Fernando Luis Medina Mantelatto.

O valor das coleções biológicas, especialmente no atual contexto de perda acelerada da biodiversidade planetária, é indubitável. Atualmente, face ao grande desenvolvimento tecnológico e popularização dos meios digitais, grandes bancos de dados de coleções biológicas vêm sendo disponibilizados na internet, o que consequentemente aumenta exponencialmente a sua visibilidade e o seu uso. Neste contexto, a qualidade e precisão das informações contidas nas coleções biológicas é de extrema importância, sendo a revisão dos registros um desafio que precisa ser enfrentado para qualificar os dados das coleções, especialmente quanto às localidades e coordenadas e, assim, possibilitar a vinculação de informações fidedignas aos organismos, possibilitando análises em fina escala. Outro avanço tecnológico que afeta diretamente o uso das coleções biológicas é a possibilidade de disponibilizar em ambiente virtual imagens de alta qualidade tanto do exterior do material biológico quanto de seu interior, utilizando equipamentos de inspeção radiológica e micro/nano tomógrafos e técnicas computacionais de reconstrução de modelos 3D, permitindo a disseção virtual de partes anatômicas. Diante do exposto, o presente projeto tem por objetivo a aquisição de um conjunto de equipamentos multiusuários para a geração de imagens radiográficas 2D e de reconstrução de modelos 3D das coleções científicas do Departamento de Biologia da FFCLRP-USP, Ribeirão Preto, para uso em pesquisas, ensino e disponibilização na internet. Mais especificamente, o presente projeto tem por objetivo a compra de: um sistema de inspeção radiográfica digital para rápido acesso a informações anatômicas internas, especialmente do esqueleto; conjunto de 6 estações de trabalho computacionais e respectivos softwares para segmentação de reconstruções 3D geradas pelo nano/micro CT-Scan computadorizado; uma estação de trabalho computacional para armazenamento, organização e disponibilização de imagens relacionadas aos espécimes das coleções na internet. Além disso, almejamos abrir a oportunidade para a formação humana especializada com o treinamento técnico de três bolsistas TT FAPESP. O DB/FFCLRP/USP abriga atualmente quatorze (14) coleções científicas, sendo onze (11) delas acervos de espécimes mortos/preservados, as quais juntas mantêm mais de 500.00 espécimes distribuídos em mais de 134.000 lotes. Cada uma dessas coleções está associada a um laboratório de pesquisa e respectivo curador específico, suportado por infraestrutura física, humana e organizacional dedicada, além de um laboratório multiusuário, Centro para Documentação da Biodiversidade (CDB). O CDB é estruturado por um Comitê Gestor, um Responsável por Equipamentos e por uma Comissão de Usuários, e possui corpo técnico dedicado a operar e dar manutenção aos equipamentos multiusuários (tomógrafo industrial (nano/micro-CT e ao estereomicroscópio com captura de imagem). O CDB faz parte da plataforma USP Multi - Centrais de Equipamentos Multiusuários, a qual torna o parque de equipamentos da instituição visível e de fácil acesso ao compartilhamento e traz facilidades para sua gestão otimizada e manutenção prioritária institucional, com uso prioritário de verbas como a reserva técnica institucional FAPESP, além de possuir mecanismos instalados para transferência orçamentária e para recebimento de pagamentos externos a partir da fundação da FFCLRP.

