Hussam El Dine Zaher.

O projeto tem como objetivo principal estudar a origem e posterior diversificação das serpentes nos últimos 110 milhões de anos, utilizando de forma inédita uma ampla amostragem fóssil e recente e combinando dados morfológicos e moleculares produzidos nos últimos anos através de um projeto BIOTA FAPESP coordenado por mim (Processo Fapesp n˚ 2011/50206-9). A pesquisa foi realizada no Muséum National d?Histoire Naturelle de Paris, em colaboração estreita com os colegas Dr. Michel Laurin e Dr. Nour-Eddine Jalil, que pertencem ao laboratório de Pesquisa Centre de Recherche en Paléontologie de Paris (CR2P) da instituição.
Pretende-se abordar dois pontos chaves da história evolutiva das Serpentes: 1) a sua origem ainda controversa no Cretáceo, e 2) a sua irradiação no Cenozóico. Para atingir estes objetivos, pretende-se estudar detalhadamente o registro fóssil Mesozóico e Cenozóico disponível, com ênfase nos táxons-chaves de Serpentes e dos grupos de Squamata mais próximos, incluir nas análises novos fósseis-chaves ainda em fase de descrição, e combinar os dados morfológicos com os resultados filogenômicos produzidos recentemente pela nossa equipe. Além disso, pretende-se estimar o tempo de divergência dos clados de serpentes durante o intervalo temporal supracitado, empregando métodos indiretos de calibragem das árvores, mais usualmente chamados de ?node dating methods?, e métodos de evidência total, mais comumente conhecidas como ?tip dating methods?. Esta última abordagem melhorou consideravelmente nosso conhecimento sobre a origem e diversificação dos grupos, sendo que mais métodos avançados de calibragem direta das árvores foram recentemente desenvolvidos pela equipe do UMR 7207-CR2P do Muséum National d?Histoire Naturelle de Paris, com quem este projeto será desenvolvido em colabpração.

The venomous and medically important pitvipers of the Bothrops jararaca-complex are distributed along the Atlantic coast of Brazil and show highly diverse life histories, including a dietary shift during an individual?s lifespan. Juveniles initially hunt for invertebrates and small amphibians and reptiles, whereas adults prefer small to medium sized mammals and birds. Previous studies suggest that also venom composition changes during ontogeny, but so far it remains unclear if also the morphology of the venom gland, especially the structure of the secretory cells, changes from juveniles to adults. Within the here presented collaborative proposal, PI?s Johannes Müller (HU Berlin) and Hussam Zaher (Universidade de Sao Paulo) will analyze the morphology of venom gland soft tissue morphology using the novel method of diffusible iodine-based contrast-enhanced computed tomography (diceCT). The method allows for investigating ontogenetic changes in morphology of the secretory cells with respect to shape, volume and orientation, but without having to destroy the respective specimen. This way it will be possible to assess for the first time if changes in toxin composition in venomous snakes are also accompanied by morphological changes, and if different dietary specializations cause different types of phenotypic response. The project will increase collaboration between HU Berlin and Universidade de São Paulo, with high potential for future, externally funded joint projects

