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Perfil do docente · ICB

Joao Marcelo Pereira Alves.

Livre · Departamento de Parasitologia

Unidade
Instituto de Ciências Biomédicas
Departamento
Departamento de Parasitologia
LattesORCID

Currículo atualizado em 14/07/2025

GenômicaEvolução MolecularBioinformáticaTranscriptômicaBiologia Molecular

Cita-se como: ALVES, J. M. P.;Alves, J. M.;Alves, Joao M.;ALVES, J.;Alves, João M. P.;Alves, João M.;Alves, João Marcelo P.;Alves, João MP;Alves, Joao Marcelo;ALVES, JOÃO M.P.;PEREIRA ALVES, JOÃO MARCELO;Pereira Alves, J.M.;PEREIRA ALVES, J. M.;ALVES, JOÃO MARCELO PEREIRA;ALVES, JOÃO M P;J. Marcelo P. Alves;ALVES, J. MARCELO P.;ALVES, JOAO M. P.;ALVES, JOAO M.P.

13 seções

Resumo biográfico

Possui doutorado em Ciências (Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro) pela Universidade de São Paulo (2001) e pós-doutorado no Dept. Microbiology and Immunology - Virginia Commonwealth University. Tem como principal linha de pesquisa a investigação estrutural, funcional e evolutiva de genomas de protozoários parasitas e bactérias. Tem experiência nas áreas de bioinformática e biologia molecular, com ênfase em evolução e genômica, atuando principalmente nos seguintes temas: filogenia, montagem, análise e anotação de genomas e transcriptomas (utilizando métodos de "última geração" e larga escala), análise de expressão gênica (RNA-Seq), utilização de bancos de dados e tecnologias da Internet para gerenciamento e apresentação de dados biológicos, e programação de computadores para análise de dados biológicos.

Indicadores

Áreas de atuação

05 registros
  • Ciencias Biologicas
    Genética
    Genômica
  • Ciencias Biologicas
    Biologia Geral
    Evolução Molecular
  • Ciencias Biologicas
    Biologia Geral
    Bioinformática
  • Ciencias Biologicas
    Genética
    Transcriptômica
  • Ciencias Biologicas
    Bioquímica
    Biologia Molecular

Formação acadêmica

03 registros
  1. 2002 – 2011Pós-DoutoradoConcluído
    Pós-Doutorado · Dept. Microbiology and Immunology - Virginia Commonwealth University
  2. 1996 – 2001DoutoradoConcluído
    Ciência (Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro) · Departamento de Parasitologia do Instituto de Ciências Biomédicas da USP
    “Caracterização e Filogenia Moleculares de Acanthamoeba”
    Orientação: Maria Heloiza Trebilcock AffonsoBolsa Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo
  3. 1992 – 1995GraduaçãoConcluído
    Bacharelado em Ciências Biológicas · Instituto de Biociências da Universidade de São Paulo

Idiomas

06 registros
IdiomaLeituraFalaEscritaCompreensão
InglêsBemBemBemBem
AlemãoBemRazoávelRazoávelRazoável
EspanholBemRazoávelPoucoBem
PortuguêsBemBemBemBem
FrancêsRazoávelPouco—Pouco
ItalianoRazoávelPouco—Pouco

Atuação profissional

06 registros
  1. 2015 – presenteVínculo atualDedicação exclusiva
    Departamento de Parasitologia do Instituto de Ciências Biomédicas da USP
    Professor doutor
  2. 2015 – presenteVínculo atual
    Frontiers in Microbiology (Online)
    Membro de corpo editorial
  3. 2013 – 2015Dedicação exclusiva
    Departamento de Parasitologia do Instituto de Ciências Biomédicas da USP
    Pesquisador visitanteBolsista
  4. 2012 – 2013Dedicação exclusiva
    Departamento de Parasitologia do Instituto de Ciências Biomédicas da USP
    Tt-5Bolsista30h/sem
  5. 2011 – 2012
    Fundação Zerbini
    Prestador de serviçosAutônomo40h/sem
  6. 2002 – 2011Dedicação exclusiva
    Dept. Microbiology and Immunology - Virginia Commonwealth University
    Postdoctoral Fellow