O projeto foi concedido no ambito da chamada Desenvolvimento de Ações Estratégicas para Políticas em Biodiversidade no âmbito do Programa de Pesquisa em Biodiversidade (PPBio)/ CNPq - CNPq/MCTI/FNDCT 07/2023. O projeto BioCrustaBr faz parte do Programa de Pesquisa em Biodiversidade (PPBio) e está inserido na Linha 8 - Rede Costeira Marinha, e tem os crustáceos decápodes (caranguejos, camarões, siris, ermitões, lagostas e afins) como eixo estruturante da proposta, robustamente formado por um conjunto integrado por 4 pesquisadores) principais que coordenam equipe de 13 diferentes instituições do país e 5 da América do Norte, Central e do Sul com solida experiencia em estudos sobre biodiversidade. Focado nessa temática, o projeto é estruturado em 4 eixos de ação: 1) Inventários Biológicos; 2) Ecossistemas de Referência, Modelagem e Serviços Ecossistêmicos; 3) Estado e Cenários da Biodiversidade; e 4) Comunicação Pública da Ciência sobre a Biodiversidade Brasileira. As ações propostas visam atingir metas em escala macro sete vertentes focadas na biodiversidade: A) Promover a formação e a consolidação de uma Rede de Pesquisa Nacional, Monitoramento e Modelagem em Biodiversidade e Ecossistemas; B) envolver, ampliar e fortalecer a articulação das lideranças e competências regionais estrategicamente selecionadas em diferentes IES; C) estimular o envolvimento dessas lideranças regionais em parcerias internacionais e a integração de estudos sobre a biodiversidade em países da América Latina; D) disseminar o conhecimento sobre a biodiversidade e os ecossistemas marinhos costeiros; E) Interagir com órgãos tomadores de decisão, visando contribuir para elaboração e implementação de políticas públicas relacionadas às áreas de atuação do PPBio e aos Objetivos de Desenvolvimento Sustentável da Agenda 2030 da ONU; F) Interagir com a comunidade costeira levando as informações cientificas em linguagem acessível e colhendo informações sobre a percepção da ciência.

propomos realizar uma análise ampla, diversificada, integrada e com rigor taxonômico sobre a biodiversidade brasileira de crustáceos decápodes marinhos, estuarinos e de água doce. Tal iniciativa visa responder questões importantes sobre as espécies que compõem este táxon e temas considerados chaves para o entendimento da sua biodiversidade, como por exemplo: ciclo de vida, padrões biogeográficos, reprodução, organização populacional e biogeográfica, status taxonômico, processos e padrões evolutivos e história filogenética. Agrega-se a esta ideia o foco em áreas (ecossistemas) de relevância para à preservação de espécies (como manguezais, estuarios e bacias hidrográficas). Projeto TEMÁTICO BIOTA - FAPESP

Capacitar estudantes de diferentes niveis em sistematica molecular utilizando crustaceos decapodes como modelo

Projeto concedido pela Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP), destinando parte das reservas técnicas de auxílios à pesquisa para o Programa de Apoio à Infraestrutura Institucional para Pesquisa, da Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Ribeirão Preto da Universidade de São Paulo, tendo como Outorgado o Prof. Fernando Luis Medina Mantelatto, Diretor da FFCLRP.

Prover uma avaliação integrada (morfologia, molecular, taxonomia e ecologia) dos crustáceos decápodes habitantes do litoral paulista

Projeto concedido pela Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP), destinando parte das reservas técnicas de auxílios à pesquisa para o Programa de Apoio à Infraestrutura Institucional para Pesquisa, da Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Ribeirão Preto da Universidade de São Paulo, tendo como Outorgado o Prof. Fernando Luis Medina Mantelatto, Diretor da FFCLRP.

Projeto amplo que visa o estudo sistemático dos crustáceos de água doce do Brasil. Considerando-se que os gêneros Atya e Potimirim ocorrentes no Brasil nunca foram estudados sob o ponto de vista filogenético, e que a sistemática de alguns de seus representantes é bastante controversa, propõem-se realizar um amplo levantamento de ambos os gêneros em todo o território brasileiro, associado a uma revisão das espécies por meio de análises morfológicas detalhada. A informação biológica gerada nessa análise será utilizada para se testar a hipótese de monofilia do grupo, inserindo-as juntamente com as demais espécies afins em um contexto evolutivo por meio da sistemática filogenética. Esse objetivo contará com o uso de marcadores moleculares e ferramentas da sistemática filogenética molecular. Os dados morfológicos serão obtidos a partir do estudo comparado entre os indivíduos adultos de espécimes que serão coletados em rios e riachos, costeiros e interiores, distribuídos ao longo de todas as regiões do Brasil e que também estão depositados em coleções carcinológicas de museus e instituições de pesquisa.