O entendimento da rápida diversificação dentro de uma linhagem evolutiva requer a determinação dos fatores e características que a promoveram. O veneno tem sido hipotetizado como sendo a inovação iniciadora da irradiação das serpentes, pois expandiu suas oportunidades tróficas. Já o subsequente recrutamento de toxinas e neofuncionalização de seus genes teriam promovido a diversificação seguinte. Este projeto irá determinar como inovações secundárias fundamentais dentro dos venenos contribuem com a diversificação nas serpentes avançadas e testar possíveis vieses nos caminhos genéticos que moldaram a rápida evolução fenotípica dos venenos, de forma a compreender o mecanismo que norteia a diversificação no grupo. Primeiro, testaremos a relação entre diversidade e ações de venenos e as taxas de diversificação genética, utilizando mais de 100 espécies das três famílias de serpentes venenosas que ocorrem nos Estados Unidos e no Brasil, coletadas em áreas de biodiversidade excepcionalmente alta. Usando dados de transcriptômica, espectrometria de massas quantitativa e ensaios funcionais vamos estimar a filogenia, quantificar a função e complexidade de venenos, além de testar a relação entre a diversificação dos clados e a composição dos venenos. Em seguida, iremos avaliar a genética da diferenciação fenotípica e mutações influenciando a produção de venenos, por meio da investigação detalhada de seis pares de espécies (duas de cada grupo) com divergência recente e diferenças significativas nas ações de seus venenos. Para cada uma delas, avaliaremos a importância dos mecanismos pré-transcricionais (ex.: regulação cis ou o número de cópias) e pós-transcricionais (ex.: eficiência de tradução ou microRNAs) que podem ser determinantes na diversidade de toxinas, além de testar se os efeitos do veneno são presa-específicos. Isto irá fornecer detalhes sem precedentes sobre processos microevolutivos que fundamentam uma característica chave que influencia padrões macroevolutivos. Teremos assim uma perspectiva integrada, do nível molecular ao do organismo, sobre processos fundamentais geradores de biodiversidade.

Este projeto visa criar o Catálogo Taxonômico da Fauna do Brasil. O CTFB tem como objetivo principal criar uma ferramenta taxonômica online fortemente ancorada nas regras de nomenclatura e capaz de oferecer uma interface funcional entre as decisões taxonômicas dos especialistas e a bibliografia de referência disponível na rede. A implementação de um Catálogo Taxonômico da Fauna Brasileira representa uma tarefa de grande envergadura, que só pode ser levada a cabo através do esforço coordenado de diversos especialistas, no âmbito de uma rede nacional de informação. Os grupos animais somam no Brasil entre 103.000 e 136.000 espécies. O presente projeto propõe duas fases de desenvolvimento do Catálogo da Fauna do Brasil. A presente solicitação servirá para implementar estas duas primeiras fases, criando as fundações de um sistema que levará à terceira fase de inclusão dos sinônimos juniores, fotos dos tipos primários, e bibliografia da rede BHL/SciELO pertinente aos nomes e seus sinônimos. As duas metas principais são: 1) Elaboração de uma lista de espécies baseada nas listas e catálogos disponíveis para a fauna brasileira; 2) Qualificação por uma rede de especialistas dos nomes incluídos na primeira fase.

A iniciativa de criação de um laboratório multiusuário de microtomografia no Museu de Zoologia da USP é uma proposta que reúne 17 Unidades de ensino, pesquisa e extensão da USP, e quatro Núcleos de Apoio à Pesquisa recém criados na Universidade, abarcando assim um grande leque de atividades que vão desde as artes contemporâneas até a engenharia do petróleo. A proposta tem por objetivo apoiar as atividades de pesquisa, ensino, desenvolvimento tecnológico, preservação de acervos e extensão universitária das Unidades e Núcleos de Pesquisa da USP e de outras instituições de pesquisa do país e do exterior. Os objetivos gerais são: (1) Produzir imagens de microtomografia de alta resolução que subsidiem a pesquisa em diversos ramos do conhecimento; (2) Capacitar funcionários, docentes e alunos no uso de técnicas de obtenção de imagens multidimensionais de alta resolução; (3) Proteger os acervos científicos e culturais da Universidade de São Paulo e de outras instituições através da disponibilização de uma tecnologia não invasiva e não destrutiva de produção de imagens de alta resolução; (4) Permitir o desenvolvimento de novas linhas de pesquisa nas áreas das Ciências Biológicas, Exatas, Humanas e das Artes por meio da disponibilização de um microtomógrafo com características técnicas ainda não disponíveis nas instituições públicas do Estado; (5) Promover um espaço de pesquisa em que docentes e alunos de diferentes áreas possam cooperar em trabalhos com uma abordagem multidisciplinar.

