Jose Fernando Fontanari.
Livre · Departamento de Física e Ciência Interdisciplinar
Currículo atualizado em 08/12/2025
Cita-se como: FONTANARI, J. F.;Fontanari, José F;Fontanari, Jose Fernando;Fontanari, Jose;Fontanari, José;Fontanari, José F.;FONTANARI, J F;FONTANARI, J;FONTANARI, JOSE F.;F FONTANARI, JOSÉ
Resumo biográfico
Possui graduação em Bacharelado em Física pela Universidade Federal do Rio Grande do Sul (1985) e doutorado em Física pelo Instituto de Física de São Carlos da Universidade de São Paulo (1988). É Professor Titular da Universidade de São Paulo desde 2003. Tem experiência na área de Física Estatística, com ênfase em aplicações em problemas biológicos e sócio-culturais atuando principalmente nos seguintes temas: dinâmica de populações, inteligência coletiva e modelagem matemática de sistemas sociais. Atualmente é editor chefe do Physics of Life Reviews (Elsevier, IF: 14.3). Atua também como membro do corpo editorial dos periódicos Theory in Biosciences (Springer, IF: 1.3), Mathematics (MDPI, IF: 2.2) e Frontiers in Ecology and Evolution - Behavioral and Evolutionary Ecology (Frontiers, IF: 2.6).
Indicadores
Áreas de atuação
03 registros- Ciencias Exatas E Da TerraFísicaFísica Geral › Física Estatística e Termodinâmica
- Ciencias Exatas E Da TerraFísicaFísica Geral › Física Biológica
- Ciencias Exatas E Da TerraProbabilidade e EstatísticaProbabilidade e Estatística Aplicadas
Formação acadêmica
04 registros- 1988 – 1989Pós-DoutoradoConcluídoPós-Doutorado · California Institute of TechnologyBolsa Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico
- 1985 – 1988DoutoradoConcluídoFísica São Carlos · Universidade de São Paulo“Processamento de Informações em Redes de Neurônios Síncronas”Orientação: Roland KöberleBolsa Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo
- 1981 – 1985GraduaçãoConcluídoBacharelado Em Física · Universidade Federal do Rio Grande do Sul
- Livre-docênciaConcluídoLivre-docência · Universidade de São Paulo
Idiomas
03 registros| Idioma | Leitura | Fala | Escrita | Compreensão |
|---|---|---|---|---|
| Inglês | Bem | Bem | Bem | — |
| Espanhol | — | Razoável | Pouco | — |
| Francês | Razoável | Bem | Razoável | — |
Atuação profissional
07 registros- 2018 – presenteVínculo atualMathematicsMembro de corpo editorial
- 2004 – presenteVínculo atualTheory in Biosciences (1431-7613)Membro de corpo editorial
- 2003 – presenteVínculo atualDedicação exclusivaUniversidade de São PauloProfessor TitularServidor Publico
- 2003 – presenteVínculo atualPhysics of Life Reviews (Print)Membro de corpo editorial
- 1994 – 2003Dedicação exclusivaUniversidade de São PauloProfessor AssociadoServidor Publico
- 1990 – 1992Network-Computation in Neural Systems (0954-898X)Membro de corpo editorial
- 1988 – 1994Dedicação exclusivaUniversidade de São PauloProfessor Doutor
Produção bibliográfica
209 registros- 2014Cooperative solution of cryptarithmetic problemsJose Fernando Fontanari · 14th International Conference Computational and Mathematical Methods in Science and Engineering · ISBN 978-84-616-92 · Jerez
- 2014Solving a cryptarithmetic problem using a social learning heuristicJose Fernando Fontanari · 2014 IEEE Symposium on Computational Intelligence, Cognitive Algorithms, Mind, and Brain (CCMB) · IEEE · ISBN 9781479945498 · Orlando
- 2013ASSOCIATIVE LEARNING OF A LEXICON IN A NOISY CROSS-SITUATIONAL SCENARIOTILLES, P. F. C.; Jose Fernando Fontanari · International Symposium on Mathematical and Computational Biology · WORLD SCIENTIFIC · ISBN 9789814520812 · Tempe
- 2012GENETIC REDUNDANCY AND THE ORIGIN OF CHROMOSOMESJose Fernando Fontanari · BIOMAT 2011 International Symposium on Mathematical and Computational Biology · World Scientific Press · ISBN 9789814397711 · Santiago, Chile
- 2011The performance of a linear learning algorithm for cross-situational vocabulary learningJose Fernando Fontanari · IEEE Symposium Series on Computational Intelligence SSCI2011 · IEEE Press · ISBN 9781424498895 · França
- 2011Emotions of Cognitive DissonanceJose Fernando Fontanari; Leonid I. Perlovsky; Marie-Claude Bonniot-Cabanac; Michel Cabanac · The 2011 International Joint Conference on Neural Networks (IJCNN 2011) · ISBN 9781424496365 · San Jose
- 2010Effect of mass media on the cultural diversity of Axelrod model of social influenceJose Fernando Fontanari · BIOMAT 2009 International Symposium on Mathematical amd Computational Biology · World Scientific · ISBN 9789814304894 · Brasília
- 2010A model of frequency-dependent bias for the spread of opinions in a latticeJose Fernando Fontanari · The 3rd Conference of Computational and Mathematical Population Dynamics · Victor Segalen Bordeaux 2 University · Bordeaux
- 2010A Computational model of adults' performance in naming objecys using cross-situational learningJose Fernando Fontanari; Leonid I. Perlovsky · 2010 IEEE World Congress on Computational Intelligence · IEEE Press · ISBN 9781424469178 · Barcelona