O Departamento de Biologia da Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Ribeirão Preto da Universidade de São Paulo (DB/FFCLRP/USP) abriga o maior acervo biológico de todos os campi da Universidade de São Paulo, com 12 coleções contendo mais de 800.000 espécimes de diversos grupos de animais, de fungos e de vegetais. Estas encontram-se em diferentes níveis de desenvolvimento quanto à informatização e disponibilização on-line de seus dados. Tendo em vista os propósitos desta Chamada, que focalizam a informatização e a disponibilização de dados de acervos biológicos com vistas ao estabelecimento de políticas públicas direcionadas à Conservação, os seguintes objetivos foram delineados: 1) digitalizar todos os lotes/espécimes ainda não processados em todos os acervos do DB/FFCLRP/USP, 2) revisar os dados primários (localidade, coletores e data) de todos os registros; 3) geo-referenciar todos os registros; 4) triar e identificar todo material nos acervos que ainda não foi estudado; 5) revisar as identificações dos espécimes de grupos taxonômicos complexos, com apoio de pesquisadores colaboradores; 6) integrar as coleções malacológica (moluscos), ornitológica (aves) e mastozoológica (mamíferos) por meio da migração de dados para o programa Specify 6.0; 7) unificar todas as coleções em uma plataforma única, cujos dados poderão ser acessados pelo website dos acervos do DB/FFCLRP (a ser criado) e pelo site do SpeciesLink (http://splink.cria.org.br/); 8) disponibilizar fotografias de alta resolução de exemplares-tipo e aqueles considerados de importância; 9) disponibilizar pela internet um conjunto de cerca de 1.500 radiografias já tiradas e todas as demais que serão geradas durante a vigência do projeto; e 10) treinar técnicos em curadoria científica. Estes objetivos serão levados a cabo com a auditoria dos dados taxonômicos, a ser feita com apoio de pesquisadores visitantes, com a digitação, revisão e geo-referenciamento dos dados, a ser feita com apoio de técnicos. Os dados auditados serão disponibilizados no website dos acervos do DB/FFCLRP/USP e na plataforma do SpeciesLink. A obtenção das fotografias de alta resolução será feita por meio de equipamentos fotográficos digitais, aqui solicitados. Estas, juntamente com radiografias de alta resolução serão disponibilizadas no website dos acervos do DB/FFCLRP/USP.

Esta proposta está direcionada ao estudo de grupos selecionados de crustáceos decápodes de água doce do Brasil e da Costa Rica, com ênfase nos caranguejos Pseudothelphusidae do gênero Ptychophallus e nos camarões Palaemonidae do gênero Macrobrachium. Esses estudos têm como propósito, além de buscar respostas às questões científicas, incrementar a cooperação multilateral entre pesquisadores do Brasil e da Costa Rica. O escopo da pesquisa abrange um estudo comparativo da diversidade morfológica, genético-molecular e ecológico de grupos de caranguejos e camarões com importância ecológica e econômica da Costa Rica e Brasil.

Projeto concedido pela Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP), destinando parte das reservas técnicas de auxílios à pesquisa para o Programa de Apoio à Infraestrutura Institucional para Pesquisa, da Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Ribeirão Preto da Universidade de São Paulo, tendo como Outorgado o Prof. Fernando Luis Medina Mantelatto, Diretor da FFCLRP.