A ordem Squamata é composta por répteis (Serpentes, ?Lagartos?, Anfisbaenas e Mosassauros) que apresentam uma grande diversidade de espécies e de formas. Dentre os Squamata, a subordem Amphisbaenia é composta por organismos que apresentam diversas modificações morfológicas adaptadas para hábitos fossoriais. Atualmente, Amphisbaenia possui 182 espécies descritas que são divididas em seis famílias (Amphisbaenidae, Blanidae, Bipedidae, Cadeidae, Rhineuridae e Trogonophidae) que possuem ampla distribuição, ocorrendo na região Neotropical, África subsaariana, partes da região do Mediterrâneo, Baixa Califórnia e Flórida. Apesar do progresso do conhecimento acerca do grupo, o posicionamento filogenético de Amphisbaenia dentro de Squamata, bem como as relações entre as famílias e gêneros ainda permanecem incertos. Muitos trabalhos atribuem as dificuldades para compreensão da origem e evolução das Amphisbaenia à convergência de diversos caracteres morfológicos, como as diferentes formas da cabeça presentes neste grupo. Em geral, vertebrados que possuem hábitos subterrâneos são de difícil observação e obtenção, sendo que muitos aspectos de sua biologia evolutiva tornam-se mal compreendidos pela dificuldade de acesso aos organismos. Sendo assim, este projeto visa investigar e contribuir para preencher algumas destas lacunas sobre o conhecimento do grupo. Para isso, será analisada a diversidade molecular de 30 genes (nucleares e mitocondriais) de uma ampla amostragem de espécies de Amphisbaenia, para compreender as relações entre as famílias e gêneros. Também será empregada a técnica de ?Next Generation Sequencing? para inferir o posicionamento filogenético de Amphisbaenia dentro de Squamata, bem como confirmar as relações filogenéticas das famílias e gêneros de uma representatividade menor de Amphisbaenia. Serão utilizados métodos filogenéticos de Máxima Parcimônia, Máxima Verossimilhança e Inferência Bayesiana. As estimativas de tempos de divergência entre as famílias de Amphisbaenia serão obtidas através do método de relógio molecular relaxado. Este projeto também visa categorizar e compreender a evolução das formas da cabeça dentro de Amphisbaenia, testando se essas formas possuem relação filogenética ou se são convergências morfológicas relacionadas à distribuição geográfica. Para isso serão utilizados marcos anatômicos (Landmarks) e técnicas de morfometria geométrica para quantificar e analisar as diferenças na forma de uma grande representatividade de espécies de Amphisbaenia. Para analisar correlação entre as formas da cabeça na filogenia será utilizado o método de otimização de Máxima Parcimônia e para avaliar os diferentes complexos morfo-funcionais será utilizada análise de componentes principais dos dados métricos e geométricos.

O Museu de Zoologia da USP é um órgão de integração da Universidade de São Paulo e tem por vocação atividades de pesquisa, ensino e extensão, abordando temas voltados à taxonomia, sistemática, evolução e biogeografia, com ênfase em suas coleções. Além das coleções, o Museu mantém uma importante biblioteca especializada, publicações, exposições e atendimento educativo à comunidade. 
O Museu de Zoologia abriga hoje um acervo único e sem paralelos na América Latina, com aproximadamente 9.5 milhões de animais conservados em meio líquido ou a seco. A manutenção e o acesso a este imenso acervo exigem infra-estrutura complexa e mão de obra extensa e especializada. 
A presente solicitação de apoio à infra-estrutura e pesquisa do Museu tem três objetivos precípuos: 1) melhorar e expandir as áreas de armazenamento das coleções científicas; 2) oferecer à comunidade científica ferramentas de acesso virtual aos bancos de dados das coleções; 3) fotografar e disponibilizar, para acesso virtual, imagens de alta resolução de cada um dos 6.797 tipos primários (holótipos, neótipos, lectótipos e síntipos) do nosso acervo.
Para tal, surge como fator crítico de sucesso a reforma das redes elétrica e de informática do Museu, dois conjuntos vitais da instituição que precisam ser modernizados para que se possa programar uma estrutura eficiente de acesso aos extensos bancos de dados da instituição. 
O projeto pretende também: 4) reformar e expandir os antigos armários compactadores das coleções de Malacologia, Mastozoologia, Herpetologia e parte da Entomologia, instalados a vinte anos atrás e que já esgotaram sua capacidade de armazenamento; 5) instalar novos compactadores para abrigar as coleções de Isoptera, Hymenoptera e o acervo da biblioteca do Museu; e 6) equipar os laboratórios com material óptico e de informática para digitalização do material-tipo, digitação e ordenação dos dados referentes ao seu acervo. 
Ações centradas na ampliação dos armários compactadores já existentes, b