- 2010Cultural Evolution in a lattice: the majority-vote model as a frequency-dependent bias model of cultural transmissionJose Fernando Fontanari; Lucas Rodrigues Peres · BIOMAT 2010 International Symposium on Mathematical and Computational Biology · World Scientific · ISBN 9814343420 · Rio de Janeiro
- 2009A cross-situational algorithm for learning a lexicon using Neural Modeling FieldsJose Fernando Fontanari; Vadim Tikhanoff; Angelo Cangelosi; Leonid I. Perlovsky · 2009 International Joint Conference on Neural Networks · IEEE Press · ISBN 9781424435531 · Atlanta
- 2008A population dynamics approach to language evolutionJose Fernando Fontanari · BIOMAT 2008 International Symposium on Mathematical and Computational Biology · World Scientific · ISBN 9789814271813 · Campos do Jordão
- 2008Object perception in the neural modeling fields frameworkJose Fernando Fontanari; Leonid I. Perlovsky · 2008 IEEE World Congress on Computational Intelligence · Institute of Electrical and Electronics Engineers, Inc. · ISBN 9781424418213 · Hong Kong
- 2007How communication can improve differentiation in the Modeling Field Theory frameworkJose Fernando Fontanari; Leonid I. Perlovsky · 2007 IEEE International Conference on Knowledge Intensive Multi-Agent Systems · IEEE Press · ISBN 1424409454 · Waltham
- 2007A Modeling Field Theory approach to pursuit gamesJose Fernando Fontanari; Leonid I. Perlovsky · 2007 IEEE International Conference on Knowledge Intensive Multi-Agent Systems · IEEE Press · ISBN 1424409454 · Waltham
- 2007Inverse density dependence in the evolution of communicationJose Fernando Fontanari · II Conference on Computational and Mathematical Population Dynamics (CMPD2) · CMPD2 - Organização · Campinas
- 2007Language acquisition and category discrimination in the Modeling Field Theory FrameworkJose Fernando Fontanari; Leonid I. Perlovsky · 2007 International Joint Conference on Neural Networks · The International Neural Networks Society · ISBN 142441380 · Orlando
- 2006Allee effect on language evolutionJose Fernando Fontanari; Leonid I. Perlovsky · 6th International Conference on Language Evolution (EVOLANG6) · World`Scientific · ISBN 9812566562 · Roma
- 2006How language can guide intelligenceLeonid I. Perlovsky; Jose Fernando Fontanari · 6th International Conference on Language Evolution (EVOLANG6) · World Scientific · ISBN 9812566562 · Roma
- 2006Meaning creation and communication in a community of agentsJose Fernando Fontanari; Leonid I. Perlovsky · 2006 IEEE World Congress on Computational Intelligence and IEEE International Joint Conference on Neural Networks IJCNN'06 · IEEE Press · ISBN 0780394895 · Vancouver
- 2006Categorization and symbol grounding in a complex environmentJose Fernando Fontanari; Leonid I. Perlovsky · 2006 IEEE World Congress on Computational Intelligence and IEEE International Joint Conference on Neural Networks IJCNN'06 · IEEE Press · ISBN 07803948 · Vancouver
- 2005Evolution of Communication in a Community of Simple-minded AgentsJose Fernando Fontanari; Leonid I. Perlovsky · IEEE 2005 International Conference on Integration of Knowledge Intensive Multi-agent systems · Institute of Electrical and Electronics Enginners · ISBN 078039013 · Waltham, MA, EUA
- 2005Minimal Models for Text Production and Zipf's LawJose Fernando Fontanari; Leonid I. Perlovsky · IEEE 2005 International Conference on Integration of Knowledge Intensive Multi-Agent Systems · Institute of Electrical and Electronics Engineers · ISBN 078039013 · Waltham, MA, EUA
- 2005Meaning Creation and Modeling Field TheoryJose Fernando Fontanari; Leonid I. Perlovsky · IEEE 2005 International Conference on Integration of Knowledge Intensive Multi-Agent Systems · Institute of Electrical and Electronics Engineering · ISBN 078039013 · Waltham, Eua
- 2003Catalytic Reaction Sets, Decay, and the Preservation of InformationJose Fernando Fontanari; Wim Hordijk · IEEE International Conference on Integration of Knowledge Intensive Multi-Agent Systems · IEEE Press · Boston
Produção técnica
05 registros- 2014CCMB14 - Symposium Series on Computational IntelligenceLeonid I. Perlovsky; Jose Fernando Fontanari; Angelo Cangelosi; Daniel Levine; Robert Kozma · IEEECongresso
- 2013CCMB 2013, IEEE Symposium on Computational Intelligence, Cognitive Algorithms, Mind, and BrainLeonid I. Perlovsky; Damien Coyle; Kai Keng Ang; Jose Fernando Fontanari; Robert Kozma · IEEECongresso
- 2007II Conference on Computational and Mathematical Population DynamicsHyun Mo Yang; Jose Fernando Fontanari · Universidade Estadual de CampinasCongresso
- 2005IEEE 2005 Conference on Integration of Knowledge Intensive Multi-Agent Systems KIMAS'05Leonid I. Perlovsky; Jose Fernando Fontanari · IEEE Boston sectionCongresso
- 1999XXII Encontro Nacional de Física da Matéria CondensadaJose Fernando Fontanari · Sociedade Brasileira de FísicaCongresso
Projetos
08 registrosProjetos de pesquisa e de desenvolvimento tecnológico registrados no Currículo Lattes.
