área básica e clínica da FMRP/USP e de outras unidades de dentro e fora da Universidade de São Paulo. O CISBi-NAP/USP trabalhará também para promover o desenvolvimento da Medicina Translacional e Personalizada, tendo como base quatro projetos focados nos seguintes temas: genômica, proteômica, epigenômica, nutrigenômica, metabolômica e signalômica. Esses temas são de especial importância para o desenvolvimento de terapias mais individualizadas, conforme particularidades biológicas, no tratamento de doenças humanas e condições nutricionais diretamente relacionadas às doenças. Essa nova abordagem tem como objetivo a melhoria da saúde dos indivíduos pela pré-definição e prevenção.

O câncer de pênis, apesar de considerado raro em países desenvolvidos, apresenta taxas elevadas em países em desenvolvimento. No Brasil, o estado do Maranhão possui a maior incidência nacional e global já registrada da doença, seguido do estado do Pará e Amazonas. Como causas principais da baixa eficiência do tratamento do câncer de pênis temos o pouco conhecimento sobre a sua base genética e molecular e a ausência de terapias alvo que impeça a progressão para metástase linfonodal, condição que reduz consideravelmente a sobrevida dos pacientes. O presente estudo visa levantar alguns alvos terapêuticos usando abordagens de NGS (Next Generation Sequencing) para identificar e caracterizar assinaturas genômicas e metagenômicas no carcinoma espinocelular de pênis com metástase linfonodal em uma coorte do estado do Maranhão. Para isso, serão coletadas amostras do tecido tumoral primário e de linfonodos metastático de pacientes diagnosticados com câncer de pênis atendidos em três hospitais no Maranhão. Esses pacientes serão caracterizados no âmbito sócio comportamental, clínico e histopatológico. Com esse estudo colaborativo que une as expertises do grupo da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto/USP e da Universidade Federal do Maranhão, teremos um ambiente científico profícuo para contribuir com a identificação de potenciais marcadores genéticos de valor preditivo ou terapêutico aplicado tratamento do câncer de pênis.

Edital MCT/CNPq/CT-AGRO/CT-BIOTEC no. 42/2009 - Rede GENOPROT
Desenvolvimento de pesquisas conjuntas, especificamente relacionadas com a busca de biomarcadores de diagnóstico, prognóstico e terapêutico aplicados ao tratamento de carcinomas de cabeça e pescoço. O estudo visa analisar os mecanismos genéticos e epigenéticos que regulam o transcriptoma e o secretoma no carcinomas de laringe.

A combinação dos dados de expressão e da estrutura genômica das células tumorais pode elucidar pontos obscuros sobre os mecanismos genéticos associados com a progressão tumoral. Deste modo, propomos neste projeto a montagem completa e anotação do genoma de uma linhagem de carcinoma de mama e de uma linhagem normal linfóide, seguido da análise anatômica e de expressão para identificar biomarcadores ou vias metabólicas que possam auxiliar no diagnóstico, na classificação e no tratamento do câncer de mama.

Integro a equipe de pesquisadores principais do INCTC/CNPq/FAPESP que tem como meta o desenvolvimento de ciência básica abordadando questões fundamentais como as características das células tronco de diferentes origens e espécies, e os mecanismos genéticos, epigenéticos e celulares regulando sua manutenção e diferenciação. Além disto, serão desenvolvidos protocolos técnicos, um banco de células e tecidos, ferramentas de bioinformática, linhagens celulares e modelos usando animais geneticamente manipulados que serão empregados em subprojetos envolvendo vários pesquisadores atuando de forma coordenada na análise das diferentes facetas dos problemas. Na área aplicada, serão desenvolvidas estratégias de tratamento usando células tronco para diabetes mellitus, esclerose múltipla e para a doença do enxerto versus hospedeiro.

O Instituto também tem como meta a formação de recursos humanos na área de biotecnologia aplicável à area da saúde e às ciências agrárias. Além de criar oportunidades para professores do ensino médio de adquirir formação científica e despertar o interesse de alunos na área de ciências. Em paralelo, a população geral será informada do progresso do projeto e os resultados serão divulgados junto às empresas de tecnologia, algumas das quais serão beneficiárias da incubadora de empresas SUPERA ligada a FUNDHERP.