No campo da Biologia Evolutiva, assistimos cada vez mais ao surgimento de iniciativas que têm como objetivo principal combinar informações advindas de horizontes distintos do conhecimento em abordagens históricas multidisciplinares, levando a grandes avanços na compreensão da origem e diversificação das linhagens biológicas e das suas características ecológicas. Um elemento fundamental desta fórmula reside na informação pretérita dos grupos, que permite caracterizar os pulsos de expansão e retração das linhagens biológicas ocorridos no tempo e responsáveis pela modelagem da biodiversidade presente no planeta hoje. 
As serpentes representam um grupo de estudo excepcional para o tipo de abordagem multidisciplinar que se pretende no presente projeto. O grupo apresenta uma história evolutiva complexa e ainda pouco conhecida. Entretanto, sua diversificação deixou registros importantes e que vêm alimentando um debate intenso e atual. As serpentes se originaram provavelmente no início do Cretáceo Inferior e se diversificaram em um primeiro momento durante todo o Cretáceo. Nesta fase, alguns grupos, tais como os Pachyophiidae, se originaram e se extinguiram por completo, deixando um registro fóssil de grande relevância para o estudo da origem do grupo. Alguns outros grupos, tais como os Madtsoidae, estenderam a sua longevidade até o final do cenozoico, oferecendo informações adicionais sobre a evolução dos caracteres que definem atualmente o plano básico das serpentes. Durante este segundo importante período da evolução do grupo, uma nova irradiação de serpentes se firmou com grande sucesso, dando origem a uma extensa diversidade de serpentes atuais. Esta irradiação foi raramente estudada do ponto de vista filogenético e ecológico através de uma abordagem multidisciplinar. 
Este projeto tem como objetivo principal elucidar padrões filogenéticos, ecológicos e biogeográficos de serpentes, bem como os processos evolutivos envolvidos na origem destes padrões. Pretendemos estu

O projeto tem por objetivo contribuir para o fortalecimento e desenvolvimento da infra-estrutura nacional de informação e conhecimento científico em biodiversidade, em sintonia com o ?estado da arte? internacional em comunicação científica, para apoiar políticas públicas, programas, projetos e processos de decisão relacionados com a preservação da biodiversidade e uso sustentável do meio ambiente. É submetido à FAPESP para obtenção de apoio financeiro na forma de termo aditivo ao projeto atual 2008/00838-6 para o desenvolvimento e operação do Programa SciELO e sua execução contará com uma coordenação específica. O projeto prevê a interoperabilidade com a ?Coleção Obras Raras Essenciais em Biodiversidade? e, internacionalmente, com iniciativas, sistemas, produtos e serviços de informação e comunicação científica em biodiversidade, particularmente a Biodiversity Heritage Library. A concepção e implantação do ?Projeto SciELO Biodiversidade: ampliação e fortalecimento da infra-estrutura de informação e conhecimento científico em biodiversidade?, em adiante referido como ?Projeto SciELO Biodiversidade?, baseiam-se e farão uso das capacidades, infra-estruturas, redes, sistemas, produtos e serviços de informação em operação nacional e internacional. Em particular, farão uso das estratégias, modelos, metodologias e tecnologias de gestão de informação e conhecimento científico da Scientific Electronic Library Online (SciELO), operada pela BIREME/OPAS/OMS com protocolos abertos e softwares livres. O projeto terá a duração de dois anos e, até a finalização deste prazo, estão previstos: a) formação e desenvolvimento da ?Coleção de Periódicos SciELO Biodiversidade? em acesso aberto; b) criação do ?Repositório SciELO de Artigos em Biodiversidade?, com artigos de periódicos internacionais não SciELO, indexados na Web of Science e/ou na Scopus; c) atualização e melhoramento da Metodologia SciELO, maximizando a indexação e interoperabilidade da ?Coleção de Periódicos SciELO Biodiver