Produção bibliográfica

74 registros
8 de 8 itens
Por página
  • 1999
    High resolution SSU rDNA restriction fragment length polymorphism (RFLP) as a tool for assessing genetic relationships in genus Acanthamoeba
    Joao Marcelo Pereira Alves; Marta Maria Geraldes Teixeira; Heloiza Trebilcock Affonso · XV Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Protozoologia · Fundação Oswaldo Cruz · Caxambú - MG
  • 1997
    Acanthamoeba phylogenetic relationships inferred from SSU rDNA fingerprinting
    Joao Marcelo Pereira Alves; Marta Maria Geraldes Teixeira; Annette Silva Foronda; Heloiza Trebilcock Affonso · XIII Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Protozoologia · Fundação Oswaldo Cruz · Caxambú - MG
  • 1996
    Genus Acanthamoeba: phylogenetic relationships inferred from RFLP analysis
    Joao Marcelo Pereira Alves; Cléber Xavier de Gusmão; Marta Maria Geraldes Teixeira; Denise de Freitas; Annette Silva Foronda; Heloiza Trebilcock Affonso · XII Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Protozoologia · Fundação Oswaldo Cruz · Caxambú - MG
  • 1996
    Genetic diversity within the genus Acanthamoeba detected by random amplified polymorphic DNA (RAPD)
    Cléber Xavier de Gusmão; Joao Marcelo Pereira Alves; Marta Maria Geraldes Teixeira; Denise de Freitas; Annette Silva Foronda; Heloiza Trebilcock Affonso · XII Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Protozoologia · Fundação Oswaldo Cruz · Caxambú - MG
  • 1996
    PCR amplification analysis for identification of the genus Acanthamoeba
    Joao Marcelo Pereira Alves; Cléber Xavier de Gusmão; Marta Maria Geraldes Teixeira; Denise de Freitas; Annette Silva Foronda; Heloiza Trebilcock Affonso · XII Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Protozoologia · Fundação Oswaldo Cruz · Caxambú- MG
  • 1995
    Genetic diversity of the genus Acanthamoeba detected by RFLP and RAPD
    Joao Marcelo Pereira Alves; Cléber Xavier de Gusmão; Marta Maria Geraldes Teixeira; Denise de Freitas; Annette Silva Foronda; Heloiza Trebilcock Affonso · XI Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Protozoologia · Fundação Oswaldo Cruz · Caxambú - MG
  • 1994
    Grouping and characterization of Acanthamoeba by RFLP and hybridization patterns
    Joao Marcelo Pereira Alves; Annette Silva Foronda; Heloiza Trebilcock Affonso · X Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Protozoologia · Fundação Oswaldo Cruz · Caxambú
  • 1993
    Characterization and identification of Acanthamoeba by DNA sequences
    Joao Marcelo Pereira Alves; Annette Silva Foronda; Heloiza Trebilcock Affonso · IX Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Protozoologia · Fundação Oswaldo Cruz · Caxambú - MG