- Em andamento2020 – presentePesquisa
Modelagem matemática e computacional nas ciências sociais
A busca de leis estatísticas que descrevem o comportamento social humano é provavelmente uma das tarefas mais ambiciosas da ciência. De fato, a própria ideia de uma sociologia matemática foi introduzida originalmente na trilogia clássica Fundação de Asimov, estando pois ao par com as tecnologias futuristas vislumbradas pela ficção científica. Como muitas daquelas visões, especialmente as referentes à inteligência artificial, a matematização das ciências sociais deverá alcançar a maturidade ainda neste século e seu impacto será inestimável dado o potencial criador e destruidor das massas. Neste projeto vamos olhar, principalmente, para o aspecto positivo mais cotidiano, embora pouco reconhecido, das massas - a inteligência coletiva - que faz com que grupos possam solucionar problemas que estão muito além da capacidade de um único indivíduo. Essa observação não fundamenta apenas toda a ciência da organização do trabalho, mas também embasa um fenômeno misterioso conhecido como sabedoria das massas ou Vox Populi, revelado pela surpreendente precisão da estimativa coletiva de uma grandeza dada pela média das estimativas individuais independentes. Nesse tema principal, vamos explorar paradigmas de cooperação na organização de forças-tarefas, como os sistemas quadro-negro usados para modelar brainstorming. O objetivo é determinar como a eficiência do grupo na resolução de problemas depende das tendências individuais para escrever e copiar informações no quadro-negro, bem como da quantidade de informação exposta no quadro-negro. Já no Vox Populi, vamos investigar como características da distribuição de probabilidade das estimativas individuais influenciam a precisão da estimativa coletiva. Além da inteligência coletiva, vamos considerar também tópicos mais tradicionais da sociologia matemática, como a dinâmica de grupos casuais (grupos em um coquetel, por exemplo) e a propagação de padrões comportamentais (crime, por exemplo) entre membros suscetíveis da população. Ambos os tópicos permitem a validação dos modelos através de dados disponíveis em repositórios de acesso livre. Um objetivo central da proposta é a criação de uma rede de pesquisadores com foco na modelagem do comportamento social humano.
Financiadores- Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo · AUXILIO_FINANCEIRO
EquipeJose Fernando Fontanari (Responsável), Claudia Pio Ferreira, Fernando Fagundes Ferreira, Hyun Mo Yang, REIA, SANDRO M, GOMES, PAULO F
- Concluído2016 – 2018Pesquisa
Inteligência coletiva: a abordagem de sistemas cooperativos distribuídos
A ideia da existência de uma inteligência coletiva responsável pelas estruturas naturais sofisticadas construídas por alguns organismos sugere que as organizações sociais desses organismos tenham sido selecionadas de modo a otimizar a capacidade de resolver problemas na escala de grupo. As vantagens do trabalho cooperativo há muito vêm sendo exploradas pela natureza como revelam, por exemplo, as estruturas coletivas criadas por cupins e mofos mucilaginosos. Essas estruturas podem ser pensadas como sendo as soluções encontradas por aqueles organismos para os problemas que ameaçam sua existência. Nessa perspectiva, a competência para resolver problemas na escala de grupo é vista como uma pressão seletiva que atua no tamanho e na organização dos grupos de organismos sociais. Neste projeto vamos usar modelos mínimos baseados em agentes para estudar como e em quais condições a colaboração favorece a competência do grupo para resolver problemas. As tarefas a serem resolvidas são problemas do tipo NP-Completo tais como encontrar o máximo global de relevos adaptativos NK ou encontrar a solução de certos problemas de satisfação de vínculos. Os agentes cooperam anunciando mensagens sobre os seus status atuais (ou seja, o valor das soluções encontradas no momento) e usam essa informação para imitar o agente de maior status nas suas redes de influência. Essa troca de mensagens entre agentes informando sobre o sucesso parcial de cada um na solução do problema é o elemento definidor de sistemas cooperativos distribuídos. Ainda, uma vez que a disseminação de componentes da solução entre os agentes pode ser visto como um processo de "difusão de inovações" vamos também estudar esse processo no contexto da solução de problemas bem como no contexto do modelo de Axelrod de difusão cultural