Cada vez mais a informação fóssil vem sendo empregada por neontólogos em seus estudos, levando a grandes avanços na compreensão da origem e diversificação das linhagens biológicas, dos seus padrões biogeográficos históricos subjacentes e dos ecossistemas que as abrigam. Esta tendência confirma a importância de implementar o acervo de informação a respeito de nossa biodiversidade, tanto recente quanto pretérita, no intuito de melhor compreender sua origem e diversificação. A biodiversidade atual nada mais é que o resultado histórico da interação entre tendências evolutivas e paleoambientais (incluindo-se a ação antrópica) que se processaram ao longo do tempo geológico. Assim, o emprego de parâmetros paleontológicos se torna fundamental na compreensão dos processos geradores e mantenedores da biodiversidade atual.
O estudo dos padrões e processos de diversificação de espécies e a constituição da biodiversidade nos biomas ocupa grande parte das ações de museus de história natural. Particularmente no Brasil, tais atividades vêm sendo desenvolvidas em três principais instituições, a saber: o Museu de Zoologia da USP (MZUSP), o Museu Nacional do Rio de Janeiro (MNRJ) e o Museu Paraense Emílio Goeldi (MPEG). Estas instituições centenárias têm como principal recurso de informação as extensas coleções científicas e acervos bibliográficos especializados sobre a fauna e flora brasileiras. Diante do histórico de mudanças de uso da terra ocorridos no Brasil em paralelo ao cotidiano destas organizações, parte significativa dos ecossistemas brasileiros já foi transformada em áreas de produção agrícola ou simplesmente desapareceram. Manter um volume de conhecimento sobre estes padrões é parte importante do patrimônio nacional, além de subsidiar de forma prioritária as políticas ambientais com uma sólida base de conhecimento científico.
Entendendo que os processos naturais são produtos de um contínuo histórico de fenômenos, análises paleontológicas são igualmente cruciais para que se possam desenhar os cenários evolutivos mais plausíveis que levaram à formação dos atuais biomas. Nesse sentido, a paleontologia colabora com importantes aspectos ao desvendar eventos que marcaram grandes mudanças ou respostas às transformações ambientais geológicas e climáticas. Portanto, a construção de programas de pesquisa que consigam unir informações sobre os padrões atuais, apoiados na biogeografia e sistemática em consonância com informações históricas advindas da paleontologia têm maiores chances de propor hipóteses mais robustas sobre o conhecimento dos fatores principais que constituíram a atual biodiversidade. Esta proposta tem como ponto fundamental estudar os diferentes aspectos históricos que formaram os principais ecossistemas intertropicais brasileiros em uma ação institucional no formato de colaboração em rede entre museus de história natural, com forte apoio de dados de informação geográfica e mapeamento por sensoriamento remoto.
O caráter interdisciplinar do tema representa um verdadeiro desafio por unificar áreas com abordagens tão distintas como a Paleontologia, Biologia Comparada e Biologia Molecular. 
Este projeto tem como objetivo principal estudar os padrões filogenéticos e biogeográficos intrínsecos à fauna de vertebrados ao longo de um intervalo de tempo que se estende desde o Cretáceo Inferior até o recente. Este estudo permitirá a caracterização de pulsos de expansão e retração ocorridos nos últimos 110 milhões de anos, e responsáveis pela modelagem da biodiversidade atual. O aprimoramento do conhecimento a respeito de tais processos deverá permitir o reconhecimento de parâmetros relacionados à perda de biodiversidade (em diferentes escalas temporais) no Brasil e contribuir, em última instância, para o estabelecimento de estratégias de conservação e utilização sustentável.

