Alexandre Adalardo de Oliveira.

Guia ilustrativo de árvore da Restinga contendo pequena diagnose e fotos de 120 espécies de árvores abundantes na Restinga do Parque Estadual da Ilha do Cardoso. Foi conduzido como trabalho de mestrado da aluna Daniela Sampaio, orientada pelo Prof. Dr. Vinicius Castro Souza e supervisionada pelo Prof. Alexandre Oliveira e Ricardo Ribeiro Rodrigues

Explaining the coexistence of species of the same trophic level with similar resource requirements remains an intriguing ecological question, particularly in diverse tropical systems. Coexistence has historically been associated with local processes, however regional processes can also be key determinants of community assembly Vellend (2016). Integrating processes from local to regional scales is rare in part due to logistical and operational difficulties. One promising approach to a broader understanding of community assembly rules is to connect species functional variation with evolutionary processes. Defining how local community phylogenetic structure is connected with the regional species pool and how functional traits have evolved enable a better understanding of species coexistence at the community scale (Webb et al., 2002).
We propose to use data from the Permanent Plot at Ilha do Cardoso (PEIC) Oliveira et al.
(2014) to define species? ecological strategies using demographic vital rates and functional
traits. Empirical data about the dynamics of most of the tree species in the community will
be associated with a fully resolved phylogenetic tree for the regional species pool providing a
key opportunity to understand community assembly. We are going to use the Neotropical Tree
Communities database (TreeCo) that include a compilation of existing plot data for ca. 1650
neotropical tree communities and also and functional traits for the species in these plots (Lima
et al., 2015) to scale up our findings from the PEIC plot.

Explicar a coexistência de espécies com requerimentos similares é ainda uma das questões mais intrigantes da ecologia, principalmente nos ambientes tropicais. A coexistência de espécies na ecologia foi tradicionalmente relacionada a processos locais, entretanto processos na escala regional podem ter importância determinante para a montagem da comunidade. Integrar informação sobre padrões e processos regionais e locais é ainda pouco explorado pelas dificuldades logísticas e operacionais. Nesse sentido, conectar processos evolutivos e funcionais das espécies é um caminho promissor para o entendimento da montagem da comunidade. Definir, além da estrutura filogenética da assembleia de espécies, como essa estrutura filogenética se conecta ao pool regional e qual a história evolutiva dos atributos funcionais de resposta às condições ambientais, possibilita uma visão mais ampla dos mecanismos associados à coexistência de espécies, em um contexto ecológico e evolutivo. Utilizaremos os dados de estudo de longo prazo em parcela permanente na Restinga para definir estratégias ecológicas das árvores baseadas nas taxas vitais demográficas. Dados empíricos sobre dinâmica de populações de árvores para um grande número de espécies na comunidade, associado a uma filogenia com resolução ao nível de espécie representam uma oportunidade ímpar para entender processos associados à montagem da comunidade local. Pretendemos colocar esses dados em um contexto de modelagem estatística que permite a partição do efeito dos diferentes processos na estruturação da comunidade, utilizando modelos hierárquicos. Pretendemos também colocar a parcela da restinga em contexto de escala geográfica mais ampla aproveitando duas redes de colaboração que fazemos parte. Esta proposta propicia uma excelente oportunidade para desenvolver conhecimento sobre processos ecológicos e evolutivos associados à montagem de comunidades em florestas tropicais.

http://opendatabio.ib.usp.br

A modern system for storing and retrieving plant data - floristics, ecology and monitoring.
This project improves and reimplements code from the Duckewiki project. Duckewiki is a tribute to dolpho Ducke, one of the greatest Amazon botanists, and Dokuwiki, an inspiring wiki platform.
A companion R package is being developed too.

Durante os últimos anos o grupo de pesquisa que coordeno tem se dedicado ao
estudo de vegetações de florestas nativas do Brasil, buscando entender padrões e
processos associados a estruturação da vegetação em escala local e regional, focado
principalmente na forma de vida arbórea. Além disso, nosso grupo de pesquisa
tem participado intensamente de importantes redes mundiais de estudo de ecologia
de vegetação, com o propósito de inserir nossos estudos dentro de um contexto de
escalas mais amplas. Com essa proposta pretendemos dar continuidade a esses estu-
dos utilizando uma estrutura conceitual integrada para o entendimento das fatores
estruturadoras das florestas. Pretendemos abordar as variações da estrutura e com-
posição em uma abordagem integrando dinâmica e estrutura populacional, estru-
tura filogenética de comunidade, filtro ambiental e ecologia funcional em um escopo
analítico associando modelos estatísticos e simulações computacionais. O objetivo
principal é entender como a combinação de processos determinísticos (p.ex. filtro
ambiental, nicho) e estocásticos (p.ex. dispersão, eventos climáticos supra-anuais)
estão relacionados à estruturação e composição da vegetação e principalmente, como
a hierarquia de importância desses processos varia ao longo de gradientes em escalas
locais e regionais.