A presente proposta encontra-se inserida no Plano de Metas do Departamento de Biologia (DB) da FFCLRP/USP que visa melhorar e capacitar as coleções cientificas presentes no DB. Tais coleções abrangem peixes, insetos (himenópteros, com ênfase em abelhas, vespas e dípteros), crustáceos, répteis, fósseis, plantas e fungos. Dentre estas coleções podem ser destacadas a coleção de abelhas sem ferrão (com mais de 250 mil registros), a coleção de peixes do Laboratório de Ictiologia de Ribeirão Preto e o Herbário do Departamento de Biologia (Herbário SPFR). Tanto as coleções maiores como as menores estão associadas a laboratórios e linhas de pesquisa dos docentes, sendo de importância fundamental para a consecução de suas pesquisas e também para a educação, estando disponíveis para a consulta por pesquisadores externos, alunos de pós-graduação e graduação da instituição e do público externo em geral. Os objetivos deste projeto são: 1) melhorar as condições de acomodação destas coleções, através da aquisição de mobiliário específico e adequação do espaço; 2) informatizar estas coleções, através da aquisição de equipamentos (computadores, scanners e máquinas fotográficas) e a contratação (por meio de serviços de terceiros) de pessoal para digitalizar e disponibilizar os acervos on-line. De caráter inovador, os registros de nossas coleções serão conectados às filogenias mais atuais de cada grande grupo biológico em questão, o que permitirá efetuar um planejamento mais eficiente da pesquisa biológica, otimizar o uso do material da coleção localmente e, de caráter experimental, induzir a utilização da informação filogenética na Conservação. Com a melhoria das coleções, tanto do ponto de vista de uso do espaço e acomodação do acervo, quanto de informatização do acervo e sua disponibilizarão on-line, pretende-se dar novo impulso à pesquisa ligada à sistemática e taxonômica, bem como a estudos ligados à conservação.

Esta proposta, com vistas ao uso sustentável da biodiversidade, busca soluções novas por meio de técnicas e procedimentos mais refinados para a análise de vários aspectos da biodiversidade dos crustáceos decápodes do litoral paulista. Assim, o principal objetivo é a otimização em conjunto da aplicação de técnicas moleculares (DNA mitocondrial e nuclear) e análises morfológicas de adultos (taxonomia, filogenia, espermiotaxonomia) para uma acurada e detalhada revisão taxonômica e identificação, com cunho filogenético, da biodiversidade de crustáceos decápodes do litoral paulista habitantes em todos os ambientes de ocorrência (marinhos e costeiros, incluindo amostras do plâncton). Esta combinação de técnicas visa a elaboração de um check-list atualizado das espécies de crustáceos decápodes do litoral paulista, constituído e respaldado por uma biblioteca genômica (?barcoding?) e uma coleção científica de referência informatizada com acervos on-line. De forma inédita, espera-se que a conclusão deste produto traga repercussão internacional, por se tratar de uma iniciativa inovadora para o taxa Crustacea.

O objetivo central deste subprojeto é a aquisição de um Nano CT-Scan do tipo Nikon XTH225-ST, destinado primordialmente a atender às atividades de pesquisa relacionadas às coleções biológicas de diferentes campi e unidades da USP, e mesmo fora dela. O equipamento poderá ainda atender outras áreas de pesquisa, dada sua amplitude de aplicações que inclui diversos ramos da pesquisa biológica (incluindo aplicações biomédicas), das ciências de materiais, além de pesquisas em física e engenharia. Uma vez que a introdução dessa técnica ainda é incipiente, não somente no Brasil como no mundo, a aquisição deste equipamento projeta para um patamar altamente destacado a pesquisa em Biodiversidade da USP, contribuindo para sua integração entre lideranças científicas das mais diversas unidades da USP e de instituições de pesquisa nacionais e internacionais.

Avaliar aspectos fisiologicos,adaptativos e evolutivos em crustáceos decápodes, utilizando-se de um portunídeo como modelo de estudo.

Comparative studies of species known to occur over a wide geographic range can provide valuable information on the development of intraspecific adaptations to different environmental conditions. However, the number of available studies regarding this subject is limited, which hinders the development of a more complete understanding of the evolution of life cycle strategies in this highly diverse group of crustaceans. In the here proposed project we expect to find species that are genetically homogeneous along their entire distribution range along the western Atlantic, while others may be genetically highly structured and consist of more than one species. These cryptic species will be characterized and described, thus contributing important information to our current understanding of marine biodiversity of continuous coastlines stretching along different climatic zones.