O presente projeto tem como objetivo principal estudar padrões filogenéticos e biogeográficos presentes na fauna de répteis do sudeste brasileiro desde o Cretáceo superior até o recente. Este estudo permitirá caracterizar os pulsos de expansão e retração ocorridos nos últimos 70 milhões de anos e responsáveis pela modelagem da biodiversidade atual de répteis. O aprimoramento do conhecimento a respeito de tais processos deverá auxiliar no reconhecimento dos parâmetros que levaram à perda de biodiversidade (em diferentes escalas temporais) na região sudeste do Brasil e contribuir, em última instância, no estabelecimento de estratégias para sua conservação e utilização sustentável. Para tanto, e de forma pioneira junto ao ?Programa Biota/FAPESP?, tenciona-se incluir dados paleontológicos no estudo da biodiversidade.
A definição tradicional dos répteis atuais abrange os clados Quelonii, Crocodylia e Squamata (incluindo serpentes, lagartos e anfisbênas). Estes grupos encontram-se todos representados no registro fóssil cretácico e terciário do Brasil, constituindo assim um corpo de informação ideal para a abordagem proposta neste projeto. 
A região sudeste do Brasil abrange os Estados de São Paulo, Rio de Janeiro, Espírito Santo e Minas Gerais, representando uma área de estudo privilegiada por abrigar parte significativa dos Biomas de Mata Atlântica e Cerrado além das Bacias Bauru, Itaboraí, Taubaté e a região cárstica do Vale do Ribeira. O conjunto de bacias sedimentares, biomas e cavernas cársticas oferecem uma oportunidade única de amostrar um grupo de vertebrados, o dos répteis, em uma seqüência temporal de 70 milhões de anos.
Para se realizar o estudo proposto, é necessário conhecer a diversidade de répteis na região Sudeste ao longo do tempo geológico. A elaboração de tal inventário permitirá o cruzamento de dados referentes às faunas atuais e pretéritas em um eixo vertical (cronoestratigráfico) inédito dentro do ?Programa Biota?. A estratégia para implementação

A Bacia Bauru (sensu Fernandes & Coimbra, 1996) apresenta uma extensão de aproximadamente 370.000 km2, dos quais 100.000 km2 estão distribuídos em território paulista (Riccomini, 1997). Seus sedimentos afloram nos estados de São Paulo, Minas Gerais, Paraná, Mato Grosso do Sul, Goiás e no nordeste do Paraguai. 
Comparado com a enorme extensão da Bacia Bauru, o seu registro fossilífero de vertebrados parece inexpressivo e fragmentário. A grande maioria dos registros se concentra nos estratos pertencentes ao Grupo Bauru onde foram encontrados fósseis de Peixes (Holostei, Teleostei, Dipnoi), anfíbios (Anura ? Baurubatrachus pricei), Testudines (Roxochelys e Podocnemis), alguns fragmentos ósseos de Squamata (Sauria ? Pristiguana brasiliensis), Crocodyliformes (Baurusuchus, Peirosaurus, Sphagesaurus, ?Goniopholis, Itasuchus, Mariliasuchus), Dinosauria (Saurischia e Ornithischia) e um fragmento de mandíbula atribuído a um mamífero (Bertini et al., 1993; Kellner, 1998).
Este projeto de pesquisa tem como objetivo a coleta e o estudo dos micro-vertebrados fósseis das regiões de Presidente Prudente e Marília, pouco estudados até a presente data, no intuito de aumentar o corpo de conhecimento sobre outros grupos de vertebrados mesozóicos que não sejam dinossauros. Entre os estudos planejados, pretende-se abordar questões sistemáticas, filogenéticas e tafonômicas, bem como realizar preparações e moldes do material coletado. Os objetivos específicos do projeto são os seguintes:
1. Realizar estudos sistemáticos e tafonômicos em sítios fossilíferos de ambientes sedimentares aquosos, nas regiões de Presidente Prudente e Marília, duas localidades potencialmente favoráveis para a ocorrência de pequenos vertebrados tetrápodes fósseis.
2. Coletar material fóssil destes sítios, registrando dados referentes a parâmetros tafonômicos (grau de preservação, posição, relação entre as peças e o ambiente etc.).
3. Realizar estudos paleontológicos e tafonômicos do material, abrangendo aspect