O Instituto Oceanográfico da Universidade de São Paulo (IOUSP) foi fundado em 1946, como Instituto Paulista de Oceanografia (IPO). Na época de fundação, os objetivos de seus idealizadores apontavam para a necessidade de uma instituição que fornecesse bases científicas à pesca e, numa concepção mais ampla, à exploração de recursos disponíveis ao longo do litoral paulista.
Em 1951 foi incorporado à USP como Unidade de Pesquisa, assumindo seu nome atual e obtendo maior autonomia de suas funções. Posteriormente, em 1972, foi transformado em Unidade Universitária, passando a oferecer cursos de Pós-graduação em nível de mestrado nas áreas de Oceanografia Biológica e Oceanografia Física em 1973. O curso de graduação (Bacharelado em Oceanografia) foi aprovado pelo Conselho Universitário em 2001, logo, em 2002, a primeira turma de alunos da graduação ingressou no IOUSP.
Existem, atualmente, dois departamentos atuantes no Instituto Oceanográfico: O Departamento de Oceanografia Biológica (DOB) e o Departamento de Oceanografia Física, Química e Geológica (DOF). O DOB conta atualmente com 17 docentes ativos e 1 Jovem Pesquisador, que atuam em quatro linhas de pesquisa: a estrutura e funcionamento de ecossistemas, a avaliação, produção e uso sustentável dos recursos vivos, os impactos ambientais e gerenciamento costeiro e, por fim, a taxonomia e Ecofisiologia de organismos marinhos e estuarinos.
Já o DOF conta com 23 docentes ativos e 1 Professor Sênior, que atuam em seis principais linhas de pesquisa, duas de cada área do departamento: a circulação do oceano e interações com atmosfera em grande e mesoescala e a hidrodinâmica da plataforma continental e de estuários (Oceanografia Física), os ciclos biogeoquímicos e dinâmica de interface e a química orgânica marinha (Oceanografia Química), a sedimentação marinha e a evolução dos fundos oceânicos em paleoceanografia (Oceanografia Geológica).
Diretor(a): Prof. Dr. Paulo Yukio Gomes Sumida