Financiadores- Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo · AUXILIO_FINANCEIRO
EquipeJose Fernando Fontanari (Responsável), REIA, SANDRO M., FRANCO, CAROLINE
- Concluído2013 – 2015Pesquisa
Estudos no modelo de Axelrod: transição de fase de não-equilíbrio, difusão de inovações, e computação coletiva
A característica que popularizou o modelo de Axelrod de disseminação cultural é a existência de configurações absorventes que exibem diversos domínios culturais, a despeito da regra de interação local entre os agentes que promove a similaridade entre eles. Nesse modelo, os agentes estão fixos em sítios de uma rede quadrada com conexões entre primeiros vizinhos somente e são representados por listas de F características culturais com cada característica podendo adotar um certo número q de traços culturais ou opiniões distintas. Dependendo dos valores desses parâmetros o estado estacionário do modelo exibe coexistência cultural ou não, sendo esses regimes separados por uma transição de fase de não equilíbrio no espaço (q,F). Um ingrediente essencial do modelo é o fato da probabilidade de interação entre dois vizinhos crescer linearmente com sua superposição cultural: agentes similares interagem mais frequentemente e agentes sem nenhuma característica cultural em comum simplesmente não interagem. Nosso primeiro objetivo é caracterizar completamente a natureza da transição de fase de não-equilíbrio do modelo de Axelrod usando escala de tamanho finito, lembrando que o modelo exibe um número infinito de estados absorventes no limite termodinâmico e que, ao contrário do processo de contato, a dinâmica sempre é atraída para um desses estados. Nosso segundo objetivo é investigar o processo clássico de difusão de inovações usando uma variante do modelo de Axelrod que inclui um campo externo local que fará o papel do agente de inovação. Nesse linha, vamos estudar também o efeito da difusão ou expansão demográfica, ou seja, não apenas as idéias propagam-se de agente a agente, mas os agentes também podem se mover pela rede. Finalmente, nosso terceiro objetivo é explorar a idéia da sociedade como um ?cérebro coletivo mais eficiente que indivíduos isolados na execução de tarefas complexas. Nesse caso, o conjunto de características culturais de um agente é interpretado como uma solução tentativa de algum problema de otimização. Enfim, a idéia é utilizar um modelo de agentes na rede relativamente simples para entender com clareza tópicos fundamentais como o processo de disseminação de inovações e o potencial da computação social. Particularmente interessante é a compreensão do papel da transição de fase de não-equilíbrio nesses dois processos.
Financiadores- Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico · BOLSA
- Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo · AUXILIO_FINANCEIRO
EquipeJose Fernando Fontanari (Responsável), Lucas Rodrigues Peres
- Concluído2011 – 2013Pesquisa
Coexistência e altruismo através da seleção de grupo
A explicação da coexistência entre espécies, indivíduos ou replicadores distintos permanece um desafio para as abordagens convencionais da teoria evolutiva onde a competição é considerada o ingrediente essencial. A abordagem da seleção de grupo permite uma explicação satisfatória ao introduzir um segundo nível de seleção ? a competição entre grupos. No contexto da evolução pré-biótica, que é o nosso foco principal neste projeto, essa competição não é controversa, já que os grupos seriam as protocélulas ou células primitivas. Por outro lado, no contexto de espécies a noção de seleção de grupo, usualmente empregada para explicar o comportamento altruista, é bastante criticada. A formulação matemática do problema da seleção em dois níveis, ou mesmo de populações estruturadas, é muito desafiadora. Procuramos tratar esse problema usando a aproximação difusiva da genética de populações (essencialmente reduzindo o processo estocástico a equações do tipo Focker-Planck) e extrair informações analíticas sobre os diferentes regimes estacionários, dando ênfase a caracterização do fenômenos críticos associados às mudanças desses regimes.
Financiadores- Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico · AUXILIO_FINANCEIRO
EquipeJose Fernando Fontanari (Responsável), SERVA, M.