Produção técnica

17 registros
17 de 17 itens
Por página
  • 2011
    The new search for the key RNAi system components in a variety of trypanosomatids
    Andrey V. Matveyev; Joao Marcelo Pereira Alves; Nihar Sheth; Myrna Garcia Serrano; Carly Mayer; Gregory A. Buck
    Comunicacao
  • 2011
    Full genome and phylogenetic analyses of Kinetoplastibacterium, the bacterial endosymbiont from insect-infecting trypanosomatids
    Joao Marcelo Pereira Alves; Logan Voegtly; Andrey V. Matveyev; Ana M. Lara; Flávia Maia da Silva; Marta Maria Geraldes Teixeira +3 autores
    Comunicacao
  • 2011
    Identification and phylogenetic analysis of heme biosynthesis genes in trypanosomatids and their bacterial endosymbionts
    Joao Marcelo Pereira Alves; Logan Voegtly; Andrey V. Matveyev; Ana M. Lara; Flávia Maia da Silva; Myrna Garcia Serrano +3 autores
    Comunicacao
  • 2010
    Training 21st century scientists: an undergraduate research program in system biology
    Joao Marcelo Pereira Alves; A. Joyce; Karen Kester; Kelly Lockeman; Patricio Manque; A. Ni'Mary +15 autores
    Comunicacao
  • 2004
    The genome of Cryptosporidium hominis
    Joao Marcelo Pereira Alves; Aaron J. Mackey; William R. Pearson; Paul H. Dear; A. T. Bankier; Darrell L. Peterson +10 autores
    Comunicacao
  • 2004
    Characterization of two putative splicing factors, XB1 and XB2, in Trypanosoma cruzi
    Ping Xu; Tadeusz A. Zwierzynski; Luiz Shozo Ozaki; Maria Ruth de Carvalho; Gregory A. Buck; Zhenming Chen +7 autores
    Comunicacao
  • 2004
    Functional genomics of Trypanosoma cruzi: from life cycle to transcriptome dynamics
    Christian M. Probst; P.R.C. Arauco; Bruno Dallagiovanna; Celina Poersch; Luiz Shozo Ozaki; Ping Xu +15 autores
    Comunicacao
  • 2004
    mRNA mobilization to polysomes and its role in gene expression regulation during Trypanosoma cruzi differentiation
    Marco A. Krieger; Sheila Nardelli; Celina Poersch; Fabricio K. Marchini; S.F.Y. Ogatta; Viviane Giese +15 autores
    Comunicacao
  • 2004
    Host cell response in Trypanosoma cruzi-infected cardiomyocytes: host response or parasite control?
    Patricio Manque; Alejandro Correa; Celina Poersch; Luiz Shozo Ozaki; Joao Marcelo Pereira Alves; Ping Xu +12 autores
    Comunicacao
  • 2004
    Functional genomics of two infective forms of T. cruzi in both parasite and host cell
    Christian M. Probst; Ping Xu; Darrell Mallonee; Joao Marcelo Pereira Alves; Li-Min Wen; Myrna Garcia Serrano +15 autores
    Comunicacao
  • 2003
    Microarray analysis of cAMP effects on Trypanosoma cruzi metacyclogenesis
    Joao Marcelo Pereira Alves; Viviane Giese; Samuel Goldenberg; Marco A. Krieger; Darrell Mallonee; Patricio Manque +15 autores
    Comunicacao
  • 2003
    Analysis of gene expression during T. cruzi metacyclogenesis using microarrays
    Christian M. Probst; Sheila Nardelli; Stenio Fragoso; Vanessa Sotomaior; Viviane Giese; Viviane S. Monteiro +15 autores
    Comunicacao
  • 2003
    The genome sequence of Cryptosporidium parvum genotype I
    Ping Xu; Jacinda Power; Stephanie Sybert; Zhenming Chen; Li-Min Wen; Patricio Manque +12 autores
    Comunicacao
  • 2003
    Global modulation of cellular function in cardiomyocytes infected by Trypanosoma cruzi as revealed by microarray analysis
    Patricio Manque; Maria N. Meirelles; Luiz Shozo Ozaki; Daniela P. Pavoni; Mirian Claudia de S. Pereira; Celina Poersch +15 autores
    Comunicacao
  • 2003
    Evaluation using microarray technology of polysomal mobilization in gene expression regulation during the Trypanosoma cruzi metacyclogenesis
    Daniela P. Pavoni; Sheila Nardelli; Stenio Fragoso; Vanessa Sotomaior; Viviane Giese; Viviane M. Goes +15 autores
    Comunicacao
  • 2003
    Expression analysis of cardiomyocyte response to interaction with in vitro differentiated metacyclic Trypanosoma cruzi trypomastigotes
    Christian M. Probst; Daniela Puiu; Darrell Mallonee; Gregory A. Buck; Joao Marcelo Pereira Alves; Luiz Shozo Ozaki +15 autores
    Comunicacao
  • 2002
    Microarray analysis of gene expression in Trypanosoma cruzi-infected cardiomyocytes
    Joao Marcelo Pereira Alves; Stenio Fragoso; Samuel Goldenberg; Dayse Teixeira Silva; Helene Santos Barbosa; Maria N. Meirelles +10 autores
    Conferencia

