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Perfil do docente · IFSC

Jose Fernando Fontanari.

Livre · Departamento de Física e Ciência Interdisciplinar

Currículo atualizado em 08/12/2025

Física Estatística e TermodinâmicaFísica BiológicaProbabilidade e Estatística Aplicadas

Cita-se como: FONTANARI, J. F.;Fontanari, José F;Fontanari, Jose Fernando;Fontanari, Jose;Fontanari, José;Fontanari, José F.;FONTANARI, J F;FONTANARI, J;FONTANARI, JOSE F.;F FONTANARI, JOSÉ

15 seções

Resumo biográfico

Possui graduação em Bacharelado em Física pela Universidade Federal do Rio Grande do Sul (1985) e doutorado em Física pelo Instituto de Física de São Carlos da Universidade de São Paulo (1988). É Professor Titular da Universidade de São Paulo desde 2003. Tem experiência na área de Física Estatística, com ênfase em aplicações em problemas biológicos e sócio-culturais atuando principalmente nos seguintes temas: dinâmica de populações, inteligência coletiva e modelagem matemática de sistemas sociais. Atualmente é editor chefe do Physics of Life Reviews (Elsevier, IF: 14.3). Atua também como membro do corpo editorial dos periódicos Theory in Biosciences (Springer, IF: 1.3), Mathematics (MDPI, IF: 2.2) e Frontiers in Ecology and Evolution - Behavioral and Evolutionary Ecology (Frontiers, IF: 2.6).

Indicadores

Áreas de atuação

03 registros
  • Ciencias Exatas E Da Terra
    Física
    Física Geral › Física Estatística e Termodinâmica
  • Ciencias Exatas E Da Terra
    Física
    Física Geral › Física Biológica
  • Ciencias Exatas E Da Terra
    Probabilidade e Estatística
    Probabilidade e Estatística Aplicadas

Formação acadêmica

04 registros
  1. 1988 – 1989Pós-DoutoradoConcluído
    Pós-Doutorado · California Institute of Technology
    Bolsa Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico
  2. 1985 – 1988DoutoradoConcluído
    Física São Carlos · Universidade de São Paulo
    “Processamento de Informações em Redes de Neurônios Síncronas”
    Orientação: Roland KöberleBolsa Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo
  3. 1981 – 1985GraduaçãoConcluído
    Bacharelado Em Física · Universidade Federal do Rio Grande do Sul
  4. Livre-docênciaConcluído
    Livre-docência · Universidade de São Paulo

Idiomas

03 registros
IdiomaLeituraFalaEscritaCompreensão
InglêsBemBemBem—
Espanhol—RazoávelPouco—
FrancêsRazoávelBemRazoável—

Atuação profissional

07 registros
  1. 2018 – presenteVínculo atual
    Mathematics
    Membro de corpo editorial
  2. 2004 – presenteVínculo atual
    Theory in Biosciences (1431-7613)
    Membro de corpo editorial
  3. 2003 – presenteVínculo atualDedicação exclusiva
    Universidade de São Paulo
    Professor TitularServidor Publico
  4. 2003 – presenteVínculo atual
    Physics of Life Reviews (Print)
    Membro de corpo editorial
  5. 1994 – 2003Dedicação exclusiva
    Universidade de São Paulo
    Professor AssociadoServidor Publico
  6. 1990 – 1992
    Network-Computation in Neural Systems (0954-898X)
    Membro de corpo editorial
  7. 1988 – 1994Dedicação exclusiva
    Universidade de São Paulo
    Professor Doutor