- Concluído2009 – 2010Pesquisa
Aquisição de vocabulário pelo aprendizado observacional
O processo de aquisição de um vocabulário através do aprendizado observacional (cross-situational learning) é baseado na ideia intuitiva de que o significado de uma palavra pode ser inferido pela análise das repetidas situações em que aquela palavra é utilizada, isto é, pela busca de um elemento comum nessas situações. Assim, trata-se de uma aplicação direta da filosofia do associacionismo de Locke ao problema da aquisição do vocabulário. Consideramos modelos simplificados de aprendizado em que há uma correspondência biunívoca entre o conjunto de palavras e o conjunto de objetos a serem nomeados. O problema do aprendizado desse mapeamento palavra-objeto é descrito como um processo estocástico e estudado usando técnicas tradicionais dessa área (em particular, cadeias de Markov e simulações de Monte Carlo). A introdução de ruído no processo de aprendizado, modelando palavras fora do contexto, resulta em um fenômeno limiar ou crítico que separa regimes onde o aprendizado é possível ou não. A comparação com experimentos onde adultos tentam aprender o mapeamento (artificial) entre palavras e objetos indica que o esquecimento e o erro de discriminação (essencialmente, a lei de Weber que descreve como humanos diferenciam quantidades) desempenham um papel importante na forma com que humanos inferem o mapeamento palavra-objeto.
Financiadores- Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico · BOLSA
- Southern Office of Aerospace Research and Development · AUXILIO_FINANCEIRO
- Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo · BOLSA
EquipeJose Fernando Fontanari (Responsável), Leonid I. Perlovsky, Angelo Cangelosi, Tilles, Paulo F C
- Concluído2008 – 2010Pesquisa
Comportamento crítico e quebra de ergodicidade em modelos de comportamento social
Duas características geralmente associadas à emergência do comportamento coletivo complexo são a existência de fenômenos limiares (ou críticos) separando diferentes regimes estacionários ou dinâmicos e a dependência desses regimes com as condições iniciais (quebra de ergodicidade). Modelos típicos de comportamento social exibem pelo menos uma dessas características. Por exemplo, o modelo do voto da maioria exibe quebra de ergodicidade apenas; já o Modelo de Axelrod exibe as duas características. Utilizamos métodos da mecânica estatística, em particular a aproximação de n-sítios e teoria de escala de tamanho finito, para estudar a dinâmica e propriedades estatísticas dos estados estacionários de uma ampla gama de modelos mínimos de comportamento social. Apesar de altamente simplificados, esses modelos são bem mais complexos que os modelos clássicos usuais de spins da mecânica estatística, o que torna seu estudo bastante desafiador sob o ponto de vista técnico dessa disciplina. De fato, no caso do modelo de Axelrod de disseminação cultural, que exibe um número infinito de estados absorventes, praticamente nada se sabe sobre a natureza da transição de fase entre estados absorventes espacialmente homogêneos (regime mono-cultural) e estados absorventes heterogêneos (regime multicultural). O objetivo do projeto é oferecer uma análise completa e coerente desses modelos seguindo os padrões de qualidade bem estabelecidos na comunidade de mecânica estatística tradicional.
Financiadores- Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo · BOLSA
- Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico · BOLSA
EquipeJose Fernando Fontanari (Responsável), Peres, Lucas R, Tilles, Paulo F C
- Concluído2004 – 2010Pesquisa
Replicadores: aplicações em evolução pré-biótica e linguagem
Uma das idéias científicas mais originais e controversas é a sugestão de que muito da complexidade associada à vida e ao comportamento humano é conseqüência da ação não planejada de replicadores. Entende-se por replicador a entidade (genes no caso biológico e idéias ou memes no caso cultural) capaz de se auto-replicar, dadas as condições necessárias para isso. Uma característica importante, embora extremamente restritiva, é que as cópias produzidas, perfeitas ou não, sejam também replicadores. Essa condição é necessária para que a força organizadora da seleção natural possa atuar. Nossa proposta é estudar a emergência e a evolução de replicadores em dois casos de grande importância para muitos ramos da ciência: evolução pré-biótica (origem da vida) e evolução da linguagem. Devido ao conceito unificador de replicador, a formalização matemática bem como a metodologia de estudo são idênticas nessas duas situações, apesar de à primeira vista corresponderem a fenômenos completamente distintos. Métodos analíticos da mecânica estatística de sistemas desordenados (a técnica das réplicas e a contagem de estados meta-estáveis, por exemplo), teoria de processos de ramificação e teoria de sistemas dinâmicos são ferramentas que podem ser empregadas na caracterização dos estados estacionários da dinâmica de replicadores. No contexto da evolução da linguagem, nosso objetivo principal é entender como as limitações sensoriais e de processamento dos agentes determinam e limitam a estrutura da linguagem desenvolvida. Já no contexto da evolução pré-biótica, pretendemos nos concentrar principalmente na questão da emergência de metabolismos através da simulação de uma cinética química artificial, sendo esta uma forma de abordar, através de ?primeiros-princípios?, a origem dos replicadores, visto por muitos como o evento mais fundamental da história da vida. Além desses objetivos admitidamente ambiciosos que servem para nortear o rumo da pesquisa, diversas outras questõ