Rsampling 

Resampling Stats (http://www.resample.com) is an add-in for running randomization tests in Excel worksheets. It adopts a simple workflow for significance tests:

 Define a statistic of interest that can be calculated from a data table;
 Randomize rows ad/or columns of a data table to simulate a null hypothesis
 Score the value of the statistic from many randomizations.

The relative frequency distribution of the statistic in the simulations is then used to estimated the probability of the observed value be generated by the null process. This is the probability of the rejection of the null hypothesis be an error (probability of Type I error).

This package intends to translate this logic for R for teaching purposes. Keeping the original workflow is favored over performance.
Installation:

install.packages("Rsampling")

Or, for the latest development snapshot:

library(devtools)
install_github(repo = 'lageIBUSP/Rsampling')

See also

Rsampling-shiny for a graphical user-interface in shiny.

https://cran.r-project.org/web/packages/facilitation/index.html&#10;&#10;A C++ Framework for Plant-Plant Interaction IBMs &#10;&#10; A tool for simulating a variety of spatial individual-based models of plant-plant interactions. User-created models can include any number of species, each of which can be structured in any number of life-stages, where each life-stage has specific death, growth and reproduction rates, as well as specific interaction radius, dispersal radius, and interaction effects over each other species/life-stage. Life stages were modeled so as to be a stochastic, individual-based version of differential Matrix Population Models (Caswell 2001, ISBN:0-87893-096-5). Interactions can be positive (facilitation) or negative (competition) and can affect death rates, growth rates or reproduction rates. Interactions from multiple numbers are additive, so as to best approximate classic population dynamics models such as the logistic model and Lotka-Volterra model (Britton 2004, ISBN:9781852335366). All models work in continuous time, implemented as an optimized version of the Gillespie algorithm (Gillespie 1976 <doi:10.1016/0021-9991(76)90041-3>) for independent exponential times, and continuous space.

O objetivo geral do projeto é testar modelos de restauração e sua eficiência no restabelecimento da estrutura da vegetação e na retomada de processos e serviços ecológicos na planície costeira do litoral norte de São Paulo. O projeto está constituído de quatro linhas de pesquisa integradas, sendo estas: i) Caracterização das formações vegetais remanescentes com condições ecológicas similares às da área a ser restaurada (ecossistema de referência); ii) Desempenho de mudas em diferentes modelos de restauração ecológica; iii) Acompanhamento da biomassa e do desenvolvimento do ecossistema em área restaurada e ecossistema de referência; iv) Chuva de sementes e regeneração natural em área de restauração e ecossistema de referência.

Os programas de pós-graduação em Ecologia no Brasil tem investido muito em cursos de campo para o treinamento dos alunos na prática do método científico em ecologia. Esse cursos, em geral, reproduzem todas as fases da produção científica em ecologia, desde a elaboração de perguntas pertinentes, passando pelo planejamento, coleta de dados e a divulgação do trabalho. Acreditamos que esse tem sido um instrumento importante na transformação da Ecologia do Brasil em uma ciência mais robusta e inserida no contexto mundial. No entanto, um dos pressupostos desses cursos é que o aluno tenha um arcabouço teórico básico em ecologia, o que nem sempre corresponde à realidade dos alunos ingressantes em programas de pós-graduação.&#10;Com foco nessa demanda, criamos um conjunto de ferramentas para auxiliar a docência em teoria e modelos ecológicos básico. Esses instrumentos incorporam:&#10;&#10;site montado em plataforma wiki (DokuWiki) com tutorial de exercícios e indicações de bibliografia específica a cada tópico;&#10;código em linguagem R para a simulação de modelos em cada tópico;&#10;um pacote de interface gráfica (GUI) para permitir a alunos sem conhecimentos de programação executarem as simulações.&#10;No momento, o projeto já tem vários temas desenvolvidos com simulações já produzidas pelo menos ao nível de código de programação sem a interface gráfica. Os temas abordam diferentes níveis organizacionais na ecologia:&#10;&#10;Dinâmica de populações&#10;Metapopulações&#10;Interação e coexistência entre pares de espécies&#10;Demandas conflitantes e coexistências de multiplas espécies&#10;Dinâmicas Neutras de comunidades&#10;Biogeografia&#10;Alguns cursos de graduação e pós-graduação no Instituto de Biociências da Universidade de São Paulo utilizam essas simulações que a principio já foram testadas ao menos no nível de código do R sem interface gráfica. Qualquer problema que encontrem no site ou nas simulações, pedimos que entre em contato com os idealizadores do projeto, que são também, por enquanto os mantenedores do site pelos seus respectivos emails no domínio ecologiavirtual abaixo listados.