Produção bibliográfica

209 registros
46 de 46 itens
Por página
  • 2014
    Cooperative solution of cryptarithmetic problems
    Jose Fernando Fontanari · 14th International Conference Computational and Mathematical Methods in Science and Engineering · ISBN 978-84-616-92 · Jerez
  • 2014
    Solving a cryptarithmetic problem using a social learning heuristic
    Jose Fernando Fontanari · 2014 IEEE Symposium on Computational Intelligence, Cognitive Algorithms, Mind, and Brain (CCMB) · IEEE · ISBN 9781479945498 · Orlando
  • 2013
    ASSOCIATIVE LEARNING OF A LEXICON IN A NOISY CROSS-SITUATIONAL SCENARIO
    TILLES, P. F. C.; Jose Fernando Fontanari · International Symposium on Mathematical and Computational Biology · WORLD SCIENTIFIC · ISBN 9789814520812 · Tempe
  • 2012
    GENETIC REDUNDANCY AND THE ORIGIN OF CHROMOSOMES
    Jose Fernando Fontanari · BIOMAT 2011 International Symposium on Mathematical and Computational Biology · World Scientific Press · ISBN 9789814397711 · Santiago, Chile
  • 2011
    The performance of a linear learning algorithm for cross-situational vocabulary learning
    Jose Fernando Fontanari · IEEE Symposium Series on Computational Intelligence SSCI2011 · IEEE Press · ISBN 9781424498895 · França
  • 2011
    Emotions of Cognitive Dissonance
    Jose Fernando Fontanari; Leonid I. Perlovsky; Marie-Claude Bonniot-Cabanac; Michel Cabanac · The 2011 International Joint Conference on Neural Networks (IJCNN 2011) · ISBN 9781424496365 · San Jose
  • 2010
    Effect of mass media on the cultural diversity of Axelrod model of social influence
    Jose Fernando Fontanari · BIOMAT 2009 International Symposium on Mathematical amd Computational Biology · World Scientific · ISBN 9789814304894 · Brasília
  • 2010
    A model of frequency-dependent bias for the spread of opinions in a lattice
    Jose Fernando Fontanari · The 3rd Conference of Computational and Mathematical Population Dynamics · Victor Segalen Bordeaux 2 University · Bordeaux
  • 2010
    A Computational model of adults' performance in naming objecys using cross-situational learning
    Jose Fernando Fontanari; Leonid I. Perlovsky · 2010 IEEE World Congress on Computational Intelligence · IEEE Press · ISBN 9781424469178 · Barcelona
  • 2010
    Cultural Evolution in a lattice: the majority-vote model as a frequency-dependent bias model of cultural transmission
    Jose Fernando Fontanari; Lucas Rodrigues Peres · BIOMAT 2010 International Symposium on Mathematical and Computational Biology · World Scientific · ISBN 9814343420 · Rio de Janeiro
  • 2009
    A cross-situational algorithm for learning a lexicon using Neural Modeling Fields
    Jose Fernando Fontanari; Vadim Tikhanoff; Angelo Cangelosi; Leonid I. Perlovsky · 2009 International Joint Conference on Neural Networks · IEEE Press · ISBN 9781424435531 · Atlanta
  • 2008
    A population dynamics approach to language evolution
    Jose Fernando Fontanari · BIOMAT 2008 International Symposium on Mathematical and Computational Biology · World Scientific · ISBN 9789814271813 · Campos do Jordão
  • 2008
    Object perception in the neural modeling fields framework
    Jose Fernando Fontanari; Leonid I. Perlovsky · 2008 IEEE World Congress on Computational Intelligence · Institute of Electrical and Electronics Engineers, Inc. · ISBN 9781424418213 · Hong Kong
  • 2007
    How communication can improve differentiation in the Modeling Field Theory framework
    Jose Fernando Fontanari; Leonid I. Perlovsky · 2007 IEEE International Conference on Knowledge Intensive Multi-Agent Systems · IEEE Press · ISBN 1424409454 · Waltham
  • 2007
    A Modeling Field Theory approach to pursuit games
    Jose Fernando Fontanari; Leonid I. Perlovsky · 2007 IEEE International Conference on Knowledge Intensive Multi-Agent Systems · IEEE Press · ISBN 1424409454 · Waltham
  • 2007
    Inverse density dependence in the evolution of communication
    Jose Fernando Fontanari · II Conference on Computational and Mathematical Population Dynamics (CMPD2) · CMPD2 - Organização · Campinas
  • 2007
    Language acquisition and category discrimination in the Modeling Field Theory Framework
    Jose Fernando Fontanari; Leonid I. Perlovsky · 2007 International Joint Conference on Neural Networks · The International Neural Networks Society · ISBN 142441380 · Orlando
  • 2006
    Allee effect on language evolution
    Jose Fernando Fontanari; Leonid I. Perlovsky · 6th International Conference on Language Evolution (EVOLANG6) · World`Scientific · ISBN 9812566562 · Roma
  • 2006
    How language can guide intelligence
    Leonid I. Perlovsky; Jose Fernando Fontanari · 6th International Conference on Language Evolution (EVOLANG6) · World Scientific · ISBN 9812566562 · Roma
  • 2006
    Meaning creation and communication in a community of agents
    Jose Fernando Fontanari; Leonid I. Perlovsky · 2006 IEEE World Congress on Computational Intelligence and IEEE International Joint Conference on Neural Networks IJCNN'06 · IEEE Press · ISBN 0780394895 · Vancouver
  • 2006
    Categorization and symbol grounding in a complex environment
    Jose Fernando Fontanari; Leonid I. Perlovsky · 2006 IEEE World Congress on Computational Intelligence and IEEE International Joint Conference on Neural Networks IJCNN'06 · IEEE Press · ISBN 07803948 · Vancouver
  • 2005
    Evolution of Communication in a Community of Simple-minded Agents
    Jose Fernando Fontanari; Leonid I. Perlovsky · IEEE 2005 International Conference on Integration of Knowledge Intensive Multi-agent systems · Institute of Electrical and Electronics Enginners · ISBN 078039013 · Waltham, MA, EUA
  • 2005
    Minimal Models for Text Production and Zipf's Law
    Jose Fernando Fontanari; Leonid I. Perlovsky · IEEE 2005 International Conference on Integration of Knowledge Intensive Multi-Agent Systems · Institute of Electrical and Electronics Engineers · ISBN 078039013 · Waltham, MA, EUA
  • 2005
    Meaning Creation and Modeling Field Theory
    Jose Fernando Fontanari; Leonid I. Perlovsky · IEEE 2005 International Conference on Integration of Knowledge Intensive Multi-Agent Systems · Institute of Electrical and Electronics Engineering · ISBN 078039013 · Waltham, Eua
  • 2003
    Catalytic Reaction Sets, Decay, and the Preservation of Information
    Jose Fernando Fontanari; Wim Hordijk · IEEE International Conference on Integration of Knowledge Intensive Multi-Agent Systems · IEEE Press · Boston