Financiadores- Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo · AUXILIO_FINANCEIRO
- Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico · BOLSA
EquipeJose Fernando Fontanari (Responsável)
- Concluído1999 – 2004Pesquisa
Evolução Molecular Teórica
A introdução de métodos moleculares no estudo da Evolução transformou esse campo de pesquisa numa ciência exata, na qual os parâmetros relevantes podem ser medidos com precisão e as teorias testadas contra os dados experimentais. Neste projeto vamos nos concentrar em duas áreas de estudo, a saber, (a) reconstrução da história evolucionária de genes e organismos (inferência ancestral), e (b) evolução pré-biótica ou a origem da vida. Embora essas áreas tenham sido tradicionalmente estudadas separadamente, principalmente porque a origem da vida ainda é uma questão bastante especulativa, vamos argumentar que, pelo menos do ponto de vista teórico, os modelos usados para estudar esses dois problemas são essencialmente os mesmos; a principal diferença sendo a ênfase dada a diferentes características ou grandezas do processo evolucionário. Neste sentido, planejamos usar nossa experiência de 5 anos de trabalho em evolução pré-biótica para abordar problemas de reconstrução filogenética e genealógica. Esse tipo de problema possui enorme importância prática como, por exemplo, a elucidação da origem e história natural dos vírus. Mais especificamente, vamos nos concentrar nos efeitos da seleção (ou reprodução diferenciada) nas propriedades estatísticas de árvores genealógicas tais como os padrões de adjacência e a distribuição de distâncias internodais. Embora essas propriedades sejam bem entendidas no caso de evolução neutra, há muito poucos trabalhos que levam a seleção em conta. Com relação ao tema evolução pré-biótica, vamos nos concentrar principalmente na aplicação de idéias da teoria de seleção de grupos para explicar a coexistência estável de moléculas auto-replicadoras com taxas de replicação distintas. Essa coexistência é fundamental para o surgimento de aglomerados moleculares complexos capazes de funcionar como um metabolismo rudimentar.
Financiadores- Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico · BOLSA
- Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo · AUXILIO_FINANCEIRO
EquipeJose Fernando Fontanari (Responsável)
Orientações
- Mestrado
desde 2025Matheus Stefanini Mariano · OrientaçãoFenômenos coletivos em agrupamentos animais · Fisica (SC) · Universidade de São Paulo · Bolsa Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São PauloEm andamento
Bancas julgadoras
35 registros- 2022Concurso para Professor Titular no Departamento de Física e Ciência Interdisciplinar do IFS-USP· Universidade de São PauloBanca: Daniel Mario Ugarte, Ignacio Alfonso de Bediaga e Hickman, Marcia Cristina Bernardes Barbosa, Sylvio Canuto, Jose Fernando FontanariProfessor titular
- 2022Concurso para Professor Doutor na área Matemática e Estatística Aplicadas à Indústria· Universidade de São PauloBanca: Paulo Afonso Faria da Veiga, Tiago Pereira da Silva, Jose Fernando Fontanari, Paulo José da Silva e Silva, Ronaldo DiasConcurso público
- 2021Avaliação de acesso à Classe E (Professor Titular) de Max Oliveira de Souza IME-UFF· Universidade Federal FluminenseBanca: LUCAS CATÃO DE FREITAS FERREIRA, Claudio Jose Struchiner, ANDRÉ NACHBIN, Jose Fernando Fontanari, MAURO ANTONIO RINCONProfessor titular
- 2018Concurso para Professor Adjunto na área de Matemática Aplicada na UFABC· Universidade Federal do ABCBanca: Roberto Venegeroles Nascimento, Jose Fernando Fontanari, Victor Fossaluza, Kelly Cristina Poldi, Gisele Cristina DucatiConcurso público
- 2017Didier Augusto Vega OliverosDinâmicas de propagação de informações e rumores em redes sociais · Ciências da Computação e Matemática Computacional · Universidade de São PauloBanca: RODRIGUES, FRANCISCO A., Gonzalo Travieso, Antonio Carlos Roque da Silva Filho, Marco Aurelio Ribeiro de Mello, Jose Fernando FontanariDoutorado
- 2015Roberta Regina DelboniEstudo de Estratégia de Contenção do Crescimento de Micro-organismos Patogênicos em Alimentos · Matemática Aplicada · Universidade Estadual de CampinasBanca: Hyun Mo Yang, Bianca Morelli Rodolfo Calsavara, José Luiz Boldrini, Jose Fernando Fontanari, Paulo Fernando de Arruda ManceraDoutorado