http://ecovirtual.ib.usp.br&#10;&#10;O projeto EcoVirtual é um ecossistema para o ensino e aprendizagem de modelos em ecologia utilizando simulações computacionais.&#10;&#10;O ecossistema compreende:&#10;&#10; Sequências didáticas&#10; O pacote em R EcoVirtual para ensino de ecologia&#10; Orientações para uso de outros recursos computacionais&#10; Links para mais material de estudo

Os principais objetivos desse projeto são compreender os mecanismos e os fatores biológicos importantes na estruturação das comunidades de restinga e desenvolver metodologia e técnicas apropriadas para a recuperação e conservação desses ecossistemas. Pretende-se desenvolver tecnologia para a recuperação de ambientes degradados de restinga com o intuito de restabelecer processos e serviços ecológicos importantes.&#10;&#10;Desse modo, estamos investigando a regeneração natural e os fatores abióticos determinantes e limitantes na dinâmica desses ecossistemas e as interações ecológicas entre plantas e entre animais e plantas. Estamos testando modelos e técnicas para regeneração de áreas degradadas e desenvolveremos técnicas para produção de mudas nativas a ser publicado junto ao manual de técnicas de recuperação para os ecossistemas de restinga. Além disso, elaboraremos um atlas de remanescentes dos ecossistemas de restinga do complexo estuarino-lagunar de Iguape, Cananéia e Ilha Comprida.

A drástica redução da área de ocorrência da Floresta Atlântica é um dos problemas mais sérios para a conservação da biodiversidade brasileira e mundial. Elucidar como atuam os efeitos da fragmentação é, portanto, um dos maiores desafios dos estudos ecológicos neste ecossistema. Pouco se sabe sobre os processos demográficos responsáveis pelos efeitos da fragmentação em espécies arbóreas e que podem culminar com a extinção de espécies. O desenvolvimento do presente projeto tem como objetivo geral determinar a estrutura e investigar aspectos da dinâmica de espécies arbóreas na situação de floresta fragmentada e contínua no Planalto Atlântico Paulista. Inicialmente, áreas em potencial no Planalto de Ibiúna serão descritas e avaliadas estruturalmente, para que então sejam selecionados oito fragmentos (floresta madura e floresta secundária) e quatro áreas contínuas (floresta madura - controle) para a realização dos estudos populacionais. Nestas 12 áreas, serão escolhidas três espécies arbóreas comuns, preferencialmente de grupos ecológicos distintos, cuja análise demográfica será realizada em parcelas permanentes, incluindo indivíduos em todos os estádios de desenvolvimento e recenseamentos anuais. Além da demografia, serão avaliadas as relações alométricas, a distribuição espacial e a influência da luz no recrutamento destas espécies. Por fim, com o intuito de integrar toda a análise demográfica, serão empregados modelos matriciais e análises de experimentos de resposta de tabela de vida, que permitirão previsões a cerca da conservação a longo prazo destas espécies e das florestas da região. Concomitantes ao estudo de dinâmica populacional, serão desenvolvidos estudos ao nível de comunidade, buscando verificar quais fatores atuam na diferenciação da composição, estrutura e diversidade das comunidades arbóreas, comparando-se fragmentos e florestas contínuas.&#10;Palavras-chave: Floresta Atlântica, fragmentação, dinâmica populacional, demografia de árvores, ambiente de luz,

O Projeto Guia Igapó visa a produção de um manual ilustrado das plantas presentes na floresta periódicamente inundável do baixo rio Negro. O guia consiste na descrição ilustrada das espécies mais característica desse ambiente altamente diverso, e das muitas espécies exclusivas só encontradas nessa região tão particular da Amazônia. Guias ilustrados são instrumentos importantes para a sensibilização da sociedade e de conscientização da necessidade de preservação do nosso patrimonio natural. Além disso, são catalizadores de conhecimento científico dos sistemas tropicais, onde a identificação das espécies, representa ainda, uma barreira para o melhor conhecimento da ecologia desses ambientes e para o uso sustentável de seus recursos.