Produção técnica

05 registros
5 de 5 itens
Por página
  • 2014
    CCMB14 - Symposium Series on Computational Intelligence
    Leonid I. Perlovsky; Jose Fernando Fontanari; Angelo Cangelosi; Daniel Levine; Robert Kozma · IEEE
    Congresso
  • 2013
    CCMB 2013, IEEE Symposium on Computational Intelligence, Cognitive Algorithms, Mind, and Brain
    Leonid I. Perlovsky; Damien Coyle; Kai Keng Ang; Jose Fernando Fontanari; Robert Kozma · IEEE
    Congresso
  • 2007
    II Conference on Computational and Mathematical Population Dynamics
    Hyun Mo Yang; Jose Fernando Fontanari · Universidade Estadual de Campinas
    Congresso
  • 2005
    IEEE 2005 Conference on Integration of Knowledge Intensive Multi-Agent Systems KIMAS'05
    Leonid I. Perlovsky; Jose Fernando Fontanari · IEEE Boston section
    Congresso
  • 1999
    XXII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada
    Jose Fernando Fontanari · Sociedade Brasileira de Física
    Congresso

Projetos

08 registros

Projetos de pesquisa e de desenvolvimento tecnológico registrados no Currículo Lattes.

8 de 8 projetos
Por página
  • 2020 – presentePesquisa

    Modelagem matemática e computacional nas ciências sociais

    Em andamento

    A busca de leis estatísticas que descrevem o comportamento social humano é provavelmente uma das tarefas mais ambiciosas da ciência. De fato, a própria ideia de uma sociologia matemática foi introduzida originalmente na trilogia clássica Fundação de Asimov, estando pois ao par com as tecnologias futuristas vislumbradas pela ficção científica. Como muitas daquelas visões, especialmente as referentes à inteligência artificial, a matematização das ciências sociais deverá alcançar a maturidade ainda neste século e seu impacto será inestimável dado o potencial criador e destruidor das massas. Neste projeto vamos olhar, principalmente, para o aspecto positivo mais cotidiano, embora pouco reconhecido, das massas - a inteligência coletiva - que faz com que grupos possam solucionar problemas que estão muito além da capacidade de um único indivíduo. Essa observação não fundamenta apenas toda a ciência da organização do trabalho, mas também embasa um fenômeno misterioso conhecido como sabedoria das massas ou Vox Populi, revelado pela surpreendente precisão da estimativa coletiva de uma grandeza dada pela média das estimativas individuais independentes. Nesse tema principal, vamos explorar paradigmas de cooperação na organização de forças-tarefas, como os sistemas quadro-negro usados para modelar brainstorming. O objetivo é determinar como a eficiência do grupo na resolução de problemas depende das tendências individuais para escrever e copiar informações no quadro-negro, bem como da quantidade de informação exposta no quadro-negro. Já no Vox Populi, vamos investigar como características da distribuição de probabilidade das estimativas individuais influenciam a precisão da estimativa coletiva. Além da inteligência coletiva, vamos considerar também tópicos mais tradicionais da sociologia matemática, como a dinâmica de grupos casuais (grupos em um coquetel, por exemplo) e a propagação de padrões comportamentais (crime, por exemplo) entre membros suscetíveis da população. Ambos os tópicos permitem a validação dos modelos através de dados disponíveis em repositórios de acesso livre. Um objetivo central da proposta é a criação de uma rede de pesquisadores com foco na modelagem do comportamento social humano.

    Financiadores
    • Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo · AUXILIO_FINANCEIRO
    Equipe

    Jose Fernando Fontanari (Responsável), Claudia Pio Ferreira, Fernando Fagundes Ferreira, Hyun Mo Yang, REIA, SANDRO M, GOMES, PAULO F

  • 2016 – 2018Pesquisa

    Inteligência coletiva: a abordagem de sistemas cooperativos distribuídos

    Concluído

    A ideia da existência de uma inteligência coletiva responsável pelas estruturas naturais sofisticadas construídas por alguns organismos sugere que as organizações sociais desses organismos tenham sido selecionadas de modo a otimizar a capacidade de resolver problemas na escala de grupo. As vantagens do trabalho cooperativo há muito vêm sendo exploradas pela natureza como revelam, por exemplo, as estruturas coletivas criadas por cupins e mofos mucilaginosos. Essas estruturas podem ser pensadas como sendo as soluções encontradas por aqueles organismos para os problemas que ameaçam sua existência. Nessa perspectiva, a competência para resolver problemas na escala de grupo é vista como uma pressão seletiva que atua no tamanho e na organização dos grupos de organismos sociais. Neste projeto vamos usar modelos mínimos baseados em agentes para estudar como e em quais condições a colaboração favorece a competência do grupo para resolver problemas. As tarefas a serem resolvidas são problemas do tipo NP-Completo tais como encontrar o máximo global de relevos adaptativos NK ou encontrar a solução de certos problemas de satisfação de vínculos. Os agentes cooperam anunciando mensagens sobre os seus status atuais (ou seja, o valor das soluções encontradas no momento) e usam essa informação para imitar o agente de maior status nas suas redes de influência. Essa troca de mensagens entre agentes informando sobre o sucesso parcial de cada um na solução do problema é o elemento definidor de sistemas cooperativos distribuídos. Ainda, uma vez que a disseminação de componentes da solução entre os agentes pode ser visto como um processo de "difusão de inovações" vamos também estudar esse processo no contexto da solução de problemas bem como no contexto do modelo de Axelrod de difusão cultural