- 2014Hansenclever de França BassaniModelos Neurais Modulares para Aquisição de Linguagem Natural · Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação · Universidade Federal de PernambucoBanca: George Darmiton da Cunha Cavalcanti, Germano Crispim Vasconcelos, Jose Fernando Fontanari, Antônio de Pádua Braga, Fernando Buarque de Lima NetoDoutorado
- 2014Concurso para Professor Adjunto A-DE no DF-UFSCar· Universidade Federal de São CarlosBanca: Wilson Aires Ortiz, Claudio Antonio Cardoso, Jose Fernando Fontanari, Ladir Candido da Silva, Jose Antonio RoversiConcurso público
- 2013Rafael Sola de Paula de Angelo CalsaveriniTópicos em mecânica estatística de sistemas complexos: Uma abordagem mecânico-estatística de dois tópicos de interesse em finanças, economia e sociologia · Física · Universidade de São PauloBanca: Carmem Pimentel Cintra do Prado, Thadeu Josino Pereira Penna, Marco Aurelio Pires Idiart, André de Pinho Vieira, Jose Fernando FontanariDoutorado
- 2013Concurso para Professor Adjunto no IM-UFRGS· Universidade Federal do Rio Grande do SulBanca: Rodney Carlos Bassanezi, Jose Fernando Fontanari, Maria Cristina VarrialeConcurso público
- 2012Júlio César Mansur FilhoCaminhantes aleatórios sonolentos: Análise exata em sistemas pequenos e simulações de Monte Carlo · Física · Universidade Federal de Minas GeraisBanca: Ronald Dickman, Antonio Sergio Teixeira Pires, Silvio da Costa Ferreira Junior, Tania Tomé de Castro, Jose Fernando FontanariDoutorado
- 2010Alex Kunze SusemihlAplicações de Mecânica Estatística à Psicologia Moral · Física · Universidade de São PauloBanca: Nestor Felipe Caticha Alfonso, Vera Bohomoletz Henriques, Jose Fernando FontanariMestrado
- 2010Elizabeth Machado Baptestini AndradeEspeciação sem Barreiras e Padrões de diversidade · Física · Universidade Estadual de CampinasBanca: Marcus Aloizio M de Aguiar, Mario Noburo Tanashiro, Andre Victor Lucci de Freitas, Jose Fernando Fontanari, Marcelo Lobato MartinsDoutorado
- 2009Felipe LorenzenExtensão dos Be-ables de Bell e competição Atenuação x Amplificação · Fisica (Sc) · Universidade de São PauloBanca: Miled Hassan Youssef Moussa, Norton Gomes de Almeida, Jose Fernando FontanariMestrado
- 2009Concurso para Professor Titular do IF/UFF· Universidade Federal FluminenseBanca: Eudenilson L. Albuquerque, Felipe Canto, Daniel Pereira, Victor Rivelles, Jose Fernando FontanariProfessor titular
- 2009Concurso para Professor Titular IFSC-USP· Universidade de São PauloBanca: Amir Ordacgi Caldeira, Edgar Dutra Zanotto, Fernando Cerdeira, Osvaldo Novais de Oliveira Junior, Jose Fernando FontanariProfessor titular
- 2008Guilherme da Costa Pereira InnocentiniModelamento Estocástico para a expressão genica · Fisica (Sc) · Universidade de São PauloBanca: Jose Eduardo Martinho Hornos, Francisco de Assis Ribas BoscoMestrado
- 2007David Dobrigkeit ChinellatoProcessos Dinâmicos em Redes Complexas · Física · Universidade Estadual de CampinasBanca: Marcus Aloizio M de Aguiar, Fernando CerdeiraMestrado
- 2007Lauro Antonio BarbosaLeis de Escala Alométricas para as taxas metabólicas interespecíficas e para cadeias alimentares · Doutorado em Física · Universidade Federal de Minas GeraisBanca: Jafferson Kamphorst Leal da Silva, Ronald Dickman, Paulo Murilo de Oliveira, Pedro Licinio de Miranda BarbosaDoutorado
- 2007Tiago de Paula PeixotoCriticalidade auto-organizada no modelo Olami-Feder-Christensen de terremotos: dinâmica de epicentros · doutorado em física IFUSP · Universidade de São PauloBanca: Carmem Pimentel Cintra do Prado, Nestor Felipe Caticha Alfonso, Jorge Simoes de Sa Martins, Giovani Lopes VasconcelosDoutorado
- 2006Fábio Schittler NevesRedes de Neurônios Não-Monótonas em Camadas · Física · Universidade Federal do Rio Grande do SulBanca: R Erichsen Jr, Eliane Angela Veit, Alba Graciela Rivas TheumannMestrado
- 2006Oscar Felipe Falcão RaposoDependência da velocidade da Catraca de Muller com fluxo de mutações benéficas · Biometria e Estatística Aplicada · Universidade Federal Rural de PernambucoBanca: Paulo Roberto Araújo de Campos, Gauss Moutinho CordeiroMestrado
- 2006Carlos Eduardo Fiore dos SantosSistemas fora do equilíbrio termodinâmico: Um estudo em diferentes abordagens · Física · Universidade de São PauloBanca: Mário José de Oliveira, Carmem Pimentel Cintra do Prado, João Antonio Plascak, Jurgen Fritz StilckDoutorado
- 2005Pedro Castro Menezes Xavier de Mello e SilvaModelo Esférico Quântico de Vidro de Spin na Aproximação de Recozimento · Física · Universidade Federal do Rio Grande do SulBanca: Migule Angelo C. Gusmão, Maria Beatriz Gay, Alba Graciela Rivas TheumannMestrado
- 2005Guilherme José de Moraes GarciaTópicos em Biofísica: Alometria dos ossos; O modelo BS para a evolução das espécies; O fluxo de ar no nariz humano · Física · Universidade Federal de Minas GeraisBanca: Américo Tristão Bernardes, Tania Tomé de Castro, Alfredo Gontijo de Oliveira, Ronald DickmanDoutorado
