O Museu de Arqueologia e Etnologia da USP (MAE) resultou da fusão, em 1989, do Instituto de Pré-História com o antigo Museu de Arqueologia e Etnologia. Seu acervo reúne cerca de 1.500.000 peças arqueológicas e etnográficas de diferentes continentes e períodos, da pré-história europeia a produções indígenas brasileiras contemporâneas. O museu conta com onze laboratórios temáticos em sua sede no Campus Capital e com o Centro Regional de Arqueologia Ambiental, em Piraju (SP), onde desenvolve pesquisa, ensino e extensão em arqueologia, etnologia e museologia.