    Financiadores
    • Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo · AUXILIO_FINANCEIRO
    Equipe

    Jose Fernando Fontanari (Responsável), REIA, SANDRO M., FRANCO, CAROLINE

  • 2013 – 2015Pesquisa

    Estudos no modelo de Axelrod: transição de fase de não-equilíbrio, difusão de inovações, e computação coletiva

    Concluído

    A característica que popularizou o modelo de Axelrod de disseminação cultural é a existência de configurações absorventes que exibem diversos domínios culturais, a despeito da regra de interação local entre os agentes que promove a similaridade entre eles. Nesse modelo, os agentes estão fixos em sítios de uma rede quadrada com conexões entre primeiros vizinhos somente e são representados por listas de F características culturais com cada característica podendo adotar um certo número q de traços culturais ou opiniões distintas. Dependendo dos valores desses parâmetros o estado estacionário do modelo exibe coexistência cultural ou não, sendo esses regimes separados por uma transição de fase de não equilíbrio no espaço (q,F). Um ingrediente essencial do modelo é o fato da probabilidade de interação entre dois vizinhos crescer linearmente com sua superposição cultural: agentes similares interagem mais frequentemente e agentes sem nenhuma característica cultural em comum simplesmente não interagem. Nosso primeiro objetivo é caracterizar completamente a natureza da transição de fase de não-equilíbrio do modelo de Axelrod usando escala de tamanho finito, lembrando que o modelo exibe um número infinito de estados absorventes no limite termodinâmico e que, ao contrário do processo de contato, a dinâmica sempre é atraída para um desses estados. Nosso segundo objetivo é investigar o processo clássico de difusão de inovações usando uma variante do modelo de Axelrod que inclui um campo externo local que fará o papel do agente de inovação. Nesse linha, vamos estudar também o efeito da difusão ou expansão demográfica, ou seja, não apenas as idéias propagam-se de agente a agente, mas os agentes também podem se mover pela rede. Finalmente, nosso terceiro objetivo é explorar a idéia da sociedade como um ?cérebro coletivo mais eficiente que indivíduos isolados na execução de tarefas complexas. Nesse caso, o conjunto de características culturais de um agente é interpretado como uma solução tentativa de algum problema de otimização. Enfim, a idéia é utilizar um modelo de agentes na rede relativamente simples para entender com clareza tópicos fundamentais como o processo de disseminação de inovações e o potencial da computação social. Particularmente interessante é a compreensão do papel da transição de fase de não-equilíbrio nesses dois processos.

    Financiadores
    • Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico · BOLSA
    • Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo · AUXILIO_FINANCEIRO
    Equipe

    Jose Fernando Fontanari (Responsável), Lucas Rodrigues Peres

  • 2011 – 2013Pesquisa

    Coexistência e altruismo através da seleção de grupo

    Concluído

    A explicação da coexistência entre espécies, indivíduos ou replicadores distintos permanece um desafio para as abordagens convencionais da teoria evolutiva onde a competição é considerada o ingrediente essencial. A abordagem da seleção de grupo permite uma explicação satisfatória ao introduzir um segundo nível de seleção ? a competição entre grupos. No contexto da evolução pré-biótica, que é o nosso foco principal neste projeto, essa competição não é controversa, já que os grupos seriam as protocélulas ou células primitivas. Por outro lado, no contexto de espécies a noção de seleção de grupo, usualmente empregada para explicar o comportamento altruista, é bastante criticada. A formulação matemática do problema da seleção em dois níveis, ou mesmo de populações estruturadas, é muito desafiadora. Procuramos tratar esse problema usando a aproximação difusiva da genética de populações (essencialmente reduzindo o processo estocástico a equações do tipo Focker-Planck) e extrair informações analíticas sobre os diferentes regimes estacionários, dando ênfase a caracterização do fenômenos críticos associados às mudanças desses regimes.

    Financiadores
    • Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico · AUXILIO_FINANCEIRO
    Equipe

    Jose Fernando Fontanari (Responsável), SERVA, M.

  • 2009 – 2010Pesquisa

    Aquisição de vocabulário pelo aprendizado observacional

    Concluído

    O processo de aquisição de um vocabulário através do aprendizado observacional (cross-situational learning) é baseado na ideia intuitiva de que o significado de uma palavra pode ser inferido pela análise das repetidas situações em que aquela palavra é utilizada, isto é, pela busca de um elemento comum nessas situações. Assim, trata-se de uma aplicação direta da filosofia do associacionismo de Locke ao problema da aquisição do vocabulário. Consideramos modelos simplificados de aprendizado em que há uma correspondência biunívoca entre o conjunto de palavras e o conjunto de objetos a serem nomeados. O problema do aprendizado desse mapeamento palavra-objeto é descrito como um processo estocástico e estudado usando técnicas tradicionais dessa área (em particular, cadeias de Markov e simulações de Monte Carlo). A introdução de ruído no processo de aprendizado, modelando palavras fora do contexto, resulta em um fenômeno limiar ou crítico que separa regimes onde o aprendizado é possível ou não. A comparação com experimentos onde adultos tentam aprender o mapeamento (artificial) entre palavras e objetos indica que o esquecimento e o erro de discriminação (essencialmente, a lei de Weber que descreve como humanos diferenciam quantidades) desempenham um papel importante na forma com que humanos inferem o mapeamento palavra-objeto.