Orientações

6 de 6 orientações
Por página
  • Mestrado
    desde 2024
    Ana Luisa Elias Zavataro · Orientação
    Caracterização e correspondência genômica entre os gêneros de tripanossomatídeos Kentomonas sp. e comparação com outros organismos da subfamília Strigomonadinae · Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro · Departamento de Parasitologia do Instituto de Ciências Biomédicas da USP · Bolsa Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior
    Em andamento
  • Mestrado
    desde 2024
    Agustina Belén Pauer · Orientação
    Análise genômica comparativa do clado aquático para melhor compreensão da variabilidade e evolução no gênero Trypanosoma · Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro · Departamento de Parasitologia do Instituto de Ciências Biomédicas da USP · Bolsa Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior
    Em andamento
  • Doutorado
    desde 2024
    Kelly Yovani Olivos Caicedo · Orientação
    Análise genômica comparativa e filogenômica dos membros da família Lachnospiraceae · Ciência (Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro) · Departamento de Parasitologia do Instituto de Ciências Biomédicas da USP · Bolsa Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior
    Em andamento
  • Mestrado
    desde 2023
    Francisco Alvaro Vasquez Cunya · Orientação
    Análise comparativa e bioinformática do genoma completo de um isolado pertencente ao gênero Sergeia · Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro · Departamento de Parasitologia do Instituto de Ciências Biomédicas da USP
    Em andamento
  • Mestrado
    desde 2023
    Maiara Mascarenhas Moro Valenciano · Orientação
    Caracterização evolutiva e de rede dos genes envolvidos na resposta imune em mamíferos · Programa Interunidades de Pós-Graduação em Bioinformática · Departamento de Parasitologia do Instituto de Ciências Biomédicas da USP · Bolsa Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior
    Em andamento
  • Doutorado
    desde 2021
    Davi Salles Xavier · Orientação
    Análises metabólicas, genômicas e evolutivas das proteínas de superfície de importância na relação patógeno-hospedeiro em organismos do filo Euglenozoa · Ciência (Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro) · Departamento de Parasitologia do Instituto de Ciências Biomédicas da USP · Bolsa Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior
    Em andamento

Bancas julgadoras

03 registros
3 de 3 bancas
Por página
  • 2024
    Francelys Viviana Fernandez Materan
    Comparative genome analysis of strains of clostridium scindens: A bile acid and cortisol metabolizing gut bacterium · University of Illinois Urbana-ChampaignBanca: Camila Urbano Braz, Joao Marcelo Pereira Alves, Jason Michael Ridlon
    Mestrado
  • 2014
    Camila Lorenz
    Emprego de técnicas morfométricas, espectrometria MALDI-TOF e sequenciamento genético para classificação e filogenia de Culicidae (Diptera) · Ciência (Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro) · Departamento de Parasitologia do Instituto de Ciências Biomédicas da USPBanca: Sérgio Russo Matioli, Maria Anice Mureb Sallum, Joao Marcelo Pereira Alves
    Exame de qualificação de doutorado
  • 2014
    Banca do Processo de Seleção de Candidatos ao Programa de Pós-Graduação em Farmácia, Área de Análises Clínicas, Nível de Doutorado Direto
    · Faculdade de Ciências Farmacêuticas da USPBanca: Joao Marcelo Pereira Alves, Ana Campa, Irene da Silva Soares
    Outra