O projeto tem como objetivo geral analisar o perfil de expressão gênica de células-tronco mesenquimais isoladas de medula óssea de pacientes com Osteogênese Imperfeita, durante o processo de diferenciação em osteoblastos e realizar análises funcionais nos genes selecionados como candidatos potenciais a atuarem na osteogênese normal e anormal.

Projeto do Programa Nacional de Cooperação Acadêmica - Ação Novas Fronteiras
Edital Procad-NF n.o 08/2008

No presente projeto, nós pretendemos inicialmente identificar novos CTAs, a partir de dados de SAGE, microarray e MPSS, e em seguida avaliar a contribuição de CTAs selecionados no estabelecimento do fenótipo malígno.

O projeto teve como principais objetivos estudar em neoplasias humanas, o papel das quimiocinas e seus receptores, genes e "pathways" relacionados a angiogênese e o papel das moléculas de adesão (especialmente as integrinas) e seus receptores.

O projeto teve como objetivo estudar o papel das quimiocinas e seus receptores, genes e "pathways" relacionados a angiogênese e o papel das moléculas de adesão (especialmente as integrinas) e seus receptores.

O projeto tinha como objetivo central desenvolver ferramentas de bioinformática para analisar os dados de expressão gênica gerados pelo Projeto Genoma Clínico do Câncer, que incluiam a identificação de genes com expressão diferencial, classificação funcional e caracterização de genes regulados pelo mecanismo de metilação.

O projeto desenvolvido para criar uma plataforma contendo com conjunto de aplicativos destinados a analisar dados de seqüência de DNA gerados pelo nosso grupo e de seqüências provenientes de banco de dados públicos. Os aplicativos desenvolvidos estão disponíveis no site: http://gdm.fmrp.usp.br.

Estudar a expressão de genes envolvido com processos moleculares associados a evolução de diferentes neoplasias.

O projeto tinha como objetivo principal identificar genes com expressão diferencial entre tecidos normais e tumorais. Tais genes podem ser caracterizados como excelentes alvos terapêuticos. O método usado para analisar o perfil de expressao gênica foi o SAGE (Serial Analysis of Gene Expression). O projeto tinha tambem o compromisso de consolidar o grupo de bioinformática motivando os alunos a desenvolverem ferramentas para facilitar as análises de expressão gênica.

O projeto é um braço do Projeto Genoma Humano do Câncer (PGHC) e visa caracterizar a estrutura completa de genes humanos ligados a câncer utilizando uma estratégia de mapeamento genômico das ESTs geradas pelo PGHC.

O projeto do Centro de Terapia Celular (CTC ) tem como foco a pesquisa avançada, básica e aplicada com células-tronco (CT). O CTC é formado por nove pesquisadores principais (IP), vinte pesquisadores associados e dez colaboradores estrangeiros. O projeto científico envolve um programa de pesquisa multidisciplinar cujo objetivo é estudar os aspectos celulares, moleculares e biológicas das CTs e avaliar criticamente o seu potencial terapêutico. Os estudos serão conduzidos com CT pluripotentes (células-tronco embrionárias (CTE) e induzidas) e CT somáticas (CTs hematopoiéticas, mesenquimais e endotelial). Quanto as CTE, pretendemos gerar linhas celulares que possam ser expandidas e utilizadas em estudos pré-clínicos e clínicos, bem como para contribuir para a compreensão dos mecanismos de pluripotência. Também iremos gerar iPS derivadas de pacientes com Anemia de Fanconi, hemofilia A e doença de Parkinson, para a compreensão dos mecanismos envolvidos em cada patologia, a manutenção da pluripotência, e no processo de diferenciação celular. As células-tronco tumorais também serão estudadas para compreeção dos mecanismos de transição epitélio-mesenquimal e endotelial-mesenquimal (EMT e EndMT ). Os ensaios clínicos serão conduzidos usando CT mesenquimais no tratamento de diabetes tipos 1 e 2, anemia aplástica grave refractária, na prevenção da doença do enxert-versus-hospedeiro crónica e aguda (GVHD) e na falha de enxerto em transplante alogênico haploidentical.