    Financiadores
    • Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico · BOLSA
    • Southern Office of Aerospace Research and Development · AUXILIO_FINANCEIRO
    • Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo · BOLSA
    Equipe

    Jose Fernando Fontanari (Responsável), Leonid I. Perlovsky, Angelo Cangelosi, Tilles, Paulo F C

  • 2008 – 2010Pesquisa

    Comportamento crítico e quebra de ergodicidade em modelos de comportamento social

    Concluído

    Duas características geralmente associadas à emergência do comportamento coletivo complexo são a existência de fenômenos limiares (ou críticos) separando diferentes regimes estacionários ou dinâmicos e a dependência desses regimes com as condições iniciais (quebra de ergodicidade). Modelos típicos de comportamento social exibem pelo menos uma dessas características. Por exemplo, o modelo do voto da maioria exibe quebra de ergodicidade apenas; já o Modelo de Axelrod exibe as duas características. Utilizamos métodos da mecânica estatística, em particular a aproximação de n-sítios e teoria de escala de tamanho finito, para estudar a dinâmica e propriedades estatísticas dos estados estacionários de uma ampla gama de modelos mínimos de comportamento social. Apesar de altamente simplificados, esses modelos são bem mais complexos que os modelos clássicos usuais de spins da mecânica estatística, o que torna seu estudo bastante desafiador sob o ponto de vista técnico dessa disciplina. De fato, no caso do modelo de Axelrod de disseminação cultural, que exibe um número infinito de estados absorventes, praticamente nada se sabe sobre a natureza da transição de fase entre estados absorventes espacialmente homogêneos (regime mono-cultural) e estados absorventes heterogêneos (regime multicultural). O objetivo do projeto é oferecer uma análise completa e coerente desses modelos seguindo os padrões de qualidade bem estabelecidos na comunidade de mecânica estatística tradicional.

    Financiadores
    • Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo · BOLSA
    • Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico · BOLSA
    Equipe

    Jose Fernando Fontanari (Responsável), Peres, Lucas R, Tilles, Paulo F C

  • 2004 – 2010Pesquisa

    Replicadores: aplicações em evolução pré-biótica e linguagem

    Concluído

    Uma das idéias científicas mais originais e controversas é a sugestão de que muito da complexidade associada à vida e ao comportamento humano é conseqüência da ação não planejada de replicadores. Entende-se
por replicador a entidade (genes no caso biológico e idéias ou memes no caso cultural) capaz de se auto-replicar, dadas as condições necessárias para isso. Uma característica importante, embora extremamente restritiva, é que as cópias produzidas, perfeitas ou não, sejam também replicadores. Essa condição é necessária para que a força organizadora da seleção natural possa atuar. Nossa proposta é estudar a emergência e a evolução de replicadores em dois casos de grande importância para muitos ramos da ciência: 
evolução pré-biótica (origem da vida) e evolução da linguagem. Devido ao conceito unificador de replicador, a formalização matemática bem como a metodologia de estudo são idênticas nessas duas situações, apesar de à primeira vista corresponderem a fenômenos completamente distintos. Métodos analíticos da mecânica estatística de sistemas desordenados (a técnica das réplicas e a contagem de estados meta-estáveis, por exemplo), teoria de processos de ramificação e teoria de sistemas dinâmicos são ferramentas que podem ser empregadas na caracterização dos estados estacionários da dinâmica de replicadores. No contexto da evolução da linguagem, nosso objetivo principal é entender como as limitações sensoriais e de processamento dos agentes determinam e limitam a estrutura da linguagem desenvolvida. Já no contexto da evolução pré-biótica, pretendemos nos concentrar principalmente na questão da emergência de metabolismos através
da simulação de uma cinética química artificial, sendo esta uma forma de abordar, através de ?primeiros-princípios?, a origem dos replicadores, visto por muitos como o evento mais fundamental da história da vida. Além desses objetivos admitidamente ambiciosos que servem para nortear o rumo da pesquisa, diversas outras questõ

    Financiadores
    • Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo · AUXILIO_FINANCEIRO
    • Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico · BOLSA
    Equipe

    Jose Fernando Fontanari (Responsável)