Revisor de periódico

12 registros
  1. 2022 – presenteVínculo atual
    JOURNAL OF ASIA-PACIFIC ENTOMOLOGY
    Revisor de periódico
  2. 2017 – presenteVínculo atual
    FRONTIERS IN VETERINARY SCIENCE
    Revisor de periódico
  3. 2017 – presenteVínculo atual
    PeerJ
    Revisor de periódico
  4. 2017 – presenteVínculo atual
    Frontiers in Cellular and Infection Microbiology
    Revisor de periódico
  5. 2016 – presenteVínculo atual
    mBio (Online)
    Revisor de periódico
  6. 2016 – presenteVínculo atual
    BMC Bioinformatics
    Revisor de periódico
  7. 2016 – presenteVínculo atual
    BMC Evolutionary Biology (Online)
    Revisor de periódico
  8. 2015 – presenteVínculo atual
    Brazilian Journal of Microbiology (Impresso)
    Revisor de periódico
  9. 2015 – presenteVínculo atual
    Frontiers in Microbiology
    Revisor de periódico
  10. 2013 – presenteVínculo atual
    African Journal of Microbiology Research
    Revisor de periódico
  11. 2012 – presenteVínculo atual
    PLoS Computational Biology
    Revisor de periódico
  12. 2011 – presenteVínculo atual
    Plos One
    Revisor de periódico

Participação em eventos

17 registros
17 de 17 participações
Por página
  • 2011
    Identification and phylogenetic analysis of heme biosynthesis genes in trypanosomatids and their bacterial endosymbionts
    Fourth Summit on Systems Biology · Poster / Painel · Participante · Richmond, VA
  • 2009
    Challenges in Climbing the Tree of Life
    Third Summit on Systems Biology · Conferencista · Convidado · Richmond, VA
  • 2007
    Second Annual Summit on Systems Biology
    Ouvinte · Richmond, VA
  • 2006
    Summit on Systems Biology
    Ouvinte · Richmond, VA
  • 2005
    Cryptosporidium -- The organism, the genome, and the immune response
    East Coast Conference on Protozoology · Simposiasta · Convidado · Richmond, VA
  • 2004
    The genome of Cryptosporidium hominis
    Molecular Parasitology Meeting XV · Poster / Painel · Participante · Woods Hole, MA
  • 2004
    The Genome of Cryptosporidium hominis
    First Annual Research Review, Center for the Study of Biological Complexity · Conferencista · Convidado · Richmond, VA
  • 2003
    Microarray analysis of cAMP effects on Trypanosoma cruzi metacyclogenesis
    Molecular Parasitology Meeting XIV · Poster / Painel · Participante · Woods Hole, MA
  • 2002
    Microarray analysis of gene expression in Trypanosoma cruzi-infected cardiomyocytes
    Molecular Parasitology Meeting XIII · Apresentação Oral · Participante · Woods Hole, MA
  • 2001
    Evolução Molecular e Bioinformática
    III Jornada de Estudos da Biologia · Conferencista · Convidado · Mogi das Cruzes
  • 1999
    High resolution SSU rDNA restriction fragment length polymorphism (RFLP) as a tool for assessing genetic relationships in genus Acanthamoeba
    XV Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Protozoologia · Poster / Painel · Participante · Caxambu
  • 1997
    Acanthamoeba phylogenetic relationships inferred from SSU rDNA fingerprinting
    XIII Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Protozoologia · Poster / Painel · Participante · Caxambu
  • 1996
    PCR amplification analysis for identification of the genus Acanthamoeba
    XII Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Protozoologia · Poster / Painel · Participante · Caxambu
  • 1995
    Genetic diversity of the genus Acanthamoeba detected by RFLP and RAPD
    XI Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Protozoologia · Poster / Painel · Participante · Caxambu
  • 1994
    Grouping and characterization of Acanthamoeba by RFLP and hybridization patterns
    X Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Protozoologia · Poster / Painel · Participante · Caxambu
  • 1994
    Caracterização de Amebas de Vida Livre Através da Determinação de RFLPs
    Simpósio de Iniciação Científica PIBIC-CNPq · Poster / Painel · Participante · São Paulo, SP
  • 1993
    Characterization and identification of Acanthamoeba by DNA sequences
    IX Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Protozoologia · Poster / Painel · Participante · Caxambu

Coautorias

25 coautores

Na imprensa

beta

Versão beta: esta seção é experimental e pode ser alterada ou removida a qualquer momento, e os dados podem estar incompletos ou incorretos.

As notícias são ligadas ao docente automaticamente, pelas etiquetas do Jornal ou pelo nome no texto (o nome abreviado só conta quando vem depois de um título como “professora”). Homônimos ficam de fora; ainda pode haver falsos positivos e omissões.