Em continuidade aos projetos de cooperação com a Universidad de Costa Rica, pretende-se nesta etapa: 1) Identificar e comparar a estrutura populacional, e os parâmetros da biologia reprodutiva de espécies de anomuros (porcelanídeos) e carideos (camarões) e passíveis de comparação entre as regiões do Brasil e Costa Rica, em especial para as espécies com algum conhecimento prévio em uma das áreas e/ou que nunca foram estudadas sobre tais aspectos (Hippolyte, Macrobrachium, Pachycheles); 2) Avaliar a sistemática de espécies pertencentes a estes gêneros-alvo nas regiões de estudo, utilizando-se da análise morfológica e molecular comparativa, objetivando fornecer inferências filogenéticas e testar a validade de espécies cuja identificação é questionada.

Os representantes da subfamília Palaemoninae (crustáceos decápodes tipo-camarões), apesar de apresentarem uma longa história taxonômica, são considerados de difícil resolução filogenética, devido ao fato de serem altamente conservativos em relação à sua morfologia. Diante disso, será realizado um amplo levantamento dos representantes de água doce dessa subfamília em todo o território brasileiro, além de uma caracterização das espécies por meio de dados morfológicos e moleculares. Uma análise combinada entre os resultados obtidos a partir das analises morfológicas e moleculares permitirá uma revisão sistemática mais completa e consistente desse grupo, principalmente sobre a validade ou não das espécies descritas para o território brasileiro. Ao final, a posição filogenética dos Palaemoninae será contextualizada a partir de uma filogenia prévia existente para a família Palaemonidae.

Considerando-se que nas últimas décadas os estudos comparativos entre as faunas costeiras do Brazil, Argentina e Chile foram totalmente negligenciados e pobremente investigados, este projeto tem como objetivo principal desenvolver estudos biológicos, ecológicos e sistemáticos sobre crustáceos decápodes reportados paras estas províncias biogeográficas utilizando-se os ermitões como modelo para uma abordagem inter e multidisciplinar na elucidação dos problemas inerentes ao grupo. Para tanto, pretende-se: 1) Identificar e comparar a estrutura populacional, a utilização de conchas de gastrópodes e os parâmetros da biologia reprodutiva de espécies de ermitões abundantes e passíveis de comparação entre as regiões do Brasil, Argentina e Chile, em especial para as espécies com algum conhecimento prévio em uma das áreas e/ou que nunca foram estudadas sobre tais aspectos (Pagurus, Sympagurus); 2)	Avaliar a biodiversidade das espécies de ermitões nas regiões de estudo, utilizando-se da análise morfológica e molecular comparativa com outros membros da família Diogenidae e Paguridae descritos anteriormente e/ou a serem descritos em paralelo, com ênfase em distintos gêneros, objetivando fornecer inferências filogenéticas e testar a validade de espécies cuja identificação é questionada, em particular para os gêneros Pagurus e Paguristes; 3) Descrever e ilustrar, de forma inédita, a morfologia do espermatóforo e suas relações biométricas para alguns gêneros de ermitões (Isocheles, Sympagurus e Petrochirus), visando preencher a lacuna sobre o desconhecimento total sob este aspecto, porém de crucial importância para o contexto da espermiotaxonomia e suporte para a sistemática do grupo.

Considerando-se a ampla distribuição dos camarões de água doce do gênero Macrobrachium por todo o mundo, sua ampla diversidade no território brasileiro até então não estudada sob o ponto de vista filogenético, e sua sistemática controversa, o presente projeto tem como objetivo realizar uma revisão sistemática das espécies do gênero Macrobrachium que ocorrem no território brasileiro por meio de análises moleculares (mtDNA 16S). A partir destes dados serão avaliadas as relações filogenéticas das espécies brasileiras do gênero juntamente com outras que ocorrem na região neotropical. Será dada ênfase particular nas espécies cuja sistemática atual encontre-se em situação controversa.