  • 1999 – 2004Pesquisa

    Evolução Molecular Teórica

    Concluído

    A introdução de métodos moleculares no estudo da Evolução transformou esse campo de pesquisa numa ciência exata, na qual os parâmetros relevantes podem ser medidos com precisão e as teorias testadas contra os dados experimentais. Neste projeto vamos nos concentrar em duas áreas de estudo, a saber, (a) reconstrução da história evolucionária de genes e organismos (inferência ancestral), e (b) evolução pré-biótica ou a origem da vida. Embora essas áreas tenham sido tradicionalmente estudadas separadamente, principalmente porque a origem da vida ainda é uma questão bastante especulativa, vamos argumentar que, pelo menos do ponto de vista teórico, os modelos usados para estudar esses dois problemas são essencialmente os mesmos; a principal diferença sendo a ênfase dada a diferentes características ou grandezas do processo evolucionário. Neste sentido, planejamos usar nossa experiência de 5 anos de trabalho em evolução pré-biótica para abordar problemas de reconstrução filogenética e genealógica. Esse tipo de problema possui enorme importância prática como, por exemplo, a elucidação da origem e história natural dos vírus. Mais especificamente, vamos nos concentrar nos efeitos da seleção (ou reprodução diferenciada) nas propriedades estatísticas de árvores genealógicas tais como os padrões de adjacência e a distribuição de distâncias internodais. Embora essas propriedades sejam bem entendidas no caso de evolução neutra, há muito poucos trabalhos que levam a seleção em conta. Com relação ao tema evolução pré-biótica, vamos nos concentrar principalmente na aplicação de idéias da teoria de seleção de grupos para explicar a coexistência estável de moléculas auto-replicadoras com taxas de replicação distintas. Essa coexistência é fundamental para o surgimento de aglomerados moleculares complexos capazes de funcionar como um metabolismo rudimentar.

    Financiadores
    • Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico · BOLSA
    • Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo · AUXILIO_FINANCEIRO
    Equipe

    Jose Fernando Fontanari (Responsável)

Orientações

1 de 1 orientação
Por página
  • Mestrado
    desde 2025
    Matheus Stefanini Mariano · Orientação
    Fenômenos coletivos em agrupamentos animais · Fisica (SC) · Universidade de São Paulo · Bolsa Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo
    Em andamento