Land use change is believed to be the global change driver with the greatest potential to affect biodiversity and ecosystem processes and services in the next decades. One of the main ways in which land use change can alter ecosystem functioning is by causing shifts in the plant functional biodiversity (i.e. the value, range and relative abundance of plant functional traits present in a given ecosystem, hereafter FB). These alterations modify the ecosystem services perceived by different stakeholders, both locally and remotely. Our proposal will focus on the design and implementation of a new interdisciplinary framework to analyze and compare field studies of land use change in the Americas from the tropics to the tundra . We will build a conceptual link between major land use change trajectories, FB, ecosystem processes and services, and vulnerability-sustainability of the production systems that are based on them. We will give empirical content to such framework through the integration of new and on-going studies of FB and ecosystem processes, and by linking ecological and socio-economic conceptual models and empirical information on perceived ecosystem services obtained in the field. Traditional natural and social science methods of gathering empirical information in the field will be combined with participatory methodologies in order to promote the involvement of different stakeholders from the early stages of the process. In order to develop our interdisciplinary framework, we propose (1) To construct a network of scientists addressing links between land use as a driver of global change, FB shifts, and ecosystem processes and services in the Americas; (2) To develop the first comparison of the effects of land use on FB and to establish how this in turn has the potential to modify ecosystem processes in systems under different degrees of climatic control; (3) To establish links between FB, ecosystem functioning and major ecosystem services perceived by differe

O presente projeto tem por objetivo estudar a dinâmica da comunidade arbórea em três ecossistemas florestais do estado de São Paulo, buscando compreender os processos e fatores (bióticos e abióticos) definidores da estrutura florestal e responsáveis pela geração e manutenção da diversidade vegetal. Serão executados estudos referentes a influência de fatores abióticos e bióticos na distribuição espacial das espécies, e a respeito de fenologia, incremento, mortalidade, regeneração e variabilidade genética das populações de árvores. &#10;O acompanhamento de todos os indivíduos da comunidade de árvores a médio e longo prazo em parcelas de grande dimensão, permitirá entender os mecanismos responsáveis pela diferenciação florística, estrutural e de funcionamento dessas fitofisionomias, que representam mais de 80% da cobertura original do estado. A reavaliação periódica das parcelas possibilitará o monitoramento e bases para a avaliação do impacto resultante dos processos de perturbação antrópica e de mudanças macroclimáticas. Permitirá também, o acúmulo de conhecimento necessário para a adequação de propostas de conservação, manejo e restauração.&#10;Pretende-se ainda a produção de guias ilustrados de identificação das espécies presentes na parcela, bem como o treinamento de pessoal qualificado para trabalhos em pesquisa, extensão e fiscalização das florestas remanescentes.&#10;Neste sentido o projeto agrega os seguintes objetivos do Programa Biota:&#10;- Compreender os processos geradores e mantenedores da biodiversidade de três ecossistemas florestais dominantes do Estado de São Paulo. &#10;- Estudar e conhecer a biodiversidade do Estado de São Paulo e divulgar este conhecimento e sua importância. &#10;- Desenvolver bases metodológicas e padrões de referência para estudos de impacto ambiental.&#10;- Produzir estimativas de perda de biodiversidade em diferentes escalas espaciais e temporais.&#10;- Subsidiar a tomada de decisão sobre projetos de desenvolvimento

Estudo em parcela permanente onde todas as plantas com mais de 1 cm de diâmetro estão sendo plaqueadas, mapeadas e monitoradas. Estimamos que cerca de 150 mil árvores sejam anotadas nessa primeira fase do projeto que prevê o invéntário de 25 ha de floresta preservada da Amazônia Central. Essa parcela está vinculada ao Centro de Estudos de Florestas Tropicais do Smithsonian Institute e ao Projeto Dinâmica Biológica de Fragmentos Florestais do INPA e visa o estudo de dinâmica florestal de floresta de terra firme na Amazônia Central. Atualmente, a parcela encontra-se em fase de implantação com 15 hectares inventariados