Decapod species occurring on both sides of the Isthmus of Panama have been studied rarely in a comparative manner. We selected the porcellanid crab Petrolisthes armatus as our study object, a species that can be found on both coasts of Costa Rica as well along the Brazilian coast. Our study is aimed to provide information on divergence and speciation processes of transisthmian species. In this way our main objectives are: 1- Identify and compare the population structure, and reproductive biology (egg production, reproductive output) of Petrolisthes armatus, common in intertidal zones of the study areas in Brazil and Costa Rica; 2) Check biogeographic aspects of P. armatus by comparing the morphological and genetic identification along their range of distribution in Costa Rica and Brazil using DNA sequence of mitochondrial large subunit ribosomal (16S rRNA) gene.

Investigações filogenéticas envolvendo a combinação de análises morfológica e molecular para as espécies do gênero Portunus evidenciaram uma considerável confusão em relação à taxonomia deste grupo em relação à superfamília Portunoidea, o que motivou a elaboração deste projeto mais amplo. Considerando a presença de espécies análogas deste grupo e nenhuma informação recente sobre a relação filogenética combinando as espécies incluídas na superfamília Portunoidea, decidiu-se elaborar este projeto para avaliar: 1) as relações filogenéticas entre os gêneros que compõem tal grupo utilizando-se análise molecular (16S ribossomal) e morfológica; 2) as relações evolutivas entre os componentes deste taxa, as quais nunca foram estudadas sob o aspecto filogenético; 3) a revisão dos aspectos sistemáticos e biogeográficos, buscando evidências que suportam a dispersão e seu status taxonômico.

Considering that comparative studies involving the faunas of Brazil, Argentina, Chile and Venezuela regions are negligenced and poorly investigated the present project aim to develop systematic and ecological studies on crustacean species reported in these biogeographic provinces. In general, hermit crabs will be studied since they offer good information about phylogenetic relationship and evolutive divergences between Decapod Crustacea and in function of our background knowledge and publications on this group. Specific objectives: 1- To identify and compare the population structure, gastropod shells utilized, and reproductive biology parameter of the most abundant hermit species common in the non-consolidated areas of studied regions of Brazil, Argentina, Chile and Venezuela; 2- To check a biodiversity by comparing the morphological and genetic identification of the most abundant hermit species along their range of distribution in the area using DNA sequence of mitochondrial large subunit ribosomal (16S rRNA) gene. The principal focus will be on common hermit crab species (Anomura, Paguroidea) of coastal marine waters.

Considerando-se a presença de espécies análogas do genero Portunus distribuidas no lado Pacífico Americano e da total ausência de informações recentes sobre a relação filogenética combinando as espécies do continente americano margeado por ambos oceanos, decidiu-se elaborar este projeto para avaliar: 1) as relações filogenéticas entre o gênero Portunus do Pacífico Oriental e do Atlântico Ocidental pela análise molecular (16S ribossomal) e morfológica.

Anomura represents a quite significant group in marine crustaceans, of which porcellanid and hermit crabs, among others, are included. Hermit crabs inhabit a variety of habitats, mainly hard (coral reefs) and soft (sand reefs, algal beds) substrata, which provide favorable conditions to their life cycle. With approximately 800 species described throughout the world, hermit crabs represent a very important group within the intertidal community and a significant taxon in the benthic sublittoral habitat. Since hermit crabs need local resources for body protection using principally gastropod shells, the studies focusing some of shell parameters are considered important and responsible for the understand of the biology of this species. Therefore, a comparative study between the common species inhabiting different areas can furnish information to the knowledgement of the biology and life cycle of this interesting group of animals. Also, due to different local water temperatures, being higher at the latitude of São Paulo State than at Buenos Aires province, reproductive season of same species located in both areas are of different duration and starting earlier in the warmest water of Brazil than in Argentina.