Bancas julgadoras

35 registros
35 de 35 bancas
Por página
  • 2022
    Concurso para Professor Titular no Departamento de Física e Ciência Interdisciplinar do IFS-USP
    · Universidade de São PauloBanca: Daniel Mario Ugarte, Ignacio Alfonso de Bediaga e Hickman, Marcia Cristina Bernardes Barbosa, Sylvio Canuto, Jose Fernando Fontanari
    Professor titular
  • 2022
    Concurso para Professor Doutor na área Matemática e Estatística Aplicadas à Indústria
    · Universidade de São PauloBanca: Paulo Afonso Faria da Veiga, Tiago Pereira da Silva, Jose Fernando Fontanari, Paulo José da Silva e Silva, Ronaldo Dias
    Concurso público
  • 2021
    Avaliação de acesso à Classe E (Professor Titular) de Max Oliveira de Souza IME-UFF
    · Universidade Federal FluminenseBanca: LUCAS CATÃO DE FREITAS FERREIRA, Claudio Jose Struchiner, ANDRÉ NACHBIN, Jose Fernando Fontanari, MAURO ANTONIO RINCON
    Professor titular
  • 2018
    Concurso para Professor Adjunto na área de Matemática Aplicada na UFABC
    · Universidade Federal do ABCBanca: Roberto Venegeroles Nascimento, Jose Fernando Fontanari, Victor Fossaluza, Kelly Cristina Poldi, Gisele Cristina Ducati
    Concurso público
  • 2017
    Didier Augusto Vega Oliveros
    Dinâmicas de propagação de informações e rumores em redes sociais · Ciências da Computação e Matemática Computacional · Universidade de São PauloBanca: RODRIGUES, FRANCISCO A., Gonzalo Travieso, Antonio Carlos Roque da Silva Filho, Marco Aurelio Ribeiro de Mello, Jose Fernando Fontanari
    Doutorado
  • 2015
    Roberta Regina Delboni
    Estudo de Estratégia de Contenção do Crescimento de Micro-organismos Patogênicos em Alimentos · Matemática Aplicada · Universidade Estadual de CampinasBanca: Hyun Mo Yang, Bianca Morelli Rodolfo Calsavara, José Luiz Boldrini, Jose Fernando Fontanari, Paulo Fernando de Arruda Mancera
    Doutorado
  • 2014
    Hansenclever de França Bassani
    Modelos Neurais Modulares para Aquisição de Linguagem Natural · Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação · Universidade Federal de PernambucoBanca: George Darmiton da Cunha Cavalcanti, Germano Crispim Vasconcelos, Jose Fernando Fontanari, Antônio de Pádua Braga, Fernando Buarque de Lima Neto
    Doutorado
  • 2014
    Concurso para Professor Adjunto A-DE no DF-UFSCar
    · Universidade Federal de São CarlosBanca: Wilson Aires Ortiz, Claudio Antonio Cardoso, Jose Fernando Fontanari, Ladir Candido da Silva, Jose Antonio Roversi
    Concurso público
  • 2013
    Rafael Sola de Paula de Angelo Calsaverini
    Tópicos em mecânica estatística de sistemas complexos: Uma abordagem mecânico-estatística de dois tópicos de interesse em finanças, economia e sociologia · Física · Universidade de São PauloBanca: Carmem Pimentel Cintra do Prado, Thadeu Josino Pereira Penna, Marco Aurelio Pires Idiart, André de Pinho Vieira, Jose Fernando Fontanari
    Doutorado
  • 2013
    Concurso para Professor Adjunto no IM-UFRGS
    · Universidade Federal do Rio Grande do SulBanca: Rodney Carlos Bassanezi, Jose Fernando Fontanari, Maria Cristina Varriale
    Concurso público
  • 2012
    Júlio César Mansur Filho
    Caminhantes aleatórios sonolentos: Análise exata em sistemas pequenos e simulações de Monte Carlo · Física · Universidade Federal de Minas GeraisBanca: Ronald Dickman, Antonio Sergio Teixeira Pires, Silvio da Costa Ferreira Junior, Tania Tomé de Castro, Jose Fernando Fontanari
    Doutorado
  • 2010
    Alex Kunze Susemihl
    Aplicações de Mecânica Estatística à Psicologia Moral · Física · Universidade de São PauloBanca: Nestor Felipe Caticha Alfonso, Vera Bohomoletz Henriques, Jose Fernando Fontanari
    Mestrado
  • 2010
    Elizabeth Machado Baptestini Andrade
    Especiação sem Barreiras e Padrões de diversidade · Física · Universidade Estadual de CampinasBanca: Marcus Aloizio M de Aguiar, Mario Noburo Tanashiro, Andre Victor Lucci de Freitas, Jose Fernando Fontanari, Marcelo Lobato Martins
    Doutorado
  • 2009
    Felipe Lorenzen
    Extensão dos Be-ables de Bell e competição Atenuação x Amplificação · Fisica (Sc) · Universidade de São PauloBanca: Miled Hassan Youssef Moussa, Norton Gomes de Almeida, Jose Fernando Fontanari
    Mestrado
  • 2009
    Concurso para Professor Titular do IF/UFF
    · Universidade Federal FluminenseBanca: Eudenilson L. Albuquerque, Felipe Canto, Daniel Pereira, Victor Rivelles, Jose Fernando Fontanari
    Professor titular
  • 2009
    Concurso para Professor Titular IFSC-USP
    · Universidade de São PauloBanca: Amir Ordacgi Caldeira, Edgar Dutra Zanotto, Fernando Cerdeira, Osvaldo Novais de Oliveira Junior, Jose Fernando Fontanari
    Professor titular
  • 2008
    Guilherme da Costa Pereira Innocentini
    Modelamento Estocástico para a expressão genica · Fisica (Sc) · Universidade de São PauloBanca: Jose Eduardo Martinho Hornos, Francisco de Assis Ribas Bosco
    Mestrado
  • 2007
    David Dobrigkeit Chinellato
    Processos Dinâmicos em Redes Complexas · Física · Universidade Estadual de CampinasBanca: Marcus Aloizio M de Aguiar, Fernando Cerdeira
    Mestrado
  • 2007
    Lauro Antonio Barbosa
    Leis de Escala Alométricas para as taxas metabólicas interespecíficas e para cadeias alimentares · Doutorado em Física · Universidade Federal de Minas GeraisBanca: Jafferson Kamphorst Leal da Silva, Ronald Dickman, Paulo Murilo de Oliveira, Pedro Licinio de Miranda Barbosa
    Doutorado
  • 2007
    Tiago de Paula Peixoto
    Criticalidade auto-organizada no modelo Olami-Feder-Christensen de terremotos: dinâmica de epicentros · doutorado em física IFUSP · Universidade de São PauloBanca: Carmem Pimentel Cintra do Prado, Nestor Felipe Caticha Alfonso, Jorge Simoes de Sa Martins, Giovani Lopes Vasconcelos
    Doutorado
  • 2006
    Fábio Schittler Neves
    Redes de Neurônios Não-Monótonas em Camadas · Física · Universidade Federal do Rio Grande do SulBanca: R Erichsen Jr, Eliane Angela Veit, Alba Graciela Rivas Theumann
    Mestrado
  • 2006
    Oscar Felipe Falcão Raposo
    Dependência da velocidade da Catraca de Muller com fluxo de mutações benéficas · Biometria e Estatística Aplicada · Universidade Federal Rural de PernambucoBanca: Paulo Roberto Araújo de Campos, Gauss Moutinho Cordeiro
    Mestrado
  • 2006
    Carlos Eduardo Fiore dos Santos
    Sistemas fora do equilíbrio termodinâmico: Um estudo em diferentes abordagens · Física · Universidade de São PauloBanca: Mário José de Oliveira, Carmem Pimentel Cintra do Prado, João Antonio Plascak, Jurgen Fritz Stilck
    Doutorado
  • 2005
    Pedro Castro Menezes Xavier de Mello e Silva
    Modelo Esférico Quântico de Vidro de Spin na Aproximação de Recozimento · Física · Universidade Federal do Rio Grande do SulBanca: Migule Angelo C. Gusmão, Maria Beatriz Gay, Alba Graciela Rivas Theumann
    Mestrado
  • 2005
    Guilherme José de Moraes Garcia
    Tópicos em Biofísica: Alometria dos ossos; O modelo BS para a evolução das espécies; O fluxo de ar no nariz humano · Física · Universidade Federal de Minas GeraisBanca: Américo Tristão Bernardes, Tania Tomé de Castro, Alfredo Gontijo de Oliveira, Ronald Dickman
    Doutorado