Revisor de periódico
04 registros- 2000 – presenteVínculo atualEuropean Physical Journal BRevisor de periódico
- 2000 – presenteVínculo atualPhysics of Life ReviewsRevisor de periódico
- 1998 – presenteVínculo atualPhysical Review LettersRevisor de periódico
- 1992 – presenteVínculo atualJournal of Physics A-Mathematical and GeneralRevisor de periódico
Prêmios e títulos
01 registro- 2004Fellow of The Institute of PhysicsThe Institute of Physics - England
Participação em eventos
54 registros- 2025When less is more: Evolutionary dynamics of deception in a sender?receiver gameEvolution of complexity and statistical physics · Conferencista · Convidado · Yerevan
- 2025When less is more: Evolutionary dynamics of deception in a sender?receiver game2nd Workshop on Modeling and Applications of Evolutionary Game Theory · Conferencista · Convidado
- 2024A soluble model for synchronized rhythmic activity in social insects.Evolution of complexity and statistical physics · Conferencista · Convidado · Yerevan
- 2023Citation counts: the world of sleeping beauties and shooting starsI Workshop on Applied Statistics and Stochastic Processes · Conferencista · Convidado · Recife
- 2022The threat of disinformation to epistemic security: an exactly solvable modelModels in Population Dynamics, Ecology and Evolution 2022 · Apresentação Oral · Participante · Turim
- 2022The threat of disinformation to epistemic security: an exactly solvable model.Evolution of Complexity from the Statistical Physics Perspective · Apresentação oral · Participante · Yerevan
- 2021Wisdom of Crowds: fact or fake?Workshop on Sociophysics: Social Phenomena from a Physics Perspective · Conferencista · Convidado · São Paulo
- 2021Wisdom of Crowds: fact or fake?XXXV Encontro de Física do Norte e Nordeste · Conferencista · Convidado · Recife
- 2021Burnout in times of Covid-19: a mathematical modelEncontro Nacional de Física Estatística · Apresentação oral · Participante · Virtual
- 2019Joint ICTP-SAIFR/ICTP-Trieste School on Mathematical Models of EvolutionOuvinte · São Paulo
- 2018Population dynamics of overshoot and collapseThe Mathematics of Games in the Applied Sciences · Conferencista · Convidado · Niterói
- 2017Task-forces: what is the optimal organization?Encontro Nacional de Física Estatística (ENFE 2017) · Conferencista · Convidado · Ilhéus, BA
- 2016Effect of group organization on the performance of cooperative problem-solving systems4°. Workshop de High Performance Computing · Apresentação oral · Participante · São Paulo
- 2016When more of the same is betterSeventh Workshop Dynamical Systems Applied to Biology and Natural Sciences · Conferencista · Convidado · Évora
- 2015Evolução Cultural e aquisição da linguagemSimpósio de Evolução Cultural · Simposista · Convidado · São José do Rio Preto
- 2015Diffusion of innovations in Axelrod?s model of culture disseminationModels in Population Dynamics and Ecology 2015 · Apresentação oral · Participante · Niterói
- 2015Diffusion approximation and multi-level selectionNon standard transport: from anomalous diffusion to reaction spreading in heterogeneous systems · Conferencista · Convidado · L'Aquila
- 2014Cooperative solution of cryptarithmetic problems14th International Conference Computational and Mathematical Methods in Science and Engineering · Apresentação oral · Participante · Cadiz
- 2014Synergistic effects in the evolution of social behaviorModels in Population Dynamics and Ecology MPDE14 · Apresentação oral · Participante · Turim
- 2014Solving a cryptarithmetic problem using a social learning heuristicIEEE Symposium Series on Computational Intelligence (IEEE SSCI 2014) · Apresentação oral · Participante · Orlando
- 2014Hamilton's rule in Kimura's diffusion model of intergroup selectionFifth Workshop on Dynamical Systems Applied to Biology and Natural Sciences · Apresentação oral · Participante · LisboaDivulgação científica
- 2014Non-zero sum games in prebiotic evolution7th Workshop on Thermodynamics, Disequilibrium and Evolution (TDE) · Conferencista · Convidado · Campinas
- 2013Effect of migration in a diffusion model for template coexistence in protocellsThe Society for Mathematical Biology Annual Meeting and Conference 20 (SMB 2013) · Poster / Painel · Participante · Tempe
- 2013A diffusion model of intergroup selection for the evolution of coexistence between distinct self-replicating moleculesMathematical Congress of the Americas · Conferencista · Convidado · Guanajuato
- 2013The diffusion approximation for template coexistence in protocellsFourth Workshop on Dynamical Systems Applied to Biology and Natural Sciences · Apresentação Oral · Participante · Lisboa
Coautorias
06 coautores- 10 obras
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Na imprensa
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