Revisor de periódico

04 registros
  1. 2000 – presenteVínculo atual
    European Physical Journal B
    Revisor de periódico
  2. 2000 – presenteVínculo atual
    Physics of Life Reviews
    Revisor de periódico
  3. 1998 – presenteVínculo atual
    Physical Review Letters
    Revisor de periódico
  4. 1992 – presenteVínculo atual
    Journal of Physics A-Mathematical and General
    Revisor de periódico

Prêmios e títulos

01 registro
1 de 1 prêmio
Por página
  • 2004
    Fellow of The Institute of Physics
    The Institute of Physics - England

Participação em eventos

54 registros
54 de 54 participações
Por página
  • 2025
    When less is more: Evolutionary dynamics of deception in a sender?receiver game
    Evolution of complexity and statistical physics · Conferencista · Convidado · Yerevan
  • 2025
    When less is more: Evolutionary dynamics of deception in a sender?receiver game
    2nd Workshop on Modeling and Applications of Evolutionary Game Theory · Conferencista · Convidado
  • 2024
    A soluble model for synchronized rhythmic activity in social insects.
    Evolution of complexity and statistical physics · Conferencista · Convidado · Yerevan
  • 2023
    Citation counts: the world of sleeping beauties and shooting stars
    I Workshop on Applied Statistics and Stochastic Processes · Conferencista · Convidado · Recife
  • 2022
    The threat of disinformation to epistemic security: an exactly solvable model
    Models in Population Dynamics, Ecology and Evolution 2022 · Apresentação Oral · Participante · Turim
  • 2022
    The threat of disinformation to epistemic security: an exactly solvable model.
    Evolution of Complexity from the Statistical Physics Perspective · Apresentação oral · Participante · Yerevan
  • 2021
    Wisdom of Crowds: fact or fake?
    Workshop on Sociophysics: Social Phenomena from a Physics Perspective · Conferencista · Convidado · São Paulo
  • 2021
    Wisdom of Crowds: fact or fake?
    XXXV Encontro de Física do Norte e Nordeste · Conferencista · Convidado · Recife
  • 2021
    Burnout in times of Covid-19: a mathematical model
    Encontro Nacional de Física Estatística · Apresentação oral · Participante · Virtual
  • 2019
    Joint ICTP-SAIFR/ICTP-Trieste School on Mathematical Models of Evolution
    Ouvinte · São Paulo
  • 2018
    Population dynamics of overshoot and collapse
    The Mathematics of Games in the Applied Sciences · Conferencista · Convidado · Niterói
  • 2017
    Task-forces: what is the optimal organization?
    Encontro Nacional de Física Estatística (ENFE 2017) · Conferencista · Convidado · Ilhéus, BA
  • 2016
    Effect of group organization on the performance of cooperative problem-solving systems
    4°. Workshop de High Performance Computing · Apresentação oral · Participante · São Paulo
  • 2016
    When more of the same is better
    Seventh Workshop Dynamical Systems Applied to Biology and Natural Sciences · Conferencista · Convidado · Évora
  • 2015
    Evolução Cultural e aquisição da linguagem
    Simpósio de Evolução Cultural · Simposista · Convidado · São José do Rio Preto
  • 2015
    Diffusion of innovations in Axelrod?s model of culture dissemination
    Models in Population Dynamics and Ecology 2015 · Apresentação oral · Participante · Niterói
  • 2015
    Diffusion approximation and multi-level selection
    Non standard transport: from anomalous diffusion to reaction spreading in heterogeneous systems · Conferencista · Convidado · L'Aquila
  • 2014
    Cooperative solution of cryptarithmetic problems
    14th International Conference Computational and Mathematical Methods in Science and Engineering · Apresentação oral · Participante · Cadiz
  • 2014
    Synergistic effects in the evolution of social behavior
    Models in Population Dynamics and Ecology MPDE14 · Apresentação oral · Participante · Turim
  • 2014
    Solving a cryptarithmetic problem using a social learning heuristic
    IEEE Symposium Series on Computational Intelligence (IEEE SSCI 2014) · Apresentação oral · Participante · Orlando
  • 2014
    Hamilton's rule in Kimura's diffusion model of intergroup selection
    Fifth Workshop on Dynamical Systems Applied to Biology and Natural Sciences · Apresentação oral · Participante · Lisboa
    Divulgação científica
  • 2014
    Non-zero sum games in prebiotic evolution
    7th Workshop on Thermodynamics, Disequilibrium and Evolution (TDE) · Conferencista · Convidado · Campinas
  • 2013
    Effect of migration in a diffusion model for template coexistence in protocells
    The Society for Mathematical Biology Annual Meeting and Conference 20 (SMB 2013) · Poster / Painel · Participante · Tempe
  • 2013
    A diffusion model of intergroup selection for the evolution of coexistence between distinct self-replicating molecules
    Mathematical Congress of the Americas · Conferencista · Convidado · Guanajuato
  • 2013
    The diffusion  approximation for template coexistence in protocells
    Fourth Workshop on Dynamical Systems Applied to Biology and Natural Sciences · Apresentação Oral · Participante · Lisboa

Coautorias

06 coautores

Na imprensa

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